using a Surveyor LC system coupled

using a Surveyor LC system coupled to a linear ion trap mass spectrometer model LTQ (Thermo Finnigan, San Jose, CA, USA) and protein identification was carried out using SEQUEST algorithm (Bioworks 3.2 package, Thermo Finnigan), allowing optional (Methionine oxidation) and fixed modifica- tions (Cysteine carboxamidomethylation, Lysine and N-terminal modification of þ144.1020Da). The MS/MS raw files were searched against the alphaproteo- bacteria combined with the arachnida Swissprot database (Uniprot release 15.5, 7 July 2009) supplemented with porcine trypsin and human keratins. This joint database contains 638,408 protein sequences. False discovery rate of identification was controlled by searching the same collections of MS/MS spectra against inverted databases constructed from the same target databases. The alphaproteobacteria Swissprot database was used to identify Anaplasma and discard possible symbiotic bacterial sequences from further analyses.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

โดยใช้ระบบ LC สำรวจควบคู่ไปกับดักไอออนเชิงมวลสเปกโตรมิเตอร์รุ่น LTQ (เทอร์โม Finnigan, San Jose, CA, USA) และโปรตีน identification ดำเนินการโดยใช้อัลกอริทึม SEQUEST (แพคเกจ Bioworks 3.2 เทอร์โม Finnigan), ให้เลือก (Methionine ออกซิเดชัน) และ fixed modifica-ยวี่ (Cysteine carboxamidomethylation ไลซีนและขั้ว N modification ของ þ144.1020Da) files ดิบของ MS/MS ได้ค้นหาต่อเชื้อแบคทีเรีย alphaproteo รวมกับ arachnida Swissprot ฐานข้อมูล (Uniprot รุ่น 15.5, 7 2552 กรกฎาคม) เสริม ด้วยหมูทริปซินและมนุษย์ keratins ฐานข้อมูลนี้ร่วมกันประกอบด้วยลำดับของโปรตีน 638,408 อัตราการค้นพบเท็จของ identification ถูกควบคุม โดยค้นหาคอลเลกชันเดียวของสเปกตรัม MS/MS คว่ำฐานข้อมูลที่สร้างขึ้นมาจากฐานข้อมูลเป้าหมายเดียวกัน ฐานข้อมูล Swissprot alphaproteobacteria ถูกใช้เพื่อระบุ Anaplasma และละทิ้งไปได้ลำดับแบคทีเรียชีวภาพจากการวิเคราะห์เพิ่มเติม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การใช้กล้องระบบ LC คู่กับเส้นไอออนกับดักแมสสเปกโทรมิเตอร์แบบ ltq ( เทอร์โม ฟินนิกัน , ซานโฮเซ่ แคลิฟอร์เนีย สหรัฐอเมริกา ) และโปรตีนใน identi จึงได้ดําเนินการโดยใช้ขั้นตอนวิธี sequest ( bioworks 3.2 แพคเกจ , เทอร์โม ฟินนิกัน ) ให้เลือก ( เมทไธโอนีนและออกซิเดชัน ) จึง xed Modi จึง CA - ใช้งาน carboxamidomethylation ( ซิสเทอีน , ไลซีน และกรดอะมิโน การถ่ายทอดของ Modi þ 144.1020da ) MS / MS ดิบจึงเล ถูกตรวจค้นกับ alphaproteo - แบคทีเรียรวมกับไทรอัมพ์ swissprot ฐานข้อมูล ( uniprot ปล่อย 15.5 , 7 กรกฎาคม 2009 ) เสริมด้วยเอนไซม์จากมนุษย์และเคอราติน . ฐานข้อมูล 638408 ร่วมนี้ประกอบด้วยโปรตีน ลำดับ อัตราการค้นพบของ identi บวกเท็จจึงถูกควบคุมโดยการค้นหาคอลเลกชันเดียวกันของ MS / MS spectra ฐานข้อมูลกับฤๅษีสร้างจากฐานข้อมูลเป้าหมายเดียวกัน การ alphaproteobacteria swissprot ฐานข้อมูลถูกใช้เพื่อระบุ anaplasma และทิ้งเป็นไปได้ชนิดแบคทีเรียลำดับจากการวิเคราะห์เพิ่มเติม