เมื่อพระเจ้าตากสินมหาราชย้ายราชธานีจากกรุงศรีอยุธยามาตั้ง ณ กรุงธนบุรี และได้สร้างพระราชวังใหม่ มีการขยายเขตพระราชฐาน เป็นเหตุให้วัดแจ้งตั้งอยู่กลางพระราชวัง จึงไม่ให้มีพระสงฆ์จำพรรษา นอกจากนั้นในช่วงเวลาที่กรุงธนบุรีเป็นราชธานี ถือกันว่าวัดแจ้งเป็นวัดคู่บ้านคู่เมือง เนื่องจากเป็นวัดที่ประดิษฐานพระแก้วมรกตและพระบาง ซึ่งสมเด็จพระยามหากษัตริย์ศึก (พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช) ได้อัญเชิญพระพุทธรูปสำคัญ ๒ องค์นี้มาจากลาวในคราวที่เสด็จตีเมืองเวียงจันทร์ ในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยได้ทรงบูรณปฏิสังขรณ์แล้วเปลี่ยนชื่อเป็น “วัดอรุณราชธาราม” ถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าให้บูรณะเพิ่มเติมอีก แล้วทรงเปลี่ยนชื่อเป็น “วัดอรุณราชวราราม” ดังที่เรียกกันปัจจุบัน