AbstractBackground: Gene expression

Abstract
Background: Gene expression studies of peripheral blood mononuclear cells from patients with systemic lupus
erythematosus (SLE) have demonstrated a type I interferon signature and increased expression of inflammatory cytokine
genes. Studies of patients with Aicardi Goutie`res syndrome, commonly cited as a single gene model for SLE, have suggested
that accumulation of non-coding RNAs may drive some of the pathologic gene expression, however, no RNA sequencing
studies of SLE patients have been performed. This study was designed to define altered expression of coding and noncoding
RNAs and to detect globally altered RNA processing in SLE.
Methods: Purified monocytes from eight healthy age/gender matched controls and nine SLE patients (with low-moderate
disease activity and lack of biologic drug use or immune suppressive treatment) were studied using RNA-seq. Quantitative
RT-PCR was used to validate findings. Serum levels of endotoxin were measured by ELISA.
Results: We found that SLE patients had diminished expression of most endogenous retroviruses and small nucleolar RNAs,
but exhibited increased expression of pri-miRNAs. Splicing patterns and polyadenylation were significantly altered. In
addition, SLE monocytes expressed novel transcripts, an effect that was replicated by LPS treatment of control monocytes.
We further identified increased circulating endotoxin in SLE patients.
Conclusions: Monocytes from SLE patients exhibit globally dysregulated gene expression. The transcriptome is not simply
altered by the transcriptional activation of a set of genes, but is qualitatively different in SLE. The identification of novel loci,
inducible by LPS, suggests that chronic microbial translocation could contribute to the immunologic dysregulation in SLE, a
new potential disease mechanism.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อพื้นหลัง: mononuclear เซลล์จากผู้ป่วยที่มีไตระบบเลือดการศึกษายีนนิพจน์ของอุปกรณ์ต่อพ่วงerythematosus (SLE) ได้แสดงให้เห็นว่าชนิดฉันเซ็นอินเตอร์เฟียรอนและการเพิ่มขึ้นของอย่างไร cytokine อักเสบยีน มีการแนะนำการศึกษาผู้ป่วยที่มีกลุ่มอาการ Aicardi Goutie'res โดยทั่วไปเรียกว่าแบบยีนเดียวสำหรับ SLEที่สะสมไม่ใช่รหัส RNAs อาจไดรฟ์บางที่ pathologic ยีน อย่างไรก็ตาม ไม่ลำดับอาร์เอ็นเอการศึกษาผู้ป่วย SLE การศึกษานี้ถูกออกแบบเพื่อกำหนดเปลี่ยนแปลงนิพจน์ ของการเขียนโค้ด และ noncodingRNAs และตรวจพบทั่วโลกอาร์เอ็นเอใน SLE การประมวลผลการเปลี่ยนแปลงวิธีการ: monocytes บริสุทธิ์ควบคุมสุขภาพอายุ/เพศจับคู่แปดและเก้า SLE ผู้ป่วย (ต่ำปานกลางกิจกรรมโรคและขาดภูมิคุ้มกันหรือใช้รักษา suppressive ยาอุบัติ) ได้ศึกษาการใช้อาร์เอ็นเอลำดับเชิงปริมาณRT-PCR ที่ใช้ตรวจสอบพบ มีวัดระดับซีรั่มของ endotoxin โดย ELISAผลลัพธ์: เราพบว่า ผู้ป่วย SLE มีลดลงของ endogenous retroviruses และ RNAs nucleolar เล็ก ใหญ่แต่จัดแสดงเพิ่มขึ้นค่าของ miRNAs ค่อนข้างดี รูปแบบและ polyadenylation splicing ถูกเปลี่ยนแปลงไปอย่างมาก ในนอกจากนี้ SLE monocytes แสดงผลที่ถูกจำลองแบบ ด้วยการบำบัดควบคุม monocytes LPS ใบแสดงผลนวนิยายเราเพิ่มเติมระบุ endotoxin หมุนเวียนเพิ่มขึ้นในผู้ป่วย SLEบทสรุป: Monocytes จากผู้ป่วย SLE แสดงทั่วโลก dysregulated ยีน Transcriptome ไม่เพียงเปลี่ยนแปลง โดยการเรียกใช้ชุดของยีน transcriptional แต่ไม่ qualitatively เหมือน SLE รหัสของนวนิยาย lociinducible โดย LPS การสับเปลี่ยนจุลินทรีย์ที่เรื้อรังอาจนำไปสู่การ dysregulation immunologic ใน SLE แนะนำตัวใหม่เกิดโรคกลไกการ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อ
พื้นหลัง: การศึกษาการแสดงออกของยีนของเซลล์โมโนนิวเคลียร์เลือดจากผู้ป่วยที่มีโรคลูปัระบบ
erythematosus (SLE) ได้แสดงให้เห็นชนิดที่ interferon ลายเซ็นและการแสดงออกที่เพิ่มขึ้นของไซโตไคน์อักเสบ
ยีน การศึกษาผู้ป่วยที่มีอาการของโรค Aicardi Goutie`res อ้างกันทั่วไปว่าเป็นรูปแบบของยีนเดียวสำหรับ SLE, ได้ชี้ให้เห็น
ว่าการสะสมของ RNAs ไม่เข้ารหัสอาจไดรฟ์บางส่วนของการแสดงออกของยีนพยาธิ แต่ลำดับ RNA ไม่มี
การศึกษาของผู้ป่วย SLE ได้รับการดำเนินการ . การศึกษาครั้งนี้ได้รับการออกแบบเพื่อกำหนดการแสดงออกที่แตกต่างกันของการเข้ารหัสและ noncoding
RNAs และการตรวจสอบการประมวลผลการเปลี่ยนแปลงทั่วโลกอาร์เอ็นเอใน SLE.
