For the sequencing of the 16S rRNA

For the sequencing of the 16S rRNA gene, genomic DNA was obtained using a Solgent genomic DNA extraction kit and the 16S rRNA gene was amplified according to the methods of Weisburg et al. (1991). The 16S rRNA gene sequencing was performed by Solgent; sequences of related taxa were obtained from the EzTaxon-e server (http:// eztaxon-e.ezbiocloud.net; Kim et al., 2012) and GenBank database. Multiple alignments were performed using the program CLUSTAL X (Thompson et al., 1997), followed by gap editions in the BioEdit program (Hall, 1999). The Kimura two-parameter model (Kimura, 1983) was used to calculate evolutionary distances. The neighbour-joining (Saitou & Nei, 1987) and the maximum-likelihood methods were usedto reconstruct phylogenetic trees, as implemented in MEGA 5.2 (Kumar et al., 2008). The bootstrap values were calculated based on 1000 replications (Felsenstein, 1985).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สำหรับลำดับของยีน 16S rRNA ดีเอ็นเอออกมาโดยใช้ชุดสกัดดีเอ็นเอออกน้ำยา และยีน 16S rRNA ถูกขยายตามวิธีของ Weisburg et al. (1991) ลำดับยีน 16S rRNA ทำ โดยน้ำยา ลำดับของที่เกี่ยวข้องที่ได้รับจากเซิร์ฟเวอร์ EzTaxon-e (http:// eztaxon e.ezbiocloud.net Kim et al. 2012) และฐานข้อมูลของ GenBank หลายจัดดำเนินการโดยใช้โปรแกรม CLUSTAL X (Thompson et al. 1997), ตาม โดยช่องว่างครั้งในโปรแกรม BioEdit (ฮอลล์ 1999) รุ่นสองพารามิเตอร์คิมุระ (คิมุระ 1983) ถูกใช้เพื่อคำนวณระยะทางวิวัฒนาการ เพื่อนบ้านรวม (Saitou & เล่ง 1987) และวิธีการโอกาสสูงสุด usedto สร้างทางต้นไม้ เป็นนำใน 5.2 ล้าน (Kumar et al. 2008) ค่าเริ่มต้นถูกคำนวณจากระยะ 1000 (Felsenstein, 1985)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สำหรับการจัดลำดับของยีน 16S rRNA ของดีเอ็นเอที่ได้รับโดยใช้ชุดสกัดดีเอ็นเอ Solgent จีโนมและยีน 16S rRNA ถูกขยายตามวิธีการของ Weisburg et al, (1991) ลำดับยีน 16S rRNA ได้ดำเนินการโดย Solgent; ลำดับของแท็กซ่าที่เกี่ยวข้องที่ได้รับจากเซิร์ฟเวอร์ EzTaxon-E (http: //. eztaxon-e.ezbiocloud.net; คิม et al, 2012) และฐานข้อมูลของ GenBank การจัดแนวหลายได้ดำเนินการโดยใช้โปรแกรม Clustal X ( ธ อมป์สัน et al., 1997) ตามด้วยรุ่นช่องว่างในโปรแกรม BioEdit (ที่ฮอลล์, 1999) คิมูระสองพารามิเตอร์แบบ (คิมูระ, 1983) ถูกใช้ในการคำนวณระยะทางวิวัฒนาการ เพื่อนบ้านเข้าสู่ (Sai​​tou & Nei, 1987) และวิธีการที่น่าจะเป็นสูงสุดถูก usedto สร้างต้นไม้ขณะที่การดำเนินการใน MEGA 5.2 (Kumar et al., 2008) ค่าบูตถูกคำนวณจาก 1,000 ซ้ำ (Felsenstein, 1985)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สำหรับลำดับของ 16S rRNA ยีน ดีเอ็นเอ ได้ใช้ solgent การสกัดดีเอ็นเอและยีน 16S rRNA ชุดขยายตามวิธีการของ weisburg et al . ( 1991 ) การลำดับเบส 16S rRNA ยีนโดยใช้ solgent ลำดับของที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับจาก eztaxon-e เซิร์ฟเวอร์ ( http : / / eztaxon-e.ezbiocloud.net ; Kim et al . , 2012 ) และฐานข้อมูลขนาด . หลาย การได้ใช้โปรแกรม clustal X ( Thompson et al . , 1997 ) , ตามด้วยช่องว่างต่างๆในโปรแกรม bioedit ( Hall , 1999 ) พวกคิมูระสองพารามิเตอร์โมเดล ( คิมูระ , 1983 ) ถูกใช้ในการคำนวณเชิงวิวัฒนาการระยะทาง เพื่อนบ้านที่เข้าร่วม ( ไซโตะ & เนย , 1987 ) และวิธีความเป็นไปได้สูงสุดและสร้าง phylogenetic ต้นไม้ เช่น ใช้ในเมกา 5.2 ( Kumar et al . , 2008 ) เท่ากับค่าคำนวณตามซ้ำ 1 , 000 ครั้ง ( felsenstein , 1985 )