The real-time PCR assays for total

The real-time PCR assays for total archaea and the three cellulolytic bacterial species were done using the SYBR Green dye, while the real-time PCR assay for total bacteria used the TaqMan probe (Nadkarni et al., 2002). The specific PCR primer sets and conditions used in the real-time PCR assays have been reported previously (Chen et al., 2007a and Chen et al., 2007b) and further optimized in a recent study (Zhou et al., 2011). As done previously (Chen et al., 2008 and Chen et al., 2010), in the real-time PCR assay using SYBR Green fluorescence signal was collected at the temperature at which primer dimers completely denature while the PCR products do not to eliminate impact of possible primer dimers. All the real-time PCR assays were done in triplicate for both the standards and each of the metagenomic DNA samples on the same plates. An Mx3000p real-time PCR system (Stratagene, La Jolla, CA) and the MxPro QPCR Software were used to perform all the real-time PCR assays and data analysis. Except for the real-time PCR assays for total bacteria that were quantified using a TaqMan assay, the real-time PCR products were examined by melting curve analysis to verify the product and exclusion of possible primer dimers from being included in the quantification (Chen et al., 2008, Chen et al., 2010 and Zhou et al., 2011). Finally, all the real-time PCR products were confirmed by agarose gel (1.5%) electrophoresis.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ทำ assays PCR แบบเรียลไทม์ในสามสายพันธุ์ cellulolytic แบคทีเรียและอาร์เคียรวมใช้สีย้อม SYBR Green ขณะทดสอบ PCR แบบเรียลไทม์สำหรับแบคทีเรียรวมใช้โพรบ TaqMan (Nadkarni และ al., 2002) PCR ชุดรองพื้นเฉพาะและเงื่อนไขที่ใช้ใน assays PCR แบบเรียลไทม์ได้รายงานก่อนหน้านี้ (Chen et al., 2007a และ Chen et al., 2007b) และเพิ่มเติม เหมาะในการศึกษาล่าสุด (โจว et al., 2011) ที่ทำไว้ก่อนหน้านี้ (Chen et al., 2008 และ Chen et al., 2010), ในทดสอบ PCR แบบเรียลไทม์ที่ใช้สัญญาณ fluorescence SYBR Green รวบรวมอุณหภูมิที่พื้น dimers สมบูรณ์ denature ขณะผลิตภัณฑ์ PCR ไม่กำจัดผลกระทบของ dimers รองพื้นไป ทั้งหมดจริง PCR assays ทำใน triplicate มาตรฐานและแต่ละตัวอย่างดีเอ็นเอ metagenomic บนแผ่นเดียวกัน การ Mx3000p แบบ real-time PCR ระบบ (Stratagene, La Jolla, CA) และซอฟต์แวร์ QPCR MxPro ถูกใช้ทำ PCR assays แบบเรียลไทม์ทั้งหมดและการวิเคราะห์ข้อมูล ยกเว้น assays PCR แบบเรียลไทม์สำหรับแบคทีเรียทั้งหมดที่ถูก quantified ใช้ทดสอบ TaqMan ผลิตภัณฑ์ PCR แบบเรียลไทม์ถูกตรวจสอบ โดยการหลอมโค้งวิเคราะห์เพื่อตรวจสอบผลิตภัณฑ์และกัน dimers พื้นได้ถูกรวมในการนับ (Chen et al., 2008, Chen et al., 2010 และโจว et al., 2011) ในที่สุด ทุกผลิตภัณฑ์ PCR