Recent increase in the availability

Recent increase in the availability of expressed sequence tag (EST) data has facilitated the development of microsatellite or simple sequence repeat (SSR) markers in a number of plant species groups, including cereals. As these SSRs are derived from ESTs/genes (EST-SSRs), they exhibit a higher potential for transfer through cross-amplification in related species than SSR markers generated from genomic DNA libraries. In this study, a sub-set of 165 EST-SSR markers from a total of 185 assigned to the genetic map of barley was examined for transferability to wheat, rye and rice. A higher proportion, i.e., 78.2% of barley markers showed amplification in wheat followed by 75.2% in rye and 42.4% in rice. Furthermore, in silico comparison of SSR-ESTs (ESTs containing SSRs) corresponding to 185 mapped barley EST-SSR loci against 1,369,182 publicly available cereal ESTs showed significant homology with ESTs of wheat (93.5%), rye (37.3%), rice (57.3%), sorghum (51.9%) and maize (51.9%). Sequence similarity of the barley ESTs with 379,944 ESTs of the two model dicot species, Arabidopsis and Medicago suggested theoretical transferability of barley markers into dicot species although at low frequency (9.7% in Arabidopsis and 8.6% in Medicago). In silico comparative mapping (sequence comparison) of mapped barley SSR-ESTs against the mapping data of rye, wheat and rice indicated the presence of orthologues of the barley SSR-ESTs in the respective species. Furthermore, nine barley EST-SSRs were experimentally mapped to a rye genetic linkage map and all could be located in the expected orthologous region compared to their position in barley.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ล่าสุดเพิ่มความพร้อมของข้อมูลลำดับการแสดงป้าย (EST) มีอำนวยความสะดวกการพัฒนาชนิด microsatellite หรือลำดับซ้ำ (SSR) เครื่องหมายในหมายเลขของกลุ่มสปีชีส์พืช รวมทั้งธัญพืช เป็น SSRs เหล่านี้มาจากยีน ESTs (EST SSRs), พวกเขาแสดงศักยภาพสูงสำหรับการโอนย้ายผ่านข้ามขยายในสปีชีส์ที่เกี่ยวข้องมากกว่าเครื่องหมาย SSR ที่สร้างขึ้นจาก genomic DNA ไลบรารี ในการศึกษานี้ ชุดย่อยของเครื่องหมาย EST SSR 165 จากทั้งหมด 185 กับผังพันธุข้าวบาร์เลย์ถูกตรวจสอบสำหรับ transferability ข้าวไรย์ ข้าวสาลี และข้าว สัดส่วนสูงกว่า เช่น 78.2% ของข้าวบาร์เลย์เครื่องหมายแสดงให้เห็นว่าขยายในข้าวสาลีตาม 75.2% ในข้าวไรย์และ 42.4% ในข้าว นอกจากนี้ ในเปรียบเทียบ silico SSR ESTs (ESTs ประกอบด้วย SSRs) ที่สอดคล้องกับ 185 loci ข้าวบาร์เลย์แมป EST SSR กับ ESTs ธัญพืชเผย 1,369,182 พบ homology สำคัญกับ ESTs ข้าวสาลี (93.5%), ข้าวไรย์ (37.3%), ข้าว (57.3%), ข้าวฟ่าง (51.9%) และข้าวโพด (51.9%) ลำดับความคล้ายกันของข้าวบาร์เลย์ ESTs กับ ESTs 379,944 พันธุ์สองรุ่น dicot, Arabidopsis และ Medicago แนะนำ transferability ทฤษฎีเครื่องหมายข้าวบาร์เลย์เป็นพันธุ์ dicot แม้ว่าที่ความถี่ต่ำ (9.7% ใน Arabidopsis และ 8.6% ใน Medicago) ใน silico เปรียบเทียบการแม็ป (เปรียบเทียบลำดับ) ของข้าวบาร์เลย์ SSR ESTs แมปกับข้อมูลแผนที่ของข้าวไรย์ ข้าวสาลีและข้าวบ่งชี้สถานะของ orthologues ของข้าวบาร์เลย์ SSR ESTs ในสายพันธุ์นั้น ๆ นอกจากนี้ ข้าวบาร์เลย์ 9 EST SSRs ถูกแมปกับแผนที่เชื่อมโยงทางพันธุกรรมของข้าวไรย์ experimentally และทั้งหมดจะอยู่ในภูมิภาคที่คาดว่า orthologous