GeoChip 4.0 experimentThe labeling

GeoChip 4.0 experiment
The labeling and hybridization of soil DNA were conducted as
previously prescribed [5]. A total of 2 μg extracted DNA was mixed
with 20 μl random primers, containing 2.5 μl deoxynucleoside triphosphate
(dNTP) (5 mM dATP/dGTP/dCTP, 2.5 mM dTTP), 1 μl Cy5 dUTP
(Amersham, Piscataway, NJ) and 80 U of the large Klenow fragment
(Invitrogen, Carlsbad, CA). Then DNA mixture was treated at 99.9 °C
for 5 min and chilled immediately to denature DNA, followed by addition
of 2.5 μl of water and incubation at 37 °C for 3 h. Finally, the mixture
was heated at 95 °C for 3 min to terminate DNA labeling.
Labeled DNA was purified using the QIA quick purification kit
(Qiagen, Valencia, CA, USA) following manufacturer's instructions and
measured by NanoDrop ND-1000 spectrophotometer to assess labeling
efficiency. DNA was then dried in the SpeedVac (ThermoSavant,
Milford, MA, USA) at 45 °C for 45 min.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ทดลอง GeoChip 4.0การติดฉลากและการ hybridization ของดินดีเอ็นเอได้ดำเนินการเป็นก่อนหน้านี้ กำหนด [5] จำนวน 2 μg แยกดีเอ็นเอถูกผสมมี 20 μl สุ่มไพรเมอร์ ประกอบด้วย 2.5 μl deoxynucleoside โนซีนไตรฟอสเฟต(dNTP) (5 มม. dATP/dGTP/dCTP, dTTP 2.5 mM), 1 μl Cy5 dUTP(Amersham ปิสกาตาเวย์ NJ) และ 80 U ของส่วน Klenow ขนาดใหญ่(Invitrogen คาร์ลส CA) แล้ว ส่วนผสมดีเอ็นเอที่รักษาที่ 99.9 ° Cใน 5 นาที และเย็นทันทีการ denature DNA ตามนี้ของ μl 2.5 และบ่มที่ 37 ° C สำหรับ 3 h สุดท้าย ส่วนผสมมีความร้อนที่ 95 ° C สำหรับ 3 นาทีเพื่อยุติการติดฉลากดีเอ็นเอดีเอ็นเอที่มีป้ายชื่อที่บริสุทธิ์ที่ใช้ชุดฟอกด่วน QIA(Qiagen, Valencia, CA, USA) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต และวัด โดยเครื่องทดสอบกรดด่าง NanoDrop ND-1000 เพื่อประเมินการติดฉลากประสิทธิภาพการ ดีเอ็นเอถูกอบแห้งใน SpeedVac (ThermoSavantดพา MA, USA) ที่ 45 ° C สำหรับ 45 นาที

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

GeoChip 4.0 การทดลอง
การติดฉลากและการผสมข้ามพันธุ์ของดีเอ็นเอดินได้ดำเนินการตามที่
กำหนดไว้ก่อนหน้านี้ [5] รวม 2 ไมโครกรัมสกัดดีเอ็นเอผสม
กับ 20 ไมโครลิตรไพรเมอร์แบบสุ่มที่มี 2.5 ไมโครลิตร deoxynucleoside triphosphate
(dNTP) (5 มิลลิ dATP / Dgtp / dCTP, 2.5 มิลลิ Dttp) 1 ไมโครลิตร Cy5 dUTP
(Amersham, พิสแคต, นิวเจอร์ซีย์) และ 80 U ของส่วน Klenow ขนาดใหญ่
(Invitrogen, Carlsbad, CA) ส่วนผสมดีเอ็นเอจากนั้นได้รับการรักษาที่ 99.9 องศาเซลเซียส
เป็นเวลา 5 นาทีและแช่เย็นทันทีเพื่อทำให้ผิดลักษณะเดิมดีเอ็นเอตามด้วยนอกเหนือ
จาก 2.5 ไมโครลิตรของน้ำและการบ่มที่อุณหภูมิ 37 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 3 ชั่วโมง ในที่สุดส่วนผสม
ที่ถูกความร้อนที่ 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 3 นาทีในการยุติการติดฉลากดีเอ็นเอ.
ดีเอ็นเอที่ติดป้ายให้บริสุทธิ์โดยใช้ QIA ชุดฟอกรวดเร็ว
(Qiagen, วาเลนเซีย, CA, USA) ตามคำแนะนำของผู้ผลิตและ
วัดโดยสเปก NanoDrop ND-1000 เพื่อประเมิน การติดฉลาก
ประสิทธิภาพ ดีเอ็นเอถูกทำให้แห้งแล้วใน SpeedVac (ThermoSavant,
ฟอร์ด, MA, USA) ที่ 45 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 45 นาที

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

geochip 4.0 ทดลอง
เบสของดีเอ็นเอและการติดฉลากดินใช้
ก่อนหน้านี้กำหนด [ 5 ] ทั้งหมด 2 μกรัมสกัดดีเอ็นเอผสม
20 μผมสุ่มไพรเมอร์ที่มี 2.5 μผม deoxynucleoside ไตรฟอสเฟต
( dntp ) ( 5 มม. datp / dgtp / dctp 2.5 มม. dttp ) 1 μผม cy5 ได้
( ที่ Piscataway , NJ ) และ 80 U ของขนาดใหญ่ klenow
ส่วน ( Invitrogen Carlsbad , CA )จากนั้นผสมดีเอ็นเอถูกถือว่าเป็นการ° C
เป็นเวลา 5 นาทีและเย็นทันทีเพื่อปรับเปลี่ยนโครงสร้างทางโมเลกุลดีเอ็นเอตามนอกจากนี้
2.5 μลิตรของน้ำและบ่มที่ 37 ° C เป็นเวลา 3 ชั่วโมง ในที่สุด ส่วนผสมมีอุณหภูมิ 95 องศา C
3 นาทีต้องยุติการติดฉลากดีเอ็นเอดีเอ็นเอบริสุทธิ์ใช้ .
ติดป้าย ที่รวดเร็วมั่นบริสุทธิ์ชุด
( เพิ่ม , Valencia , CA , USA ) ตามคําแนะนําของผู้ผลิตและ
วัดโดย nanodrop nd-1000 Spectrophotometer เพื่อประเมิน
ประสิทธิภาพการติดฉลาก ดีเอ็นเอแห้งในทำให้ ( thermosavant
Milford , MA , USA ) 45 ° C เป็นเวลา 45 นาที