Novel ways of regulating Ti plasmid

Novel ways of regulating Ti plasmid functions were investigated by studying small RNAs (sRNAs) that are known to act as posttranscriptional regulators in plant pathogenic bacteria. sRNA-seq analyses of Agrobacterium fabrum C58 allowed us to identify 1,108 small transcripts expressed in several growth conditions that could be sRNAs. A quarter of them were confirmed by bioinformatics or by biological experiments. Antisense RNAs represent 24% of the candidates and they are over-represented on the pTi (with 62% of pTi sRNAs), suggesting differences in the regulatory mechanisms between the essential and accessory replicons. Moreover, a large number of these pTi antisense RNAs are transcribed opposite to those genes involved in virulence. Others are 5′- and 3′-untranslated region RNAs and trans-encoded RNAs. We have validated, by rapid amplification of cDNA ends polymerase chain reaction, the transcription of 14 trans-encoded RNAs, among which RNA1111 is expressed from the pTiC58. Its deletion decreased the aggressiveness of A. fabrum C58 on tomatoes, tobaccos, and kalanchoe, suggesting that this sRNA activates virulence. The identification of its putative target mRNAs (6b gene, virC2, virD3, and traA) suggests that this sRNA may coordinate two of the major pTi functions, the infection of plants and its dissemination among bacteria.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิธีนวนิยายของ Ti plasmid ฟังก์ชันควบคุมถูกตรวจสอบ โดยการศึกษา RNAs เล็ก (sRNAs) ที่เป็นที่รู้จักกันเป็น posttranscriptional ควบคุมเชื้อแบคทีเรียก่อโรคพืช อโกรแบคทีเรียม fabrum C58 sRNA seq วิเคราะห์ให้เราสามารถระบุใบเล็ก 1,108 แสดงในหลายสภาวะเจริญเติบโตที่สามารถ sRNAs คน ได้รับการยืนยัน โดย bioinformatics หรือการทดลองทางชีวภาพ Antisense RNAs คิดเป็นร้อยละ 24 ของผู้สมัคร และจะเป็นตัวแทนมากกว่าบน pTi (กับ 62% ของ pTi sRNAs), บอกความแตกต่างในกลไกการกำกับดูแลระหว่าง replicons สำคัญ และอุปกรณ์เสริม นอกจากนี้ นี้ pTi antisense RNAs จะทับศัพท์ในรูปตรงข้ามกับยีนเหล่านั้นจำนวนมากที่เกี่ยวข้องในความรุนแรง คนอื่นเป็นภูมิภาค 5 ′ - และ 3′-ยังไม่ได้แปล RNAs และเข้ารหัสทรานส์ RNAs เรามีการตรวจสอบ โดยขยายอย่างรวดเร็วของปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสปลาย cDNA ถอดรหัสของ 14 รหัสทรานส์ RNAs ในระหว่างที่มีแสดง RNA1111 จาก pTiC58 การลบลดลงความรุนแรงของ A. fabrum C58 บนมะเขือเทศ tobaccos ไร kalanchoe บอกว่า sRNA นี้เรียกใช้ความรุนแรง รหัสของ mRNAs ของ putative เป้าหมาย (ยีน 6b, virC2, virD3 และ traA) แนะนำว่า sRNA นี้อาจประสานสองฟังก์ชันสำคัญ pTi การติดเชื้อของพืช และการเผยแพร่ในหมู่แบคทีเรีย

