Instead of using the conventional s

Instead of using the conventional superimposition method
described in Section1, we proposed to use a protein–protein
docking approach for model construction. We performed two
types of docking calculations with ATP-free and ATP-bound NBD
monomeric structures. In both cases, we obtained the biologically
correct NBD1–NBD2 heterodimeric structures. Considering the
critical role of ATP molecules in NBD1–NBD2 dimerization[2–4],
we focused on the docking study with ATP-boundNBD monomeric
structures. Specifically, NBD1 and NBD2 monomers were treated
as two different proteins. The ZDOCK (version 2.1) protein–protein
docking program[27] was used to search globally all possible
binding configurations between NBD1 and NBD2. During protein–
protein docking with human NBDs, the default parameters of
ZDOCK were used. Namely, NBD1 was fixed and NBD2 was
uniformly sampled with an Euler angle interval of 15

in the entire
rotational space, yielding a total of 3600 rotations. For each
rotation of NBD2, the complete search over the translational space
was performed by the Fast Fourier Translational (FFT) algorithm
with a grid spacing of 1.2 A˚ , and only the top translation of NBD2
with the best shape complementarity according to the scoring
function in ZDOCK was kept. This yielded a total of 3600 putative
NBD1–NBD2 binding modes in a global search. By default, the top

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แทนที่จะใช้วิธีธรรมดา superimposition
อธิบายใน Section1 เรานำเสนอการใช้โปรตีน – โปรตีน
เทียบวิธีการสำหรับการก่อสร้างแบบจำลอง เราทำสอง
ชนิดคำนวณเทียบกับฟรี ATP และผูกกับ ATP NBD
monomeric โครงสร้าง ในทั้งสองกรณี เรารับชิ้น
แก้ไขโครงสร้าง heterodimeric NBD1 – NBD2 พิจารณาการ
บทบาทสำคัญของ ATP โมเลกุลใน dimerization NBD1 – NBD2 [2-4],
เราเน้นศึกษาเทียบกับ ATP boundNBD monomeric
โครงสร้าง โดยเฉพาะ NBD1 และ NBD2 monomers ได้รับการรักษา
เป็นโปรตีนทั้งสองแตกต่างกัน ZDOCK (รุ่น 2.1) โปรตีน – โปรตีน
ใช้โปรแกรมเทียบ [27] การค้นหาได้ทั้งหมดทั่วโลก
ผูกค่าระหว่าง NBD1 และ NBD2 ระหว่างโปรตีน –
เทียบกับมนุษย์ NBDs พารามิเตอร์เริ่มต้นของโปรตีน
ZDOCK ใช้ ได้แก่ กำหนด NBD1 และถูก NBD2
ตัวอย่างสม่ำเสมอเมื่อเทียบเคียงกับช่วงมุมออยเลอร์ 15

ในทั้งหมด
ในการหมุนพื้นที่ ผลผลิตทั้งหมดหมุนเวียน 3600 สำหรับแต่ละ
หมุน NBD2 การค้นหาผ่านพื้นที่ translational
ทำตามอัลกอริทึมอย่างรวดเร็วฟูรีเย Translational (FFT)
มีระยะห่างระหว่างเส้นตาราง 1.2 A˚ และเฉพาะการแปลด้านบนของ NBD2
กับ complementarity รูปร่างดีที่สุดตามคะแนน
ฟังก์ชันใน ZDOCK ถูกเก็บไว้ นี้ผลรวมของ 3600 putative
NBD1 – NBD2 รวมวิธีในการค้นหา โดยค่าเริ่มต้น ด้านบน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แทนการใช้วิธีการที่อธิบายไว้ใน section1
ปกติศึกษาตรงกัน เราเสนอการใช้โปรตีนและโปรตีน
docking วิธีการก่อสร้างแบบ เราแสดงสอง
ประเภท docking การคำนวณที่มีฟรีและเอทีพีเอทีพีที่ผูกไม่สำคัญ
เกิดโครงสร้าง ในทั้งสองกรณี เรารับได้
ถูกต้อง nbd1 – nbd2 heterodimeric โครงสร้าง พิจารณา
บทบาทที่สำคัญของ ATP โมเลกุลใน nbd1 – 2 – nbd2 สหชาต [ 4 ]
เราเน้นลงไปศึกษากับวิธี ATP boundnbd
โครงสร้าง โดยเฉพาะ และ nbd1 nbd2 เมอร์ได้รับการรักษา
เป็นสองโปรตีนที่แตกต่างกัน การ zdock ( รุ่น 2 ) โปรตีน ( โปรตีน
docking โปรแกรม [ 27 ] ถูกใช้เพื่อค้นหาทั่วโลกเป็นไปได้ทั้งหมดและค่า nbd1
ผูกพันระหว่าง nbd2 . ระหว่างโปรตีน -
โปรตีน Docking กับมนุษย์ nbds , ค่าเริ่มต้นค่า
zdock มาใช้ คือ nbd1 คือคงที่และ nbd2 คือ
อย่างสม่ำเสมอตัวอย่างกับออยเลอร์มุมช่วง 15

 ในพื้นที่ทั้ง 5
, ผลผลิตทั้งหมด 3600 การหมุน สำหรับแต่ละ
การหมุนของ nbd2 , ค้นหาที่สมบูรณ์กว่า
พื้นที่สำหรับทำโดยเร็ว ( FFT ) ขั้นตอนวิธี
แปลฟูเรียร์กับตารางระยะ 1.2 เป็น˚และเฉพาะด้านบนแปล nbd2
ที่ดีที่สุดที่มีรูปร่างข้อมูลตามคะแนน
ฟังก์ชันใน zdock ถูกเก็บไว้ นี้ให้ผลรวม 3600 นอกจากนี้
nbd1 – nbd2 ผูกพันในโหมดการค้นหาทั่วโลก โดยค่าเริ่มต้น , ด้านบน