Allele frequency distribution plots

Allele frequency distribution plots/Allele frequencies for L. braziliensis M2904 and L. mexicana U1103 were inferred from filtered Samtools pile-up results. For each predicted heterozygous site, the proportion of each of the four sites over the total read depth for the site was determined and rounded to the second decimal place. Allele frequencies were binned into categories from 0.1 to 1.0, and counts for each allele frequency were plotted in R for each chromosome. In order to facilitate cross-comparison of chromosomes, counts for each category were normalized by dividing the count for each allele frequency category by the sum of all frequency category counts for that chromosome. Arithmetic means were calculated for each ‘‘somy’’ group and plotted in R, along with scatterplots of normalized allele frequency counts for every chromosome in this group. Plots were grouped according to their number of peaks. Chromosome 14 from L. braziliensis did not fit any of these profiles and was excluded from the analysis.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แผนการกระจายความถี่อัลลีล/ ความถี่อัลลีลสำหรับ L. Brazilianiensis M2904 และ L. mexicana U1103 ถูกอนุมานจากผลการสะสมของ Samtools ที่กรองแล้ว สำหรับแต่ละตำแหน่งเฮเทอโรไซกัสที่คาดการณ์ไว้ สัดส่วนของแต่ละตำแหน่งจากสี่ตำแหน่งเหนือความลึกในการอ่านทั้งหมดสำหรับไซต์ถูกกำหนดและปัดเศษให้เป็นทศนิยมตำแหน่งที่สอง ความถี่อัลลีลถูกแบ่งออกเป็นหมวดหมู่ตั้งแต่ 0.1 ถึง 1.0 และการนับความถี่อัลลีลแต่ละอันถูกพล็อตใน R สำหรับแต่ละโครโมโซม เพื่ออำนวยความสะดวกในการเปรียบเทียบข้ามโครโมโซม จำนวนสำหรับแต่ละหมวดหมู่จะถูกทำให้เป็นมาตรฐานโดยการหารจำนวนสำหรับหมวดหมู่ความถี่อัลลีลแต่ละประเภทด้วยผลรวมของจำนวนหมวดหมู่ความถี่ทั้งหมดสำหรับโครโมโซมนั้น ค่าเฉลี่ยเลขคณิตถูกคำนวณสำหรับแต่ละกลุ่ม '' โซมี '' และพล็อตใน R พร้อมกับแผนภาพกระจายของการนับความถี่อัลลีลที่ทำให้เป็นมาตรฐานสำหรับทุกโครโมโซมในกลุ่มนี้ แปลงถูกจัดกลุ่มตามจำนวนยอดเขา โครโมโซม 14 จาก L. Brazilianiensis ไม่ตรงกับโปรไฟล์ใดๆ เหล่านี้ และถูกแยกออกจากการวิเคราะห์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การกระจายความถี่อัลลีล /
ความถี่อัลลีลของ Lactobacterium Brazilia M2904 และ Lactobacterium Mexico U1103 ได้รับการอนุมานจากผลการสะสมของ Samtools สำหรับจุดปะปนของการคาดการณ์แต่ละจุดให้กำหนดอัตราส่วนของแต่ละจุดในสี่จุดในความลึกของการอ่านทั้งหมดของจุดนั้นและปัดเป็นทศนิยมที่สอง. แบ่งความถี่อัลลีลเป็นหมวดหมู่ตั้งแต่ 0.1 ถึง 1.0 และการวาดจำนวนความถี่ของแต่ละอัลลีลใน R ของแต่ละโครโมโซม เพื่ออำนวยความสะดวกในการเปรียบเทียบข้ามโครโมโซม, จำนวนของแต่ละหมวดหมู่ความถี่อัลลีลหารด้วยผลรวมของจำนวนหมวดหมู่ความถี่ทั้งหมดของโครโมโซมที่. คำนวณค่าเฉลี่ยเลขคณิตสำหรับแต่ละกลุ่ม "โครโมโซม" และวาดใน R ในขณะที่วาดกราฟการกระจายของจำนวนความถี่อัลลีลปกติของแต่ละโครโมโซมในกลุ่มนั้น จัดกลุ่มกราฟตามจำนวนยอด โครโมโซม 14 ของ Lactobacterium Brazilia ไม่ตรงกับแผนที่เหล่านี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การกระจายความถี่อัลลีล/
ความถี่อัลลีลของlactobacillus brasile m 2904และlactobacillus mexico u 1103ถูกอนุมานจากผลการสะสมของSamtoolsที่กรอง สําหรับแต่ละจุดไฮบริดที่คาดการณ์ไว้ให้กําหนดสัดส่วนของแต่ละสี่จุดในความลึกการอ่านทั้งหมดของจุดนั้นและปัดเศษเป็นทศนิยมที่สอง ความถี่อัลลีลแบ่งออกเป็นประเภทตั้งแต่0.1ถึง1.0และการนับความถี่ของแต่ละอัลลีลสําหรับแต่ละโครโมโซมจะแสดงในr เพื่ออํานวยความสะดวกในการเปรียบเทียบข้ามโครโมโซมการนับแต่ละประเภทจะถูกกําหนดให้เป็นมาตรฐานโดยการหารจํานวนประเภทความถี่ของแต่ละอัลลีลด้วยผลรวมของการนับประเภทความถี่ทั้งหมดของโครโมโซม คํานวณค่าเฉลี่ยทางคณิตศาสตร์สําหรับแต่ละกลุ่ม" somy "และวาดในrและแผนภาพการกระจายตัวของการนับความถี่อัลลีลมาตรฐานสําหรับแต่ละโครโมโซมในกลุ่มนี้ แผนภูมิจะจัดกลุ่มตามจํานวนยอด โครโมโซม14จากlactobacillusของบราซิลไม่เป็นไปตามลักษณะเหล่านี้และได้รับการยกเว้นจากการวิเคราะห์