3. Results and discussion3.1. Ident

3. Results and discussion
3.1. Identification of SS genes in vertebrates
To identify SS genes, we searched the genome databases of
different vertebrates and three invertebrates. New SS genes have
been discovered in teleost fish. Six SS gene candidates were
identified from the zebrafish genome database. Among them, SS1,
SS2, SS3 and SS4 were reported previously (Devos et al., 2002;
Tostivint et al., 2008), but somatostatin 5 (SS5) and somatostatin 6
(SS6) are newly discovered. Because zebrafish SS3, SS5 and SS6
cDNA sequences have not yet been confirmed by experiments, we
cloned and sequenced them (Fig. S1). Similar with the known SS
precursors, the newly described SS5 and SS6 precursors also contain
the mature peptides (SS-14) at their C-terminal (Fig. S1). A disulfide
linkage could be formed by two conserved Cys residues in these
mature peptides.
Five SS genes (excluding SS6) were also identified in the other
genome-sequenced teleost fish, including stickleback, medaka,Takifugu and Tetraodon (Text S1). Comparison of amino acid
sequences of each of these SS precursors among the five genomesequenced
teleost fish showed that the mature peptides SS-14 were
fully conserved in the SS1 and SS2 precursors, varied by two or three
amino acids in the SS3 and SS5 precursors and diverged by many more
amino acids in the SS4 precursors (Fig. 1). These data suggest that five
SS genes, instead of the three identified in previous research, exist in
most teleost fish species.
In the genome database of the elephant shark, two SS gene
candidates were found. The first SS gene was an SS2-like partial
sequence (genomic scaffold number: AAVX01232114.1) reported
previously (Tostivint et al., 2008). The shark SS2-like precursor
contains [Pro2]SS-14 (Pro2 is characteristic of SS2) at its C-terminal
and shares high sequence similarity with SS2 of other species,
indicating that it is a SS2 fragment (Fig. S2A). The second SS gene,
with a predicted complete ORF, is named as SS-like (genomic scaffold
number: AAVX01006550.1). Interestingly, the shark SS-like precursor,
which includes [Gly2]-SS-14 at its C-terminal, also shares the
highest sequence similarity to teleost fish SS2, though the overall
similarity is low. SS peptides derived from prepro-SS1 were purified
from sea lamprey by Andrews et al. in 1988, but no SS gene was
identified in the current sea lamprey genome database. It is likely thatthe sea lamprey SS gene is located at an unsequenced region. No SS
gene candidate has been identified in either sea squirts or lancelet
