16S ribosomal RNA currently represe

16S ribosomal RNA currently represents the most important target of study in bacterial ecology. Its use for the description of bacterial diversity is, however, limited by the presence of variable copy numbers in bacterial genomes and sequence variation within closely related taxa or within a genome. Here we use the information from sequenced bacterial genomes to explore the variability of 16S rRNA sequences and copy numbers at various taxonomic levels and apply it to estimate bacterial genome and DNA abundances. In total, 7,081 16S rRNA sequences were in silico extracted from 1,690 available bacterial genomes (1-15 per genome). While there are several phyla containing low 16S rRNA copy numbers, in certain taxa, e.g., the Firmicutes and Gammaproteobacteria, the variation is large. Genome sizes are more conserved at all tested taxonomic levels than 16S rRNA copy numbers. Only a minority of bacterial genomes harbors identical 16S rRNA gene copies, and sequence diversity increases with increasing copy numbers. While certain taxa harbor dissimilar 16S rRNA genes, others contain sequences common to multiple species. Sequence identity clusters (often termed operational taxonomic units) thus provide an imperfect representation of bacterial taxa of a certain phylogenetic rank. We have demonstrated that the information on 16S rRNA copy numbers and genome sizes of genome-sequenced bacteria may be used as an estimate for the closest related taxon in an environmental dataset to calculate alternative estimates of the relative abundance of individual bacterial taxa in environmental samples. Using an example from forest soil, this procedure would increase the abundance estimates of Acidobacteria and decrease these of Firmicutes. Using the currently available information, alternative estimates of bacterial community composition may be obtained in this way if the variation of 16S rRNA copy numbers among bacteria is considered.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

อาร์เอ็นเอ ribosomal 16S ปัจจุบันแสดงถึงเป้าหมายสำคัญของการศึกษานิเวศวิทยาแบคทีเรีย ใช้สำหรับคำอธิบายของความหลากหลายทางชีวภาพแบคทีเรีย ไร จำกัด โดยแสดงจำนวนสำเนาที่ผันแปรใน genomes แบคทีเรียและลำดับการเปลี่ยนแปลงภาย ใน taxa ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด หรือภาย ในกลุ่มเป็น ที่นี่เราใช้ข้อมูลจากแบคทีเรีย genomes ตามลำดับจะได้ความแปรผันของลำดับ 16S rRNA และสำเนาหมายเลขอนุกรมวิธานระดับต่าง ๆ และนำไปใช้ในการประเมินกลุ่มแบคทีเรียและ abundances ดีเอ็นเอ รวม 7,081 16S rRNA ลำดับอยู่ใน silico ที่สกัดจากแบคทีเรีย genomes 1,690 มี (1-15 ต่อกลุ่ม) ในขณะที่มีหลาย phyla ที่ประกอบด้วยต่ำ 16S rRNA สำเนาหมายเลข taxa บาง เช่น Firmicutes และ Gammaproteobacteria เปลี่ยนแปลงที่มีขนาดใหญ่ ขนาดกลุ่มจะขึ้นอยู่ที่ทดสอบอนุกรมวิธานระดับกว่า 16S rRNA สำเนาหมายเลข เฉพาะชนกลุ่มน้อยของแบคทีเรีย genomes harbors อันดับเหมือน 16S rRNA ย่อย ๆ และลำดับความหลากหลายเพิ่มขึ้นกับการเพิ่มจำนวนสำเนา ขณะที่ท่า taxa บางยีนไม่เหมือน 16S rRNA อื่น ๆ ประกอบด้วยลำดับทั่วไปหลายชนิด คลัสเตอร์ตัวลำดับ (มักจะเรียกว่าหน่วยงานอนุกรมวิธาน) จึงให้การแสดงไม่สมบูรณ์ taxa แบคทีเรียของลำดับ phylogenetic บาง เราได้แสดงว่า ข้อมูลบน 16S rRNA สำเนาหมายเลขและกลุ่มขนาดของแบคทีเรียกลุ่มที่เรียงลำดับอาจใช้เป็นการประเมินสำหรับ taxon ที่เกี่ยวข้องใกล้เคียงที่สุดในชุดข้อมูลสิ่งแวดล้อมเป็นการคำนวณการประเมินทางเลือกของมายละ taxa แบคทีเรียในตัวอย่างสิ่งแวดล้อมญาติ ใช้ตัวอย่างจากดินป่า ขั้นตอนนี้จะเพิ่มการประเมินความอุดมสมบูรณ์ของ Acidobacteria และลด Firmicutes เหล่านี้ ใช้ข้อมูลที่มีอยู่ในปัจจุบัน องค์ประกอบชุมชนแบคทีเรียอื่นประเมินได้ในวิธีนี้ถ้าพิจารณาความผันแปรของ 16S rRNA คัดลอกหมายเลขจากแบคทีเรีย

