The Protein Clusters dataset consis

The Protein Clusters dataset consists of organized groups (clusters) of proteins encoded by complete and draft genomes from the NCBI Reference Sequence (RefSeq) collection of microorganisms: prokaryotes, viruses, fungi, protozoans; it also includes protein clusters from RefSeq genomes of plants, chloroplasts, and mitochondria. Clusters for each group are created and curated separately and given a different accession prefix. The primary goal of Protein Clusters is to provide the support to functional annotation of RefSeq genomes. Functional annotation of novel proteins is based on the assumption that proteins with high levels of sequence similarity are likely to share the same function. This oversimplified model of a linear evolution where similar proteins evolve from a single ancestor is further complicated by the events of gene duplication. Clusters of related (homologous) proteins include both orthologs and paralogs. Orthologs are genes in different organisms (species) that evolved from a common ancestral gene by speciation; paralogs are genes related by duplication within a genome. The definition was first introduced by Fitch in 1970 (7). The analysis of protein families from various organisms has shown that this definition does not embrace all the complexity of relationships of genes from different organisms. For more details see Koonin et al. 2005 (16). The NCBI Protein Clusters dataset contains automatically generated clusters that do not distinguish orthologs and paralogs. During manual evaluation some clusters containing paralogs can be split by curators, especially if the paralogs are known to have different functions.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ชุดข้อมูลโปรตีนคลัสเตอร์ประกอบด้วยกลุ่ม (คลัสเตอร์) ของโปรตีนที่ถูกเข้ารหัส โดยสมบูรณ์ และแบบร่าง genomes จาก NCBI อ้างอิงลำดับ (RefSeq) เก็บรวบรวมจุลินทรีย์: prokaryotes ไวรัส เชื้อรา โปรโต ซัว นอกจากนี้ยังมีกลุ่มโปรตีนจาก RefSeq genomes ของพืช chloroplasts, mitochondria คลัสเตอร์แต่ละกลุ่มจะถูกสร้าง และ curated ต่างหาก และกำหนดคำนำหน้าทะเบียนแตกต่างกัน เป้าหมายหลักของคลัสเตอร์ของโปรตีนคือการ ให้การสนับสนุนคำอธิบายหน้าที่ของ RefSeq genomes คำอธิบายการทำงานของโปรตีนนวนิยายตั้งอยู่บนสมมติฐานที่ว่า มักจะใช้ฟังก์ชันเดียวกันโปรตีนระดับสูงของความคล้ายคลึงกันของลำดับ เพิ่มเติมมีซับซ้อนแบบนี้ oversimplified ของวิวัฒนาการเชิงการพัฒนาที่คล้ายโปรตีนจากบรรพบุรุษเดียว โดยเหตุการณ์ของยีนซ้ำ กลุ่มของโปรตีนที่เกี่ยวข้อง (homologous) รวมทั้ง orthologs และ paralogs Orthologs มียีนที่แตกต่างกันสิ่งมีชีวิต (สปีชีส์) ที่พัฒนาจากการยีนโบราณทั่วไปโดยการเกิดสปีชีส์ใหม่ ยีนที่เกี่ยวข้อง โดยทำสำเนาภายในจีโนมเป็น paralogs ได้ คำนิยามแรกถูกนำ โดยฟิทช์ใน 1970 (7) การวิเคราะห์ครอบครัวโปรตีนจากสิ่งมีชีวิตต่าง ๆ ได้แสดงว่า คำนิยามนี้โอบกอดความสลับซับซ้อนของความสัมพันธ์ของยีนจากสิ่งมีชีวิตที่แตกต่างกัน สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติมดู Koonin et al. 2005 (16) กลุ่มโปรตีน NCBI ที่ประกอบด้วยชุดข้อมูลโดยอัตโนมัติสร้างคลัสเตอร์ที่แยก orthologs และ paralogs ในระหว่างการประเมินด้วยตนเอง บางคลัสเตอร์ที่ประกอบด้วย