3. Data uniformityA key goal of the

3. Data uniformity
A key goal of the PDB is to make the archive as consistent and
error-free as possible. As indicated above, all new depositions
are reviewed carefully by annotators before release. Errors
found subsequent to release by authors and PDB users are
addressed as rapidly as possible. Minor errors result in
revisions to the entry which are annotated within the entry;
major errors lead to a superceding entry or entry withdrawal.
Corrections and updates to entries are sent to deposit@
rcsb.rutgers.edu.
`Legacy data', that is, data submitted prior to October 1998,
comply with several different PDB formats, and variation
exists in how the same features are described for different
structures within each format. The inconsistency of formats
and nomenclature conventions make it dif®cult to consistently
parse these data and query across the archive. As an
immediate solution to the query problem, particular records
across all entries in the archive were corrected; these included
citation, R factor and resolution (Bhat et al., 2001). These
corrections were loaded into the database and thus it was
possible to query on these features and obtain accurate results
(Table 3). However, these data were not available in the PDB
®les. To provide uniform data for each structure we used the
software that was developed and tested for primary processing
and revalidated all the data in the archive. Corrections were
made to nomenclature and special attention was paid to
consistency of the chemical description of the macromolecule
and the ligand. Examples of the types of errors that were
found and corrected are shown in Table 4.
The corrected ®les were released in mmCIF format and
can be found at ftp://beta.rcsb.org/pub/pdb/uniformity/data/
mmCIF/ (Westbrook et al., 2002).
The original PDB ®les will
continue to be available as they
are a historical record and have
been the basis of many research
projects. Software is available
from the PDB to transform the
mmCIF ®les to PDB-formatted
®les. In the future, these ®les will
form the basis of the PDB databases
accessible via the WWW.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3. ข้อมูลความรื่นรมย์เป้าหมายหลักของ PDB จะทำให้เก็บเป็นความสอดคล้อง และปราศจากข้อผิดพลาดเป็นไป ตามที่ระบุข้างต้น depositions ใหม่ทั้งหมดจะดูอย่างระมัดระวัง โดย annotators ก่อนที่จะปล่อย ข้อผิดพลาดพบ subsequent to นำออกใช้โดยผู้เขียน และผู้ใช้ PDBได้รับการจัดการเป็นอย่างรวดเร็วที่สุด เกิดข้อผิดพลาดเล็กน้อยแก้ไขรายการที่จะใส่คำอธิบายประกอบในรายการ การดูข้อผิดพลาดที่สำคัญทำให้รายการ superceding หรือรายการถอนแก้ไขและปรับปรุงรายการส่งฝาก@rcsb.rutgers.edu'มรดกข้อมูล' คือ ข้อมูลส่งก่อนเดือน 2541 ตุลาคมสอดคล้องกับหลายอื่น PDB รูปแบบ และการเปลี่ยนแปลงมีอยู่ในวิธีอธิบายในลักษณะเดียวกันแตกต่างกันโครงสร้างภายในแต่ละรูปแบบ ไม่สอดคล้องของรูปแบบระบบการตั้งชื่อแบบแผนให้ dif ® ลัทธิการอย่างสม่ำเสมอกระจายข้อมูลและแบบสอบถามเหล่านี้ในเก็บถาวร เป็นการสอบถามปัญหา การแก้ไขทันทีในรายการทั้งหมดในเก็บถาวรถูกแก้ไข เหล่านี้รวมอ้างอิง คูณ R และความละเอียด (พาตและ al., 2001) เหล่านี้การแก้ไขถูกโหลดลงในฐานข้อมูล และดังนั้น ก็สามารถสอบถามเกี่ยวกับคุณลักษณะเหล่านี้ และได้รับผลลัพธ์ที่ถูกต้อง(ตาราง 3) อย่างไรก็ตาม ข้อมูลเหล่านี้ไม่มีใน PDB® เลส ให้ข้อมูลที่เป็นรูปแบบสำหรับแต่ละโครงสร้างเราใช้การซอฟต์แวร์ที่ถูกพัฒนา และทดสอบสำหรับการประมวลผลหลักและปฏิเสธข้อมูลทั้งหมดในเก็บถาวร แก้ไขได้made to nomenclature and special attention was paid