ในรัชสมัยพระเจ้าทรงธรรม พระองค์ได้ทรงโปรดให้สร้ง "พระที่นั่งจอมทอง" ตั้งอยู่ใกล้ ๆ กำแพงทางด้านติดกับ วิหารพระมงคลบพิตร เพื่อให้เป็นสถานที่ให้พระสงฆ์ บอกเล่าหนังสือพระสงฆ์ ต่อมาในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ ได้มีการบูรณะปฏิสังขรณ์วัดหลวงแห่งนี้เป็นครั้งแรก ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โดยพระยาโบราณราชธานินทร์ สมุหเทศาภิบาลมณฑลกรุงเก่าได้เป็นผู้ดำเนินการขุดสมบัติจากกรุภายในเจดีย์ พบพระพุทธรูป และเครื่องทองมากมาย จากนั้นก็ได้มีการบูรณะครั้งหลังสุดในสมัย จอมพล