3. Results and discussion3.1. Ident

3. Results and discussion
3.1. Identification of SS genes in vertebrates
To identify SS genes, we searched the genome databases of
different vertebrates and three invertebrates. New SS genes have
been discovered in teleost fish. Six SS gene candidates were
identified from the zebrafish genome database. Among them, SS1,
SS2, SS3 and SS4 were reported previously (Devos et al., 2002;
Tostivint et al., 2008), but somatostatin 5 (SS5) and somatostatin 6
(SS6) are newly discovered. Because zebrafish SS3, SS5 and SS6
cDNA sequences have not yet been confirmed by experiments, we
cloned and sequenced them (Fig. S1). Similar with the known SS
precursors, the newly described SS5 and SS6 precursors also contain
the mature peptides (SS-14) at their C-terminal (Fig. S1). A disulfide
linkage could be formed by two conserved Cys residues in these
mature peptides.
Five SS genes (excluding SS6) were also identified in the other
genome-sequenced teleost fish, including stickleback, medaka,Takifugu and Tetraodon (Text S1). Comparison of amino acid
sequences of each of these SS precursors among the five genomesequenced
teleost fish showed that the mature peptides SS-14 were
fully conserved in the SS1 and SS2 precursors, varied by two or three
amino acids in the SS3 and SS5 precursors and diverged by many more
amino acids in the SS4 precursors (Fig. 1). These data suggest that five
SS genes, instead of the three identified in previous research, exist in
most teleost fish species.
In the genome database of the elephant shark, two SS gene
candidates were found. The first SS gene was an SS2-like partial
sequence (genomic scaffold number: AAVX01232114.1) reported
previously (Tostivint et al., 2008). The shark SS2-like precursor
contains [Pro2]SS-14 (Pro2 is characteristic of SS2) at its C-terminal
and shares high sequence similarity with SS2 of other species,
indicating that it is a SS2 fragment (Fig. S2A). The second SS gene,
with a predicted complete ORF, is named as SS-like (genomic scaffold
number: AAVX01006550.1). Interestingly, the shark SS-like precursor,
which includes [Gly2]-SS-14 at its C-terminal, also shares the
highest sequence similarity to teleost fish SS2, though the overall
similarity is low. SS peptides derived from prepro-SS1 were purified
from sea lamprey by Andrews et al. in 1988, but no SS gene was
identified in the current sea lamprey genome database. It is likely thatthe sea lamprey SS gene is located at an unsequenced region. No SS
gene candidate has been identified in either sea squirts or lancelet
genomes.
We further searched the EST database, and found many previously
unreported prepro-SS sequences (Text S1). An EST sequence
(accession number: CO051340.1), which encodes a SS precursor
containing [Pro2]SS-14, was identified in another cartilaginous fish,
the little skate (Leucoraja erinacea). Interestingly, the skate [Pro2]SS-
14 precursor shares a higher sequence similarity to the shark SS-like
precursor containing [Gly2]SS-14 than it does to the shark SS2-like
precursor containing [Pro2]SS-14 (Fig. S2B). As shown in Fig. 2, the
skate [Pro2]SS-14 is only one amino acid away from the shark [Gly2]
SS-14 (Pro2→Gly2) but four amino acids away from the shark [Pro2]
SS-14. This data indicates that the skate [Pro2]SS-14 precursor is likely
a counterpart of the elephant shark SS-like precursor.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3. ผลการทดลองและการอภิปราย
3.1 บัตรประจำตัวของยีนเอสเอสในสัตว์มีกระดูกสันหลัง
ในการระบุยีนเอสเอสเราสืบค้นฐานข้อมูลจีโนมของ
สัตว์มีกระดูกสันหลังที่แตกต่างกันและสามสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลัง ยีนเอสเอสใหม่ได้
รับการค้นพบในปลา teleost เอสเอสหกผู้สมัครยีน
ระบุจากฐานข้อมูลจีโนม zebrafish ในหมู่พวกเขา SS1,
SS2, SS3 และ SS4 ได้รับรายงานก่อนหน้านี้ (Devos, et al., 2002;
. Tostivint et al, 2008) แต่ somatostatin 5 (SS5) และ somatostatin 6
(SS6) ถูกค้นพบใหม่ เพราะ zebrafish SS3, SS5 และ SS6
cDNA ลำดับยังไม่ได้รับการยืนยันจากการทดลองเรา
โคลนและหาลำดับพวกเขา (รูป. S1) คล้ายกันกับเอสเอสที่รู้จักกัน
สารตั้งต้นที่อธิบายใหม่ SS5 และสารตั้งต้น SS6 ยังมี
เปปไทด์ที่เป็นผู้ใหญ่ (SS-14) ที่พวกเขา c- ขั้ว (รูป. S1) ซัลไฟด์
เชื่อมโยงอาจจะเกิดขึ้นจากสองป่าสงวนตกค้าง Cys เหล่านี้
เปปไทด์ที่เป็นผู้ใหญ่.