เมื่อเทียบกับตำแหน่งของพวกเขาในข้าวบาร์เลย์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพิ่มขึ้นล่าสุดในความพร้อมของแท็กลำดับแสดง (EST) ข้อมูลที่ได้อำนวยความสะดวกในการพัฒนาของไมโครหรือทำซ้ำลำดับง่าย (SSR) เครื่องหมายในจำนวนของกลุ่มพันธุ์พืชรวมทั้งธัญพืช ในฐานะที่เป็น SSRs เหล่านี้จะได้มาจากโคลน / ยีน (EST-SSRs) พวกเขาแสดงศักยภาพที่สูงขึ้นสำหรับการโอนผ่านเครื่องขยายเสียงข้ามสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องกว่าเครื่องหมาย SSR สร้างจากห้องสมุดดีเอ็นเอ ในการศึกษานี้ย่อยชุดของ 165 เครื่องหมาย EST-SSR จากทั้งหมด 185 รับมอบหมายให้เป็นแผนที่ทางพันธุกรรมของข้าวบาร์เลย์ถูกตรวจสอบสำหรับการถ่ายโอนข้าวไรย์ข้าวสาลีและข้าว สัดส่วนที่สูงขึ้นคือ 78.2% ของข้าวบาร์เลย์เครื่องหมายแสดงให้เห็นการขยายในข้าวสาลีตามด้วย 75.2% ในข้าวไรย์และ 42.4% ในข้าว นอกจากนี้ในการเปรียบเทียบ silico ของ SSR-ESTs (ESTs มี SSRs) ที่สอดคล้องกับ 185 แมปบาร์เลย์ตำแหน่ง EST-SSR กับ 1369182 ESTs ธัญพืชที่เปิดเผยต่อสาธารณชนแสดงให้เห็นคล้ายคลึงกันอย่างมีนัยสำคัญกับ ESTs ของข้าวสาลี (93.5%) ข้าว (37.3%) ข้าว (57.3 %) ข้าวฟ่าง (51.9%) และข้าวโพด (51.9%) ลำดับความคล้ายคลึงกันของ ESTs ข้าวบาร์เลย์ที่มี 379,944 ESTs ชนิด dicot รุ่นสอง Arabidopsis และ Medicago แนะนำการถ่ายโอนทางทฤษฎีของเครื่องหมายลงในข้าวบาร์เลย์สายพันธุ์ dicot แม้ในความถี่ต่ำ (9.7% ใน Arabidopsis และ 8.6% ในปี Medicago) ในการทำแผนที่ silico เปรียบเทียบ (ลำดับเปรียบเทียบ) ของ ESTs SSR-ข้าวบาร์เลย์แมปกับข้อมูลแผนที่ไรย์ข้าวสาลีและข้าวชี้ให้เห็นการปรากฏตัวของ orthologues ของข้าวบาร์เลย์ SSR-ESTs ในรูปแบบที่เกี่ยวข้อง นอกจากนี้เก้าข้าวบาร์เลย์ EST-SSRs ถูกแมปไปยังแผนที่ทดลองการเชื่อมโยงทางพันธุกรรมข้าวไรและอาจจะตั้งอยู่ในภูมิภาค orthologous คาดว่าเมื่อเทียบกับตำแหน่งของพวกเขาในข้าวบาร์เลย์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพิ่มขึ้นล่าสุดในการมีแสดงแท็กลำดับ ( EST ) ข้อมูลที่ได้สนับสนุนการพัฒนาใช้หรือทำซ้ำลำดับง่าย ( SSR ) เครื่องหมายในหมายเลขของชนิดพืชกลุ่ม รวมทั้งธัญพืช เป็น ssrs เหล่านี้มาจากฐานข้อมูล / ยีน ( EST ssrs )พวกเขามีศักยภาพสูงสำหรับการขยายที่เกี่ยวข้องผ่านข้ามสปีชีส์กว่าเครื่องหมาย SSR ที่สร้างขึ้นจากห้องสมุดจีโนมของ DNA ในการศึกษานี้ เป็นซับเซตของ 165 est-ssr เครื่องหมายจากทั้งหมด 185 มอบหมายให้แผนที่พันธุกรรมข้าวบาร์เลย์ถูกตรวจสอบสำหรับการโอนย้ายเพื่อข้าวสาลี ข้าวไรย์ และข้าว มีสัดส่วนที่สูง คือ 782% ของข้าวบาร์เลย์ข้าวสาลีตามด้วยเครื่องหมายแสดง ( 75.2 % ในข้าวไรย์และ 42.4 % ในข้าว นอกจากนี้ในการเปรียบเทียบของ SSR สำหรับฐานข้อมูล ( ฐานข้อมูลที่มี ssrs ) ที่สอดคล้องกับแผนที่ของ 1369182 ข้าวบาร์เลย์ est-ssr 185 ต่อสาธารณชนธัญพืชอย่างมีนัยสำคัญกับฐานข้อมูลฐานข้อมูลเป็นข้าวสาลี ( 93.5% ) ข้าวไรย์ ( 37.3 % ) ข้าว ( 57.3 เปอร์เซ็นต์ ) , ข้าวฟ่าง ( 51.9 % ) และข้าวโพดร้อยละ 51.9 % )ความเหมือนของลำดับฐานข้อมูลกับฐานข้อมูลของ 379944 ข้าวบาร์เลย์สองแบบจำลองชนิด Arabidopsis แล้ว MEDICAGO แนะนำกำหนดการเชิงทฤษฎีของข้าวบาร์เลย์เครื่องหมายในพืชใบเลี้ยงคู่ชนิดแม้ว่าที่ความถี่ต่ำ ( 9.7% ใน Arabidopsis และ 8.6% ใน MEDICAGO ) สำหรับการเปรียบเทียบแผนที่ ( เปรียบเทียบลำดับ ) แมปข้าวบาร์เลย์ SSR ฐานข้อมูลกับข้อมูลแผนที่ของข้าวไรย์ข้าวสาลีและข้าว พบการปรากฏตัวของ orthologues SSR ฐานข้อมูลของข้าวบาร์เลย์ในชนิดนั้นๆ นอกจากนี้ เก้าข้าวบาร์เลย์ EST ssrs ถูกแมปไปยังไรย์โดยพันธุกรรมและแผนที่ทั้งหมดจะตั้งอยู่ในเขตที่คาดว่า orthologous เทียบกับตำแหน่งของพวกเขาในข้าวบาร์เลย์