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วิธีนวนิยายของการควบคุมฟังก์ชั่นพลาสมิด Ti ถูกตรวจสอบโดยการศึกษา RNAs ขนาดเล็ก (sRNAs) ที่เป็นที่รู้จักกันเพื่อทำหน้าที่กำกับดูแลเป็น posttranscriptional เชื้อแบคทีเรียก่อโรคในพืช วิเคราะห์ sRNA-หมายเลขของ Agrobacterium fabrum C58 ได้รับอนุญาตให้เราสามารถระบุ 1,108 จิตบำบัดขนาดเล็กที่แสดงอยู่ในสภาวะการเจริญเติบโตหลายอย่างที่อาจจะ sRNAs หนึ่งในสี่ของพวกเขาได้รับการยืนยันจากชีวสารสนเทศหรือโดยการทดลองทางชีวภาพ RNAs antisense แทน 24% ของผู้สมัครและพวกเขาเป็นมากกว่าตัวแทนใน PTI (กับ 62% ของ PTI sRNAs) ชี้ให้เห็นความแตกต่างในกลไกการกำกับดูแลระหว่าง replicons จำเป็นและอุปกรณ์เสริม นอกจากนี้เป็นจำนวนมากเหล่านี้ RNAs antisense PTI มีการถ่ายทอดยีนตรงข้ามกับผู้ที่เกี่ยวข้องในความรุนแรง คนอื่นจะ RNAs ภูมิภาค 5'- และ 3'-แปลและ RNAs Trans-เข้ารหัส เราได้ผ่านการตรวจสอบโดยการขยายตัวอย่างรวดเร็วของยีนจบลงวิธี Polymerase chain reaction ถอดความ 14 RNAs Trans-เข้ารหัสหมู่ที่ RNA1111 จะแสดงจาก pTiC58 การลบความก้าวร้าวลดลงของเอ C58 fabrum มะเขือเทศยาสูบและ Kalanchoe บอกว่า sRNA นี้เปิดใช้งานความรุนแรง บัตรประจำตัวของ mRNAs เป้าหมายสมมุติ (ยีน 6B, virC2, virD3 และ traA) แสดงให้เห็นว่า sRNA นี้อาจประสานงานทั้งสองฟังก์ชั่นที่สำคัญ PTI ติดเชื้อของพืชและการเผยแพร่ในหมู่แบคทีเรีย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

วิธีการใหม่ของการควบคุมฟังก์ชันพลาสทิได้ทำการศึกษา RNAs ขนาดเล็ก ( srnas ) ที่เป็นที่รู้จักกันเป็น posttranscriptional ควบคุมแบคทีเรียก่อโรคในพืช สรณะ seq การวิเคราะห์ Agrobacterium fabrum c58 ให้เราสามารถระบุและขนาดเล็กใบแสดงสภาวะการเติบโตหลายที่อาจจะ srnas . ไตรมาสของพวกเขาได้รับการยืนยันโดย Bioinformatics หรือการทดลองทางชีวภาพ antisense RNAs เป็นตัวแทน 24 % ของผู้สมัคร และพวกเขาเป็นมากกว่าตัวแทน PTI ( ร้อยละ 62 ของ srnas PTI ) แนะนำความแตกต่างในกลไกการควบคุมระหว่างที่จำเป็นและอุปกรณ์ replicons . นอกจากนี้ ตัวเลขขนาดใหญ่เหล่านี้เป็น antisense RNAs PTI และตรงข้ามกับยีนที่เกี่ยวข้องกับโรค . คนอื่นจะได้รับ 5 และ 3 ’ - RNAs เขตแปลและ trans เข้ารหัส RNAs . เราได้ตรวจสอบโดยการเพิ่มอย่างรวดเร็วของ cDNA Ends ปฏิกิริยาลูกโซ่ , ถอดความ 14 ทรานรหัส RNAs ระหว่างที่ rna1111 แสดงจาก ptic58 . การลดลงของความแข็งขันของ . fabrum c58 บนมะเขือเทศ ยาสูบ และทุหศาสันบอกว่าสรณะนี้ใช้ความรุนแรง . การกำหนดเป้าหมายของการแสดงออกของรหัส ( บนยีน virc2 vird3 , และ traa ) ชี้ให้เห็นว่าสรณะนี้อาจประสานสองฟังก์ชันหลัก PTI , การติดเชื้อของพืชและการเผยแพร่ของกลุ่มแบคทีเรีย