Primer specificity and sensitivity.

Primer specificity and sensitivity. Fol is a soil-borne
fungus that causes tomato wilt worldwide. Three physiological races of Fol have been reported worldwide, where race 1 is most common in countries with warm climates. However, moleculardiagnosis of these races is challenging since only the genome sequence of Fol race 2 is publicly available (http://www.broadinstitute.org/). Fol SIX1 gene encodes for a virulence factor towards tomato plants, which is secreted in the xylem of the host during colonization [32]. Significantly, Six1 has been shown to be a key protein required for full virulence of the pathogen [36] and is a suitable target for diagnostics. Figure 5 shows that PCR analyses targeting a small fragment of SIX1, using primer sets P12-F2B and FOL SIX1-R1 resulted in a clear and specific amplicon for Fol
strains. In addition, no false-positive amplicons were observed
when tested with other Fusarium species (Figure 5), as has been
previously reported by Lievens et al. [31]. Using the DNA
extraction method described earlier and primer sets P12-F2B and
FOL-SIX1-R1, we determined that the limit of detection is 10 pg
of gDNA/ real-time PCR.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ไพรเมอร์ที่เฉพาะเจาะจงและความไว Fol
เป็นดินที่เกิดจากเชื้อราที่เป็นสาเหตุของโรคเหี่ยวมะเขือเทศทั่วโลก สามของการแข่งขันทางสรีรวิทยาของ Fol ได้รับรายงานทั่วโลกที่การแข่งขัน 1 จะพบมากที่สุดในประเทศที่มีสภาพอากาศที่อบอุ่น อย่างไรก็ตาม moleculardiagnosis ของการแข่งขันเหล่านี้เป็นสิ่งที่ท้าทายตั้งแต่เพียงลำดับจีโนมของ Fol แข่งขัน 2 เป็นที่เปิดเผยต่อสาธารณชน (ที่ http://www.broadinstitute.org/) ยีน Fol SIX1 เข้ารหัสสำหรับปัจจัยความรุนแรงต่อมะเขือเทศซึ่งจะหลั่งในท่อน้ำของโฮสต์ในระหว่างการล่าอาณานิคม [32] อย่างมีนัยสำคัญ Six1 ได้รับการแสดงที่จะเป็นโปรตีนที่สำคัญที่จำเป็นสำหรับความรุนแรงเต็มไปด้วยเชื้อโรค [36] และเป็นเป้าหมายที่เหมาะสมสำหรับการวินิจฉัย รูปที่ 5 แสดงให้เห็นว่าการวิเคราะห์ PCR กำหนดเป้าหมายส่วนเล็ก ๆ ของ SIX1 โดยใช้ไพรเมอร์ชุด P12-F2B และ FOL SIX1-R1 ผลในการ amplicon ชัดเจนและเฉพาะเจาะจงสำหรับ Fol
สายพันธุ์ นอกจากนี้ยังไม่มี amplicons
เท็จบวกถูกตั้งข้อสังเกตเมื่อทดสอบกับสายพันธุ์เชื้อราFusarium อื่น ๆ (รูปที่ 5)
ตามที่ได้รับรายงานก่อนหน้านี้โดยLievens et al, [31] การใช้ดีเอ็นเอวิธีการสกัดที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้และไพรเมอร์ชุด P12-F2B และ FOL-SIX1-R1 เราพิจารณาแล้วว่าขีด จำกัด ของการตรวจสอบคือ 10 หน้าของgDNA / real-time PCR

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

รองพื้นชนิดและความไว สีขาวเป็นทางดิน
เชื้อราที่สาเหตุมะเขือเทศจะทั่วโลก สามเชื้อชาติทางสรีรวิทยาของ fol มีรายงานทั่วโลกที่การแข่งขัน 1 เป็นที่พบมากที่สุดในประเทศที่มีภูมิอากาศอบอุ่น อย่างไรก็ตาม moleculardiagnosis ของการแข่งขันเหล่านี้เป็นสิ่งที่ท้าทายเนื่องจากจีโนมลำดับของการแข่งขันแบบซ้อนกัน 2 ต่อสาธารณะ ( http : / / www.broadinstitute . org / )สีขาว six1 ยีน encodes เป็นปัจจัยต่อโรคพืช มะเขือเทศ ซึ่งมีการหลั่งในไซเลมของเจ้าภาพในช่วงการล่าอาณานิคม [ 32 ] ทาง six1 ได้ถูกแสดงเป็น โปรตีนที่จำเป็นสำหรับโรคที่สำคัญที่เต็มไปด้วยเชื้อโรค [ 36 ] และเป็นเป้าหมายที่เหมาะสมสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูล รูปที่ 5 แสดงให้เห็นว่าเทคนิคการวิเคราะห์เป้าหมายของ six1 ส่วนเล็ก ๆ ,การใช้ไพรเมอร์ชุด p12-f2b สีขาว six1-r1 และส่งผลให้ชัดเจนและเฉพาะเจาะจงสำหรับสายพันธุ์และสีขาว

นอกจากนี้ ยังพบว่า amplicons false-positive
เมื่อทดสอบกับสายพันธุ์ Fusarium อื่นๆ ( รูปที่ 5 ) , ตามที่ได้รับรายงานว่า ก่อนหน้านี้ โดย lievens
et al . [ 31 ] การใช้ดีเอ็นเอด้วยวิธีการที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ และไพรเมอร์

fol-six1-r1 และ p12-f2b ชุด ,เราตั้งใจว่า ขีดจำกัดของการตรวจหา 10 pg
ของ gdna / Real-Time PCR