แบบเรียลไทม์ได้รับการยืนยัน โดย agarose เจ electrophoresis (1.5%)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เรียลไทม์การตรวจ PCR สำหรับเคีรวมและสามสายพันธุ์แบคทีเรียเซลลูโลสถูกทำโดยการใช้สีย้อมสีเขียว SYBR ในขณะที่แบบ real-time PCR สำหรับการทดสอบแบคทีเรียทั้งหมดที่ใช้ในการสอบสวน TaqMan (Nadkarni et al., 2002) ชุดไพร PCR ที่เฉพาะเจาะจงและเงื่อนไขในการใช้ในแบบ real-time การตรวจ PCR ได้รับการรายงานก่อนหน้านี้ (Chen et al., 2007A และ Chen et al., 2007B) และเพิ่มประสิทธิภาพต่อไปในการศึกษาล่าสุด (Zhou et al., 2011) ในฐานะที่ทำก่อนหน้านี้ (Chen et al., 2008 และ Chen et al., 2010) ในแบบ real-time PCR ทดสอบโดยใช้สัญญาณการเรืองแสงสีเขียว SYBR ถูกเก็บที่อุณหภูมิที่ dimers ไพรเมอร์อย่างสมบูรณ์ทำให้ผิดลักษณะเดิมในขณะที่ผลิตภัณฑ์พีซีอาร์ไม่ได้ที่จะกำจัด ผลกระทบของ dimers ไพรที่เป็นไปได้ ทุกเวลาจริงการตรวจ PCR ได้ทำในเพิ่มขึ้นสามเท่าสำหรับทั้งสองมาตรฐานและแต่ละตัวอย่างดีเอ็นเอ Metagenomic บนจานเดียวกัน Mx3000p แบบ real-time PCR ระบบ (Stratagene, La Jolla, CA) และ MxPro qPCR ซอฟแวร์ที่ใช้ในการดำเนินการทั้งหมดในเวลาจริงการตรวจ PCR และการวิเคราะห์ข้อมูล ยกเว้นแบบ real-time PCR สำหรับการตรวจแบคทีเรียทั้งหมดที่ได้รับการวัดโดยใช้การทดสอบ TaqMan, real-time PCR ผลิตภัณฑ์ได้รับการตรวจสอบโดยการละลายการวิเคราะห์เส้นโค้งในการตรวจสอบสินค้าและการยกเว้นของ dimers ไพรเมอร์ที่เป็นไปได้จากการถูกรวมอยู่ในปริมาณ (เฉินและ al., 2008, Chen et al., 2010 และโจว et al., 2011) ในที่สุดทุกเวลาจริงผลิตภัณฑ์พีซีอาร์ได้รับการยืนยันโดยเจล agarose (1.5%) อิ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โดยเวลาที่ใช้สำหรับอาร์เคียทั้งหมดและสามทดลองแบคทีเรียชนิด ทำโดยการใช้สีเขียว SYBR ย้อมในขณะที่การทดสอบ PCR แบบเรียลไทม์สำหรับแบคทีเรียทั้งหมดใช้ taqman โพรบ ( nadkarni et al . , 2002 ) เฉพาะชุด PCR ไพรเมอร์และสภาวะที่ใช้ในวิธี PCR แบบเรียลไทม์ได้รายงานก่อนหน้านี้ ( Chen et al . , 2007a และ Chen et al . ,2007b ) และยังเพิ่มประสิทธิภาพในการศึกษาล่าสุด ( โจว et al . , 2011 ) ที่กระทำก่อนหน้านี้ ( Chen et al . , 2008 และ Chen et al . , 2010 ) , ในเวลาจริงโดยใช้ PCR assay SYBR สีเขียวเรืองแสงสัญญาณถูกเก็บที่อุณหภูมิที่ใช้สายทั้งหมดนมในขณะที่ผลิตภัณฑ์ PCR ไม่ขจัดผลกระทบของสายหลักที่เป็นไปได้ทั้งหมดแบบ PCR ) ทำทั้งสามใบ ทั้งมาตรฐานและแต่ละตัวอย่างดีเอ็นเอเมตาจีโนมิคในจานเดียวกัน การ mx3000p เรียลไทม์ระบบ PCR ( stratagene , La Jolla , CA ) และ mxpro qpcr ซอฟต์แวร์เพื่อใช้ดำเนินการทั้งหมด โดยเวลาที่ใช้และการวิเคราะห์ข้อมูล ยกเว้น - PCR ) โดยแบคทีเรียที่ถูกวัดโดยใช้วิธี taqman ,ผลิตภัณฑ์ PCR แบบเรียลไทม์ถูกตรวจสอบโดยจุดหลอมเหลวการวิเคราะห์เส้นโค้งเพื่อตรวจสอบผลิตภัณฑ์และการยกเว้นิเมอร์ได้ถูกรวมอยู่ในการบอกจำนวน ( Chen et al . , 2008 , Chen et al . , 2010 และโจว et al . , 2011 ) สุดท้าย ทั้งหมดได้รับการยืนยันโดยวิธี PCR แบบเรียลไทม์ผลิตภัณฑ์เจล ( 1.5% ) เรส