Comparative analysis of the B/D bru

Comparative analysis of the B/D bruxellensis sequences revealed some interesting genomic properties that could be linked to their behaviour and ecological niches. For example, it was shown that many B/D bruxellensis strains are equipped with a gene cluster, containing of a nitrate transporter, nitrate reductase, nitrite reductase and two Zn(II)2 Cys6 type transcription factors, that enables the utilization of nitrate as a sole nitrogen source (cf. 3.2.1.22.) (Borneman et al., 2014, Crauwels et al., 2014 and Woolfit et al., 2007). This gene cluster might confer an important fitness advantage over other species, such as S. cerevisiae, in low-nitrogen environments like molasses. In addition, gene content analysis revealed a relative enrichment in genes linked to the cell membrane, membrane-associated transporters, metabolism of alternative carbon sources (such as chitin, N-acetylglucosamine, galactose, mannose and lactose) and oxidoreductase enzymes (Curtin et al., 2012b). Interestingly, many of the enriched membrane-related genes (e.g. FIG. 2, FLO1, FLO5, FLO9, HKR1, MUC1, …) might be advantageous for survival in wine or beer conserved in oak barrels, where they could mediate the adhesion of the cells to the internal wall of the barrel and protect them from washing out during high pressure cleaning (Christiaens et al., 2012, Joseph et al., 2007, Verstrepen et al., 2003b and Verstrepen and Klis, 2006). Further, the enrichment in transporters might be instrumental for the adaptation to relatively low nutrient environments. The (lineage-specific) duplication of oxidoreductase genes may reflect a strategy evolved to enable survival in anaerobic conditions where the species has impaired capacity to regenerate NAD(P)+ and might explain its capacity to produce acetate under aerobic conditions, a trait related to the so-called “Custers” effect (cf. Section 3.2.1.2.1), and the production of some key aromatic compounds (such as isovaleric acid) (Curtin et al., 2012b and Piskur et al., 2012).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิเคราะห์เปรียบเทียบลำดับ bruxellensis B/D เปิดเผย genomic คุณสมบัติบางอย่างที่น่าสนใจที่สามารถเชื่อมโยงกับพฤติกรรมของพวกเขาและตรงไหนที่ระบบนิเวศ ตัวอย่าง มันถูกแสดงว่า สายพันธุ์ bruxellensis B/D มากมีการติดตั้งคลัสเตอร์ยีน ที่ประกอบด้วยการขนส่งไนเตรต reductase ไนเตรต ไนไตรต์ reductase และปัจจัย transcription ชนิด Cys6 Zn (II) 2 2 ให้ใช้ใช้ไนเตรทเป็นแหล่งไนโตรเจนแต่เพียงผู้เดียว (มัทธิว 3.2.1.22) (Borneman et al., 2014, Crauwels et al., 2014 และ Woolfit et al., 2007) คลัสเตอร์นี้ยีนอาจประสาทเปรียบสำคัญฟิตมากกว่าพันธุ์อื่น ๆ เช่น S. cerevisiae ในสภาพแวดล้อมต่ำไนโตรเจนเช่นกากน้ำตาล นอกจากนี้ ยีนเนื้อหาวิเคราะห์เปิดเผยโดดเด่นสัมพัทธ์ในยีนที่เชื่อมโยงกับเซลล์เมมเบรน ผู้ที่เกี่ยวข้องกับเมมเบรน เผาผลาญแหล่งคาร์บอนอื่น (เช่นไคทิน N acetylglucosamine กาแล็กโทส mannose และแล็กโทส) และเอนไซม์ oxidoreductase (Curtin et al., 2012b) เป็นเรื่องน่าสนใจ มายค่อนที่เกี่ยวข้องกับเมมเบรนยีน (เช่น FIG. 2, FLO1, FLO5, FLO9, HKR1, MUC1,...) อาจจะมีประโยชน์สำหรับการอยู่รอดในไวน์ หรือเบียร์ที่อยู่ในถังไม้โอ๊ก ที่พวกเขาสามารถบรรเทาการยึดเกาะของเซลล์ที่ผนังภายในของกระบอก และปกป้องพวกเขาจากการซักผ้าออกระหว่างช่วงความดันทำความสะอาด (Christiaens et al., 2012 โจเซฟ et al ปี 2007, Verstrepen et al., 2003b และ Verstrepen และ Klis, 2006) เพิ่มเติม เพิ่มความสมบูรณ์ในผู้อาจบรรเลงสำหรับปรับตัวกับสภาพแวดล้อมธาตุอาหารค่อนข้างต่ำ การทำซ้ำ (เฉพาะคนเชื้อสาย) ของยีน oxidoreductase อาจสะท้อนกลยุทธ์การพัฒนาเพื่อให้สามารถอยู่รอดในสภาพที่ไม่ใช้ออกซิเจนซึ่งสายพันธุ์มีความบกพร่องทางด้านความสามารถในการสร้าง NAD(P) + และอาจอธิบายของความสามารถในการผลิตภายใต้เงื่อนไขแอโรบิก acetate ติดกับเรียกว่า "Custers" ผล (มัทธิวส่วน 3.2.1.2.1), และการผลิตสารหอมบางคีย์ (เช่นภาวะมีกรดกรด) (Curtin et al , 2012b และ Piskur et al., 2012)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์เปรียบเทียบ B / D ลำดับ bruxellensis เปิดเผยบางคุณสมบัติจีโนมที่น่าสนใจที่อาจจะเชื่อมโยงกับพฤติกรรมของพวกเขาและนิเวศ ยกตัวอย่างเช่นมันแสดงให้เห็นว่าสายพันธุ์ B / D bruxellensis จำนวนมากมีการติดตั้งกลุ่มยีนที่มีขนย้ายไนเตรตที่ reductase ไนเตรต reductase ไนไตรท์และสอง Zn (II) 2 Cys6 ถอดความปัจจัยชนิดที่ช่วยให้การใช้ประโยชน์จากไนเตรตเป็น เป็นแหล่งไนโตรเจน แต่เพียงผู้เดียว (cf 3.2.1.22.) (Borneman et al., 2014 Crauwels et al., 2014 และ Woolfit et al., 2007) กลุ่มยีนนี้อาจหารือข้อได้เปรียบที่สำคัญการออกกำลังกายมากกว่าสายพันธุ์อื่น ๆ เช่นเอส cerevisiae ในสภาพแวดล้อมที่มีไนโตรเจนเช่นกากน้ำตาล นอกจากนี้การวิเคราะห์เนื้อหายีนเผยให้เห็นการตกแต่งญาติในยีนที่เชื่อมโยงกับเยื่อหุ้มเซลล์, ขนส่งเมมเบรนที่เกี่ยวข้อง, การเผาผลาญอาหารของแหล่งคาร์บอนทางเลือก (เช่นไคติน N-acetylglucosamine, กาแลคโต, แมนโนสและแลคโตส) และเอนไซม์ oxidoreductase (Curtin et al, ., 2012b) ที่น่าสนใจอีกหลายแห่งที่อุดมด้วยยีนที่เกี่ยวข้องกับเมมเบรน (เช่นมะเดื่อ. 2 FLO1, FLO5, FLO9, HKR1, MUC1, ... ) อาจเป็นประโยชน์สำหรับการอยู่รอดในไวน์หรือเบียร์อนุรักษ์ในถังไม้โอ๊คที่พวกเขาสามารถเป็นสื่อกลางในการยึดเกาะของ เซลล์ที่ผนังภายในของถังและปกป้องพวกเขาจากการทำความสะอาดล้างออกในช่วงแรงดันสูง (Christiaens et al., 2012, โจเซฟ et al., 2007 Verstrepen et al., 2003b และ Verstrepen และ Klis, 2006) นอกจากนี้การเพิ่มคุณค่าในการขนส่งอาจจะเป็นเครื่องมือในการปรับตัวเพื่อสภาพแวดล้อมที่ค่อนข้างสารอาหารต่ำ (ที่สืบเชื้อสายเฉพาะ) การทำสำเนาของยีน oxidoreductase อาจสะท้อนให้เห็นถึงกลยุทธ์การพัฒนาที่จะช่วยให้อยู่รอดในสภาวะไร้อากาศที่สายพันธุ์ที่มีความบกพร่องทางความสามารถในการงอกใหม่ NAD (P) + และอาจจะอธิบายความสามารถในการผลิตอะซิเตทภายใต้เงื่อนไขแอโรบิกลักษณะที่เกี่ยวข้องกับการ ที่เรียกว่า "Custers" ผล (cf มาตรา 3.2.1.2.1) และการผลิตของสารประกอบอะโรมาติกที่สำคัญ (เช่นกรด isovaleric) (ที่ Curtin et al., 2012b และPiškur et al., 2012)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์เชิงเปรียบเทียบของ B / D bruxellensis ลำดับพบบางอย่างที่น่าสนใจที่มีคุณสมบัติที่สามารถเชื่อมโยงกับพฤติกรรมของพวกเขาและ niches นิเวศ ตัวอย่างเช่น มันแสดงให้เห็นว่าหลายสายพันธุ์ B / D bruxellensis พร้อมกลุ่มยีนที่มีของไนเตรตและไนไตรต์และไนเตรต , ขนส่ง และสอง Zn ( II ) 2 cys6 ประเภทถอดความปัจจัยที่ช่วยให้การใช้ไนเตรตเป็นแหล่งไนโตรเจน แต่เพียงผู้เดียว ( CF . 3.2.1.22 ) ( บอร์นเมิ่น et al . , 2014 , crauwels et al . , 2014 และ woolfit et al . , 2007 ) ยีนกลุ่มนี้จะให้ประโยชน์ที่สำคัญฟิตกว่าชนิดอื่น ๆเช่น S . cerevisiae ในสภาพแวดล้อมที่มีไนโตรเจนต่ำ เช่น กากน้ำตาล นอกจากนี้การวิเคราะห์ยีนพบญาติเสริมในยีนที่เชื่อมโยงกับเยื่อหุ้มเซลล์ เยื่อ ผู้ที่เกี่ยวข้อง เมแทบอลิซึมของแหล่งคาร์บอนทางเลือก ( เช่น ไค n-acetylglucosamine , galactose แมนโนส และเอนไซม์แลคโตส ) และอ ซิโดรีดักเทส ( Curtin et al . , 2012b ) ที่น่าสนใจมากมายที่อุดมด้วยเมมเบรนยีนที่เกี่ยวข้องกับ ( เช่น รูปที่ 2 flo1 flo5 , flo9 hkr1 muc1 , , , ,. . . . . . . ) อาจเป็นประโยชน์เพื่อความอยู่รอดในไวน์หรือเบียร์ปีในถังไม้โอ๊ก ที่พวกเขาสามารถไกล่เกลี่ยการยึดเกาะของเซลล์ผนังภายในของถังและปกป้องพวกเขาจากการล้างออกในช่วงแรงดันสูง ( christiaens et al . , 2012 , โจเซฟ et al . , 2007 , verstrepen et al . , 2003b และ และ verstrepen คลิส 2549 ) เพิ่มเติมการเพิ่มคุณค่าในตัวอาจจะบรรเลงสำหรับการปรับตัวให้เข้ากับสภาพแวดล้อมธาตุอาหารค่อนข้างต่ำ . ( เชื้อสายเฉพาะ ) ซ้ําซ้อนอ ซิโดรีดักเทสยีนอาจสะท้อนให้เห็นถึงกลยุทธ์ที่พัฒนาขึ้นเพื่อให้อยู่รอดในภาวะที่ไร้อากาศชนิดที่มีความบกพร่องและความสามารถในการงอกใหม่ ( P ) และอาจจะอธิบาย ความสามารถของตนในการสร้างอะซิเตทภายใต้สภาวะแอโรบิก ,คุณลักษณะที่เกี่ยวข้องกับสิ่งที่เรียกว่า " custers " ผล ( CF . ส่วน 3.2.1.2.1 ) และการผลิตของสารประกอบอะโรมาติกที่สำคัญบางอย่าง ( เช่น isovaleric acid ) ( Curtin et al . , 2012b และ piskur et al . , 2012 )