Within the paradigm of clinical inf

Within the paradigm of clinical infectious disease research, Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae,
and Pseudomonas aeruginosa represent the four most clinically relevant, and hence most extensively studied bacteria.
Current culture-based methods for identifying these organisms are slow and cumbersome, and there is increasing need for
more rapid and accurate molecular detection methods. Using bioinformatic tools, 962,279 bacterial 16S rRNA gene
sequences were aligned, and regions of homology were selected to generate a set of real-time PCR primers that target
93.6% of all bacterial 16S rRNA sequences published to date. A set of four species-specific real-time PCR primer pairs were
also designed, capable of detecting less than 100 genome copies of A. baumannii, E. coli, K. pneumoniae, and P. aeruginosa.
All primers were tested for specificity in vitro against 50 species of Gram-positive and –negative bacteria. Additionally, the
species-specific primers were tested against a panel of 200 clinical isolates of each species, randomly selected from a large
repository of clinical isolates from diverse areas and sources. A comparison of culture and real-time PCR demonstrated 100%
concordance. The primers were incorporated into a rapid assay capable of positive identification from plate or broth
cultures in less than 90 minutes. Furthermore, our data demonstrate that current targets, such as the uidA gene in E.coli, are
not suitable as species-specific genes due to sequence variation. The assay described herein is rapid, cost-effective and
accurate, and can be easily incorporated into any research laboratory capable of real-time PCR.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ในกระบวนทัศน์การวิจัยทางคลินิกโรคติดเชื้อ Acinetobacter baumannii, Escherichia coli Klebsiella pneumoniaeและ Pseudomonas aeruginosa แสดงสี่สุดทางคลินิกที่เกี่ยวข้อง และดังนั้น ศึกษาแบคทีเรียอย่างกว้างขวางมากที่สุดปัจจุบันวัฒนธรรมตามวิธีสำหรับการระบุสิ่งมีชีวิตเหล่านี้จะช้า และยุ่งยาก และจะเพิ่มความต้องการมากขึ้นอย่างรวดเร็ว และแม่นยำโมเลกุลต่าง ๆ ใช้ผลเชิงวิวัฒนาการเครื่องมือ ยีน 962,279 แบคทีเรีย 16S rRNAมีจัดลำดับ และแคว้น homology ถูกเลือกเพื่อสร้างชุดของไพรเมอร์ PCR แบบเรียลไทม์ที่เป้าหมาย93.6% ลำดับ rRNA 16S แบคทีเรียทั้งหมดที่เผยแพร่ในวัน ชุดของสี่ species-specific แบบ real-time PCR พื้นคู่ได้นอกจากนี้ยังออกแบบ ความสามารถในการตรวจน้อยกว่า 100 กลุ่ม สำเนา A. baumannii, E. coli คุณ pneumoniae, P. aeruginosaไพรเมอร์ทั้งหมดถูกทดสอบสำหรับ specificity ในหลอดกับ 50 พันธุ์แบคทีเรียแบคทีเรียแกรมบวก และ -ลบ นอกจากนี้ การไพรเมอร์ species-specific ทดสอบกับแผงของ 200 ทางคลินิกแยกแต่ละชนิด สุ่มเลือกจากขนาดใหญ่เก็บของทางคลินิกแยกจากหลากหลายพื้นที่และแหล่ง การเปรียบเทียบวัฒนธรรมและ PCR แบบเรียลไทม์แสดง 100%สอดคล้องกัน ไพรเมอร์ที่ถูกรวมในการวิเคราะห์อย่างรวดเร็วความสามารถในการบวกรหัสจากแผ่นหรือซุปวัฒนธรรมในน้อยกว่า 90 นาที นอกจากนี้ ข้อมูลแสดงให้เห็นถึงเป้าหมายปัจจุบัน เช่นยีน uidA ในระบบไม่เหมาะที่เป็นยีน species-specific เนื่องจากการเปลี่ยนแปลงลำดับการ วิเคราะห์อธิบายนี้เป็นอย่างรวดเร็ว มีประสิทธิภาพ และถูกต้อง และสามารถได้อย่างง่ายดายรวมเข้าไปในห้องปฏิบัติการการวิจัยของ PCR แบบเรียลไทม์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ภายในกระบวนทัศน์ของการวิจัยโรคติดเชื้อทางคลินิก Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae,
และเชื้อ Pseudomonas aeruginosa เป็นตัวแทนของสี่มากที่สุดทางคลินิกและด้วยเหตุนี้ส่วนใหญ่การศึกษาอย่างกว้างขวางแบคทีเรีย.
วิธีการเพาะเลี้ยงที่ใช้ในปัจจุบันสำหรับการระบุมีชีวิตเหล่านี้จะช้าและยุ่งยากและ
มีความจำเป็นในการเพิ่มขึ้นมากขึ้นอย่างรวดเร็วและถูกต้องวิธีการตรวจสอบในระดับโมเลกุล การใช้เครื่องมือชีววิทยา, 962,279 แบคทีเรีย 16S rRNA
ยีนลำดับถูกจัดชิดและภูมิภาคของที่คล้ายคลึงกันได้รับการคัดเลือกในการสร้างชุดของแบบreal-time PCR ไพรเมอร์ที่มีเป้าหมาย
93.6% ของแบคทีเรียทั้งหมด 16S rRNA ลำดับการตีพิมพ์วันที่ ชุดของสี่ชนิดเฉพาะแบบ real-time PCR
คู่ไพรเมอร์ที่ได้รับการออกแบบที่มีความสามารถในการตรวจจับน้อยกว่า100 ชุดจีโนมของ baumannii เอ, อี, เค pneumoniae และพี aeruginosa.
