AbstractTinospora cordifolia, a med

Abstract

Tinospora cordifolia, a medicinal plant of economic importance, has very rich diversity and distributed across India growing in wild. However, for its judicious exploitation through targeted breeding program there is complete lack of genomic resources which is necessary for its desired utilization. In the present study, we have developed novel genomic-SSRs (g-SSR) markers, which due to their wider distribution across the genome find greater usefulness in assessing genetic diversity. For development of g-SSR markers, four microsatellite enriched libraries [(CT)14, (AC)10, (GT)12 and (AAC)8] were constructed from genomic DNA of T. cordifolia accession (IC-281965) by using a streptavidin-biotin based enrichment approach. The 536 random recombinant clones from the four SSR enriched libraries were further verified by colony PCR for the presence of insert. From such screening, 356 clones were found positive and were subjected to sequencing using Sanger sequencing method. The sequence analyses revealed that 114 clones (32%) were having SSR repeats. Further analysis, based on microsatellite library enrichment showed that 60% SSR repeats were found in clones from GT enriched libraries followed by 38%, 23% and 19% in CT, AAC and AC enriched libraries respectively. Altogether 90 SSR sequences were submitted to the National Center for Biotechnology Information (NCBI) with accession numbers from KT384079 to KT384168. For diversity study 42 primer pairs were designed and all primers reproducibly amplified across all accessions of T. cordifolia. However, when such markers were used in analysis for Tinospora rumphii and Tinospora sinensis, only 83.3% and 85.7% of the markers were transferred successfully. The alleles generated across 28 accessions of three Tinospora species were assessed for genetic relatedness and it grouped accessions into three major clusters suggesting sufficient diversity in Tinospora. The g-SSR markers generated in the present study are a valuable genomic resource for effective utilization in crop improvement of Tinospora germplasm.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อบอระเพ็ด สมุนไพรพืชเศรษฐกิจสำคัญ มีหลากหลายมาก และกระจายทั่วอินเดียที่เติบโตในป่า อย่างไรก็ตาม สำหรับการแสวงหาประโยชน์ส่วนผ่านโปรแกรมพันธุ์เป้าหมาย มีขาดทรัพยากรออกสมบูรณ์ซึ่งจำเป็นสำหรับการใช้ประโยชน์ที่ต้องการ ในการศึกษาปัจจุบัน เราได้พัฒนาเครื่องหมายนวนิยายออก-SSRs (g-SSR) ซึ่งเนื่องจากการกระจายของพวกเขากว้างทั่วจีโนหาประโยชน์มากในการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรม การพัฒนาเครื่องหมาย g SSR สี่ชนิด microsatellite อุดมไลบรารี [(CT) 14, (AC) 10, (GT) 12 และ (AAC) 8] ถูกสร้างขึ้นจากดีเอ็นเอออกของต. cordifolia ภาคยานุวัติ (IC 281965) โดยใช้วิธีการเพิ่มคุณค่าของ streptavidin-ไบโอตินคะแนน เพิ่มเติมถูกการตรวจสอบโคลน recombinant สุ่ม 536 จากไลบรารี SSR อุดมสี่ โดยอาณานิคม PCR ของแทรก จากการตรวจดังกล่าว โคลน 356 พบบวก และถูกจัดลำดับที่โดยใช้วิธีจัดลำดับ Sanger วิเคราะห์ลำดับเผยว่า โคลน 114 (32%) กำลังมีการทำซ้ำ SSR การวิเคราะห์ อิงตกแต่งไลบรารีชนิด microsatellite พบว่า 60% SSR ซ้ำพบในโคลนจากไลบรารี GT อุดมตาม ด้วย 38%, 23% และ 19% ใน CT, AAC และ AC อุดมไลบรารีตามลำดับ ทั้งหมด 90 SSR ลำดับส่งมาที่ศูนย์แห่งชาติสำหรับข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพ (NCBI) มีหมายเลขทะเบียนจาก KT384079 เพื่อ KT384168 การศึกษาความหลากหลาย ออกแบบมาคู่ไพรเมอร์ที่ 42 และไพรเมอร์ทั้งหมดให้ทำซ้ำได้ขยายทั่วทุก accessions ของ T. cordifolia อย่างไรก็ตาม เมื่อเครื่องหมายดังกล่าวถูกใช้ในการวิเคราะห์สำหรับ Tinospora ทะเลและต้นชา Tinospora, 83.3% และ 85.7% ของเครื่องหมายเท่าถ่ายโอนเรียบร้อย Alleles ที่สร้างข้าม accessions 28 พันธุ์ Tinospora สามถูกประเมิน relatedness ทางพันธุกรรม และมันจัดกลุ่มในคลัสเตอร์หลักสามแนะนำหลากหลายเพียงพอใน Tinospora accessions เครื่องหมาย g SSR ที่สร้างขึ้นในการศึกษาจะออกทรัพยากรมีคุณค่าสำหรับการใช้ประโยชน์ที่มีประสิทธิภาพในการปรับปรุงพืชแหล่ง Tinospora