genomes.
We further searched the EST database, and found many previously
unreported prepro-SS sequences (Text S1). An EST sequence
(accession number: CO051340.1), which encodes a SS precursor
containing [Pro2]SS-14, was identified in another cartilaginous fish,
the little skate (Leucoraja erinacea). Interestingly, the skate [Pro2]SS-
14 precursor shares a higher sequence similarity to the shark SS-like
precursor containing [Gly2]SS-14 than it does to the shark SS2-like
precursor containing [Pro2]SS-14 (Fig. S2B). As shown in Fig. 2, the
skate [Pro2]SS-14 is only one amino acid away from the shark [Gly2]
SS-14 (Pro2→Gly2) but four amino acids away from the shark [Pro2]
SS-14. This data indicates that the skate [Pro2]SS-14 precursor is likely
a counterpart of the elephant shark SS-like precursor.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3. ผล และการอภิปราย3.1. รหัสของ SS ยีนในสัตว์มีกระดูกสันหลังการระบุยีน SS เราค้นหาฐานข้อมูลจีโนมที่ของสัตว์มีกระดูกสันหลังแตกต่างกันและไม่มีกระดูกสันหลังที่สาม มียีน SS ใหม่การค้นพบในปลา teleost ถูกหก SS ยีนผู้สมัครระบุว่าจากฐานข้อมูลจีโนมที่ปลาม้าลาย ในหมู่พวกเขา SS1SS2, SS3 และ SS4 มีรายงานก่อนหน้านี้ (Devos et al. 2002Tostivint et al. 2008), แต่ somatostatin 5 (SS5) และ somatostatin 6(SS6) ถูกค้นพบใหม่ เนื่องจากปลาม้าลาย SS3, SS5 และ SS6ลำดับ cDNA ได้ไม่ได้รับการยืนยัน โดยการทดลอง เราโคลน และเรียงลำดับได้ (มะเดื่อ S1) คล้ายกับ SS ทราบสารตั้งต้น สารตั้งต้น SS5 และ SS6 อธิบายใหม่ประกอบด้วยเปปไทด์แก่ ๆ (SS-14) ที่ตัว C- (มะเดื่อ S1) ซัลไฟด์เป็นเชื่อมโยงอาจเกิดขึ้น โดยสองตกค้าง Cys ภัตในเหล่านี้เปปไทด์ผู้ใหญ่ยังมีระบุยีน SS ห้ายกเว้น SS6) ในอีกเรียงลำดับจีโนมที่ teleost ปลา รวมทั้ง stickleback, medaka, Takifugu และปลาปักเป้า (S1 ข้อความ) เปรียบเทียบกรดอะมิโนลำดับของแต่ละสารตั้งต้นเหล่านี้ SS ในหมู่ genomesequenced ห้าปลา teleost แสดงให้เห็นว่า เปปไทด์แก่ ๆ SS-14เต็มอยู่ใน SS1 และ SS2 เพื่อกระตุ้น แตกต่างกันสองหรือสามกรดอะมิโนใน SS3 และ SS5 เพื่อกระตุ้น และแยกออก โดยมากกรดอะมิโนใน SS4 กระตุ้น (1 รูป) ข้อมูลเหล่านี้แนะนำว่า ห้าSS ยีน แทนสามที่ระบุไว้ในงานวิจัยก่อนหน้านี้ ที่มีอยู่ในส่วนใหญ่ teleost ปลาในฐานข้อมูลจีโนมที่ของช้างฉลาม ยีนสอง SSพบผู้สมัคร ยีน SS แรกถูกเป็นบางส่วนเหมือน SS2ลำดับ (หมายเลขนั่งร้านออก: AAVX01232114.1) รายงานก่อนหน้านี้ (Tostivint et al. 2008) สารตั้งต้น SS2 เหมือนปลาฉลามประกอบด้วย SS [Pro2] -14 (Pro2 เป็นลักษณะของ SS2) ที่ของ C-และหุ้นลำดับสูงคล้ายคลึงกับ SS2 ของสายพันธุ์อื่น ๆแสดงว่า มันอยู่ส่วน SS2 (มะเดื่อ S2A) SS สองยีนมี ORF สมบูรณ์คาดการณ์ มีชื่อเป็นเหมือน SS (ออกนั่งร้านหมายเลข: AAVX01006550.1) เรื่องน่าสนใจ ฉลามเหมือน SS