BackgroundThe filamentous fungus Tr

BackgroundThe filamentous fungus Trichoderma reesei is the main industrial cellulolytic enzyme producer. Several strains have been developed in the past using random mutagenesis, and despite impressive performance enhancements, the pressure for low-cost cellulases has stimulated continuous research in the field. In this context, comparative study of the lower and higher producer strains obtained through random mutagenesis using systems biology tools (genome and transcriptome sequencing) can shed light on the mechanisms of cellulase production and help identify genes linked to performance. Previously, our group published comparative genome sequencing of the lower and higher producer strains NG 14 and RUT C30. In this follow-up work, we examine how these mutations affect phenotype as regards the transcriptome and cultivation behaviour.ResultsWe performed kinetic transcriptome analysis of the NG 14 and RUT C30 strains of early enzyme production induced by lactose using bioreactor cultivations close to an industrial cultivation regime. RUT C30 exhibited both earlier onset of protein production (3?h) and higher steady-state productivity. A rather small number of genes compared to previous studies were regulated (568), most of them being specific to the NG 14 strain (319). Clustering analysis highlighted similar behaviour for some functional categories and allowed us to distinguish between induction-related genes and productivity-related genes. Cross-comparison of our transcriptome data with previously identified mutations revealed that most genes from our dataset have not been mutated. Interestingly, the few mutated genes belong to the same clusters, suggesting that these clusters contain genes playing a role in strain performance.ConclusionsThis is the first kinetic analysis of a transcriptomic study carried out under conditions approaching industrial ones with two related strains of T. reesei showing distinctive cultivation behaviour. Our study sheds some light on some of the events occurring in these strains following induction by lactose. The fact that few regulated genes have been affected by mutagenesis suggests that the induction mechanism is essentially intact compared to that for the wild-type isolate QM6a and might be engineered for further improvement of T. reesei. Genes from two specific clusters might be potential targets for such genetic engineering.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

BackgroundThe filamentous เชื้อรา Trichoderma reesei ผลิตเอนไซม์ cellulolytic อุตสาหกรรมหลักได้ หลายสายพันธุ์ที่ได้รับการพัฒนาในอดีตใช้ mutagenesis สุ่ม และแม้ มีการปรับปรุงประสิทธิภาพการทำงานที่น่าประทับใจ ความดันสำหรับ cellulases ต้นทุนต่ำได้ถูกกระตุ้นการวิจัยอย่างต่อเนื่องในฟิลด์ ในบริบทนี้ การศึกษาเปรียบเทียบต่ำกว่า และสูงกว่าผลิตสายพันธุ์ที่ได้รับผ่าน mutagenesis สุ่มใช้ระบบชีววิทยาเครื่องมือ (กลุ่มและจัดลำดับ transcriptome) สามารถหลั่งน้ำตาแสงในกลไกการผลิต cellulase และช่วยในการระบุยีนที่เชื่อมโยงกับประสิทธิภาพ ก่อนหน้านี้ กลุ่มของเราเผยแพร่ลำดับเปรียบเทียบกลุ่มของสายพันธุ์ผลิตต่ำกว่า และสูงกว่า NG 14 และ C30 รูด ในงานนี้ติดตามผล เราตรวจสอบว่ากลายพันธุ์เหล่านี้มีผลต่อ phenotype ตามพฤติกรรม transcriptome และเพาะปลูกResultsWe ดำเนินการวิ transcriptome เดิม ๆ ของ NG 14 และ C30 รูดสายพันธุ์ผลิตเอนไซม์ก่อนที่เหนี่ยวนำ โดยใช้ bioreactor cultivations ใกล้กับระบอบการเพาะปลูกอุตสาหกรรมย่อยแลคโตส C30 รูดจัดแสดงทั้งสองเริ่มมีอาการก่อนการผลิตโปรตีน (3 ? h) และผลผลิตสูงท่อน เลขค่อนข้างเล็กเมื่อเทียบกับการศึกษาก่อนหน้านี้ของถูกควบคุม (568) , ส่วนใหญ่ของพวกเขามีเฉพาะพันธุ์ NG 14 (319) คลัสเตอร์การวิเคราะห์เน้นพฤติกรรมคล้ายกันสำหรับบางประเภททำงาน และทำให้เราแยกความแตกต่างระหว่างยีนที่เกี่ยวข้องกับการเหนี่ยวนำและยีนที่เกี่ยวข้องกับการผลิต การเปิดเผยการเปรียบเทียบระหว่างข้อมูล transcriptome ของเรามีการกลายพันธุ์ที่ระบุไว้ก่อนหน้านี้ว่า ยีนส่วนใหญ่จากชุดข้อมูลของเรามีไม่ได้กลาย แล็ ยีนน้อยกลายเป็นสมาชิกของคลัสเตอร์เดียวกัน แนะนำว่า คลัสเตอร์เหล่านี้ประกอบด้วยยีนที่เล่นบทบาทต้องใช้ประสิทธิภาพConclusionsThis เป็นการวิเคราะห์เดิม ๆ แรกของการศึกษา transcriptomic ที่ดำเนินการภายใต้เงื่อนไขที่กำลังคนอุตสาหกรรม มีสองสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องของต. reesei แสดงพฤติกรรมปลูกโดดเด่น ศึกษาของ sheds แสงบางอย่างบางเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นในสายพันธุ์เหล่านี้ต่อการเหนี่ยวนำ ด้วยแล็กโทส ความจริงที่ว่า ยีนที่ควบคุมไม่ได้รับผลกระทบ โดย mutagenesis ชี้ให้เห็นว่า กลไกเหนี่ยวนำเป็นหลักเหมือนเดิมเมื่อเทียบกับที่ป่าชนิดแยก QM6a และอาจจะได้วางแผนปรับปรุงเพิ่มเติม reesei ต. ยีนจากคลัสเตอร์เฉพาะที่สองอาจเป็นเป้าหมายเช่นพันธุวิศวกรรม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

