Variant calling/Variant calling was

Variant calling/Variant calling was done following the Genome Analysis ToolKit (GATK, RRID:SCR_001876) best practice guidelines (Van der Auwera et al., 2013) with modifications detailed below. Given the aneuploidy of Leishmania, we considered individual somies per chromosome and isolate: the GATK ‘HaplotypeCaller’ (RRID:SCR_001876, v3.4–0, DePristo et al., 2011) was used with the parameters ‘–sample_ploidy SOMY -dt NONE –annotateNDA’ and additionally all-sites files were generated by adding the additional flag ‘-ERC BP_RESOLUTION’ to the above HaplotypeCaller command. Individual vcf files (by chromosome and isolate) were processed, filtered and combined with custom made scripts implementing the following steps: only SNPs outside masked regions (see ‘Reference Genome Masking’) were extracted; SNPs were hard filtered excluding genotypes failing to pass at least one of the following criteria: DP > = 5*SOMY, DP = -3.1, BaseQRankSum < = 3.1 AND BaseQRankSum > = -3.1, MQRankSum < = 3.1 AND MQRankSum > = -3.1, ClippingRankSum < = 3.1 AND ClippingRankSum > = -3.1, An additional masking was applied, based on the all-sites base quality information output by GATK HaplotypeCaller (RRID:SCR_001876, v3.4–0, DePristo et al., 2011): DP > = 5*SOMY, DP < = 1.75* (chromosome median read depth) and GQ > = 10. Resulting samples were combined and SNPs with all reference or missing genotypes were removed.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การเรียกตัวแปร/ การเรียกตัวแปรทำได้ตามแนวทางปฏิบัติที่ดีที่สุดของชุดเครื่องมือวิเคราะห์จีโนม (GATK, RRID:SCR_001876) (Van der Auwera et al., 2013) โดยมีรายละเอียดการแก้ไขด้านล่าง เมื่อพิจารณาถึง aneuploidy ของ Leishmania เราจึงพิจารณา somies แต่ละตัวต่อโครโมโซมและแยก: GATK 'HaplotypeCaller' (RRID:SCR_001876, v3.4–0, DePristo et al., 2011) ถูกนำมาใช้กับพารามิเตอร์ '–sample_ploidy SOMY -dt NONE –annotateNDA' และไฟล์ทุกไซต์เพิ่มเติมถูกสร้างขึ้นโดยการเพิ่มแฟล็กเพิ่มเติม '-ERC BP_RESOLUTION' ให้กับคำสั่ง HaplotypeCaller ข้างต้น ไฟล์ vcf แต่ละไฟล์ (โดยโครโมโซมและแยก) ได้รับการประมวลผล กรอง และรวมกับสคริปต์ที่สร้างขึ้นเองโดยใช้ขั้นตอนต่อไปนี้: เฉพาะ SNP ที่อยู่นอกขอบเขตที่ถูกมาสก์ (ดู 'การมาสก์จีโนมอ้างอิง') เท่านั้นที่ถูกแยกออกมา; SNP ได้รับการกรองอย่างหนัก ยกเว้นจีโนไทป์ที่ไม่ผ่านเกณฑ์อย่างน้อยหนึ่งเกณฑ์ต่อไปนี้: DP > = 5*SOMY, DP = -3.1, BaseQRankSum < = 3.1 AND BaseQRankSum > = -3.1, MQRankSum < = 3.1 และ MQRankSum > = -3.1 , ClippingRankSum < = 3.1 และ ClippingRankSum > = -3.1 มีการนำการมาสก์เพิ่มเติมมาใช้ โดยอิงตามเอาต์พุตข้อมูลคุณภาพพื้นฐานทุกไซต์โดย GATK HaplotypeCaller (RRID:SCR_001876, v3.4–0, DePristo et al., 2011): DP > = 5*SOMY, DP < = 1.75* (ค่ามัธยฐานการอ่านโครโมโซม) และ GQ > = 10 ตัวอย่างผลลัพธ์ถูกรวมเข้าด้วยกันและ SNP ที่มีการอ้างอิงทั้งหมดหรือจีโนไทป์ที่หายไปถูกลบออก

