Genomic sequencing revealed that a

Genomic sequencing revealed that a 445 bp retrotransposon was inserted into the 2nd exon of LOC_Os10g36924 in the dte1 mutant ( Fig. 3B, Suppl. Fig. S4A) leading to a frame-shift that produced a premature stop codon ( Fig. 3B). If translated, the mutant transcript would encode a truncated protein with 183 amino acids of the C-terminal of LOC_Os10g36924 being replaced by 20 amino acids derived from the retrotransposon sequence (Suppl. Fig. S4B). Expression analysis showed that LOC_Os10g36924 was sharply down-regulated in the dte1 mutant ( Fig. 3C), suggesting that LOC_Os10g36924 was most likely the candidate gene underlying the dte1 mutation.

To confirm the identity of DTE1/LOC_Os10g36924 we performed genetic complementation by expressing the entire LOC_Os10g36924 coding sequence plus its native promoter in the dte1 mutant. In the positive transgenic lines the morphological traits of tiller number, plant height, and seed fertility were restored to the levels of wild type when grown at the HNLB site ( Fig. 3D). In addition, we also constructed an RNAi vector of DTE1 and transformed it into japonica cv. Kitaake. Notably, all positive transgenic plants grown in B-deficient media displayed phenotypes similar to those of the dte1 mutant (Suppl. Fig. S5A). The expression levels of DTE1 were consistent with those of the corresponding phenotypes in complementary and RNAi plants (Suppl. Fig. S5B and C). We concluded that the abnormal phenotypes of the dte1 mutant resulted from mutation of LOC_Os10g36924/DTE1.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ลำดับ genomic เปิดเผยว่า retrotransposon เป็น bp 445 ถูกแทรก exon 2 ของ LOC_Os10g36924 ใน mutant dte1 (3B Fig. ฟิก Suppl. S4A) นำไปสู่กรอบกะที่ผลิตรหัสพันธุกรรมหยุดก่อนกำหนด (Fig. 3B) ถ้าแปล เสียงบรรยายกลายพันธุ์จะเข้ารหัสโปรตีนที่ตัดกับกรดอะมิโนที่ 183 ของสถานี C ของ LOC_Os10g36924 ที่ถูกแทนที่ ด้วยกรดอะมิโน 20 มาจากลำดับ retrotransposon (ฟิก Suppl. S4B) นิพจน์การวิเคราะห์พบว่า LOC_Os10g36924 ได้อย่างรวดเร็วลงระเบียบใน mutant dte1 (Fig. 3C), แนะนำที่ LOC_Os10g36924 เป็นยีนตัวเลือกต้นแบบการกลายพันธุ์ dte1เพื่อยืนยันตัวตนของ DTE1/LOC_Os10g36924 เราทำ complementation พันธุกรรม โดยการแสดงลำดับรหัส LOC_Os10g36924 ทั้งบวกของโปรโมเตอร์ดั้งเดิมใน dte1 mutant ในบวกถั่วเหลืองบรรทัดลักษณะสัณฐานจำนวนเพาะปลูก ความสูงโรงงาน และความอุดมสมบูรณ์ของเมล็ดถูกคืนค่าไปยังระดับของชนิดป่าเมื่อเติบโตขึ้นที่เว็บไซต์ HNLB (Fig. 3D) นอกจากนี้ เรายังสร้างเวกเตอร์การ RNAi ของ DTE1 และเปลี่ยนเป็นพันธุ์ japonica Kitaake ยวด ทั้งหมดบวกถั่วเหลืองพืชปลูกในฟีสื่อแสดง B ไม่คล้ายกับของ mutant dte1 (ฟิก Suppl. S5A) ระดับนิพจน์ของ DTE1 สอดคล้องกับการฟีที่สอดคล้องกันในการเสริมและพืช RNAi (Suppl. ฟิก S5B ก C) เราสรุปว่า ฟีปกติของ dte1 mutant เป็นผลมาจากการกลายพันธุ์ของ LOC_Os10g36924/DTE1

