Microarray data analysisDifferentia

Microarray data analysis
Differentially expressed genes were determined via the fold-change (FC) and p values of the t-test and SAM test (Significant analysis of microarray). Differentially expressed genes are identified to have an FC of >1.5 and a p value of

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิเคราะห์ข้อมูล Microarrayยีนที่แสดงออกแตกต่างกันถูกกำหนดผ่านพับเปลี่ยน (FC) และค่า p ของ t-ทดสอบและทดสอบ SAM (microarray สำคัญวิเคราะห์) จะมีระบุยีนที่แสดงออกแตกต่างกันจะมีเป็น FC ของ > 1.5 และค่า p < 0.05 ระหว่างสองกลุ่ม วิเคราะห์ทางเดิน KEGG โดยใช้ระบบวิเคราะห์ SBC (http://sas.ebioservice.com/), ซึ่งอ้างอิงฐานข้อมูล KEGGPCR เชิงปริมาณแบบเรียลไทม์การตรวจสอบข้อมูลแสดงออกของยีน microarray เชิงปริมาณแบบเรียลไทม์ PCR (qRT PCR) ทดสอบดำเนินการใช้ RNA รวมจากตัวอย่างตับเดียวกันที่ใช้ในการวิเคราะห์ microarray ลำดับของไพรเมอร์สำหรับยีนเป้าหมายและยีนควบคุมภายใน (GAPDH) ระบุไว้ในข้อมูลเสริม (ตาราง S3) อาร์เอ็นเอรวมแก้ไขย้อนกลับนั้นปรากฏใช้ cDNA แปลงกลับสแตรนด์แรกช่วยสังเคราะห์ชุด qRT PCR assay ได้ดำเนินการในส่วนผสมของปฏิกิริยา μl 36 โปรแกรมขี่จักรยานที่ความร้อนถูกตั้งค่าเป็นดังนี้: 95 ° C เป็นเวลา 2 นาที ตาม ด้วย 40 รอบ 95 ° c 15 ดำเนินการ s, 60 ° C เป็นเวลา 1 นาทีปฏิกิริยา qRT PCR ลข้อบนระบบแบบเรียลไทม์ PCR (Agilent เทคโนโลยี Stratagene Mx3000P) ข้อมูลมาวิเคราะห์ โดยวิธี (Ct) ของวงจรการเปรียบเทียบเกณฑ์ [6] การพับเปลี่ยน (FC) cDNA ของยีนเป้าหมายสัมพันธ์กับยีนควบคุมภายนอกที่เลือกถูกกำหนดเป็นดังนี้: FC = 2−ΔΔCtการทดสอบทางสถิติผลเลือดทางชีวเคมีและ qRT PCR ได้วิเคราะห์โดยใช้ SPSS เวอร์ชั่นของซอฟต์แวร์ (SPSS Inc. ชิคาโก IL สหรัฐอเมริกา) ข้อมูลถูกแสดงเป็นค่าเฉลี่ย±ส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐาน (SD) ความแตกต่างระหว่างกลุ่ม 2 กลุ่มถูกวิเคราะห์ โดย unpaired นักทดสอบ t (ตัวแปรต่อเนื่องกระจายตามปกติ) หรือการทดสอบแมนน์ – Whitney U (ตัวแปรต่อเนื่องกระจาย nonnormally) น่าจะน้อยกว่า 5% (p < 0.05) ถูกถือว่าเป็นนัยสำคัญทางสถิติผลลัพธ์ผลของเมตฟอร์มินในเลือดวิเคราะห์ทางชีวเคมีหลังจาก 2 สัปดาห์ของการบริหารงาน FBG ถูกลดลงอย่างมีนัยสำคัญในกลุ่มเมตฟอร์มินเมื่อเทียบกับกลุ่มเบาหวานควบคุม และระดับ FBG ก็มีเสถียรภาพภายใน 5 สัปดาห์ต่อไปนี้ (รูปที่ 1) ในการทดสอบ OGTT, KKAy หนูรักษา ด้วยเมตฟอร์มินพบการลดระดับน้ำตาลในเลือดที่ 30 และ 60 นาทีเมื่อเทียบกับการควบคุมเมาส์ KKAy (รูป 2A) หลังจาก 5 สัปดาห์ของการรักษาเมตฟอร์มิน ลดอินซูลินอดอาหารก่อนหน้านี้พบว่า ในหนูกลุ่มเมตฟอร์มิน เมื่อเทียบกับหนูกลุ่มควบคุม (รูปที่ 2C) ผลลัพธ์เหล่านี้แสดงให้เห็นว่าเมตฟอร์มินกลูโคสความอดทนและอินซูลินต้านทานในหนู KKAy ซึ่งยืนยันการลดลงของโรงแรมโฮมา-IR (รูปที่ 2D) การปรับปรุง ในเวลาเดียวกัน เซรั่ม TG (รูปที่ 3B) และ LDL-C (มะเดื่อ 3C) ความเข้มข้นได้ลดลงในหนู KKAy รับการรักษา ด้วยเมตฟอร์มิน เมื่อเทียบกับเมาส์ควบคุมเบาหวาน (p < 0.05)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์ข้อมูล microarray
ยีนแสดง Differentially ได้รับการพิจารณาผ่านพับเปลี่ยนแปลง (เอฟซี) และค่า P ของ t-test และการทดสอบ SAM (การวิเคราะห์ที่สําคัญของ microarray) การแสดงออกของยีนที่แตกต่างกันจะมีการระบุจะมีเอฟซี> 1.5 และความคุ้มค่าของ AP <0.05 ระหว่างสองกลุ่ม การวิเคราะห์ทางเดิน KEGG ถูกดำเนินการโดยใช้ระบบเอสบีซีวิเคราะห์ (http://sas.ebioservice.com/) ซึ่งจะขึ้นอยู่กับฐานข้อมูล KEGG.
