The interaction of pyridoxine (Vita

The interaction of pyridoxine (Vitamin B6) with bovine serum albumin (BSA) is investigated under
pseudo-physiological conditions by UV–Vis, fluorescence and FTIR spectroscopy. The intrinsic fluorescence
of BSA was quenched by VB6, which was rationalized in terms of the static quenching mechanism.
According to fluorescence quenching calculations, the bimolecular quenching constant (kq), dynamic
quenching (KSV) and static quenching (KLB) at 310 K were obtained. The efficiency of energy transfer
and the distance between the donor (BSA) and the acceptor (VB6) were calculated by Foster’s nonradiative
energy transfer theory and were equal to 41.1% and 2.11 nm.
The collected UV–Vis and fluorescence spectra were combined into a row-and column-wise augmented
matrix and resolved by multivariate curve resolution-alternating least squares (MCR-ALS). MCR-ALS
helped to estimate the stoichiometry of interactions, concentration profiles and pure spectra for three
species (BSA, VB6 and VB6-BSA complex) existed in the interaction procedure. Based on the MCR-ALS
results, using mass balance equations, a model was developed and binding constant of complex was calculated
using non-linear least squares curve fitting. FT-IR spectra showed that the conformation of proteins
was altered in presence of VB6. Finally, the combined docking and molecular dynamics (MD)
simulations were used to estimate the binding affinity of VB6 to BSA. Five-nanosecond MD simulations
were performed on bovine serum albumin (BSA) to study the conformational features of its ligand binding
site. From MD results, eleven BSA snapshots were extracted, at every 0.5 ns, to explore the binding
affinity (GOLD score) of VB6 using a docking procedure. MD simulations indicated that there is a considerable
flexibility in the structure of protein that affected ligand recognition. Structural analyses and docking
simulations indicated that VB6 binds to site I and GOLD score values depend on the conformations of
both BSA and ligand. Molecular modeling results showed that VB6–BSA complex formed not only on the
basis of electrostatic forces, but also on the basis of p–p staking and hydrogen bond. There was an excellent
agreement between the experimental and computational results. The results presented in this paper,
will offer a reference for detailed and systematic studies on the biological effects and action mechanism
of small molecules with proteins.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เป็นการตรวจสอบการโต้ตอบของไพริดอกซิ (วิตามินบี 6) กับวัว serum albumin (บีเอสเอ) ภายใต้สภาวะทางสรีรวิทยาหลอก โดยสเปกโทรสโก UV – Vis เรืองแสง และ FTIR เรืองแสงที่แท้จริงของบีเอสเอถูกดับ ด้วย VB6 ซึ่งถูก rationalized ในแง่ของกลไกการชุบแบบคงตามดับการคำนวณ bimolecular คงชุบ (kq) แบบเรืองแสงได้รับชุบ (KSV) และคงชุบ (KLB) ที่ 310 K ประสิทธิภาพของการถ่ายโอนพลังงานและคำนวณระยะทางระหว่างผู้บริจาค (บีเอสเอ) และให้เป็นผู้รับ (VB6) โดยฟอสเตอร์ของ nonradiativeพลังงานโอนทฤษฎี และเท่ากับ 41.1% และ 2.11 nmสเปกตรัม UV – Vis และเรืองแสงที่รวบรวมได้รวมกันเป็นแถว- และ column-wise เติมเต็มเมตริกซ์และตัวแปรพหุโค้งสลับความละเอียดอย่างน้อยสี่เหลี่ยม (MCR-ALS) MCR-ALSช่วยในการประเมิน stoichiometry โต้ตอบ ความเข้มข้นของโพรไฟล์ และสเปกตรัมบริสุทธิ์สามสายพันธุ์ (บีเอสเอ VB6 และ VB6-บีเอสเอคอมเพล็กซ์) อยู่ในกระบวนการปฏิสัมพันธ์กัน อิงจาก MCR-ALSผล ใช้การดุลสมการ พัฒนาแบบจำลอง และคำนวณค่าคงรวมของคอมเพล็กซ์ใช้กำลังสองน้อยสุดไม่ใช่เชิงเส้นโค้งที่เหมาะสม ฟุตอินฟราเรดสเปกตรัมแสดงให้เห็นว่าโครงสร้างของโปรตีนมีการเปลี่ยนแปลงใน VB6 ในที่สุด รวมอุปกรณ์ และโมเลกุล dynamics (MD)จำลองที่ใช้ในการประเมินความสัมพันธ์ผูกของ VB6 กับบีเอสเอ สถานการณ์จำลองของ MD ห้าระดับนาโนวินาทีได้ดำเนินการในวัว serum albumin (บีเอสเอ) ในการศึกษาคุณสมบัติของโครงสร้างรวมของลิแกนด์เว็บไซต์ จากผล MD สแนปช็อตของบีเอสเอสิบเอ็ดถูกสกัด ที่ทุก ๆ 0.5 ns การสำรวจการรวมความสัมพันธ์ (คะแนนทอง) ของ VB6 ใช้กระบวนงานเชื่อมต่อ MD จำลองระบุว่า มีมากมีความยืดหยุ่นในโครงสร้างของโปรตีนที่ได้รับผลกระทบการรับรู้ของลิแกนด์ การวิเคราะห์โครงสร้างและแท่นวางจำลองระบุว่า VB6 binds ไปยังไซต์ฉัน และค่าคะแนนทองขึ้นกับ conformations ของบีเอสเอและลิแกนด์ การสร้างแบบจำลองโมเลกุลผลการศึกษาพบว่า VB6 – บีเอสเอคอมเพล็กซ์เกิดขึ้นไม่เพียงแต่ในการพื้นฐาน ของไฟฟ้าสถิตแรง แต่ยังปักหลัก p – p และพันธะไฮโดรเจน มีดีเยี่ยมข้อตกลงระหว่างผลการทดลอง และการคำนวณ ผลการนำเสนอในกระดาษนี้จะมีการอ้างอิงสำหรับรายละเอียด และเป็นระบบการศึกษาผลกระทบทางชีวภาพและกลไกการดำเนินการของโมเลกุลขนาดเล็กที่มีโปรตีน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ปฏิสัมพันธ์ของไพริดอกซิ (Vitamin B6) กับวัวซีรั่มอัลบูมิ (BSA) จะตรวจสอบภายใต้
เงื่อนไขที่หลอกทางสรีรวิทยาโดย UV-Vis เรืองแสงและเครื่อง FTIR สีเรืองแสงที่แท้จริง
ของบีเอสเอได้รับการดับโดย VB6 ซึ่งเหตุผลในแง่ของกลไกการดับไฟฟ้าสถิตย์.
ตามการคำนวณดับเรืองแสง bimolecular ดับคงที่ (KQ) แบบไดนามิก
ดับ (KSV) และดับคงที่ (KLB) ที่ 310 เคลวิน ที่ได้รับ ประสิทธิภาพของการถ่ายโอนพลังงาน
และระยะห่างระหว่างผู้บริจาค (BSA) และใบเสร็จ (VB6) ถูกคำนวณโดย nonradiative ฟอสเตอร์
ทฤษฎีการถ่ายโอนพลังงานและเท่ากับ 41.1% และ 2.11 นาโนเมตร.
ที่เก็บรวบรวม UV Vis-และเรืองแสงสเปกตรัมถูกรวมกันเป็น แถวและคอลัมน์ที่ชาญฉลาดยิ่ง
เมทริกซ์และแก้ไขได้โดยการโค้งหลายตัวแปรละเอียดสลับน้อยสแควร์ (MCR-ALS) MCR-ALS
ช่วยในการประเมินปริมาณสารสัมพันธ์ของการมีปฏิสัมพันธ์โปรไฟล์ความเข้มข้นและสเปกตรัมบริสุทธิ์สาม
สายพันธุ์ (BSA, VB6 และ VB6-BSA ซับซ้อน) อยู่ในขั้นตอนการปฏิสัมพันธ์ ขึ้นอยู่กับ MCR-ALS
ผลโดยใช้สมการสมดุลมวลรุ่นได้รับการพัฒนาอย่างต่อเนื่องและมีผลผูกพันที่ซับซ้อนที่คำนวณ
โดยใช้ที่ไม่ใช่เชิงเส้นสี่เหลี่ยมน้อยเส้นโค้ง FT-IR สเปกตรัมแสดงให้เห็นว่าโครงสร้างของโปรตีน
ที่มีการเปลี่ยนแปลงในการปรากฏตัวของ VB6 สุดท้ายเชื่อมต่อรวมกันและการเปลี่ยนแปลงในระดับโมเลกุล (MD)
จำลองถูกนำมาใช้ในการประมาณความสัมพันธ์ผูกพันของ VB6 เพื่อ BSA จำลอง MD ห้า nanosecond
ได้ดำเนินการในซีรั่มอัลบูมิวัว (BSA) เพื่อศึกษาคุณสมบัติของโครงสร้างที่มีผลผูกพันของแกนด์
เว็บไซต์ จากผล MD, สิบเอ็ดภาพรวม BSA ถูกสกัดในทุก 0.5 NS, การสำรวจผลผูกพัน
ความสัมพันธ์ (คะแนนทอง) ของ VB6 โดยใช้ขั้นตอนการเทียบท่า จำลอง MD ชี้ให้เห็นว่ามีมาก
มีความยืดหยุ่นในโครงสร้างของโปรตีนที่ได้รับผลกระทบได้รับการยอมรับแกนด์ การวิเคราะห์โครงสร้างและการเชื่อมต่อ
แบบจำลองแสดงให้เห็นว่า VB6 ผูกกับเว็บไซต์ของฉันและทองค่าคะแนนขึ้นอยู่กับ conformations ของ
ทั้งบีเอสเอและแกนด์ ผลการสร้างแบบจำลองโมเลกุลพบว่า VB6-BSA ซับซ้อนที่เกิดขึ้นไม่เพียง แต่ใน
พื้นฐานของกองกำลังไฟฟ้าสถิต แต่ยังอยู่บนพื้นฐานของ P-P ปักหลักและพันธะไฮโดรเจน มียอดเยี่ยมเป็น
ข้อตกลงระหว่างผลการทดลองและการคำนวณ ผลที่นำเสนอในบทความนี้
จะนำเสนอข้อมูลอ้างอิงสำหรับการศึกษารายละเอียดและเป็นระบบเกี่ยวกับผลกระทบทางชีวภาพและกลไกการดำเนินการ
ของโมเลกุลขนาดเล็กที่มีโปรตีน