toconsistency of the chemical description of the macromoleculeand the ligand. Examples of the types of errors that werefound and corrected are shown in Table 4.The corrected ®les were released in mmCIF format andcan be found at ftp://beta.rcsb.org/pub/pdb/uniformity/data/mmCIF/ (Westbrook et al., 2002).The original PDB ®les willcontinue to be available as theyare a historical record and havebeen the basis of many researchprojects. Software is availablefrom the PDB to transform themmCIF ®les to PDB-formatted®les. In the future, these ®les willform the basis of the PDB databasesaccessible via the WWW.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3.
ความสม่ำเสมอข้อมูลเป้าหมายสำคัญของPDB
คือการทำให้ข้อมูลที่เก็บเป็นที่สอดคล้องกันและปราศจากข้อผิดพลาดที่เป็นไปได้ ตามที่ระบุไว้ข้างต้นทั้งหมด depositions
ใหม่จะมีการทบทวนอย่างรอบคอบโดยannotators ก่อนที่จะปล่อย ข้อผิดพลาดที่พบในภายหลังจะปล่อยโดยผู้เขียนและผู้ใช้ PDB มีการแก้ไขอย่างรวดเร็วที่สุดเท่าที่ทำได้ ส่งผลให้เกิดข้อผิดพลาดเล็ก ๆ น้อย ๆ ในการแก้ไขรายการซึ่งมีข้อเขียนภายในรายการนั้น. ข้อผิดพลาดที่สำคัญนำไปสู่การเข้า superceding หรือถอนรายการการแก้ไขและการปรับปรุงรายการที่จะถูกส่งไปฝาก@. rcsb.rutgers.edu `มรดกข้อมูล ', ที่อยู่, ข้อมูลที่ส่งก่อนถึงเดือนตุลาคมปี 1998 ให้สอดคล้องกับรูปแบบที่แตกต่างกันหลาย PDB และรูปแบบที่มีอยู่ในวิธีการคุณสมบัติเดียวกันจะมีคำอธิบายที่แตกต่างกันสำหรับโครงสร้างภายในแต่ละรูปแบบ ไม่สอดคล้องของรูปแบบและการประชุมการตั้งชื่อให้มันdif®cultต่อเนื่องแยกวิเคราะห์ข้อมูลเหล่านี้และแบบสอบถามทั่วเก็บ ในฐานะที่เป็นวิธีการแก้ปัญหาที่จะแก้ไขปัญหาได้ทันทีการค้นหาระเบียนโดยเฉพาะอย่างยิ่งผ่านรายการทั้งหมดในที่เก็บได้รับการแก้ไข; เหล่านี้รวมถึงการอ้างอิงปัจจัย R และความละเอียด (Bhat et al., 2001) เหล่านี้แก้ไขถูกโหลดลงในฐานข้อมูลและทำให้มันเป็นไปได้ที่จะสอบถามเกี่ยวกับคุณลักษณะเหล่านี้และได้ผลลัพธ์ที่ถูกต้อง(ตารางที่ 3) อย่างไรก็ตามข้อมูลเหล่านี้ไม่ได้มีอยู่ใน PDB ®les เพื่อให้ข้อมูลเหมือนกันสำหรับโครงสร้างที่เราใช้ซอฟต์แวร์ที่ได้รับการพัฒนาและทดสอบสำหรับการประมวลผลหลักและrevalidated ข้อมูลทั้งหมดในการเก็บ การแก้ไขที่ถูกสร้างขึ้นมาเพื่อการตั้งชื่อและให้ความสนใจเป็นพิเศษที่จ่ายให้กับความมั่นคงของรายละเอียดทางเคมีของโมเลกุลและแกนด์ ตัวอย่างของประเภทของความผิดพลาดที่ได้พบและการแก้ไขจะแสดงในตารางที่ 4 ®lesแก้ไขถูกปล่อยออกมาในรูปแบบ mmCIF และสามารถพบได้ที่ftp://beta.rcsb.org/pub/pdb/uniformity/data/ mmCIF / (เวสต์บ et al., 2002). PDB ®lesเดิมจะยังคงสามารถใช้ได้ตามที่พวกเขาเป็นบันทึกทางประวัติศาสตร์และได้รับพื้นฐานของการวิจัยหลายโครงการ ซอฟแวร์ที่มีอยู่จาก PDB เพื่อเปลี่ยน®les mmCIF ที่จะจัดรูปแบบ PDB ®les ในอนาคต®lesเหล่านี้จะเป็นพื้นฐานของฐานข้อมูล PDB ที่เข้าถึงได้ผ่านทางเวิลด์ไวด์เว็บ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3 . ความสอดคล้องข้อมูล
เป้าหมายหลักของเส้นใยเพื่อให้เก็บเป็นที่สอดคล้องกันและ
ข้อผิดพลาดฟรีเป็นไปได้ ตามที่ระบุข้างต้น ใหม่ทั้งหมดจะถูกตรวจสอบอย่างรอบคอบ โดย annotators
Depositions ก่อนปล่อย พบข้อผิดพลาด
ตามมาปล่อยโดยผู้เขียนและผู้ใช้ PDB เป็น
ส่งเร็วที่สุด ข้อผิดพลาดเล็กน้อยผล
แก้ไขรายการที่แสดงภายในรายการ ;
ข้อผิดพลาดที่สำคัญนำไปสู่ superceding รายการหรือรายการถอน แก้ไข และปรับปรุงรายการ
มาฝาก @
rcsb Rutgers . edu .
` ข้อมูล ' มรดกที่เป็นข้อมูลที่ส่งก่อนตุลาคม 1998
สอดคล้องกับรูปแบบ PDB ที่แตกต่างกันหลาย , และการเปลี่ยนแปลง
มีอยู่ในวิธีการเดียวกันที่อธิบายคุณสมบัติ โครงสร้างที่แตกต่างกัน
ภายในแต่ละรูปแบบ ความไม่สอดคล้องกันของรูปแบบ
และการประชุมการตั้งชื่อให้มันแยก®ศาสนาอย่างต่อเนื่อง
แยกข้อมูลเหล่านี้และแบบสอบถามในการเก็บ เป็นโซลูชั่นทันทีเพื่อสอบถามปัญหา