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อ

บอระเพ็ดเป็นพืชสมุนไพรที่มีความสำคัญทางเศรษฐกิจที่มีความหลากหลายมากและกระจายทั่วประเทศอินเดียกำลังเติบโตในป่า อย่างไรก็ตามสำหรับการแสวงหาผลประโยชน์อย่างรอบคอบผ่านโครงการปรับปรุงพันธุ์ที่กำหนดเป้าหมายมีขาดความสมบูรณ์ของทรัพยากรจีโนมซึ่งเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการใช้งานที่ต้องการของตน ในการศึกษาปัจจุบันเราได้พัฒนานวนิยายจีโนม-SSRs (G-SSR) เครื่องหมายซึ่งเกิดจากการกระจายในวงกว้างของพวกเขาในจีโนมพบว่ามีประโยชน์มากขึ้นในการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรม สำหรับการพัฒนาของเครื่องหมาย G-SSR สี่ไมโครอุดมห้องสมุด [(CT) 14 (AC) 10 (GT) และ 12 (AAC) 8] ถูกสร้างขึ้นมาจากดีเอ็นเอของ T. cordifolia ภาคยานุวัติ (IC-281965) โดยใช้ วิธีการเพิ่มปริมาณสเต-ไบโอติตาม 536 โคลน recombinant สุ่มจากสี่ห้องสมุด SSR อุดมถูกตรวจสอบต่อไปโดยอาณานิคม PCR การปรากฏตัวของการแทรก จากการตรวจคัดกรองดังกล่าว 356 โคลนถูกพบในเชิงบวกและถูกยัดเยียดให้ลำดับโดยใช้วิธีการแซงเจอร์ลำดับ ลำดับการวิเคราะห์เปิดเผยว่า 114 โคลน (32%) ได้มีซ้ำ SSR การวิเคราะห์ต่อไปขึ้นอยู่กับการเพิ่มปริมาณห้องสมุดไมโครพบว่า 60% ซ้ำ SSR ถูกพบในโคลนจากห้องสมุด GT อุดมตามด้วย 38%, 23% และ 19% ใน CT, AAC และ AC อุดมห้องสมุดตามลำดับ พรึบ 90 ลำดับ SSR ถูกส่งไปยังศูนย์แห่งชาติเทคโนโลยีชีวภาพสำหรับข้อมูล (NCBI) กับหมายเลขภาคยานุวัติจาก KT384079 เพื่อ KT384168 สำหรับการศึกษาความหลากหลายทาง 42 คู่ไพรเมอร์ได้รับการออกแบบและไพรเมอร์ทุกขยาย reproducibly ข้ามสายทั้งหมดของ T. cordifolia แต่เมื่อเครื่องหมายดังกล่าวถูกนำมาใช้ในการวิเคราะห์สำหรับ Tinospora rumphii และ Tinospora sinensis เพียง 83.3% และ 85.7% ของเครื่องหมายถูกย้ายประสบความสำเร็จ อัลลีลที่สร้างข้าม 28 สายสาม Tinospora สายพันธุ์ได้รับการประเมินสำหรับความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจัดกลุ่มสายออกเป็นสามกลุ่มหลักที่ชี้ให้เห็นความหลากหลายเพียงพอในการ Tinospora เครื่องหมาย G-SSR สร้างขึ้นในการศึกษาครั้งนี้เป็นทรัพยากรที่จีโนมที่มีคุณค่าสำหรับการใช้งานที่มีประสิทธิภาพในการปรับปรุงการเพาะปลูกของ Tinospora เชื้อพันธุกรรม