ไพรเมอร์ทั้งหมดได้รับการตรวจจำเพาะใน ภายนอกร่างกายกับ 50 สายพันธุ์ของแกรมบวกและแบคทีเรียเชิงลบ นอกจากนี้ไพรเมอร์สายพันธุ์เฉพาะได้มีการทดสอบกับแผงของเชื้อทางคลินิก 200 ของแต่ละสายพันธุ์ที่สุ่มเลือกจากที่มีขนาดใหญ่พื้นที่เก็บข้อมูลของเชื้อทางคลินิกจากพื้นที่ที่มีความหลากหลายและแหล่งที่มา การเปรียบเทียบวิธี PCR วัฒนธรรมและเวลาจริง 100% แสดงให้เห็นถึงความสอดคล้อง ไพรเมอร์ถูกรวมอยู่ในการทดสอบอย่างรวดเร็วมีความสามารถของประชาชนในเชิงบวกจากแผ่นหรือน้ำซุปวัฒนธรรมในเวลาน้อยกว่า 90 นาที นอกจากนี้ข้อมูลของเราแสดงให้เห็นว่าเป้าหมายปัจจุบันเช่นยีน uidA ใน E.coli จะไม่เหมาะที่จะเป็นยีนส์สายพันธุ์เฉพาะเนื่องจากการเปลี่ยนแปลงลำดับ การทดสอบที่อธิบายไว้ในที่นี้เป็นไปอย่างรวดเร็วมีประสิทธิภาพและถูกต้องและสามารถรวมได้อย่างง่ายดายในห้องปฏิบัติการวิจัยใด ๆ ความสามารถในการ PCR แบบ real-time

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ในกระบวนทัศน์ของการวิจัยโรคติดเชื้อทางคลินิก Acinetobacter baumannii , Escherichia coli และ Klebsiella pneumoniae
, Pseudomonas aeruginosa เป็นสี่ส่วนใหญ่ทางคลินิกที่เกี่ยวข้อง ดังนั้นอย่างกว้างขวางส่วนใหญ่การศึกษาแบคทีเรีย .
กระแสวัฒนธรรมตามวิธีการระบุสิ่งมีชีวิตเหล่านี้จะช้าและยุ่งยาก และมีการเพิ่มความต้องการ
มากขึ้นอย่างรวดเร็ว และถูกต้อง วิธีการตรวจหาโมเลกุล การใช้เครื่องมือไบโอ นฟ ์เมติก 962279 แบคทีเรีย , เบส 16S rRNA ลำดับยีน
ชิดและภูมิภาคซึ่งถูกเลือกเพื่อสร้างชุดของ PCR ไพรเมอร์เรียลไทม์ที่เป้าหมาย
93.6 % ของทั้งหมดของเบส 16S rRNA ลำดับเผยแพร่วันที่ ชุดสี่เผ่าพันธุ์ - เฉพาะแบบ PCR ไพรเมอร์คู่ถูก
ออกแบบด้วยความสามารถในการตรวจจับน้อยกว่า 100 unit ชุด A = , E . coli , K . pneumoniae และ P . aeruginosa .
ทั้งหมดโดยการทดสอบความจำเพาะในหลอดแก้วกับ 50 ชนิดแกรมบวก และแบคทีเรียที่เป็นลบ นอกจากนี้ ได้ทำการทดสอบกับ
เผ่าพันธุ์ - เฉพาะแผง 200 สายพันธุ์ของยาแต่ละชนิด การสุ่มเลือกจากใหญ่
ข้อมูลทางคลินิกที่แยกได้จากหลากหลายพื้นที่ และแหล่งข้อมูล การเปรียบเทียบวัฒนธรรมและ PCR แบบเรียลไทม์ แสดงให้เห็นถึง 100 %
ความสอดคล้องกัน ไพรเมอร์ถูกรวมเข้าไปในการทดสอบความสามารถในการอย่างรวดเร็วบวกจากจาน หรือซุป
วัฒนธรรมในเวลาไม่ถึง 90 นาที นอกจากนี้ ข้อมูลของเราแสดงให้เห็นว่าเป้าหมายในปัจจุบัน เช่น uida ยีนใน E.coli ,
ไม่เหมาะเป็นยีนเฉพาะ - ขยายพันธุ์ เนื่องจากการเปลี่ยนแปลงลำดับ ( อธิบายไว้ในที่นี้ คือ รวดเร็ว ประหยัดต้นทุน และ
ถูกต้องและสามารถรวมได้อย่างง่ายดายในการวิจัยทดลองความสามารถของ PCR แบบเรียลไทม์