สารตั้งต้นที่หมายถึง [Gly2] - SS - 14 ที่ตัว C- นอกจากนี้หุ้นสูงที่สุดลำดับความคล้ายคลึงกับปลา teleost SS2 แม้ว่าโดยรวมความคล้ายคลึงกันอยู่ในระดับต่ำ เปปไทด์ SS มาจาก prepro-SS1 ที่บริสุทธิ์จากปลาแลมป์เพรย์ทะเลโดยแอนดรู et al. 1988 แต่ SS ไม่มี ยีนเป็นพบในฐานข้อมูลจีโนมที่ปลาแลมป์เพรย์ทะเลปัจจุบัน มีโอกาสที่ยีนปลาแลมป์เพรย์ทะเล SS อยู่ที่บริเวณ unsequenced ไม่มี SSผู้สมัครที่ยีนพบในทะเลเพรียงหัวหอมหรือ lanceletgenomesเราเพิ่มเติมค้นหาฐานข้อมูล EST และพบหลายก่อนหน้านี้ลำดับ prepro SS ไม่ถูกรายงาน (S1 ข้อความ) มีลำดับ EST(เลขทะเบียน: CO051340.1), ซึ่ง encodes ปูชนียบุคคล SSประกอบด้วย SS [Pro2] -14 พบในปลากระดูกอ่อนที่อื่นเล่นสเก็ตตัวน้อย (Leucoraja erinacea) เรื่องน่าสนใจ สเก็ต [Pro2] SS -สารตั้งต้นที่ 14 หุ้นที่สูงลำดับคล้ายคลึงกับฉลามเหมือน SSสารตั้งต้นที่ประกอบด้วย SS [Gly2] -14 ไม่เหมือนกับปลาฉลามเหมือน SS2สารตั้งต้นที่ประกอบด้วย [Pro2] SS-14 (มะเดื่อ S2B) ดังแสดงในรูป 2 การเล่นสเก็ต [Pro2] SS-14 เป็นกรดอะมิโนเดียวห่างจากฉลาม [Gly2]SS-14 (Pro2→Gly2) แต่กรดอะมิโนที่สี่ห่างจากฉลาม [Pro2]SS-14 ข้อมูลนี้บ่งชี้ว่า สารตั้งต้นเล่นสเก็ต [Pro2] SS-14 มีแนวโน้มเป็นคู่ของช้างฉลาม SS เหมือนปูชนียบุคคล

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3. ผลการทดลองและการอภิปราย
3.1 บัตรประจำตัวของยีนเอสเอสในสัตว์มีกระดูกสันหลัง
ในการระบุยีนเอสเอสเราสืบค้นฐานข้อมูลจีโนมของ
สัตว์มีกระดูกสันหลังที่แตกต่างกันและสามสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลัง ยีนเอสเอสใหม่ได้
รับการค้นพบในปลา teleost เอสเอสหกผู้สมัครยีน
ระบุจากฐานข้อมูลจีโนม zebrafish ในหมู่พวกเขา SS1,
SS2, SS3 และ SS4 ได้รับรายงานก่อนหน้านี้ (Devos, et al., 2002;
. Tostivint et al, 2008) แต่ somatostatin 5 (SS5) และ somatostatin 6
(SS6) ถูกค้นพบใหม่ เพราะ zebrafish SS3, SS5 และ SS6
cDNA ลำดับยังไม่ได้รับการยืนยันจากการทดลองเรา
โคลนและหาลำดับพวกเขา (รูป. S1) คล้ายกันกับเอสเอสที่รู้จักกัน
สารตั้งต้นที่อธิบายใหม่ SS5 และสารตั้งต้น SS6 ยังมี
เปปไทด์ที่เป็นผู้ใหญ่ (SS-14) ที่พวกเขา c- ขั้ว (รูป. S1) ซัลไฟด์
เชื่อมโยงอาจจะเกิดขึ้นจากสองป่าสงวนตกค้าง Cys เหล่านี้
เปปไทด์ที่เป็นผู้ใหญ่.
ห้ายีนเอสเอส (ไม่รวม SS6) นอกจากนี้ยังมีการระบุในอื่น ๆ
จีโนมติดใจปลา teleost รวมทั้ง stickleback, Medaka, Takifugu และ Tetraodon (Text S1) เปรียบเทียบของกรดอะมิโน
ลำดับของแต่ละเหล่านี้สารตั้งต้นเอสเอสในห้า genomesequenced
ปลา teleost แสดงให้เห็นว่าเปปไทด์ที่เป็นผู้ใหญ่ SS-14 ได้รับการ
อนุรักษ์อย่างเต็มที่ในการ SS1 และ SS2 สารตั้งต้นแตกต่างกันโดยสองหรือสาม
กรดอะมิโนใน SS3 และ SS5 สารตั้งต้นและแยก อื่น ๆ อีกมากมายโดย
กรดอะมิโนในสารตั้งต้น SS4 (รูปที่ 1). ข้อมูลเหล่านี้ชี้ให้เห็นว่าห้า
ยีนเอสเอสแทนของทั้งสามที่ระบุไว้ในการวิจัยก่อนหน้านี้ที่มีอยู่ใน
สายพันธุ์ปลา teleost.
