PCR amplification targeting the nif

PCR amplification targeting the nifH gene
Kuske et al. (17) demonstrated that the amount of soil
template DNA used to initiate PCRs was critical to the detection
of target microorganisms. Therefore, the amounts of
template DNA for PCR amplification were unified among
samples from each soil type.
For PCR, two major nifH-specific primer sets have been
used in recent studies. One is the “P-primer” designed by
Poly et al. (24), and the other, the “Z-primer” designed by
Zehr et al. (39). In this study, we used P-primer for amplification
of the nifH gene. When the diversity of the nifH pool
in a complex environmental sample was assessed by RTPCR-DGGE,
a more detailed fingerprint was detected with
Z-primer than with P-primer, due to the presence of mismatches
at nondegenerate positions (8). PCR even with Pprimer
detected a sufficient fraction of the diversity of the
nifH gene pool among each soil type tested (Fig. 2). Thus our
result was meaningful enough to describe the diazotrophic
diversity in the rhizosphere of M. malabathricum, despite the
limitations of P-primer.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ขยาย PCR กำหนดเป้าหมายยีน nifH
Kuske et al, (17)
แสดงให้เห็นว่าปริมาณของดินดีเอ็นเอแม่แบบที่ใช้ในการเริ่มต้นการPCRs
มีความสำคัญในการตรวจสอบของจุลินทรีย์เป้าหมาย ดังนั้นจำนวนของดีเอ็นเอแม่แบบสำหรับการขยาย PCR เป็นปึกแผ่นในหมู่ตัวอย่างจากแต่ละชนิดของดิน. สำหรับวิธี PCR สองชุดที่สำคัญไพรเมอร์ nifH เฉพาะได้รับการใช้ในการศึกษาเมื่อเร็วๆ นี้ หนึ่งในนั้นคือ "P-ไพรเมอร์" การออกแบบโดยโพลีเอตอัล (24) และอื่น ๆ ที่ "Z-ไพรเมอร์" การออกแบบโดยZehr et al, (39) ในการศึกษานี้เราใช้P-ไพรเมอร์สำหรับการขยายของยีน nifH เมื่อความหลากหลายของสระว่ายน้ำ nifH ในตัวอย่างสิ่งแวดล้อมที่ซับซ้อนได้รับการประเมินโดย RTPCR-DGGE, ลายนิ้วมือรายละเอียดเพิ่มเติมที่ตรวจพบกับZ-ไพรเมอร์กว่าด้วยไพรเมอร์ P-เนื่องจากการปรากฏตัวของไม่ตรงกับที่ตำแหน่งnondegenerate (8) PCR แม้จะมี Pprimer ตรวจพบส่วนที่เพียงพอของความหลากหลายของพันธุกรรม nifH หมู่แต่ละชนิดของดินทดสอบ (รูปที่. 2) ดังนั้นเราผลที่ได้มีความหมายมากพอที่จะอธิบาย diazotrophic ความหลากหลายในบริเวณรากของเอ็ม malabathricum แม้จะมีข้อจำกัด ของ P-ไพรเมอร์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การเพิ่มปริมาณยีนดีเอ็นเอเป้าหมาย nifh
kuske et al . ( 17 ) พบว่า ปริมาณของดิน
แม่แบบดีเอ็นเอใช้เพื่อเริ่มต้น pcrs สําคัญของการตรวจหา
จุลินทรีย์เป้าหมาย ดังนั้น ปริมาณของ DNA PCR (
แม่แบบเป็นปึกแผ่นระหว่าง
ตัวอย่างจากดินแต่ละประเภท .
สำหรับ PCR , หลักสองชุดได้
nifh เฉพาะไพรเมอร์ที่ใช้ในการศึกษาล่าสุดหนึ่งคือ " p-primer " ออกแบบโดย
โพลี et al . ( 24 ) , และ อื่น ๆ , " z-primer " ออกแบบโดย
zehr et al . ( 39 ) ในการศึกษาครั้งนี้ได้ใช้ p-primer สำหรับเด็ก
ของ nifh ยีน เมื่อความหลากหลายของ nifh พูล
ในตัวอย่างสิ่งแวดล้อมที่ถูกประเมิน โดย rtpcr-dgge
, ลายนิ้วมือรายละเอียดเพิ่มเติมที่ตรวจพบด้วย
z-primer มากกว่า p-primer เนื่องจากการแสดงตนของความไม่
ที่ตำแหน่ง nondegenerate ( 8 ) PCR ถึงแม้ pprimer
พบเพียงพอเศษส่วนของความหลากหลายของ
nifh ยีนพูลของดินแต่ละชนิดทดสอบ ( ภาพที่ 2 ) ดังนั้นผลของเรา
มันมีความหมายพอที่จะอธิบายถึงความหลากหลาย diazotrophic
ในรากของ malabathricum แม้จะมีข้อ จำกัด ของ p-primer
.