Isolation of microorganisms from sl

Isolation of microorganisms from sludge
The bacterial strain was isolated by selective enrichment. Sludge
(25 mL) from the aerobic treatment facility at Maktheshim Agan
Industries, Israel, was incubated in a 250 mL Erlenmeyer flask under
aerobic conditions at 28 C with addition of atrazine (97% purity,
was a gift from Maktheshim Agan Industries, Ashdod, Israel) as
the sole nitrogen source. The atrazine portions were added by a
stepwise increase in the concentrations from 7 to 30 ppm over the
course of 14 days. A same portion of atrazinewas added toMM and
served as an abiotic control for natural degradation. Every 24e48 h,
the sludge (1 mL) was centrifuged at 16,000g for 10 min and the
atrazine concentration was analyzed in both the supernatant and
the sediment using HPLC. The atrazine from the sediment was first
extracted with 300 mL methanol and then analyzed. After 4 cycles of
atrazine degradation, the filtrated sludge (using Whatman paper)
was diluted 1:10 in MMA and incubated at 28 C for 48 h. The
addition of atrazine was repeated 6 times over the course of 3
weeks. This was followed by spreading a sample of the culture on
LB agar plates which were incubated at 28 C for 24 h. Three
different colonies were detected and identified by 16S rRNA gene
sequence analysis (Hy-labs Ltd., Israel).
2.3. Bacterial identification
2.3.1. 16S rRNA gene sequence analysis
DNA was extracted from a loopful of an isolated colony using
the AccuPrep Genomic DNA Extraction Kit (Bioneer, Korea). PCR
amplification of the first 800 bp of the 16S rRNA gene was carried
out using a Hy-BID PCR kit (cat no. 5032, Hy-labs Ltd., Israel) with
the following cycle parameters: initial denaturation at 94 C for
5 min, followed by 35 cycles of 94 C for 30 s, 55 C for 30 s, and
72 C for 30 s, and a final incubation at 72 C for 10 min.
Amplification products were purified and sequenced using the
BigDye Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, Inc.) on the ABI
PRISM 3730 Genetic Analyzer. The obtained sequences were
aligned and compared with archived NCBI sequences for gene
identification.
2.3.2. Biochemical tests
A Rapid 20E kit, Ilex medical LTD, Israel was used for
biochemical tests.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แยกจุลินทรีย์จากตะกอนสายพันธุ์แบคทีเรียแยกต่างหาก โดยใช้บ่อ ตะกอน(25 mL) จากสถานบำบัดที่ Maktheshim Aganอุตสาหกรรม อิสราเอล ที่ incubated ในหนาว Erlenmeyer 250 mL ภายใต้สภาพแอโรบิกที่ 28 C บวก atrazine (ความบริสุทธิ์ 97%เป็นของขวัญจาก Maktheshim Agan อุตสาหกรรม Ashdod อิสราเอล) เป็นแหล่งไนโตรเจนแต่เพียงผู้เดียว ส่วน atrazine เพิ่มตามแบบstepwise เพิ่มความเข้มข้น 7 ยิ่งกว่านี้หลักสูตร 14 วัน ToMM เพิ่มส่วนเดียวของ atrazinewas และทำหน้าที่เป็นตัวควบคุม abiotic สำหรับย่อยสลายตามธรรมชาติ ทุก 24e48 hตะกอน (1 mL) ถูก centrifuged ที่ 16000 g สำหรับ 10 นาทีและเข้มข้น atrazine ถูกวิเคราะห์ในทั้ง supernatant และตะกอนที่ใช้ HPLC Atrazine จากตะกอนเป็นครั้งแรกสกัด ด้วยเมทานอล 300 มล. และวิเคราะห์แล้ว หลังจากที่รอบที่ 4 ของย่อยสลาย atrazine ตะกอนที่ filtrated (ใช้กระดาษ Whatman)1:10 ที่แตกออกใน MMA และ incubated ที่ 28 C สำหรับ 48 h.