The complete nucleotide sequences (

The complete nucleotide sequences (open reading frame regions only) for all full length pilF nucleotide sequences, deposited by Roig et al. (2010), and encompassing GenBank accession numbers FJ756476eFJ756489 and FJ899603eFJ899608, were aligned using clustalW (Thompson et al., 1994). A region of the pilF genes (approximate position 481e601) was analysed using primer express software from DNASTAR (Madison, WI, USA). Initial sequence alignment comparisons identified a variable region, at approximate positions 534e571 in the pilF gene that demonstrated significant polymorphism for the design of an appropriate TaqMan
probe (Fig. 1), targeting a sequence specific to human serumresistant strains. The probe and primers were subsequently assessed for species as well as strain specificity using a BLAST search against publically available databases (Table 1).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่สมบูรณ์ (เปิดอ่านขอบเขตเฟรมเท่านั้น) ทั้งหมดความยาวเต็ม pilF ลำดับนิวคลีโอไทด์ ฝากโดย Roig et al. (2010), และบริบูรณ์ GenBank หมายเลขทะเบียน FJ756476eFJ756489 และ FJ899603eFJ899608 ถูกจัดโดยใช้ clustalW (ทอมป์สันและ al., 1994) ภูมิภาคของยีน pilF (ตำแหน่งประมาณ 481e601) ที่ analysed ใช้รองพื้นด่วนซอฟต์แวร์จาก DNASTAR (เมดิสัน WI สหรัฐอเมริกา) เปรียบเทียบจัดลำดับเริ่มต้นระบุภูมิภาคแปร ที่ตำแหน่งประมาณ 534e571 ในยีน pilF ที่แสดงให้เห็นว่าโพลิมอร์ฟิซึมที่สำคัญสำหรับการออกแบบของ TaqMan เหมาะสมโพรบ (Fig. 1), กำหนดเป้าหมายลำดับเฉพาะสายพันธุ์ serumresistant มนุษย์ โพรบและไพรเมอร์ได้ในเวลาต่อมาประเมินสายพันธุ์รวมทั้งต้องใช้ specificity ใช้ระเบิดค้นจากฐานข้อมูลว่างป่าว (ตารางที่ 1)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ลำดับเบสฉบับสมบูรณ์ (ภูมิภาคกรอบเปิดอ่านเท่านั้น) สำหรับทุก pilF ยาวเต็มลำดับเบสฝากโดย Roig และคณะ (2010) และครอบคลุม GenBank หมายเลขภาคยานุวัติ FJ756476eFJ756489 และ FJ899603eFJ899608, ถูกจัดชิดโดยใช้ ClustalW (ธ อมป์สัน et al., 1994) พื้นที่ของยีน pilF (ตำแหน่งโดยประมาณ 481e601) ได้รับการวิเคราะห์โดยใช้ไพรเมอร์ด่วนซอฟต์แวร์จาก DNASTAR (Madison, WI, USA) การเปรียบเทียบลำดับการจัดเรียงเบื้องต้นระบุภูมิภาคตัวแปรที่ตำแหน่งโดยประมาณ 534e571 ในยีน pilF ที่แสดงให้เห็นถึงความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญสำหรับการออกแบบของ TaqMan เหมาะสม
สอบสวน (รูปที่ 1). การกำหนดเป้าหมายลำดับที่เฉพาะเจาะจงกับสายพันธุ์ serumresistant มนุษย์ สอบสวนและไพรเมอร์ได้รับการประเมินในภายหลังสำหรับสายพันธุ์เช่นเดียวกับความจำเพาะสายพันธุ์โดยใช้ค้นหาระเบิดกับฐานข้อมูลที่มีอยู่สาธารณะ (ตารางที่ 1)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่สมบูรณ์ ( เปิดอ่านกรอบภูมิภาคเท่านั้น ) สำหรับทั้งหมดเต็มความยาว pilf ลำดับนิวคลีโอไทด์ ฝากเงิน โดยรอยก์ et al . ( 2010 ) , และครอบคลุมการพบตัวเลข fj756476efj756489 fj899603efj899608 ชิดและ , ใช้ clustalw ( Thompson et al . , 1994 )ภูมิภาคของ pilf ยีน ( 481e601 ตำแหน่งโดยประมาณ ) วิเคราะห์การใช้ซอฟต์แวร์เช่นบริการจาก dnastar ( Madison , WI , USA ) เริ่มต้นลำดับการเปรียบเทียบระบุตัวแปรเขตที่ 534e571 ตำแหน่งโดยประมาณใน pilf ยีนที่แสดงนัย ) สำหรับการออกแบบของการสอบสวนที่เหมาะสม taqman
( รูปที่ 1 )เป้าหมายลำดับเฉพาะสายพันธุ์ serumresistant มนุษย์ ตรวจสอบโดยการประเมินและต่อมาชนิดรวมทั้งความจำเพาะสายพันธุ์โดยใช้ระเบิดค้นหากับ publically ฐานข้อมูลที่มีอยู่ ( ตารางที่ 1 ) .