ในฐานข้อมูลจีโนมของปลาฉลามช้างสอง SS ยีน
ผู้สมัครที่ได้พบ ยีนเอสเอสเป็นครั้งแรก SS2 เหมือนบางส่วน
ลำดับ (จำนวนนั่งร้านจีโนม: AAVX01232114.1) รายงาน
ก่อนหน้านี้ (Tostivint et al, 2008). ผู้นำฉลาม SS2 เหมือน
มี [Pro2] SS-14 (Pro2 เป็นลักษณะของ SS2) ที่ C ขั้วของมัน
และหุ้นคล้ายคลึงกันลำดับสูงที่มี SS2 ของสายพันธุ์อื่น ๆ ที่
แสดงให้เห็นว่ามันเป็นส่วน SS2 (รูป. S2A) ยีนเอสเอสที่สอง
กับ ORF สมบูรณ์คาดการณ์มีชื่อเป็น SS-Like (จีโนมนั่งร้าน
จำนวน: AAVX01006550.1) ที่น่าสนใจฉลาม SS-เช่นสารตั้งต้น
ซึ่งรวมถึง [Gly2] -SS-14 ในของ C-terminal, นอกจากนี้ยังมีหุ้น
คล้ายคลึงกันลำดับสูงสุดเพื่อ teleost SS2 ปลา แต่โดยรวม
ความคล้ายคลึงกันอยู่ในระดับต่ำ เปปไทด์เอสเอสที่ได้มาจาก prepro-SS1 บริสุทธิ์
จากปลาทูนาทะเลโดยแอนดรู, et al ในปี 1988 แต่ไม่มียีนเอสเอสได้รับการ
ระบุไว้ในฐานข้อมูลปัจจุบันทะเลปลาทูนาจีโนม มันอาจเป็นไป thatthe ทะเลปลาทูนาเอสเอสยีนตั้งอยู่ในภูมิภาค unsequenced เอสเอสไม่มี
ผู้สมัครยีนได้รับการระบุทั้งในเพรียงทะเลหรือ lancelet
จีโนม.
เรายังผลการสืบค้นฐานข้อมูล EST และพบว่าหลายคนก่อนหน้านี้
ได้รับรายงานลำดับ prepro-SS (Text S1) ลำดับ EST
(หมายเลขภาคยานุวัติ: CO051340.1) ซึ่งเป็นสารตั้งต้น encodes เอสเอส
ที่มี [Pro2] SS-14 ที่ถูกระบุในกระดูกอ่อนปลาอีก
สเก็ตเล็ก ๆ น้อย ๆ (Leucoraja erinacea) ที่น่าสนใจเล่นสเก็ต [Pro2] SS-
หุ้น 14 ปูชนียบุคคลความคล้ายคลึงกันลำดับที่สูงขึ้นเพื่อฉลาม SS-เช่น
สารตั้งต้นที่มี [Gly2] SS-14 กว่าจะฉลาม SS2 เหมือน
สารตั้งต้นที่มี [Pro2] SS-14 (รูปที่ S2B) ดังแสดงในรูป 2,
สเก็ต [Pro2] SS-14 เป็นเพียงหนึ่งในกรดอะมิโนออกไปจากปลาฉลาม [Gly2]
SS-14 (Pro2 → Gly2) แต่สี่กรดอะมิโนออกไปจากปลาฉลาม [Pro2]
SS-14 ข้อมูลนี้จะแสดงให้เห็นว่าสเก็ต [Pro2] SS-14 สารตั้งต้นมีแนวโน้มที่
คู่ของช้างฉลาม SS-เช่นสารตั้งต้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3 . ผลและการอภิปราย3.1 . การจำแนกชนิดของยีนในสัตว์มีกระดูกสันหลัง SSการระบุยีน SS เราค้นฐานข้อมูลจีโนมสัตว์มีกระดูกสันหลังและสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังต่าง ๆ 3 . ยีน SS ใหม่ถูกค้นพบใน teleost ปลา 6 ) ผู้สมัครมี SSระบุจากฐานข้อมูลจีโนมปลาม้าลาย . ss1 ในหมู่พวกเขา ,ss2 SS3 ss4 , และมีรายงานก่อนหน้านี้ ( ดีโวส์ et al . , 2002 ;tostivint et al . , 2008 ) แต่โซมาโตสแตติน 5 ( ss5 ) และโซมาโตสแตติน 6( ss6 ) ที่เพิ่งค้นพบ เพราะ ss5 ss6 SS3 และปลาม้าลาย ,ดีเอ็นเอลำดับยังไม่ได้ถูกยืนยันโดยการทดลอง เราสามารถทำการได้ ( ภาพที่ S1 ) คล้ายคลึงกับรู้จัก