แบบ Real-time PCR เชิงปริมาณ
ในการตรวจสอบข้อมูลการแสดงออกของยีน microarray ปริมาณ Real-time PCR (qRT-PCR) ได้ดำเนินการโดยใช้ RNA รวมจากตัวอย่างตับเดียวกันใช้ในการวิเคราะห์ microarray ลำดับของไพรเมอร์สำหรับยีนเป้าหมายและการควบคุมภายในของยีน (GAPDH) มีการระบุไว้ในข้อมูลเสริม (ตารางที่ S3) RNA รวมเป็นถ่ายทอดกลับโดยใช้ชุดเปลี่ยนกลับปฐมพยาบาล Strand ยีนสังเคราะห์ qRT-PCR ทดสอบได้ดำเนินการใน 36 ไมโครลิตรผสมปฏิกิริยา โปรแกรมการขี่จักรยานการระบายความร้อนได้รับการตั้งค่าเป็นดังนี้: 95 ° C เป็นเวลา 2 นาทีตามด้วย 40 รอบจาก 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 15 วินาที, 60 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาทีปฏิกิริยา qRT-PCR ได้ดำเนินการในการเพิ่มขึ้นสามเท่าในระบบเวลาจริง PCR ( Agilent Technologies, Stratagene Mx3000P) วิเคราะห์ข้อมูลผ่านวงจรเกณฑ์เปรียบเทียบ (CT) วิธี [6] การเปลี่ยนแปลงเท่า (ซี) ในเป้าหมายยีนยีนที่สัมพันธ์กับยีนควบคุมภายนอกที่เลือกถูกกำหนดดังนี้. เอฟซี = 2 ΔΔCt
สถิติการทดสอบ
ผลของชีวเคมีในเลือดและ qRT-PCR ถูกวิเคราะห์โดยใช้โปรแกรม SPSS 16.0 รุ่นซอฟแวร์ (SPSS อิงค์ ชิคาโก, อิลลินอยส์, สหรัฐอเมริกา) ข้อมูลที่ถูกนำเสนอเป็นค่าเฉลี่ย±ส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐาน (SD) ความแตกต่างระหว่างทั้งสองกลุ่มมาวิเคราะห์โดย t-test unpaired นักศึกษา (กระจายตามปกติตัวแปรต่อเนื่อง) หรือการทดสอบ Mann-Whitney U (จัดจำหน่าย nonnormally ตัวแปรต่อเนื่อง) ความน่าจะเป็นน้อยกว่า 5% (p <0.05) ได้รับการพิจารณาอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ.
ผลการ
ศึกษาผลของยา metformin ในการวิเคราะห์ทางชีวเคมีในเลือด
หลังจาก 2 สัปดาห์ของการบริหาร FBG ลดลงอย่างมีนัยสำคัญในกลุ่มยา metformin เมื่อเทียบกับกลุ่มควบคุมโรคเบาหวานและระดับ FBG มีเสถียรภาพ ภายในต่อไปนี้ 5 สัปดาห์ที่ผ่านมา (รูปที่ 1). ในการทดสอบ OGTT หนู KKAy รับการรักษาด้วยยา metformin พบว่าลดลงของระดับน้ำตาลในเลือดวันที่ 30 และ 60 นาทีเมื่อเทียบกับการควบคุมหนู KKAy (รูป. 2A) หลังจาก 5 สัปดาห์ของการรักษายา metformin, การลดลงของการอดอาหารอินซูลินเป็นข้อสังเกตก่อนหน้านี้ใน metformin หนูกลุ่มเมื่อเทียบกับหนูกลุ่มควบคุม (รูป. 2C) ผลการศึกษานี้แสดงให้เห็นว่ายา metformin ปรับปรุงความทนทานต่อกลูโคสและความต้านทานต่ออินซูลินในหนู KKAy ซึ่งได้รับการยืนยันจากการลดลงของ HOMA-IR (รูป. 2D) ในเวลาเดียวกัน, ซีรั่ม TG (รูป. 3B) และ LDL-C (รูป. 3C) ความเข้มข้นลดลงอย่างมีนัยสำคัญในหนู KKAy รับการรักษาด้วยยา metformin เมื่อเทียบกับหนูที่เป็นโรคเบาหวานควบคุม (p <0.05)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์ข้อมูล microarrayแสดงออกแตกต่างกันยีนถูกกำหนดผ่านการเปลี่ยนแปลงพับ ( FC ) และค่า t-test และการทดสอบ ( แซมการวิเคราะห์สําคัญของ microarray ) ยีนที่แสดงออกแตกต่างกันมีการระบุให้มี FC > 1.5 และค่า P < 0.05 ของระหว่างสองกลุ่ม การวิเคราะห์วิถี KEGG เป็นต้น , ดำเนินการใช้ระบบการวิเคราะห์ SBC ( http : / / SAS ebioservice . com / ) ซึ่งจะขึ้นอยู่กับฐานข้อมูล KEGG เป็นต้น .