Population genomic identification o

Population genomic identification of admixture using allele frequency correlations/f-statistics describe the correlation in allele frequencies between populations (Patterson et al., 2012; Reich et al., 2009). The simplest (f2) is simply the sum-of-squares difference in allele frequency between two populations averaged across loci, and so captures the amount of divergence, or branch length between two populations. Two more complex statistics, f3 and f4 are calculated as differences between f2 statistics between groups of 3 and 4 related populations. f3 (C;A,B) has the property that, for a population C derived from populations A and B, it is expected to be positive if A,B and C are related by a simple history of divergence and genetic drift, but negative if admixture from A or B has contributed to the genetic composition of population C, while being robust to the details of the relationship between the three populations. In contrast, the value of f4(A, B, C, D) does depend on the evolutionary history of populations A, B, C and D and so can be used to test a proposed relationship: if the four populations are related as ((A,B),(C,D)) the f4 statistic is expected to be zero; for ((A, C),(B,D)) it is expected to be positive and for ((A,D),(B,C)), negative. Finally, if the evolutionary history of three ancestral populations is known, the ratio of two f4 ratios is an estimate of the relative contribution of two potential parental populations to a fourth admixed population, given an outgroup.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การระบุจีโนมประชากรของส่วนผสมโดยใช้ความสัมพันธ์ของความถี่อัลลีล/ สถิติ f อธิบายความสัมพันธ์ในความถี่อัลลีลระหว่างประชากร (Patterson et al., 2012; Reich et al., 2009) วิธีที่ง่ายที่สุด (f2) คือผลรวมของผลรวมกำลังสองในความถี่อัลลีลระหว่างประชากรสองกลุ่มโดยเฉลี่ยข้ามตำแหน่ง และจับจำนวนความแตกต่างหรือความยาวกิ่งระหว่างประชากรสองคน สถิติที่ซับซ้อนอีกสองรายการ คือ f3 และ f4 คำนวณเป็นความแตกต่างระหว่างสถิติ f2 ระหว่างกลุ่มประชากรที่เกี่ยวข้องกัน 3 และ 4 คน f3 (C;A,B) มีคุณสมบัติที่สำหรับประชากร C ที่ได้มาจากประชากร A และ B คาดว่าจะเป็นบวกถ้า A,B และ C มีความสัมพันธ์กันโดยประวัติธรรมดาของความแตกต่างและการเบี่ยงเบนทางพันธุกรรม แต่เป็นค่าลบ ถ้าส่วนผสมจาก A หรือ B มีส่วนทำให้เกิดองค์ประกอบทางพันธุกรรมของประชากร C ในขณะที่ยังคงรายละเอียดความสัมพันธ์ระหว่างประชากรทั้งสามกลุ่มได้ดี ในทางตรงกันข้าม ค่าของ f4(A, B, C, D) ขึ้นอยู่กับประวัติวิวัฒนาการของประชากร A, B, C และ D และสามารถใช้เพื่อทดสอบความสัมพันธ์ที่เสนอ: หากประชากรทั้งสี่มีความสัมพันธ์กันเป็น ( (A,B),(C,D)) สถิติ f4 คาดว่าจะเป็นศูนย์ สำหรับ ((A, C),(B,D)) คาดว่าจะเป็นบวก และสำหรับ ((A,D),(B,C)) เป็นลบ ท้ายที่สุด หากทราบประวัติวิวัฒนาการของประชากรบรรพบุรุษสามกลุ่ม อัตราส่วนของอัตราส่วน f4 สองอัตราส่วนคือการประมาณความสัมพันธ์ระหว่างประชากรผู้ปกครองสองคนต่อประชากรผสมสี่กลุ่ม เมื่อพิจารณาจากกลุ่มนอก

