For NiPGT-A, each SCM sample was am

For NiPGT-A, each SCM sample was amplified bySurePLEX (Illumina Inc., Santa Clara, CA, USA) using asingle aliquot of 3 μL as the input volume, followingSurePLEX protocol without modification. WGA successwas evaluated by loading 5 μL of the amplified products ona 2% agarose gel. Samples that failed amplification did notproceed to library construction. Library of the WGA productof SCM was then constructed by VeriSeq PGS Library PrepKit according to the manufacturer’s protocol. The 6 base-pairindex sequence was added for the downstream dual-indexedsingle-end 36 base-pair sequencing. Each library was quantified for quality control before pooling by Qubit HighSensitivity dsDNA kit (Life Technologies, Carlsbad, CA,USA) for optimal molar concentration for sequencing.Sequencing was performed by MiSeq Reagent Kit v3-PGSon MiSeq System (Illumina Inc., Santa Clara, CA, USA).Before variant calling, fastQ files were quality controlledby both FastQC (Babraham bioinformatics) and lane metricson BaseSpace (Illumina Inc., Santa Clara, CA, USA).Sequencing data were aligned by BaseSpace and copy numbervariations (CNV) were called by BlueFuse Multi software(Illumina, USA)

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สำหรับ NiPGT-A แต่ละตัวอย่าง SCM ได้รับการขยายโดยSurePLEX (Illumina Inc., Santa Clara, CA, USA) โดยใช้ส่วนลงตัวเดียวที่ 3 μL เป็นปริมาตรอินพุต ตามโปรโตคอล SurePLEX โดยไม่มีการแก้ไข ความสำเร็จของ WGA ได้รับการประเมินโดยการโหลดผลิตภัณฑ์ขยายขนาด 5 ไมโครลิตรบนเจลอะกาโรส 2% ตัวอย่างที่ล้มเหลวในการขยายไม่ได้ดำเนินการก่อสร้างห้องสมุด จากนั้น ไลบรารีของผลิตภัณฑ์ WGA ของ SCM จึงถูกสร้างขึ้นโดย VeriSeq PGS Library Prep Kit ตามระเบียบวิธีของผู้ผลิต ลำดับดัชนี คู่เบส 6 คู่ถูกเพิ่มสำหรับการจัดลำดับคู่เบส 36 คู่ฐานปลายเดี่ยวที่ทำดัชนีคู่ปลายน้ำ ห้องสมุดแต่ละแห่งถูกควบคุมคุณภาพเชิงปริมาณก่อนรวมกลุ่มด้วยชุด dsDNA ความไวแสงสูง Qubit (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) เพื่อความเข้มข้นของฟันกรามที่เหมาะสมที่สุดสำหรับการหาลำดับ การจัดลำดับดำเนินการโดย MiSeq Reagent Kit v3-PGS บน MiSeq System (Illumina Inc., Santa Clara, CA, USA) ก่อนการเรียกแบบต่างๆ ไฟล์ fastQ จะถูกควบคุมคุณภาพโดยทั้ง FastQC (ชีวสารสนเทศศาสตร์ของ Babraham) และตัววัดเลนบน BaseSpace (Illumina Inc., Santa Clara, CA, USA) ข้อมูลลำดับถูกจัดเรียงโดย BaseSpace และรูปแบบหมายเลขการคัดลอก (CNV) ถูกเรียกโดยซอฟต์แวร์ BlueFuse Multi (Illumina, USA)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สำหรับ NiPGT-A ผ่าน
SurePLEX (Illumina AG, Santa Clara, CA, USA) ใช้
ตัวอย่างชิ้นเดียวที่มีขนาดเท่ากัน3μLเป็นปริมาตรอินพุตดังนี้
โปรโตคอล SurePLEX โดยไม่ต้องแก้ไข ความสำเร็จของ WGA
โดยการโหลดผลิตภัณฑ์ที่ขยายตัว5μLลงใน
เจลวุ้น 2% การขยายตัวอย่างล้มเหลว ไม่มี
ดำเนินการก่อสร้างห้องสมุด แกลเลอรี่ผลิตภัณฑ์ WGA
จากนั้นสร้าง SCM โดย VeriSeq PGS Library Prep
ชุดเป็นไปตามข้อตกลงของผู้ผลิต 6 คู่เบส
เพิ่มลำดับดัชนีสำหรับดัชนีคู่ปลายน้ำ
การเรียงลำดับคู่เบส 36 คู่สิ้นสุดเดียว ก่อนที่ Qubit High จะมาบรรจบกัน แต่ละไลบรารีจะถูกวัดปริมาณเพื่อควบคุมคุณภาพ
ความไวแสง dsDNA ชุด (Life Technologies, Carlsbad, CA,
สหรัฐอเมริกา) กำหนดความเข้มข้นของโมลที่ดีที่สุดสำหรับการจัดลำดับ
การจัดลำดับโดย MiSeq Kit v3 PGS
บน MiSeq Systems (Illumina Co., Ltd. ซานตาคลารา แคลิฟอร์เนีย สหรัฐอเมริกา)
ไฟล์ fastQ มีการควบคุมคุณภาพก่อนที่จะเรียกตัวแปร
โดย FastQC (Babraham Bioinformatics) และ lan