SSตั้งต้น , ใหม่และอธิบาย ss5 ss6 ตั้งต้น ก็จะมีผู้ใหญ่เปปไทด์ ( ss-14 ) ที่ซึ่ง ( ภาพที่ S1 ) เป็นไดซัลไฟด์การเชื่อมโยงอาจจะเกิดขึ้นจากสองอนุรักษ์ภาวะตกค้างเหล่านี้mature เปปไทด์ห้า SS ยีน ( ไม่รวม ss6 ) ยังระบุในอื่น ๆลำดับจีโนม teleost ปลา รวมทั้ง stickleback เมดากะนิตยสารดนตรี , และ , วัดอุโมงค์ ( ข้อความ S1 ) การเปรียบเทียบกรดอะมิโนลำดับของแต่ละเหล่านี้ในห้า genomesequenced ตั้งต้น SSteleost ปลา พบว่า ผู้ใหญ่ ss-14 เป็นเปปไทด์สามารถอย่างเต็มที่ใน ss1 ss2 และสารตั้งต้นที่แตกต่างกัน โดยสองหรือสามกรดอะมิโนใน SS3 ss5 และสารตั้งต้นและแยกออกจากหลายเพิ่มเติมกรดอะมิโนใน ss4 ตั้งต้น ( รูปที่ 1 ) ข้อมูลเหล่านี้ชี้ให้เห็นว่า ห้ายีน SS แทนสามระบุในงานวิจัยก่อนหน้านี้ที่มีอยู่ในปลา teleost ที่สุดในฐานข้อมูลจีโนมของช้างฉลาม 2 SS ยีนผู้สมัครที่พบ ยีน SS แรกเป็น ss2 เป็นบางส่วนลำดับ ( genomic นั่งร้านเลขที่ : aavx01232114.1 ) รายงานก่อนหน้านี้ ( tostivint et al . , 2008 ) ฉลาม ss2 เหมือนสารตั้งต้นมี [ ] ss-14 Pro2 ( Pro2 เป็นลักษณะของ ss2 ) ที่ซึ่งและหุ้นที่มีความเหมือนกับ ss2 ลำดับของชนิดอื่น ๆระบุว่าเป็น ss2 ส่วน ( รูปที่ s2a ) ยีนส 2กับคาดการณ์ ORF สมบูรณ์ มีชื่อเป็น SS ชอบนั่งร้าน ( จีโนมเลขที่ : aavx01006550.1 ) ทั้งนี้ ฉลาม SS เหมือนโปรตีนซึ่งรวมถึง [ gly2 ] - ss-14 ที่ซึ่งยังแบ่งปันความเหมือนของลำดับสูงสุด teleost ปลา ss2 แม้ว่าโดยรวมความเหมือนในระดับต่ำ เปปไทด์ที่ได้มาจาก prepro-ss1 มีความบริสุทธิ์ SSจากทะเล อซาโมอาห์ กียาน โดยแอนดรู et al . ในปี 1988 แต่ไม่มี SS ยีนคือระบุว่าในปัจจุบันทะเลอซาโมอาห์ กียาน ( ฐานข้อมูล มันมีแนวโน้มว่า ทะเลปลาแลมป์เพรย์ SS ยีนตั้งอยู่ในเขต unsequenced . ไม่มี SSยีนได้รับการระบุในผู้สมัครทั้งหอยเม่น หรือ lanceletยีนส์ใหม่ .เราเพิ่มเติมสืบค้น EST และพบมากก่อนหน้านี้แต่ prepro SS ลำดับ ( ข้อความ S1 ) เป็นลำดับและ( หนังสือเลขที่ : co051340.1 ) ซึ่งเป็นสารตั้งต้นของ Intel SSที่มี [ ] ss-14 Pro2 , ถูกระบุในปลากระดูกอ่อนอีก ,เล่นสเก็ตเล็ก ๆน้อย ๆ ( leucoraja erinacea ) น่าสนใจ , เล่นสเก็ต [ Pro2 - ] SS14 เจ้าของหุ้นที่สูงลำดับเหมือนฉลาม SS เช่นสารตั้งต้นที่มี [ gly2 ] ss-14 มากกว่าที่ไม่ได้ ss2 เหมือนฉลามสารตั้งต้นที่มี [ ] ss-14 Pro2 ( รูปที่ s2b ) ดังแสดงในรูปที่ 2 ,เล่นสเก็ต [ ] ss-14 Pro2 เป็นเพียงหนึ่งในกรดอะมิโนห่างจากปลาฉลาม [ gly2 ]ss-14 ( Pro2 → keyboard - key - name gly2 ) แต่สี่กรดอะมิโนห่างจากปลาฉลาม [ Pro2 ]ss-14 . ข้อมูลนี้บ่งชี้ว่าสเก็ต [ Pro2 ss-14 สารตั้งต้นมีโอกาส ]คู่ของช้างฉลาม SS เหมือนเจ้าของ .