The partition scheme and evolutiona

The partition scheme and evolutionary models selected were then used for maximum likelihood phylogenetic reconstruction using Garli 2.0.1 (Zwickl, 2006) and for Bayesian phylogenetic
analysis using MrBayes 3.2.2 (Ronquist and Huelsenbeck, 2003).For our Garli analyses, we ran 50 bootstrap replications using the default parameter values recommended for datasets with small
numbers of taxa, with 2 searches per run and 4 individuals in the population for the genetic algorithm. For our Bayesian analyses, we ran 4 chains and 2 runs of 11 million generations each, with trees sampled every 1000 generations, discarding the first 1 million generations and 1000 trees as burnin. All Garli and MrBayes runs were executed on the CIPRES Science Gateway v 3.3 (Miller et al., 2010). As we were able to collect less sequence data overall
on Ateles marginatus than on any of the other taxa (and as we were unable to sequence any portion of the NAD6 gene for that sample),we ran our phylogenetic analyses in three ways: (a) including data from Ateles marginatus and analyzing all three coding regions, (b)
including A. marginatus, but only considering the NAD5 and cytochrome B loci, and (c) excluding A. marginatus completely from the alignment. Once the phylogenetic trees were inferred, we
replaced the sample names with the species name assigned according to Groves (2001) to check if the samples putatively assigned to a specific taxon formed monophyletic groups.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โครงการพาร์ทิชันและรูปแบบวิวัฒนาการที่เลือกถูกนำมาใช้แล้วสำหรับโอกาสสูงสุดฟื้นฟูสายวิวัฒนาการโดยใช้ garli 2.0.1 (Zwickl 2006)
และสายวิวัฒนาการคชกรรมการวิเคราะห์โดยใช้MrBayes 3.2.2 (Ronquist และ Huelsenbeck, 2003) การกีฬาวิเคราะห์ garli ของเราเราวิ่ง 50
ซ้ำบูตโดยใช้ค่าพารามิเตอร์เริ่มต้นแนะนำสำหรับชุดข้อมูลขนาดเล็กที่มีจำนวนแท็กซ่ามี2 ค้นหาต่อการทำงานและ 4 คนในประชากรสำหรับขั้นตอนวิธีทางพันธุกรรม สำหรับการวิเคราะห์แบบเบย์ของเราเราวิ่ง 4 โซ่และ 2 วิ่ง 11 ล้านคนรุ่นแต่ละที่มีต้นไม้ตัวอย่างทุกๆ 1000 รุ่นแรกทิ้ง 1000000 รุ่นและ 1000 เป็นต้นไม้ Burnin ทั้งหมด garli และวิ่ง MrBayes ถูกประหารชีวิตในเกตเวย์ CIPRES วิทยาศาสตร์ 3.3 โวลต์ (มิลเลอร์ et al., 2010) ในขณะที่เรามีความสามารถในการเก็บรวบรวมข้อมูลลำดับน้อยโดยรวมใน Ateles marginatus กว่าที่ใด ๆ ของแท็กซ่าอื่น ๆ (และในขณะที่เราไม่สามารถลำดับส่วนหนึ่งส่วนใดของยีน NAD6 สำหรับตัวอย่างที่) เราวิ่งสายวิวัฒนาการของเราจะวิเคราะห์ในสามวิธี (ก ) รวมทั้งข้อมูลจาก Ateles marginatus และวิเคราะห์ทั้งสามภูมิภาคเข้ารหัส (ข) รวมทั้งเอ marginatus แต่พิจารณา NAD5 และ cytochrome ตำแหน่ง B, และ (ค) ไม่รวมเอ marginatus สมบูรณ์จากการจัดตำแหน่ง เมื่อต้นไม้ถูกอ้างถึงเราเปลี่ยนชื่อของกลุ่มตัวอย่างที่มีชื่อสายพันธุ์ที่ได้รับมอบหมายตามที่โกรฟส์ (2001) เพื่อตรวจสอบว่ากลุ่มตัวอย่างที่ได้รับมอบหมาย putatively ไปยังแท็กซอนที่เกิดขึ้นโดยเฉพาะกลุ่มไฟย์เลติ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พาร์ทิชันรูปแบบวิวัฒนาการและแบบเลือกได้ใช้โอกาสฟื้นฟูสูงสุด ซึ่งใช้ garli 2.0.1 ( zwickl , 2006 ) และการวิเคราะห์ phylogenetic
เบย์ใช้ mrbayes 3.2.2 ( ronquist และ huelsenbeck , 2003 ) . การวิเคราะห์ garli ของเรา เราวิ่ง 50 บูทซ้ำโดยใช้พารามิเตอร์ค่าเริ่มต้นที่แนะนำสำหรับข้อมูลตัวเลขขนาดเล็ก
ของแทกซา ,2 การค้นหาต่อ วิ่ง 4 คน ในประชากรสำหรับขั้นตอนวิธีทางพันธุกรรม การวิเคราะห์แบบเบส์ของเรา เราวิ่ง 4 กลุ่ม และ 2 วิ่ง 11 ล้านรุ่นแต่ละ กับต้นไม้ โดยทุกๆ 1000 รุ่น ทิ้ง 1 ล้านรุ่นแรก และ 1 , 000 ต้นไม้ไหม้ . ทั้งหมด garli mrbayes วิ่งและถูกประหารชีวิตใน cipres วิทยาศาสตร์เกตเวย์ V 3.3 ( มิลเลอร์ et al . , 2010 )เราสามารถเก็บน้อยกว่าลำดับข้อมูลโดยรวมใน ateles
marginatus กว่าใด ๆของและอื่น ๆ ( และเราไม่สามารถลำดับใด ๆ ส่วนของยีน nad6 สำหรับตัวอย่าง ) เราวิ่งการวิเคราะห์ phylogenetic ของเราสามวิธี : ( ) รวมทั้งข้อมูลจาก ateles marginatus และวิเคราะห์ทั้งสามรหัสภูมิภาค ( b )
. marginatus รวม แต่เมื่อพิจารณาตามสถานะและ nad5 B ,และ ( C ) ยกเว้น . marginatus อย่างสมบูรณ์จากแนว ครั้งหนึ่งต้นไม้ต่างๆได้สรุปเรา
แทนที่ตัวอย่างชื่อชื่อพรรณไม้ที่ได้รับมอบหมายตามป่าละเมาะ ( 2001 ) เพื่อตรวจสอบว่าเป็นชนิดที่เฉพาะเจาะจงตัวอย่าง putatively มอบหมายให้ตั้งกลุ่ม monophyletic .