Fig. 1.Overall structure of BDV-M.

Fig. 1.
Overall structure of BDV-M. (A) The BDV-M monomer, rainbow-colored from the N to the C terminus. The position of the bound ribonucleotide (cytidine–5′-monophosphate) is indicated in stick representation. (B) Topology of the BDV-M monomer with residue numbers of secondary structure elements (β-strands as arrows, α-helices as cylinders) colored according to A. (C) Ribbon diagram of the (crystallographic) BDV-M tetramer, highlighting the tesselation of the L-shaped monomers.
Oligomeric Architecture of BDV-M.

BDV-M crystallizes in space group I432 with 1 monomer in the asymmetric unit (23); a tightly-assembled, noncovalently-linked tetramer is formed by crystallographic 4-fold symmetry (Fig. 1C). The BDV-M tetramer forms a square planar arrangement of dimensions 84 × 84 × 42 Å. Square planar tetramers are comparably rare for biological macromolecules; interestingly, the nucleoprotein of BDV also forms square planar tetramers with dimensions 59 × 59 × 87 Å (24). The L-shaped BDV-M monomer tessellates to form the compact tetramer; every long arm of the L interacts with the short arm of the next monomer. Analysis of the solvent-accessible areas shows that ≈26% (2,315 Å2) of the surface area (8,869 Å2) of each monomer is buried in the tetramer by the 2 neighboring monomers.
The C-terminal portion of one monomer interacts with the N termini and the external surface of β-sheet II of the next monomer. Helix α4, located at the center of the tetramer, interacts with the external surface of β-sheet I, helix α4, and the surrounding loop of the second monomer (Fig. 1C). Near the 4-fold axis, residues Glu-108 and Lys-111 at the beginning of helix α4 appear to play a special role in stabilization of the tetramer. Although residue Glu-108 exhibits multiple conformations, pointing in one case toward the surface of the tetramer, its side chain is in the other case buried and forms salt bridges to Lys-111 of a neighboring monomer. The BDV-M tetramer is held together by further hydrophobic and polar interactions, with a total of 50 hydrogen bonds and 150 van der Waals contacts formed by each monomer.
The dominant form of BDV-M isolated from infected horses is tetrameric (15), suggesting that it is the tetramer that binds to the viral membrane, and flotation experiments have shown that BDV-M binds to membranes of BDV-infected cells (14). The interaction of the purified BDVM tetramer with brain polar lipid extract was studied by using the monolayer technique (25). Injection of the protein results in a clear decrease in lipid monolayer surface pressure (Fig. S2), suggesting a condensation of the lipid phase akin to that of the binding of polybasic and polyaliphatic peptides to negatively-charged lipids such as phosphatidylserine (25, 26). To delineate the putative membrane binding surface, the electrostatic potential distribution was calculated (Fig. 2A). One face of the BDV-M tetramer displays a highly positively-charged surface, with small negatively-charged patches corresponding to isolated amino acids from the C termini. This face is also rich in solvent-exposed hydrophobic and aromatic side chains. The combination of these characteristics suggests that this face is responsible for membrane interactions (27) (Fig. 2B). The opposite face of the BDV-M tetramer reveals 2 positively-charged S-shaped patches that cross each other at the tetramer center, separated by negatively-charged areas (see Fig. 4B), whereas the tetramer edges exhibit alternating patches of acidic/basic nature (Fig. 2B) that could mediate lateral association to form the planar arrays observed previously (16).