paralogs สามารถแบ่ง โดย curators โดยเฉพาะถ้าทราบว่า paralogs มีฟังก์ชันต่าง ๆ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ชุดข้อมูลโปรตีนกลุ่มประกอบด้วยกลุ่มที่จัด (กลุ่ม) ของโปรตีนเข้ารหัสโดยจีโนมที่สมบูรณ์และร่างจากลำดับอ้างอิง NCBI (RefSeq) คอลเลกชันของจุลินทรีย์: prokaryotes ไวรัสเชื้อราโปรโตซัว; ก็ยังมีกลุ่มโปรตีนจากจีโนม RefSeq ของพืชคลอโรพลาและ mitochondria กลุ่มแต่ละกลุ่มมีการสร้างและ curated แยกต่างหากและได้รับคำนำหน้าเข้าที่แตกต่างกัน เป้าหมายหลักของกลุ่มโปรตีนคือการให้การสนับสนุนให้คำอธิบายประกอบการทำงานของจีโนม RefSeq คำอธิบายประกอบการทำงานของโปรตีนใหม่ตั้งอยู่บนสมมติฐานว่าโปรตีนที่มีระดับสูงของความคล้ายคลึงกันตามลำดับมีแนวโน้มที่จะมีส่วนร่วมฟังก์ชั่นเดียวกัน รุ่นนี้สมจริงสมจังของวิวัฒนาการเชิงเส้นที่คล้ายโปรตีนมีวิวัฒนาการมาจากบรรพบุรุษเดียวมีความซับซ้อนมากขึ้นโดยเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นของการทำสำเนายีน กลุ่มที่เกี่ยวข้องกัน (คล้ายคลึงกัน) รวมถึงโปรตีน orthologs และ paralogs Orthologs มียีนในสิ่งมีชีวิตที่แตกต่างกัน (สายพันธุ์) ที่วิวัฒนาการมาจากบรรพบุรุษของยีนที่พบบ่อยโดย speciation; paralogs มียีนที่เกี่ยวข้องกับการทำสำเนาที่อยู่ในจีโนม ความหมายที่ถูกนำมาใช้โดยฟิทช์แรกในปี 1970 (7) การวิเคราะห์ของครอบครัวโปรตีนจากสิ่งมีชีวิตต่างๆได้แสดงให้เห็นว่าคำนิยามนี้ไม่ได้โอบกอดทุกความซับซ้อนของความสัมพันธ์ของยีนจากสิ่งมีชีวิตที่แตกต่างกัน ดูรายละเอียดเพิ่มเติม Koonin et al, 2005 (16) ชุดข้อมูล NCBI กลุ่มโปรตีนมีขึ้นโดยอัตโนมัติกลุ่มที่ไม่เห็นความแตกต่างและ orthologs paralogs ในระหว่างการประเมินคู่มือบางกลุ่มที่มี paralogs สามารถแบ่งโดยภัณฑารักษ์โดยเฉพาะอย่างยิ่งถ้า paralogs เป็นที่รู้จักกันจะมีหน้าที่แตกต่างกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โปรตีนกลุ่มชุดข้อมูลประกอบด้วยองค์กรกลุ่ม ( กลุ่ม ) ของโปรตีนเข้ารหัสโดยจีโนมที่สมบูรณ์และร่างจาก ncbi อ้างอิงลำดับ ( refseq ) คอลเลกชันของจุลินทรีย์ โพรคาริโ , ไวรัส , เชื้อรา , โปรตัวซัวส์ ; นอกจากนี้ยังรวมถึงกลุ่มโปรตีนจาก refseq จีโนมของพืช คลอโรพลาสต์และไมโทคอนเดรีย .กลุ่มแต่ละกลุ่มจะถูกสร้างขึ้นและ curated แยกต่างหาก และได้รับการติดต่อที่แตกต่างกัน เป้าหมายหลักของกลุ่มโปรตีนเพื่อให้การสนับสนุนการจัดการการทำงานของ refseq ยีนส์ใหม่ . หมายเหตุ การทำงานของโปรตีนใหม่ตั้งอยู่บนสมมติฐานว่า โปรตีนกับระดับสูงของความเหมือนลำดับมีแนวโน้มที่จะใช้ฟังก์ชันเดียวกันรุ่นนี้ยอดคุณสมบัติของเส้นวิวัฒนาการที่วิวัฒนาการมาจากบรรพบุรุษที่เป็นโปรตีนเหมือนกัน เดี่ยวมีความซับซ้อนมากขึ้นโดยกิจกรรมของยีน การทำซ้ำ กลุ่มที่เกี่ยวข้อง ( ฟังก์ชัน ) โปรตีนรวมและทั้ง orthologs paralogs . orthologs มียีนในสิ่งมีชีวิตต่าง ๆ ( ชนิด ) ที่วิวัฒนาการมาจากบรรพบุรุษร่วมกัน โดยยีนชนิด ;paralogs มียีนที่เกี่ยวข้องโดยการทำซ้ำภายในจีโนม . นิยามเป็นครั้งแรกในปี 1970 โดยนาย ( 7 ) การวิเคราะห์โปรตีนในครอบครัวจากสิ่งมีชีวิตต่าง ๆได้แสดงให้เห็นว่าคำนิยามนี้ไม่โอบกอดทุกความซับซ้อนของความสัมพันธ์ของยีนจากสิ่งมีชีวิตอื่น สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติมดู koonin et al . 2548 ( 16 )การ ncbi กลุ่มชุดข้อมูลประกอบด้วยโปรตีนที่สร้างขึ้นโดยอัตโนมัติและกลุ่มที่ไม่แบ่งแยก orthologs paralogs . ในระหว่างการทดลองใช้คู่มือบางกลุ่มที่มี paralogs สามารถแบ่งโดยภัณฑารักษ์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งถ้า paralogs รู้จักมีฟังก์ชันต่าง ๆ