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

16S โซมอลอาร์เอ็นเอในปัจจุบันหมายถึงเป้าหมายที่สำคัญที่สุดของการศึกษาในระบบนิเวศของแบคทีเรีย การใช้งานสำหรับคำอธิบายของความหลากหลายของเชื้อแบคทีเรียที่มี แต่ จำกัด ด้วยการปรากฏตัวของตัวเลขสำเนาตัวแปรในจีโนมของเชื้อแบคทีเรียและการเปลี่ยนแปลงลำดับภายในแท็กซ่าที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดหรือภายในจีโนม ที่นี่เราใช้ข้อมูลจากจีโนมของแบคทีเรียติดใจที่จะสำรวจความแปรปรวนของ 16S rRNA ลำดับและคัดลอกหมายเลขอนุกรมวิธานในระดับต่าง ๆ และใช้มันในการประมาณการจีโนมแบคทีเรียและปริมาณดีเอ็นเอ ทั้งหมด 7,081 16S rRNA วนเวียนอยู่ใน silico สกัดจาก 1,690 ใช้ได้จีโนมของเชื้อแบคทีเรีย (1-15 ต่อจีโนม) ในขณะที่มีหลายไฟลัมที่มีส่วนผสมของ 16S rRNA ต่ำคัดลอกหมายเลขในแท็กซ่าบางอย่างเช่น Firmicutes Gammaproteobacteria และการเปลี่ยนแปลงที่มีขนาดใหญ่ ขนาดจีโนมที่มีการอนุรักษ์มากขึ้นในระดับการจัดหมวดหมู่การทดสอบทั้งหมดกว่า 16S rRNA คัดลอกหมายเลข มีเพียงส่วนน้อยของจีโนมของแบคทีเรียสถิต 16S rRNA เหมือนสำเนาของยีนและการเพิ่มความหลากหลายของลำดับที่มีการเพิ่มจำนวนสำเนา ในขณะที่แท็กซ่าบางอย่างที่แตกต่างกันที่ท่าเรือยีน 16S rRNA คนอื่น ๆ มีลำดับเรื่องธรรมดาที่จะหลายชนิด ลำดับกระจุกตัวตน (มักเรียกว่าหน่วยอนุกรมวิธานการดำเนินงาน) จึงให้การแสดงที่ไม่สมบูรณ์ของแท็กซ่าแบคทีเรียในอันดับ phylogenetic บางอย่าง เราได้แสดงให้เห็นว่าข้อมูลเกี่ยวกับ 16S rRNA คัดลอกหมายเลขและขนาดจีโนมของเชื้อแบคทีเรียจีโนมลำดับขั้นตอนอาจจะใช้เป็นประมาณการสำหรับแท็กซอนที่เกี่ยวข้องที่ใกล้เคียงที่สุดในชุดข้อมูลด้านสิ่งแวดล้อมในการคำนวณประมาณการทางเลือกของความอุดมสมบูรณ์ของญาติของแท็กซ่าแบคทีเรียในแต่ละตัวอย่างจากสิ่งแวดล้อม ใช้ตัวอย่างจากดินป่า, ขั้นตอนนี้จะเพิ่มประมาณการความอุดมสมบูรณ์ของ Acidobacteria และลดเหล่านี้ Firmicutes โดยใช้ข้อมูลที่มีอยู่ในปัจจุบันประมาณทางเลือกขององค์ประกอบชุมชนแบคทีเรียอาจจะได้รับในลักษณะนี้ถ้าการเปลี่ยนแปลงของ 16S rRNA หมายเลขสำเนาหมู่แบคทีเรียที่ได้รับการพิจารณา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