โดยเฉพาะ บันทึกผ่านรายการทั้งหมดในแฟ้มถูกแก้ไข ; เหล่านี้รวมถึง
การอ้างอิง R ปัจจัยและความละเอียด ( ภัต et al . , 2001 ) แก้ไขเหล่านี้
ถูกโหลดลงในฐานข้อมูล และดังนั้นมันจึงถูก
สามารถสอบถามเกี่ยวกับคุณสมบัติเหล่านี้ และขอรับ
ผลลัพธ์ที่ถูกต้อง ( ตารางที่ 3 ) อย่างไรก็ตาม ข้อมูลเหล่านี้ไม่สามารถใช้ได้ใน PDB
®เลส เพื่อให้ข้อมูลที่เหมือนกันสำหรับแต่ละโครงสร้างเราใช้
ซอฟต์แวร์ที่ถูกพัฒนาและทดสอบสำหรับ
การประมวลผลหลักและ revalidated ข้อมูลทั้งหมดในเอกสาร การทำ
ระบบการตั้งชื่อและความสนใจพิเศษคือจ่าย

ความสอดคล้องของเคมีรายละเอียดของโมเลกุล
และลิแกนด์ . ตัวอย่างของชนิดของข้อผิดพลาดที่พบและการแก้ไขเป็น

แสดงดังตารางที่ 4 . การแก้ไข®เลสถูกปล่อยออกมาในรูปแบบ mmcif และ
สามารถพบได้ที่ ftp : / / เบต้า rcsb . org / pub / PDB / สามัคคี / data /
mmcif / ( Westbrook et al . , 2002 )

®ต้นฉบับ PDB เลสจะยังคงสามารถใช้ได้ตามที่พวกเขา
เป็นบันทึกทางประวัติศาสตร์ และเป็นพื้นฐานของโครงการวิจัย

มากมาย ซอฟต์แวร์ที่สามารถใช้ได้จาก PDB แปลง

mmcif ®เลสเพื่อ PDB รูปแบบ
®เลส ในอนาคต เหล่านี้®เลสจะ
รูปแบบพื้นฐานของฐานข้อมูล PDB


สามารถเข้าถึงได้ผ่านทาง www