เวลาจริงเทคนิคเชิงปริมาณการตรวจสอบการแสดงออกของยีนแบบ microarray ข้อมูล เชิงปริมาณ ( ข้าพเจ้าใช้ PCR PCR ) จำนวนอาร์เอ็นเอรวมจากเดิม ตับ กลุ่มตัวอย่างที่ใช้ในการวิเคราะห์ . ลำดับของไพรเมอร์สำหรับเป้าหมายยีนและยีนควบคุมภายใน ( gapdh ) อยู่ในข้อมูลเพิ่มเติม ( โต๊ะ S3 ) อาร์เอ็นเอทั้งหมดถูกย้อนกลับและการกลับไปปฐมพยาบาลเกลียวยีนสังเคราะห์ชุด ข้าพเจ้า PCR assay ได้ดำเนินการใน 36 μ L ปฏิกิริยาผสม โปรแกรมการขี่จักรยานการระบายความร้อนไว้ดังนี้ : 95 องศา C เป็นเวลา 2 นาที ตามด้วย 40 รอบ 95 องศา C เป็นเวลา 15 วินาที , 60 ° C เป็นเวลา 1 นาที ข้าพเจ้าได้โดยปฏิกิริยา PCR ทั้งสามใบในระบบเรียลไทม์ ( Agilent Technologies , stratagene mx3000p ) ข้อมูลวงจรเกณฑ์เปรียบเทียบ ( CT ) [ 6 ] การพับ ( FC ) ในยีนยีนเป้าหมายที่สัมพันธ์กับยีนที่ควบคุมภายในกำหนดดังนี้ เอฟซี = 2 −ΔΔ ctการทดสอบทางสถิติผลเลือดตรวจทางชีวเคมี และข้าพเจ้าวิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้ SPSS เวอร์ชั่น 16.0 ซอฟต์แวร์ ( SPSS Inc , ชิคาโก , IL , USA ) ข้อมูลที่ถูกนำเสนอเป็น±ค่าเฉลี่ย ค่าความเบี่ยงเบนมาตรฐาน ( SD ) ความแตกต่างระหว่างสองกลุ่ม โดยใช้ Unpaired t-test ( แบบปกติ ของนักเรียน ตัวแปรต่อเนื่อง ) หรือ Mann Whitney U test ( กระจาย ) nonnormally อย่างต่อเนื่องตัวแปร ) ความน่าจะเป็นน้อยกว่า 5 เปอร์เซ็นต์ ( P < 0.05 ) ถือว่ามีนัยสำคัญทางสถิติผลลัพธ์ผลของเมทฟอร์มินในเลือดการวิเคราะห์ทางชีวเคมีหลังจากการบริหารงานของ 2 สัปดาห์ที่ 2 ลดลงอย่างมีนัยสำคัญในกลุ่มโลหะเมื่อเทียบกับกลุ่มควบคุมเบาหวาน และระดับที่ 2 มีเสถียรภาพภายใน 5 สัปดาห์ต่อไปนี้ ( รูปที่ 1 ) ในวิธีทดสอบ kkay หนูที่ได้รับ metformin พบการลดลงของระดับกลูโคสในเลือดที่ 30 และ 60 นาทีเมื่อเทียบกับการควบคุม kkay หนู ( รูปที่ 2A ) หลังจากสัปดาห์ที่ 5 ของ metformin รักษาลดการอดอาหารอินซูลินก่อนหน้านี้พบในบทบาทกลุ่มหนู เมื่อเปรียบเทียบกับหนูกลุ่มควบคุม ( รูปที่ 2 ) ผลลัพธ์เหล่านี้แสดงให้เห็นว่าบทบาทการปรับปรุงความอดทนกลูโคสและอินซูลินใน kkay หนู , ซึ่งได้รับการยืนยันโดยการลดลงของ homa-ir ( รูปที่ 2 ) ในเวลาเดียวกัน , เซรั่ม TG ( รูปที่ 3B ) และ LDL-C ( รูปที่ 3 ) ความเข้มข้นลดลงอย่างมีนัยสำคัญในหนูที่ได้รับ kkay metformin เมื่อเทียบกับหนูที่ควบคุมเบาหวานอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ ( P < 0.05 )