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Fig. 1โครงสร้างโดยรวมของ BDV-M (A) BDV M น้ำยา เรนโบว์สีจาก N ไปนัส C ตำแหน่งของ ribonucleotide ผูก (cytidine – 5′-monophosphate) ระบุไว้ในไม้แสดง (ข) โครงสร้างของน้ำยา BDV-M มีจำนวนโครงสร้างรององค์ประกอบ (β-strands เป็นลูกศร α helices เป็นถัง) สีตามไดอะแกรม A. (C) Ribbon ของ tetramer BDV-M (crystallographic) สารตกค้างเน้น tesselation ของ monomers รูป Lสถาปัตยกรรม oligomeric BDV-ม. BDV-M crystallizes ในพื้นที่กลุ่ม I432 มีน้ำยา 1 แบบ asymmetric หน่วย (23) tetramer ประกอบแน่น noncovalently เชื่อมโยงจะเกิดขึ้น โดย crystallographic 4-fold สมมาตร (Fig. 1C) Tetramer BDV-M ฟอร์มจัดเรียงระนาบสี่เหลี่ยมขนาด 84 × 84 × 42 Å. สแควร์ tetramers ระนาบมีปานหายากสำหรับ macromolecules ชีวภาพ เป็นเรื่องน่าสนใจ nucleoprotein ของ BDV ยังฟอร์ม tetramers ระนาบสี่เหลี่ยม มีขนาด 59 × 59 × 87 Å (24) น้ำยารูป L BDV-M tessellates แบบ tetramer กระชับ ทุกแขนยาวของ L โต้ตอบกับน้ำยาต่อแขนสั้น การวิเคราะห์ของตัวทำละลายได้แสดงที่ ≈26% (2,315 Å2) ของพื้นที่ผิว (8,869 Å2) ของน้ำยาแต่ละฝังอยู่ใน tetramer 2 ใกล้เคียง monomers โดยส่วน C-เทอร์มินัลของน้ำยาหนึ่งโต้ตอบกับเทอร์มินิ N และพื้นผิวภายนอกของβ-แผ่น II ของน้ำยาต่อไป เกลียว α4 ตั้งอยู่ที่ศูนย์กลางของ tetramer โต้ตอบกับพื้นผิวภายนอกของβ-แผ่นฉัน α4 เกลียว และวงรอบของน้ำยาสอง (Fig. 1C) ใกล้แกน 4-fold ตกค้าง Lys-111 ต้น α4 เกลียวและ Glu 108 ปรากฏบทบาทพิเศษในเสถียรภาพของการ tetramer แม้ว่าสารตกค้าง Glu 108 จัดแสดงหลาย conformations ชี้กรณีหนึ่งไปยังพื้นผิวของ tetramer โซ่ข้างของในกรณีอื่น ๆ ที่ฝัง และฟอร์ม Lys-111 ของน้ำยาใกล้เคียงสะพานเกลือ Tetramer BDV-M จัดขึ้นร่วมกันโดยเพิ่มเติม hydrophobic และโต้ตอบเชิงขั้ว รวมพันธบัตรไฮโดรเจน 50 และ 150 van der Waals ติดต่อเกิดขึ้น โดยน้ำยาแต่ละแบบฟอร์มหลักของ BDV-M แยกต่างหากจากม้าติดไวรัสเป็น tetrameric (15) , แนะนำที่ เป็น tetramer ที่ binds กับเมมเบรนไวรัส และ flotation ทดลองได้แสดงว่า BDV M binds กับเยื่อหุ้มของเซลล์ติดเชื้อ BDV (14) การโต้ตอบของ tetramer BDVM บริสุทธิ์สกัดจากไขมันขั้วสมองถูกศึกษา โดยใช้เทคนิค monolayer (25) ผลการฉีดโปรตีนลดลงไขมัน monolayer พื้นผิวความดัน (ฟิกชัดเจน S2), แนะนำแน่นของเฟสไขมันเหมือนกับที่รวมของ polybasic และเปปไทด์ polyaliphatic การคิดในเชิงลบโครงการเช่น phosphatidylserine (25, 26) การไปผูกผิวเมมเบรน putative การกระจายอาจเกิดไฟฟ้าสถิตได้คำนวณ (Fig. 2A) หน้าหนึ่งของ tetramer BDV-M แสดงพื้นผิวสูงบวกคิด มีขนาดเล็กคิดในเชิงลบซอฟต์แวร์ที่สอดคล้องกับการแยกกรดอะมิโนจากเทอร์มินิ C หน้านี้ก็อุดมไปด้วยสัมผัสตัวทำละลาย hydrophobic และหอมด้านโซ่ การรวมกันของลักษณะเหล่านี้แนะนำว่า หน้านี้ชอบโต้เมมเบรน (27) (Fig. 2B) หน้าตรงข้ามของ tetramer BDV-M เผย 2 คิดบวกรูป S แพทช์ที่ไขว้กันกลาง tetramer ยอคิดในเชิงลบพื้นที่ (ดู Fig. 4B), ในขณะที่ขอบ tetramer แสดงสลับโปรแกรมพื้นฐาน/กรดธรรมชาติ (Fig. 2B) ที่สามารถบรรเทาความสัมพันธ์ด้านข้างแบบระนาบเรย์สังเกตก่อนหน้านี้ (16)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

มะเดื่อ 1.