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ลำดับจีโนมเปิดเผยว่า 445 bp retrotransposon ถูกแทรกลงในเอกซ์ซอนที่ 2 ของ LOC_Os10g36924 ใน dte1 กลายพันธุ์ (รูป. 3B, Suppl. รูป. S4A) ที่นำไปสู่การเปลี่ยนแปลงกรอบที่ผลิตหยุด codon ก่อนวัยอันควร (รูป. 3B) ถ้าแปลหลักฐานกลายพันธุ์จะเข้ารหัสโปรตีนที่ถูกตัดทอนด้วยกรดอะมิโน 183 C-ขั้ว LOC_Os10g36924 ถูกแทนที่ด้วยกรดอะมิโน 20 มาจากลำดับ retrotransposon (Suppl. รูป. S4B) การวิเคราะห์การแสดงออกแสดงให้เห็นว่าเป็น LOC_Os10g36924 อย่างรวดเร็วควบคุมลงในกลายพันธุ์ dte1 (รูป. 3C) บอกว่า LOC_Os10g36924 เป็นส่วนใหญ่มีแนวโน้มยีนกลายพันธุ์พื้นฐาน dte1. เพื่อยืนยันตัวตนของ DTE1 / LOC_Os10g36924 ที่เราดำเนินการ complementation ทางพันธุกรรมโดยแสดงทั้งหมด LOC_Os10g36924 ลำดับการเข้ารหัสบวกก่อการพื้นเมืองใน dte1 กลายพันธุ์ ในสายพันธุ์บวกลักษณะทางสัณฐานวิทยาของจำนวนไถนาความสูงของพืชและความอุดมสมบูรณ์ของเมล็ดพันธุ์ที่ได้รับการบูรณะให้อยู่ในระดับชนิดเมื่อปลูกป่าที่เว็บไซต์ HNLB (รูป. 3D) นอกจากนี้เรายังสร้างเวกเตอร์ของ RNAi และ DTE1 เปลี่ยนให้มันกลายพันธุ์ japonica Kitaake โดยเฉพาะอย่างยิ่งพืชดัดแปรพันธุกรรมทั้งหมดบวกปลูกในสื่อ B-ขาด phenotypes แสดงความคล้ายคลึงกับมนุษย์กลายพันธุ์ dte1 (Suppl. รูป. S5A) ระดับการแสดงออกของ DTE1 มีความสอดคล้องกับบรรดาของ phenotypes ที่สอดคล้องกันในพืชเสริมและ RNAi (Suppl. รูป. S5B และ C) เราได้ข้อสรุปว่า phenotypes ที่ผิดปกติของมนุษย์กลายพันธุ์ dte1 เกิดจากการกลายพันธุ์ของ LOC_Os10g36924 / DTE1

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ลำดับจีโนมพบว่า retrotransposon เป็น 445 เบสใส่เข้าไปใน 2 ชนิดของ loc_os10g36924 ใน dte1 กลายพันธุ์ ( รูปที่ 3B Suppl , . รูปที่ s4a ) นำกรอบกะที่ผลิตรหัสหยุด ก่อน ( รูปที่ 3B ) ถ้าแปลผลการเรียนจะเข้ารหัสโปรตีนกลายพันธุ์เป็นตัดกับ 183 กรดอะมิโนของของ loc_os10g36924 ซึ่งถูกแทนที่โดย 20 กรดอะมิโนที่ได้จาก retrotransposon ลำดับ ( suppl . รูปที่ s4b ) การวิเคราะห์การแสดงออก พบว่า loc_os10g36924 เป็นอย่างรวดเร็วลง ระเบียบใน dte1 กลายพันธุ์ ( รูปที่ 3 )แนะนำว่า loc_os10g36924 มีแนวโน้มมากที่สุดสำหรับผู้สมัครยีนกลายพันธุ์ dte1

เพื่อยืนยันตัวตนของ dte1 / loc_os10g36924 เราแสดงพันธุกรรมเอนไซม์โดยแสดงทั้งหมด loc_os10g36924 รหัสลำดับบวกของโปรโมเตอร์พื้นเมืองใน dte1 กลายพันธุ์ ในบวกต้นสายทางสัณฐานวิทยาลักษณะของความเป็นจำนวน ความสูงของต้นและความอุดมสมบูรณ์ของเมล็ดเรียกคืนไปยังระดับของป่าชนิดเมื่อปลูกใน hnlb เว็บไซต์ ( ภาพที่ 3 ) นอกจากนี้เรายังสร้างหาเวกเตอร์ของ dte1 และเปลี่ยนมันเป็นญี่ปุ่นที่พันธุ์ kitaake . ยวด , บวกทั้งหมดพันธุ์ปลูกใน b-deficient สื่อแสดงฟีโนไทป์คล้ายกับบรรดาของ dte1 กลายพันธุ์ ( suppl . รูปที่ s5a )ระดับการแสดงออกของ dte1 สอดคล้องกับบรรดาของฟีโนไทป์ที่สอดคล้องกันในพืชที่สมบูรณ์และหา ( suppl . รูปที่ s5b และ C ) เราสรุปได้ว่าเกิดความผิดปกติของ dte1 กลายพันธุ์ที่เกิดจากการกลายพันธุ์ของ loc_os10g36924 / dte1 .