ห้ายีนเอสเอส (ไม่รวม SS6) นอกจากนี้ยังมีการระบุในอื่น ๆ
จีโนมติดใจปลา teleost รวมทั้ง stickleback, Medaka, Takifugu และ Tetraodon (Text S1) เปรียบเทียบของกรดอะมิโน
ลำดับของแต่ละเหล่านี้สารตั้งต้นเอสเอสในห้า genomesequenced
ปลา teleost แสดงให้เห็นว่าเปปไทด์ที่เป็นผู้ใหญ่ SS-14 ได้รับการ
อนุรักษ์อย่างเต็มที่ในการ SS1 และ SS2 สารตั้งต้นแตกต่างกันโดยสองหรือสาม
กรดอะมิโนใน SS3 และ SS5 สารตั้งต้นและแยก อื่น ๆ อีกมากมายโดย
กรดอะมิโนในสารตั้งต้น SS4 (รูปที่ 1). ข้อมูลเหล่านี้ชี้ให้เห็นว่าห้า
ยีนเอสเอสแทนของทั้งสามที่ระบุไว้ในการวิจัยก่อนหน้านี้ที่มีอยู่ใน
สายพันธุ์ปลา teleost.
ในฐานข้อมูลจีโนมของปลาฉลามช้างสอง SS ยีน
ผู้สมัครที่ได้พบ ยีนเอสเอสเป็นครั้งแรก SS2 เหมือนบางส่วน
ลำดับ (จำนวนนั่งร้านจีโนม: AAVX01232114.1) รายงาน
ก่อนหน้านี้ (Tostivint et al, 2008). ผู้นำฉลาม SS2 เหมือน
มี [Pro2] SS-14 (Pro2 เป็นลักษณะของ SS2) ที่ C ขั้วของมัน
และหุ้นคล้ายคลึงกันลำดับสูงที่มี SS2 ของสายพันธุ์อื่น ๆ ที่
แสดงให้เห็นว่ามันเป็นส่วน SS2 (รูป. S2A) ยีนเอสเอสที่สอง
กับ ORF สมบูรณ์คาดการณ์มีชื่อเป็น SS-Like (จีโนมนั่งร้าน
จำนวน: AAVX01006550.1) ที่น่าสนใจฉลาม SS-เช่นสารตั้งต้น
ซึ่งรวมถึง [Gly2] -SS-14 ในของ C-terminal, นอกจากนี้ยังมีหุ้น
คล้ายคลึงกันลำดับสูงสุดเพื่อ teleost SS2 ปลา แต่โดยรวม
ความคล้ายคลึงกันอยู่ในระดับต่ำ เปปไทด์เอสเอสที่ได้มาจาก prepro-SS1 บริสุทธิ์
จากปลาทูนาทะเลโดยแอนดรู, et al ในปี 1988 แต่ไม่มียีนเอสเอสได้รับการ
ระบุไว้ในฐานข้อมูลปัจจุบันทะเลปลาทูนาจีโนม มันอาจเป็นไป thatthe ทะเลปลาทูนาเอสเอสยีนตั้งอยู่ในภูมิภาค unsequenced เอสเอสไม่มี
ผู้สมัครยีนได้รับการระบุทั้งในเพรียงทะเลหรือ lancelet
จีโนม.
เรายังผลการสืบค้นฐานข้อมูล EST และพบว่าหลายคนก่อนหน้านี้
ได้รับรายงานลำดับ prepro-SS (Text S1) ลำดับ EST
(หมายเลขภาคยานุวัติ: CO051340.1) ซึ่งเป็นสารตั้งต้น encodes เอสเอส
ที่มี [Pro2] SS-14 ที่ถูกระบุในกระดูกอ่อนปลาอีก
สเก็ตเล็ก ๆ น้อย ๆ (Leucoraja erinacea) ที่น่าสนใจเล่นสเก็ต [Pro2] SS-
หุ้น 14 ปูชนียบุคคลความคล้ายคลึงกันลำดับที่สูงขึ้นเพื่อฉลาม SS-เช่น
สารตั้งต้นที่มี [Gly2] SS-14 กว่าจะฉลาม SS2 เหมือน
สารตั้งต้นที่มี [Pro2] SS-14 (รูปที่ S2B) ดังแสดงในรูป 2,
สเก็ต [Pro2] SS-14 เป็นเพียงหนึ่งในกรดอะมิโนออกไปจากปลาฉลาม [Gly2]
SS-14 (Pro2 → Gly2) แต่สี่กรดอะมิโนออกไปจากปลาฉลาม [Pro2]
SS-14 ข้อมูลนี้จะแสดงให้เห็นว่าสเก็ต [Pro2] SS-14 สารตั้งต้นมีแนวโน้มที่
คู่ของช้างฉลาม SS-เช่นสารตั้งต้น