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การเรียกตัวแปร /
การเรียกตัวแปรจะดำเนินการตาม Genomic Analysis Kit (GATK, RRID: SCR_001876) แนวทางปฏิบัติที่ดีที่สุด (Fan der Auwera et al. 2013) โดยมีรายละเอียดการปรับเปลี่ยนดังต่อไปนี้ เมื่อพิจารณาจากพยาธิโอลิชมาเนียที่ไม่เต็มตัว เราพิจารณาโครโมโซมของแต่ละบุคคลของแต่ละโครโมโซมและแยก: GATK "Single Caller" (RRID: SCR_001876, v3.4-0, DePristo et al. 2011) ใช้กับพารามิเตอร์ "-sample_ploidy SOMY-dt NONE - annotatedNDA" นอกจากนี้ไฟล์ไซต์ทั้งหมดถูกสร้างขึ้นโดยการเพิ่มธงเพิ่มเติม "-ERC BP_RESOLUTION" ในคำสั่งผู้โทรแบบดูเพล็กซ์ข้างต้น การประมวลผลการกรองไฟล์ vcf เดี่ยว (ผ่านโครโมโซมและการแยก) และรวมกับสคริปต์ที่กำหนดเองเพื่อให้บรรลุขั้นตอนต่อไปนี้: สกัดเฉพาะ SNP นอกพื้นที่กำบัง (ดู "การอ้างอิงจีโนมกำบัง"); การคัดกรองอย่างหนักของ SNPs ไม่รวมจีโนไทป์ที่ล้มเหลวในการผ่านเกณฑ์อย่างน้อยหนึ่งข้อต่อไปนี้: DP> = 5 * SOMY, DP = -3.1, BaseQRankSum <= 3.1 AND BaseQRankSum> = -31, MQRankSum <= 3.1 AND

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การเรียกตัวแปร /
การเรียกตัวแปรจะดําเนินการตามแนวทางปฏิบัติที่ดีที่สุดสําหรับชุดเครื่องมือวิเคราะห์จีโนม( GATK,RRID:SCR _ 001876 ) ( Van der Auwera et al.,2013 )แก้ไขดังต่อไปนี้ เมื่อพิจารณาถึงความไม่สมบูรณ์ของleishmaniaเราได้พิจารณาโครโมโซมแต่ละโครโมโซมสําหรับแต่ละโครโมโซมและสายพันธุ์ที่แยกได้: GATK " haploid caller " ( RRID:SCR _ 001876,v3.4-0,DePristo et al.,2011 )ใช้ร่วมกับพารามิเตอร์" -ตัวอย่าง_ haploid-dt NONE-annotateNDA "นอกจากนี้ยังสร้างไฟล์ตําแหน่งทั้งหมดโดยการเพิ่มเครื่องหมายเพิ่มเติมในคําสั่งaploid " - ERC BP _ RESOLUTION " ไฟล์vcfเดียว(ผ่านโครโมโซมและแยก)ได้รับการประมวลผลและกรองและรวมกับสคริปต์ที่กําหนดเองซึ่งใช้ขั้นตอนต่อไปนี้:ดึงเฉพาะSNPที่อยู่นอกพื้นที่แฝง(ดู"การแฝงจีโนมอ้างอิง" ); SNPได้รับการคัดกรองอย่างเคร่งครัดโดยไม่รวมถึงความล้มเหลวในการผ่านจีโนไทป์อย่างน้อยหนึ่งตัวดังต่อไปนี้: DP > = 5 * SOMY,DP =-3.1,baseQRankSum < =3.1และbaseQRankSum > =-3.1,MQRankSum < =3.1และMQRankSum > =-3.1, ClippingRankSum < =3.1และClippingRankSum > =-3.1ขึ้นอยู่กับข้อมูลคุณภาพฐานทั้งหมดที่ส่งออกโดยGATK HaplotypeCallerจะมีการใช้การป้องกันเพิ่มเติม( RRID:SCR _ 000 )และตัวอย่างที่ได้จากการรวมตัวอ้างอิงหรือgenotypeที่ขาดหายไปทั้งหมดจะถูกลบออก