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สําหรับNiPGT-aตัวอย่างSCMแต่ละตัวจะถูกขยายโดย
ใช้โดย surplex ( illumina inc . , ซานตา คลาร่า , แคลิฟอร์เนีย , สหรัฐอเมริกา )
3μlของตัวอย่างเดียวเป็นปริมาตรอินพุทตาม
โปรโตคอล surplex ที่ยังไม่ได้แก้ไข. wga สําเร็จ
โดยการขยายผลิตภัณฑ์5μlเป็นตัวอย่าง
อะเกรซูโครสเจล 2%. ตัวอย่างที่ขยายไม่สําเร็จไม่มี
การก่อสร้างห้องสมุด ไลบรารีผลิตภัณฑ์ wga
จากนั้นสร้างSCMโดยการเตรียมห้องสมุดVeriSeq PGS
แพ็คเกจที่สอดคล้องกับข้อตกลงของผู้ผลิต 6 คู่เบส
เพิ่มลําดับดัชนีสําหรับดัชนีปลายน้ําคู่
การเรียงลําดับ36คู่เบสแบบเดี่ยว แต่ละห้องสมุดจะถูกquantifiedเพื่อการควบคุมคุณภาพก่อนที่จะถูกรวบรวมผ่านความสูงของควอนตัม
ชุดทดสอบdsDNAความไว(คาร์ลสปัดเทคโนโลยีชีวภาพแคลิฟอร์เนีย,
USA )เพื่อให้ได้ความเข้มข้นของโมเลกุลที่ดีที่สุดสําหรับการเรียงลําดับ
การเรียงลําดับจะดําเนินการโดยชุดทดสอบPGS MiSeq v 3
ในระบบMiSeq ( Illuminaซานตาคลาร่าแคลิฟอร์เนียสหรัฐอเมริกา)
ไฟล์fastQมีการควบคุมคุณภาพก่อนที่จะมีการเรียกตัวแปร
ผ่านทาง fastcc (บาบราแฮมชีวสารสนเทศศาสตร์) และเลนเมตริกซ์
ในชั้นใต้ดิน (บริษัท illumina, ซานตา คลาร่า, แคลิฟอร์เนีย, สหรัฐอเมริกา).
ข้อมูลการเรียงลําดับจะถูกเปรียบเทียบโดยพื้นที่ฐานและจํานวนสําเนา
cnv เรียกโดยซอฟท์แวร์ bluefuse multi
(อิลูมิน่า, สหรัฐอเมริกา)