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การระบุจีโนมประชากรแบบผสมโดยใช้ความสัมพันธ์ของความถี่อัลลีล /
สถิติ f อธิบายถึงความสัมพันธ์ของความถี่อัลลีลระหว่างประชากร (Patterson et al. 2012; Reich et al. 2009) ง่ายที่สุด (f2) เป็นเพียงผลบวกกำลังสองของความถี่อัลลีลระหว่างสองประชากรเฉลี่ยในโลคัสดังนั้นปริมาณของความแตกต่างหรือความยาวกิ่งระหว่างสองประชากรสามารถจับได้ สองสถิติที่ซับซ้อนมากขึ้น f3 และ f4 จะถูกคำนวณเป็นความแตกต่างของสถิติ f2 ระหว่าง 3 และ 4 กลุ่มที่เกี่ยวข้อง f3 (C; A, B) มีลักษณะที่ว่าสำหรับกลุ่ม C ที่ได้มาจากกลุ่ม A และ B คาดว่าจะเป็นบวกหาก A, B และ C มีความสัมพันธ์กันผ่านความแตกต่างที่เรียบง่ายและประวัติการเลื่อนลอยทางพันธุกรรม แต่ถ้าส่วนผสมจาก A หรือ B มีส่วนช่วยในการประกอบทางพันธุกรรมของกลุ่ม C ความคาดหวังจะเป็นลบในขณะที่รายละเอียดของความสัมพันธ์ระหว่างสามกลุ่มมีเสถียรภาพ ในทางตรงกันข้ามค่าของ f4 (A, B, C, D) ขึ้นอยู่กับ evolut

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การระบุจีโนมประชากรของส่วนผสมโดยใช้ความสัมพันธ์ของความถี่อัลลีล
fสถิติอธิบายความสัมพันธ์ของความถี่อัลลีลระหว่างประชากร( Patterson et al.,2012; Reich et al .,2009 ) ง่ายที่สุด( f2)คือผลรวมของความถี่อัลลีลระหว่างสองประชากรซึ่งเป็นค่าเฉลี่ยของความถี่อัลลีลระหว่างทั้งสองกลุ่มดังนั้นจึงสะท้อนถึงความแตกต่างหรือความยาวของสาขาระหว่างทั้งสองกลุ่ม สถิติที่ซับซ้อนมากขึ้นf 3และf 4จะคํานวณเป็นความแตกต่างระหว่างสถิติf 2ระหว่างกลุ่ม3และ4กลุ่มที่เกี่ยวข้อง f3 ; a,b )มีลักษณะดังกล่าวว่าสําหรับประชากรcที่มาจากประชากรaและbถ้าa,bและcเกี่ยวข้องกับความแตกต่างและประวัติการลอยตัวทางพันธุกรรมอย่างง่ายคาดว่าจะเป็นบวกแต่ถ้าส่วนผสมจากaหรือbมีส่วนร่วมในองค์ประกอบทางพันธุกรรมของประชากรcจะเป็นลบและรายละเอียดของความสัมพันธ์ระหว่างประชากรทั้งสามมีความแข็งแรง ในทางตรงกันข้ามค่าของf4 ( a,b,c,d )ขึ้นอยู่กับประวัติวิวัฒนาการของประชากรa,b,cและdและสามารถใช้เพื่อทดสอบความสัมพันธ์ที่เสนอ:ถ้าสี่ประชากรมีความสัมพันธ์( a,b ),( c,d ) )สถิติf 4คาดว่าจะเป็นศูนย์; สําหรับ(( a,c ),( b,d ) )ความคาดหวังเป็นบวกสําหรับ(( a,d ),( b,c ) )ความคาดหวังเป็นลบ สุดท้ายถ้าประวัติวิวัฒนาการของสามกลุ่มบรรพบุรุษเป็นที่รู้จักอัตราส่วนของสองf 4เป็นประมาณการของการมีส่วนร่วมสัมพัทธ์ของทั้งสองกลุ่มพ่อแม่ที่มีศักยภาพในกลุ่มผสมที่สี่โดยให้กลุ่มภายนอก