เพิ่ม atrazine ถูกซ้ำ 6 ครั้งในช่วง 3สัปดาห์ นี้ถูกตาม ด้วยการแพร่กระจายตัวอย่างของวัฒนธรรมบนแผ่น agar ปอนด์ซึ่งมี incubated ที่ 28 C สำหรับ 24 h. สามอาณานิคมต่าง ๆ ถูกตรวจพบ และระบุยีน 16S rRNAวิเคราะห์ลำดับ (ฮีแล็บ จำกัด อิสราเอล)2.3. รหัสแบคทีเรีย2.3.1. 16S rRNA ยีนลำดับวิเคราะห์ดีเอ็นเอที่สกัดจาก loopful โคโลนีที่แยกการใช้AccuPrep Genomic DNA แยกชุด (Bioneer เกาหลี) PCRขยายของ 800 แรกทำ bp ของยีนใน rRNA 16Sออกด้วยชุดฮีประมูล PCR (แมวหมายเลข 5032 ฮีแล็บ จำกัด อิสราเอล)ต่อวงจรพารามิเตอร์: denaturation เริ่มที่ C 94 สำหรับ5 นาที ตาม ด้วยรอบ 35 ของ 94 C สำหรับ 30 s, C 55 สำหรับ 30 s และซี 72 สำหรับ 30 s และฟักตัวสุดท้ายที่ 72 C สำหรับ 10 นาทีขยายผลิตภัณฑ์ที่บริสุทธิ์ และเรียงลำดับโดยใช้การBigDye วงจรลำดับเบสชุด (ใช้ Biosystems, Inc.) ในการลักชัวรี่ปริซึม 3730 พันธุกรรมวิเคราะห์ ลำดับที่ได้รับได้จัดตำแหน่ง และเมื่อเทียบกับเก็บ NCBI ลำดับสำหรับยีนรหัส2.3.2. ชีวเคมีทดสอบใช้สำหรับชุด 20E อย่างรวดเร็ว LTD แพทย์ Ilex อิสราเอลทดสอบชีวเคมี

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การแยกเชื้อจุลินทรีย์จากกากตะกอนสายพันธุ์แบคทีเรียที่แยกได้โดยการเพิ่มคุณค่าในการคัดเลือก กากตะกอน
(25 มิลลิลิตร) จากสถานที่รักษาแอโรบิกที่ Maktheshim Agan
อุตสาหกรรมอิสราเอลถูกบ่มในขวด Erlenmeyer มิลลิลิตร 250
ภายใต้เงื่อนไขแอโรบิกที่28 องศาเซลเซียสมีการเพิ่มของอะทราซีน (ความบริสุทธิ์ 97%
เป็นของขวัญจาก Maktheshim Agan อุตสาหกรรมเมืองอัชโดด อิสราเอล)
เป็นแหล่งไนโตรเจนแต่เพียงผู้เดียว ส่วนอาทราซีนถูกเพิ่มโดยการเพิ่มขึ้นแบบขั้นตอนในความเข้มข้น 7-30 ppm มากกว่าหลักสูตรของ14 วัน ส่วนหนึ่งเดียวกันของ atrazinewas เพิ่ม tomm และทำหน้าที่เป็นผู้ควบคุมabiotic สำหรับการย่อยสลายตามธรรมชาติ ทุกชั่วโมง 24e48, ตะกอน (1 มิลลิลิตร) ได้รับการหมุนเหวี่ยงที่ 16,000g เป็นเวลา 10 นาทีและความเข้มข้นของอะทราซีนได้รับการวิเคราะห์ทั้งในสารละลายและตะกอนโดยใช้HPLC ได้ อาทราซีนจากตะกอนที่เป็นครั้งแรกที่สกัดด้วยเมทานอล 300 มิลลิลิตรและวิเคราะห์แล้ว หลังจาก 4 รอบของการย่อยสลายอะทราซีน, ตะกอนกรอง (ใช้กระดาษเบอร์) ถูกเจือจาง 1:10 ในวีคและบ่มที่ 28 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 48 ชั่วโมง นอกเหนือจากอะทราซีนซ้ำ 6 ครั้งในช่วง 3 สัปดาห์ที่ผ่านมา นี้ตามด้วยการแพร่กระจายตัวอย่างของวัฒนธรรมในLB แผ่นวุ้นที่ได้รับการบ่มที่ 28 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 24 ชั่วโมง สามอาณานิคมที่แตกต่างกันได้รับการตรวจพบและระบุ 16S ​​rRNA ยีนวิเคราะห์ลำดับ(Hy-แล็บ จำกัด อิสราเอล). 