BackgroundThe เชื้อรา Trichoderma reesei ใยเป็นผู้ผลิตเอนไซม์เซลลูเลสอุตสาหกรรมหลัก สายพันธุ์หลายคนได้รับการพัฒนาในอดีตที่ผ่านมาโดยใช้การกลายพันธุ์แบบสุ่มและแม้จะมีการปรับปรุงประสิทธิภาพการทำงานที่น่าประทับใจ, ความดันสำหรับเซลลูต้นทุนต่ำมีการกระตุ้นการวิจัยอย่างต่อเนื่องในด้านการ ในบริบทนี้ศึกษาเปรียบเทียบที่ต่ำกว่าและสูงกว่าสายพันธุ์ที่ผลิตได้ผ่านการกลายพันธุ์แบบสุ่มโดยใช้เครื่องมือระบบชีววิทยา (จีโนมและการเรียงลำดับยีน) สามารถหลั่งน้ำตาแสงในกลไกของการผลิตเซลลูเลสและช่วยระบุยีนที่เชื่อมโยงกับผลการดำเนินงาน ก่อนหน้านี้กลุ่มของเราตีพิมพ์ลำดับจีโนมเปรียบเทียบสายพันธุ์ที่ลดลงและการผลิตที่สูงขึ้น NG 14 และ RUT C30 ในงานนี้ติดตามเราตรวจสอบวิธีการกลายพันธุ์เหล่านี้ส่งผลกระทบต่อฟีโนไทป์เป็นเรื่องยีนและการเพาะปลูก behaviour.ResultsWe ดำเนินการวิเคราะห์ยีนกับการเคลื่อนไหวของ NG 14 และสายพันธุ์ RUT C30 ของการผลิตเอนไซม์ต้นเกิดจากแลคโตสโดยใช้เครื่องปฏิกรณ์ชีวภาพปลูกใกล้กับการเพาะปลูกในภาคอุตสาหกรรม ระบบการปกครอง RUT C30 แสดงทั้งการโจมตีก่อนหน้านี้ในการผลิตโปรตีน (3? h) และผลผลิตที่มั่นคงของรัฐที่สูงขึ้น จำนวนที่ค่อนข้างเล็กของยีนเมื่อเทียบกับการศึกษาก่อนหน้าได้รับการควบคุม (568) ส่วนใหญ่ของพวกเขาเป็นที่เฉพาะเจาะจงเพื่อ NG 14 สายพันธุ์ (319) การวิเคราะห์การจัดกลุ่มที่เน้นพฤติกรรมที่คล้ายกันสำหรับประเภทการทำงานบางอย่างและช่วยให้เราสามารถแยกแยะความแตกต่างระหว่างการเหนี่ยวนำยีนที่เกี่ยวข้องกับการผลิตและยีนที่เกี่ยวข้องกับ การเปรียบเทียบข้ามของข้อมูลของเรามียีนกลายพันธุ์ที่ระบุก่อนหน้านี้แสดงให้เห็นว่ายีนมากที่สุดจากชุดข้อมูลของเราไม่ได้รับการกลายพันธุ์ ที่น่าสนใจยีนกลายพันธุ์ไม่กี่อยู่ในกลุ่มเดียวกันชี้ให้เห็นว่ากลุ่มเหล่านี้มียีนที่มีบทบาทใน performance.ConclusionsThis สายพันธุ์ที่มีการวิเคราะห์การเคลื่อนไหวครั้งแรกของการศึกษา transcriptomic ดำเนินการภายใต้เงื่อนไขที่ใกล้เข้ามาคนอุตสาหกรรมที่มีสองสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องกับ T. reesei การแสดงพฤติกรรมการเพาะปลูกที่โดดเด่น การศึกษาของเราหายไฟบางในบางส่วนของเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นในสายพันธุ์เหล่านี้ต่อไปเหนี่ยวนำโดยแลคโตส ความจริงที่ว่ายีนที่ควบคุมไม่กี่ได้รับผลกระทบจากการกลายพันธุ์ชี้ให้เห็นว่ากลไกการเหนี่ยวนำเป็นเหมือนเดิมเป็นหลักเมื่อเทียบกับว่าสำหรับป่าชนิดไอโซเลต QM6a และอาจจะมีการออกแบบมาสำหรับการปรับปรุงต่อไปของ T. reesei ยีนจากสองกลุ่มที่เฉพาะเจาะจงอาจจะเป็นเป้าหมายที่มีศักยภาพสำหรับงานวิศวกรรมทางพันธุกรรมดังกล่าว