วิธีการ: monocytes บริสุทธิ์ตั้งแต่อายุแปดสุขภาพ / เพศตรงการควบคุมและเก้าผู้ป่วยโรค SLE (ต่ำปานกลาง
โรคและการขาดการทางชีววิทยา การใช้ยาหรือการรักษาปราบปรามภูมิคุ้มกัน) ได้รับการศึกษาโดยใช้ RNA-seq ปริมาณ
RT-PCR ถูกนำมาใช้ในการตรวจสอบผลการวิจัย ระดับซีรั่มของสารพิษถูกวัดโดยวิธี ELISA.
ผล: เราพบว่าผู้ป่วยโรค SLE ได้ลดลงการแสดงออกของเบื้องหลังไวรัสภายนอกมากที่สุดและ RNAs nucleolar ขนาดเล็ก
แต่มีการแสดงออกที่เพิ่มขึ้นของ Pri-miRNAs รูปแบบประกบและ Polyadenylation มีการเปลี่ยนแปลงอย่างมีนัยสำคัญ ใน
นอกจากนี้ monocytes SLE แสดงหลักฐานนวนิยายผลกระทบที่ได้รับการจำลองแบบโดยการรักษา LPS ของ monocytes ควบคุม.
เราระบุต่อไปเพิ่มการไหลเวียนของสารพิษในผู้ป่วย SLE.
สรุป: Monocytes จากผู้ป่วย SLE กิตทั่วโลก dysregulated การแสดงออกของยีน ยีนไม่ได้เพียงแค่
เปลี่ยนแปลงโดยการเปิดใช้งานการถอดรหัสของชุดของยีน แต่คุณภาพแตกต่างกันใน SLE บัตรประจำตัวของ loci นวนิยาย,
inducible โดย LPS แสดงให้เห็นว่าการโยกย้ายจุลินทรีย์เรื้อรังอาจนำไปสู่ ​​dysregulation ภูมิคุ้มกันใน SLE,
กลไกการเกิดโรคใหม่ที่มีศักยภาพ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พื้นหลังนามธรรม
: การแสดงออกของยีนในการศึกษาเซลล์เม็ดเลือดขาวปกติจากผู้ป่วย Systemic lupus erythematosus
( SLE ) ได้แสดงให้เห็นประเภทอินเตอร์ลายเซ็นและเพิ่มการแสดงออกของยีนไซโตไคน์อักเสบ
. การศึกษาของผู้ป่วย aicardi goutie ` RES ซินโดรม อ้างถึงโดยทั่วไปเป็นแบบยีนเดี่ยวสำหรับ SLE ได้แนะนำ
ที่สะสมรหัส RNAs ไม่อาจทำให้บางส่วนของยีน ขึ้นมาแต่ไม่มี RNA sequencing
การศึกษาของผู้ป่วย SLE มีการดําเนินการ การศึกษานี้ มีวัตถุประสงค์เพื่อกำหนดเปลี่ยนแปลงการแสดงออกของการเข้ารหัสและ noncoding
RNAs และตรวจจับการเปลี่ยนแปลงทั่วโลกซึ่งการประมวลผลใน SLE .
วิธีการ :บริสุทธิ์ โมโนไซทจากแปดมีสุขภาพดีอายุ / เพศตรงกับการควบคุมและเก้าผู้ป่วย SLE ( โรคกับกิจกรรมปานกลาง
ต่ำและขาดการใช้ยาเสพติดทางชีววิทยาหรือการปราบปรามภูมิคุ้มกัน ) ได้ศึกษาการใช้ RNA seq . เทคนิคเชิงปริมาณ
ใช้ตรวจสอบค่า ระดับซีรั่มของชีวพิษภายในตัววัด โดยวิธี ELISA .
ผลลัพธ์ :เราพบว่าผู้ป่วย SLE ได้ลดลงการแสดงออกของรีโทรไวรัสภายในมากที่สุด และทั้ง RNAs ขนาดเล็ก
แต่ได้มีการเพิ่มการแสดงออกขององค์ mirnas . ตัดต่อ และเพิ่มรูปแบบมีการเปลี่ยนแปลงอย่างมีนัยสำคัญ ใน
นอกจากนี้ SLE โมโนไซทแสดงต้นฉบับนวนิยาย ผลที่ถูกนำโดยหล่อลื่นรักษา
โมโนไซทควบคุมเรายังระบุเพิ่มเ โดท๊ ซินในผู้ป่วย SLE หมุนเวียน .
สรุป : ผู้ป่วย SLE มีโมโนไซทจากทั่วโลก dysregulated ยีนสีหน้า ส่วนทราน ริปโตม ไม่ใช่เพียงแค่
เปลี่ยนแปลงโดยการลองชุดของยีน แต่คุณภาพต่างกันใน SLE . กำหนดตำแหน่งใหม่
inducible โดย LPs ,ชี้ให้เห็นว่าเชื้อเรื้อรังอาจนำไปสู่การสะสม dysregulation ทางภูมิคุ้มกันวิทยาใน SLE , โรค
กลไกที่มีศักยภาพใหม่