16S ไรโบโซมอล อาร์เอ็นเอซึ่งเป็นเป้าหมายที่สำคัญที่สุดของการศึกษานิเวศวิทยาของแบคทีเรีย ใช้สำหรับคำอธิบายของความหลากหลายของแบคทีเรียได้ แต่ จำกัด โดยมีตัวแปรในการคัดลอกตัวเลขและลำดับจีโนมแบคทีเรียภายในและที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด หรือภายในจีโนม .ที่นี่เราใช้ข้อมูลจากลำดับเบสจีโนมของแบคทีเรียเพื่อศึกษาความแปรปรวนของ 16S rRNA ลำดับและคัดลอกตัวเลขในระดับการศึกษาต่าง ๆ และใช้เพื่อประเมินและดีเอ็นเอจีโนมแบคทีเรีย abundances . รวม 7081 ลำดับเบส 16S rRNA ใน Silico สกัดจาก 1690 ของแบคทีเรียจีโนม ( 1-15 ต่อพันธุกรรม )ในขณะที่มีหลายประเภทที่มีตัวเลข 16S rRNA สำเนาต่ำและในบางอย่าง เช่น การ และ gammaproteobacteria Firmicutes , รูปแบบที่มีขนาดใหญ่ จีโนมขนาดเป็นป่าสงวนที่ทดสอบทางอนุกรมวิธานระดับกว่าเบส 16S rRNA คัดลอกหมายเลข มีเพียงส่วนน้อยของจีโนมแบคทีเรียท่าเรือเหมือนกันเบส 16S rRNA ลำดับชุดยีนและความหลากหลายเพิ่มขึ้น เมื่อจำนวนสำเนาในขณะที่บางท่าที่แตกต่างกันและเบส 16S rRNA ยีน , คนอื่น ๆมีลำดับทั่วไปหลายชนิด ลำดับตัวตนกลุ่ม ( เรียกว่ามักจะปฏิบัติการหน่วยอนุกรมวิธาน ) จึงให้มีการแสดงที่ไม่สมบูรณ์และเชื้อแบคทีเรียบางชนิดอีกด้วยเราได้แสดงให้เห็นว่าข้อมูลเกี่ยวกับเบส 16S rRNA คัดลอกตัวเลขและขนาดของจีโนมลำดับเบสจีโนมแบคทีเรียที่อาจใช้เป็นค่าประมาณใกล้เคียงกับชนิดข้อมูลสิ่งแวดล้อมในการคำนวณทางเลือกการประเมินความชุกชุมสัมพัทธ์ของแต่ละบุคคลและแบคทีเรียในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม โดยใช้ตัวอย่างจากดินป่าขั้นตอนนี้จะเพิ่มความอุดมสมบูรณ์และประมาณการของ acidobacteria ลดลงเหล่านี้ของ Firmicutes . ใช้ข้อมูลประมาณการในปัจจุบันทางเลือกขององค์ประกอบชุมชนแบคทีเรียอาจจะได้รับในลักษณะนี้ ถ้าการเปลี่ยนแปลงของเบส 16S rRNA คัดลอกตัวเลขระหว่างแบคทีเรีย ถือว่า