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

backgroundthe เชื้อรา Trichoderma reesei นั้นเป็นอุตสาหกรรมหลักของเอนไซม์ย่อยสลายเซลลูโลส โปรดิวเซอร์ หลายสายพันธุ์ได้รับการพัฒนาในอดีต โดยใช้การสุ่ม และแม้จะมีการปรับปรุงประสิทธิภาพที่น่าประทับใจ ดันได้ต้นทุนต่ำจึงทำให้การวิจัยอย่างต่อเนื่องในเขตข้อมูล ในบริบทนี้เปรียบเทียบราคาสูงกว่าสายพันธุ์และผู้ผลิตที่ได้รับผ่านการสุ่มโดยใช้เครื่องมือระบบชีววิทยา ( จีโนมและการจัดลำดับทราน ริปโตม ) สามารถหลั่งไฟบนกลไกการผลิตเซลลูเลสและช่วยระบุยีนที่เชื่อมโยงกับผลการปฏิบัติงาน ก่อนหน้านี้ กลุ่มของเราเผยแพร่เปรียบเทียบจีโนมลำดับของล่างและสูงกว่าผู้ผลิตสายพันธุ์ของ 14 และร่อง C30 .ในการติดตามผล เราตรวจสอบวิธีการกลายพันธุ์เหล่านี้มีผลต่อฟีโนไทป์ส่วนทราน ริปโตมและการเพาะปลูก behaviour.resultswe แสดงจลนศาสตร์ทราน ริปโตมการวิเคราะห์ของ 14 และร่อง C30 สายพันธุ์ของต้นการผลิตเอนไซม์แลคโตสและการเพาะเลี้ยงแบบปิดเพื่อการอุตสาหกรรม ระบบการปกครอง จึงมีทั้งร่องก่อนเริ่มการผลิตโปรตีน ( 3H ) และการผลิตคงที่สูงกว่า ค่อนข้างเล็กเมื่อเทียบกับจำนวนของยีน การศึกษาก่อนหน้านี้ถูกควบคุม ( 568 ) ส่วนใหญ่ของพวกเขาถูกระบุสายพันธุ์ 14 NG ( 319 ) การวิเคราะห์กลุ่มเน้นพฤติกรรมคล้ายกันบางหน้าที่ประเภทและอนุญาตให้เราที่จะแยกแยะระหว่างการเหนี่ยวนำยีนที่เกี่ยวข้องและผลผลิตที่เกี่ยวข้องกับยีนการเปรียบเทียบข้อมูลกับข้ามของทราน ริปโตมระบุก่อนหน้านี้ พบว่า ส่วนใหญ่จากชุดข้อมูลการกลายพันธุ์ยีนของเรายังไม่กลายพันธุ์ ที่น่าสนใจไม่กี่ยีนกลายพันธุ์อยู่ในกลุ่มเดียวกัน บอกว่า กลุ่มนี้ประกอบด้วยยีนที่มีบทบาทในการทำงาน ความเครียดconclusionsthis คือการวิเคราะห์การเคลื่อนไหวแรกของ transcriptomic การศึกษาภายใต้เงื่อนไขที่เกี่ยวข้องกับอุตสาหกรรมใกล้สองสายพันธุ์ของ T . reesei แสดงพฤติกรรมการเพาะปลูกที่โดดเด่น การศึกษาของเราหายบางแสงในบางส่วนของเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นในสายพันธุ์เหล่านี้ โดยต่อไปนี้การแลกโตสความจริงที่ไม่ควบคุมยีนที่ได้รับผลกระทบโดยการชี้ให้เห็นว่ากลไกเหนี่ยวเป็นหลักเหมือนเดิม เมื่อเทียบกับที่ของแยก qm6a และอาจจะสร้างการปรับปรุงเพิ่มเติมของ T . reesei . ยีนจากกลุ่มเฉพาะสองอาจเป็นเป้าหมายที่มีศักยภาพพันธุวิศวกรรมเช่น .