โครงสร้างโดยรวมของ BDV-M (A) โมโนเมอร์ BDV-M สีรุ้งจาก N เพื่อสถานี C ตำแหน่งของ ribonucleotide ผูกพัน (cytidine-5'-monophosphate) จะแสดงในการเป็นตัวแทนติด (B) โทโพโลยีของ BDV-M โมโนเมอร์ที่มีตัวเลขที่เหลือขององค์ประกอบโครงสร้างทุติยภูมิ (β-เส้นเป็นลูกศรαเอนริเก้เป็นถัง) สีตาม A. (C) แผนภาพริบบิ้นของ (crystallographic) tetramer BDV-M . เน้น tesselation ของโมโนเมอร์รูปตัว L
. Oligomeric สถาปัตยกรรมของ BDV-M BDV-M ตกผลึกในกลุ่มพื้นที่ I432 กับโมโนเมอร์ 1 ในหน่วยไม่สมมาตร (23); แน่นประกอบ noncovalently เชื่อมโยง tetramer เป็นรูปสมมาตร 4 เท่า crystallographic (รูป. 1C) tetramer BDV-M รูปแบบการจัดระนาบตารางขนาด 84 × 84 × 42 สแควร์ tetramers ระนาบมีปานหายากสำหรับโมเลกุลชีวภาพ ที่น่าสนใจของนิวคลีโอ BDV ยังเป็นตาราง tetramers ภาพถ่ายที่มีขนาด 59 × 59 × 87 (24) รูปตัว L BDV-M tessellates โมโนเมอร์ในรูปแบบ tetramer กะทัดรัด; ทุกแขนยาวของ L โต้ตอบกับแขนสั้นของโมโนเมอร์ต่อไป การวิเคราะห์พื้นที่ตัวทำละลายที่สามารถเข้าถึงได้แสดงให้เห็นว่า≈26% (2,315 A2) ของพื้นที่ผิว (8869 A2) ของโมโนเมอร์แต่ละคนถูกฝังอยู่ใน tetramer โดย 2 โมโนเมอร์ที่อยู่ใกล้เคียง. ส่วน C-ขั้วหนึ่งโมโนเมอร์มีปฏิสัมพันธ์กับไม่มี ปลายทางและพื้นผิวภายนอกของβแผ่นที่สองของโมโนเมอร์ต่อไป Helix α4ตั้งอยู่ที่ศูนย์กลางของ tetramer, โต้ตอบกับพื้นผิวภายนอกของβแผ่นผมα4เกลียวและวงรอบของโมโนเมอร์ที่สอง (รูป. 1C) ใกล้แกน 4 เท่าตกค้าง Glu-108 และลิซ-111 ที่จุดเริ่มต้นของα4เกลียวปรากฏที่จะมีบทบาทพิเศษในการรักษาเสถียรภาพของ tetramer แม้ว่าสารตกค้าง Glu-108 จัดแสดงนิทรรศการ conformations หลายชี้ไปในกรณีหนึ่งที่มีต่อพื้นผิวของ tetramer โซ่ด้านข้างอยู่ในกรณีอื่น ๆ ที่ฝังอยู่และรูปแบบสะพานเกลือลิซ-111 ของโมโนเมอร์ที่อยู่ใกล้เคียง BDV-M tetramer จะจัดขึ้นร่วมกันโดยการมีปฏิสัมพันธ์ต่อไปไม่ชอบน้ำและขั้วโลกมีทั้งหมด 50 พันธบัตรไฮโดรเจนและ 150 รายชื่อแวนเดอร์วาลส์ที่เกิดขึ้นจากโมโนเมอร์แต่ละ. รูปแบบที่โดดเด่นของ BDV-M ที่แยกได้จากม้าที่ติดเชื้อเป็น tetrameric (15), บอกว่ามันเป็น tetramer ที่ผูกกับเมมเบรนไวรัสและการทดลองลอยได้แสดงให้เห็นว่า BDV-M ผูกกับเยื่อหุ้มเซลล์ BDV-ติดเชื้อ (14) ปฏิสัมพันธ์ของ tetramer BDVM บริสุทธิ์ด้วยสารสกัดจากไขมันขั้วโลกสมองได้รับการศึกษาโดยใช้เทคนิค