ในปี พ.ศ. 2135 หลังพ่ายศึกยุทธหัตถี ฝ่ายหงสาวดีพระเจ้านันทบุเรงทรงโทมนัสที่ต้องสูญเสียพระราชโอรส จึงมีรับสั่งให้คลอกไฟเหล่าแม่ทัพนายกองที่ตามเสด็จพระมหาอุปราชให้ตายตกตามกัน ทั้งยังระบายพระโทสะไปที่ พระสุพรรณกัลยาองค์ประกันและพระราชโอรสธิดาถึงสิ้นประชนม์ชีพ
ข้างสมเด็จพระนเรศวรนั้นมีพระราชประสงค์จะนำทัพปราบหงสาวดีให้ราบคาบมิให้ตกค้างเป็นเสี้ยนหนาม ครั้นมาได้ทราบข่าวการสิ้นพระชนม์ของพระพี่นางและพระราชนัดดาก็ยิ่งโทมนัส จึงตัดสินพระทัยยกทัพใหญ่หมายเหยียบหงสาวดีให้ราบเป็นหน้ากลอง แต่เมื่อเสด็จถึงหงสาวดีก็พบแต่เพียงเศษซากของมหานครอันเคยยิ่งใหญ่ ด้วยนัดจินหน่องราชบุตรพระเจ้าตองอูได้วางอุบายเชิญพระเจ้านันทบุเรงพร้อมกวาดต้อนผู้คนแลทรัพย์ศฤงคารของหงสาไปไว้ยังตองอูจนหมดสิ้น ครั้งนั้นสมเด็จพระนเรศวรจึงทรงยกทัพตามขึ้นไปถึงเมืองตองอู มีพระราชบัญชาให้เมงเยสีหตูเจ้าเมืองส่งตัว พระเจ้านันทบุเรงออกมาถวาย ด้านนัดจินหน่องเห็นว่าพระเจ้านันทบุเรงที่เชิญมานั้นเป็นภัยชักศึกเข้าบ้านจึงหมายยืมมือสมเด็จพระนเรศวรสังหารพระเจ้านันทบุเรงเสีย แต่เมื่อสมเด็จพระนเรศวรได้ทอดพระเนตรเห็นพระเจ้านันทบุเรงที่ทรงทุพพลภาพเป็นที่น่าสมเพชก็ให้สลดพระราชหฤทัย ระหว่างนั้นเมงราชาญีเจ้าเมืองยะไข่ได้แต่งทัพเป็นกองโจรตีลัดตัดเสบียงอยุธยามิให้ส่งข้าวน้ำขึ้นไปเลี้ยงทัพที่ล้อมพระนครตองอูอยู่ สมเด็จพระเอกาทศรถจึงแบ่งทัพลงมาหมายจะเผด็จศึกยะไข่มิให้เป็นหอกข้างเเคร่ แต่ทรงพลาดท่าถูกเมงราชาญีจับตัวได้ พระราชมนูจำต้องขันอาสานำกำลังลงมาแก้เอาสมเด็จพระเอกาทศรถกลับคืน และยกทัพกลับยังอยุธยา
ข้างฝ่ายพุกามประเทศนั้นได้บังเกิดกษัตริย์ชาตินักรบขึ้นมาแทนพระเจ้าชนะสิบทิศ
มีพระนามว่า พระเจ้ายองยานตามชื่อพระนครที่ปกครอง พระเจ้ายองยานทรงขยายแสนยานุภาพครอบคลุมดินแดนพม่าตอนบน เข้ายึดครองหัวเมืองในรัฐไทยใหญ่ทั้งหลาย และทรงกรีฑาทัพเข้าตีเมืองยองห้วยและเมืองแสนหวีซึ่งขณะนั้นล้วนเป็นเมืองประเทศราชของอยุธยา เมื่อสมเด็จพระนเรศวรทรงล่วงรู้ก็ทรงมีพระราชดำริที่จะตัดไฟเสียแต่ต้นลมไม่ให้อธิราชศัตรูพลิกฟื้นขึ้นมาเป็นเสี้ยนหนามแผ่นดินอยุธยาได้อีก สมเด็จพระนเรศวรจึงได้เสด็จยกกองทัพไปตีอังวะ ครั้งนั้นพระมหาเถรคันฉ่อง และพระอัครมเหสีมณีจันทร์ซึ่งกำลังทรงพระครรภ์ก็ทูลขอให้งดซึ่งราชการสงคราม สมเด็จพระนเรศวรจึงทรงให้สัญญาว่าจะเสด็จไปทำศึกครานี้เป็นครั้งสุดท้าย เมื่อเสด็จถึงเมืองเชียงใหม่ก็ยั้งทัพจัดกระบวนอยู่หนึ่งเดือน แล้วให้ทัพสมเด็จพระเอกาทศรถยกขึ้นไปทางเมืองฝาง ส่วนกองทัพหลวงยกไปทางเมืองหางตั้งค่ายหลวงประทับอยู่ที่ทุ่งแก้ว อยู่มาสมเด็จพระนเรศวรทรงพระประชวรจึงโปรดให้ข้าหลวงรีบเชิญเสด็จพระเอกาทศรถมาเฝ้า ครั้นมาถึงได้ 3 วัน สมเด็จพระนเรศวรก็เสด็จสวรรคตเมื่อวันจันทร์ขึ้น 8 ค่ำ เดือน 6 ปีมะเส็ง ตรงกับวันที่ 25 เมษายน พ.ศ. 2148 สมเด็จพระเอกาทศรถจึงได้อัญเชิญพระบรมศพสมเด็จพระนเรศวรกลับกรุงศรีอยุธยาราชธานี