2.3 บัตรประจำตัวแบคทีเรีย2.3.1 16S rRNA วิเคราะห์ลำดับยีนดีเอ็นเอถูกสกัดจากloopful ของอาณานิคมที่แยกโดยใช้ดีเอ็นเอจีโนมAccuPrep สกัด Kit (Bioneer เกาหลี) PCR ขยายแรก 800 bp ของ 16S rRNA ยีนได้ดำเนินการโดยใช้ชุดHy-PCR กับ BID (แมวไม่มี 5032, Hy-แล็บ จำกัด อิสราเอล.) พารามิเตอร์วงจรดังต่อไปนี้: denaturation เริ่มต้นที่ 94 องศาเซลเซียสเป็นเวลา5 นาทีตามด้วย 35 รอบจาก 94 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาที, 55? C เป็นเวลา 30 วินาทีและ72? C เป็นเวลา 30 วินาทีและบ่มสุดท้ายที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 10 นาที. ผลิตภัณฑ์ขยายเป็นบริสุทธิ์ติดใจใช้BigDye วงจรลำดับ Kit (Applied Biosystems, Inc) ใน ABI PRISM 3730 วิเคราะห์ทางพันธุกรรม ลำดับที่ได้รับสอดคล้องและเมื่อเทียบกับที่เก็บ NCBI ลำดับยีนประจำตัวประชาชน. 2.3.2 การทดสอบทางชีวเคมีชุดอย่างรวดเร็ว 20E, LTD พุ่มไม้แพทย์อิสราเอลที่ใช้สำหรับการทดสอบทางชีวเคมี

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การแยกจุลินทรีย์จากตะกอน
แบคทีเรียสายพันธุ์ที่แยกได้โดยการเสริมสมรรถนะ ตะกอน
( 25 มล. ) จากแอโรบิกการรักษาสิ่งอำนวยความสะดวกที่ maktheshim ใหม่
อุตสาหกรรม อิสราเอล คือ บ่มใน 250 ml ขวดภายใต้สภาวะแอโรบิก เออร์เลนเมเยอร์
ที่ 28  C ยังของอะทราซีน ( 97 % ความบริสุทธิ์
คือของขวัญจาก maktheshim ใหม่อุตสาหกรรม Ashdod , อิสราเอล )
แหล่งไนโตรเจน แต่เพียงผู้เดียวโดยอาทราซีนส่วนเพิ่มโดย
= เพิ่มความเข้มข้นจาก 7 ถึง 30 ppm มากกว่า
หลักสูตร 14 วัน ส่วนเดียวกันของ atrazinewas เพิ่ม tomm
ในฐานะที่เป็นสิ่งมีชีวิตและควบคุมการย่อยสลายตามธรรมชาติ ทุก 24e48 H ,
กากตะกอน ( 1 มล. ) คือระดับที่ 16000g เป็นเวลา 10 นาทีและความเข้มข้นของอะทราซีน
วิเคราะห์ทั้งในและนำตะกอนโดยใช้ HPLC
.ใช้อะทราซีนจากตะกอนถูกสกัดด้วยเมทานอลก่อน
300 มิลลิลิตร แล้ววิเคราะห์ หลังจาก 4 รอบ
การย่อยสลายอาทราซีน , ผลิตตะกอน ( ใช้กระดาษ whatman เจือจาง 1 : 10 )
ใน MMA และบ่มที่อุณหภูมิ 28 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 48 ชั่วโมง 
เพิ่มอะทราซีนทำซ้ำ 6 ครั้ง ผ่านหลักสูตรของสัปดาห์ที่ 3
. นี้ตามมาด้วยการแพร่กระจายของวัฒนธรรม
ตัวอย่างแผ่นวุ้นปอนด์ที่อุณหภูมิ 28 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 24 ชั่วโมง  3
แตกต่างกันอาณานิคมได้ถูกตรวจพบและระบุโดยการวิเคราะห์ลำดับยีน 16S rRNA
( ไฮแล็บ จำกัด , อิสราเอล ) .
2.3 แบคทีเรียรหัส
2.3.1 . การวิเคราะห์ลำดับเบส 16S rRNA ยีน
ดีเอ็นเอจาก loopful ของอาณานิคมแยกใช้
accuprep genomic DNA ที่สกัด Kit ( bioneer , เกาหลี ) โดย
แบบแรก 800 คู่เบสของเบส 16S rRNA ยีนอุ้ม
ออกมาโดยใช้ PCR Kit ( HY ประมูลแมวไม่ 5032 HY , แล็บ จำกัด , อิสราเอล ) ที่มีพารามิเตอร์ต่อไปนี้ :
วงจรเริ่มต้นที่ 94 (  C
5 นาที ตามด้วย 35 รอบ 94  C 30 , 55  C เป็นเวลา 30 วินาทีและ
72  เป็นเวลา 30 วินาที และสุดท้ายบ่มที่ 72  C 10 นาที
ขยายผลิตภัณฑ์บริสุทธิ์และลำดับการใช้
bigdye วงจรชุดจัดลำดับ ( Applied Biosystems , Inc . ) ใน ABI
ปริซึม 940 พันธุศาสตร์วิเคราะห์ ได้ลำดับถูก
ชิดและเมื่อเทียบกับการจัดเก็บ ncbi ลำดับยีน
.
2.3.2 . การทดสอบทางชีวเคมี
ชุด 20e อย่างรวดเร็ว , ต้นไม้ชนิดหนึ่งการแพทย์จำกัด , อิสราเอลใช้
การทดสอบทางชีวเคมี