monolayer (25) ฉีดโปรตีนในผลลดลงชัดเจนในการดันพื้นผิว monolayer ไขมัน (รูป. S2) ชี้ให้เห็นการรวมตัวของไขมันขั้นตอนคล้ายกับว่าการผูกพันของ polybasic และเปปไทด์ที่จะ polyaliphatic ไขมันประจุลบเช่น phosphatidylserine (25, 26 ) เพื่อวิเคราะห์พื้นผิวเมมเบรนสมมุติผูกพัน, การจัดจำหน่ายที่มีศักยภาพไฟฟ้าสถิตที่คำนวณได้ (รูป. 2A) หนึ่งใบหน้าของ tetramer BDV-M แสดงพื้นผิวสูงประจุบวกกับแพทช์ขนาดเล็กประจุลบที่สอดคล้องกับกรดอะมิโนที่แยกได้จากปลายทาง C หน้านี้ยังอุดมไปด้วยตัวทำละลายที่สัมผัสโซ่ด้านที่ไม่ชอบน้ำและมีกลิ่นหอม การรวมกันของลักษณะเหล่านี้แสดงให้เห็นว่าใบหน้านี้เป็นผู้รับผิดชอบในการปฏิสัมพันธ์เมมเบรน (27) (รูป. 2B) ใบหน้าตรงข้ามของ BDV-M tetramer เผยให้เห็น 2 ประจุบวกแพทช์ตัว S ที่ไขว้กันที่ศูนย์ tetramer แยกจากกันโดยพื้นที่ที่มีประจุลบ (ดูรูป. 4B) ในขณะที่ขอบ tetramer จัดแสดงสลับกันเป็นหย่อม ๆ ที่เป็นกรด / ลักษณะพื้นฐาน (รูป. 2B) ที่อาจเป็นสื่อกลางในการเชื่อมโยงด้านข้างในรูปแบบอาร์เรย์ระนาบตั้งข้อสังเกตก่อนหน้านี้ (16)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

รูปที่ 1 .
โครงสร้างโดยรวมของ bdv-m. ( ) เพื่อ bdv-m , รุ้งสีจาก N C ปลายทาง ตำแหน่งของผูกโบนิวคลีโอไทด์ ( ไม่รู้จักหยุด– 5 ’ - โมโนฟอสเฟต ) จะแสดงในการติด ( ข ) โครงสร้างของโมโนเมอร์ตกค้าง bdv-m กับตัวเลขขององค์ประกอบโครงสร้างทุติยภูมิ ( บีตา - เส้นเป็นลูกศร , แอลฟา helices เป็นถัง ) สีตามที่ อ.( c ) ริบบิ้นแผนภาพของ ( ทาง ) bdv-m มีไฮไลต์ tesselation ของโอลิโกเมอร์ตัว L .
สถาปัตยกรรมของ bdv-m.

bdv-m ตกผลึกในกลุ่มพื้นที่ i432 1 โมโนเมอร์ในหน่วยแบบอสมมาตร ( 23 ) ; แน่นประกอบ noncovalently เชื่อมโยงมีรูปแบบโดยทางสมมาตร 4 เท่า ( รูปที่ 1C )โดยมีรูปแบบการจัด bdv-m ระนาบสี่เหลี่ยมขนาด 84 × 84 × 42 • . ตารางบนระนาบ tetramers มีปานหายากสำหรับโมเลกุลทางชีวภาพ น่าสนใจ นิ วคลีโอโปรตีนของ bdv ยังเป็นรูปแบบตาราง Planar tetramers ขนาด 59 × 59 × 87 กริพเพน ( 24 ) ที่ตัว L bdv-m โมโนเมอร์ tessellates รูปแบบมีกระชับทุก ๆ แขนยาวของชั้นติดต่อกับแขนสั้นของมอนอเมอร์ ต่อไป การวิเคราะห์ละลายเข้าพื้นที่ พบว่า ≈ 26% ( 2315 • 2 ) ของพื้นที่ผิว ( 8869 • 2 ) แต่ละโมโนเมอร์ถูกฝังไว้ในเตตระเมอร์เมอร์โดยใกล้เคียง 2 .
