เชื้อจุลินทรีย์ที่ใช้ในกระบวนการหมักโยเกิร์ต มี 2 ชนิด คือ Streptococcus thermophilus และ Lactobacillus bulgaricus โดย Streptococcus thermophilus ทำการย่อยสลายน้ำตาลเปลี่ยนไปเป็นกรดแลคติกและกรดฟอร์มิก ทำให้ pH ในโยเกิร์ตลดลงจาก 6.50 เป็น 5.0 เมื่อ pH ลดลง Lactobacillus bulgaricus จะทำการย่อยสลายน้ำตาลที่เหลือต่อไปจนได้เป็นกรดแลคติก ทำให้ pH ในโยเกิร์ตลดลงจาก 5.0 เป็น 4.2 และทำให้ได้โยเกิร์ตเป็นผลผลิตสุดท้ายของการหมัก