ส่วนหนึ่งของมอนอเมอร์ ซึ่งติดต่อกับ N แทร์มินี่ และผิวภายนอกของบีตา - แผ่น 2 ของมอนอเมอร์ ต่อไป . เกลียวα 4ตั้งอยู่ที่ศูนย์กลางของการมีปฏิสัมพันธ์กับผิวภายนอกของบีตา - แผ่นชั้น เกลียวα 4 และ รอบวงของโมโนเมอร์ที่สอง ( ภาพที่ 1c ) ใกล้ 4 เท่าแกน และตกค้าง glu-108 lys-111 ที่จุดเริ่มต้นของเกลียวα 4 ปรากฏมีบทบาทพิเศษในการรักษาเสถียรภาพของเตตระเมอร์ . แม้ว่า glu-108 ตกค้างหลายโครงสร้างนิทรรศการ ,ชี้ในคดีที่มีต่อพื้นผิวของเตตระเมอร์ ของข้างโซ่ในกรณีอื่นที่ฝังและรูปแบบเกลือสะพานเพื่อ lys-111 ของเพื่อนบ้านโมโนเมอร์ โดยมี bdv-m จัดขึ้นร่วมกันโดยปฏิกิริยาไฮโดรโฟบิกและขั้วต่อ มีทั้งหมด 50 พันธะไฮโดรเจนและ 150 แวนเดอวาลส์ติดต่อรูปแบบโดยแต่ละโมโนเมอร์
ฟอร์มเด่นของ bdv-m แยกจากม้าติดเชื้อเป็น tetrameric ( 15 ) แนะนำว่ามันมีที่ผูกกับเยื่อหุ้มไวรัส และการลอยตัวด้วยการทดลองได้แสดงให้เห็นว่า bdv-m จับกับเยื่อเซลล์ที่ติดเชื้อ bdv ( 14 ) ปฏิสัมพันธ์ของโปรตีนมีไขมันด้วยสารสกัดจาก bdvm ขั้วโลกสมองโดยใช้เทคนิคอย่าง ( 25 )การฉีดโปรตีนในผลลดลงชัดเจนในระดับพื้นผิวความดันอย่าง ( รูป S2 ) แนะนำการควบแน่นของไขมันเฟสคล้ายกับที่ของการจับและ polybasic polyaliphatic เปปไทด์เพื่อลบค่าไขมัน เช่น ฟอสฟาทิดิลซีรีน ( 25 , 26 ) การวาดภาพพื้นผิวเมมเบรนซึ่งผูกพัน การคำนวณศักยภาพ ( รูปที่ 2A )ใบหน้าของมี bdv-m แสดงสูง มีประจุบวกกับประจุลบแพทช์ผิวขนาดเล็กที่แยกกรดอะมิโนจาก C แทร์มินี่ . หน้านี้ยังอุดมไปด้วยสารเคมี สัมผัส ) และหอมข้างโซ่ การรวมกันของลักษณะเหล่านี้แสดงให้เห็นว่าหน้านี้เป็นผู้รับผิดชอบสำหรับเมมเบรนปฏิสัมพันธ์ ( 27 ) ( รูปที่ 2B )ผิวหน้าตรงกันข้ามของเตตระเมอร์ bdv-m เผย 2 ประจุบวกรูปแพทช์ที่ข้ามแต่ละอื่น ๆ ที่ศูนย์มีแยกด้วยประจุไฟฟ้าลบพื้นที่ ( ดูรูปที่ 4B ) ในขณะที่มีขอบแสดงสลับแพทช์ธรรมชาติกรดขั้นพื้นฐาน / ( รูปที่ 2B ) ที่สามารถไกล่เกลี่ยด้านข้างสมาคมในรูปแบบอาร์เรย์เชิงสังเกตก่อนหน้านี้ ( 16 ) .