- ข้อความ
- ประวัติศาสตร์
European Journal of Soil BiologyEva
European Journal of Soil Biology
Evaluating T-RFLP protocols to sensitively analyze the genetic diversity
and community changes of soil alkane degrading bacteria
Methods
2.1. Evaluation of restriction enzymes for alkB T-RFLP
The BLAST database was searched for either complete or partial
alkB gene sequences with Pseudomonas putida P1 alkB (AJ233397)
and Rhodococcus sp. Q15 alkB1 (AF388182) sequences as references
using the blastn Basic Search Alignment Tool [22]. Results were
counterchecked with the blastx protein database search [23] to
account for nucleotide sequences related to the alkane monooxygenase.
Suitable sequences were aligned with BioEdit [24] using
the ClustalW alignment tool [25]. Only sequences having the
binding sites for the experimentally applied alkB primers (see
section PCR-amplification) were included for further restriction
enzyme selection. The retrieved alignment included 83 sequences
and was manually checked and uploaded to the online program
Restriction Enzyme Picker (REPK) Online v.1.2 [26]. The alignment
was checked for restriction sites of the restriction enzymes giving
highest REPK scores and for the correctness of the proposed fragment
length using the NEB cutter V2.0 online search tool [27]. The
enzymes were ranked as proposed by Engebretson and Moyer [28]
according to (i) the number of total terminal restriction fragments
(i.e. richness of T-RFs) with the constraints that the fragment length
ranged between 50 and 550 bp and a minimum discriminating
length difference of at least three basepairs to account for the
resolution power of the capillary electrophoresis, (ii) the percentage
of sequences with no restriction site for the respective enzyme
as well as (iii) the percentage of sequences with T-RFs < 50 bp.Selected enzymes were finally tested on alkB gene amplicons of
whole community soil DNA extracts from the microcosms (see
microcosms experiment), using different enzyme- (0.1, 1 and 2 U)
and DNA concentrations (50e100 ng for environmental samples).
2.4. DNA extraction and PCR amplification
Whole community DNA from soil samples was extracted as
described by Griffith et al. [30]. DNA of enrichment cultures was
extracted as described by Maher et al. [31] and modified as
described by Giebler et al. [3]. DNA quality and quantity were
determined by agarose gel electrophoresis and spectrophotometrically
(Nanodrop® ND-1000, Peqlab, Germany). The extracts of
individual replicates were pooled prior to community analysis to
take into account the natural variability of the soil cores and
overcoming heterogeneity effects. Alkane monooxygenase (alkB)
genes were amplified in PCR reactions comprising 15e20 ng of
DNA, 1x Taq PCR Master Mix Kit (Qiagen, Hilden, Germany), 0.12%
BSA and 0.1 mM alkB primers [32] with modifications as described
by Schulz et al. [33] (forward primer alkB 1f_deg 50-AAY ACI GCI
CAY GAR CTI GGI CAY AA-30, reverse primer alkB 1r_deg 50-GCR TGR
TGR TCI GAR TGI CGY TG-30). They covered a broad alkB sequence
diversity and were already applied in three former alkB T-RFLP
protocols [10e12]. PCR was carried out in 25 ml (95C/10 min, 30
cycles: 95C/45 s, 58.7C/1 min, 72C/45 s and final elongation at
72C/10 min).
Evaluating T-RFLP protocols to sensitively analyze the genetic diversity
and community changes of soil alkane degrading bacteria
Methods
2.1. Evaluation of restriction enzymes for alkB T-RFLP
The BLAST database was searched for either complete or partial
alkB gene sequences with Pseudomonas putida P1 alkB (AJ233397)
and Rhodococcus sp. Q15 alkB1 (AF388182) sequences as references
using the blastn Basic Search Alignment Tool [22]. Results were
counterchecked with the blastx protein database search [23] to
account for nucleotide sequences related to the alkane monooxygenase.
Suitable sequences were aligned with BioEdit [24] using
the ClustalW alignment tool [25]. Only sequences having the
binding sites for the experimentally applied alkB primers (see
section PCR-amplification) were included for further restriction
enzyme selection. The retrieved alignment included 83 sequences
and was manually checked and uploaded to the online program
Restriction Enzyme Picker (REPK) Online v.1.2 [26]. The alignment
was checked for restriction sites of the restriction enzymes giving
highest REPK scores and for the correctness of the proposed fragment
length using the NEB cutter V2.0 online search tool [27]. The
enzymes were ranked as proposed by Engebretson and Moyer [28]
according to (i) the number of total terminal restriction fragments
(i.e. richness of T-RFs) with the constraints that the fragment length
ranged between 50 and 550 bp and a minimum discriminating
length difference of at least three basepairs to account for the
resolution power of the capillary electrophoresis, (ii) the percentage
of sequences with no restriction site for the respective enzyme
as well as (iii) the percentage of sequences with T-RFs < 50 bp.Selected enzymes were finally tested on alkB gene amplicons of
whole community soil DNA extracts from the microcosms (see
microcosms experiment), using different enzyme- (0.1, 1 and 2 U)
and DNA concentrations (50e100 ng for environmental samples).
2.4. DNA extraction and PCR amplification
Whole community DNA from soil samples was extracted as
described by Griffith et al. [30]. DNA of enrichment cultures was
extracted as described by Maher et al. [31] and modified as
described by Giebler et al. [3]. DNA quality and quantity were
determined by agarose gel electrophoresis and spectrophotometrically
(Nanodrop® ND-1000, Peqlab, Germany). The extracts of
individual replicates were pooled prior to community analysis to
take into account the natural variability of the soil cores and
overcoming heterogeneity effects. Alkane monooxygenase (alkB)
genes were amplified in PCR reactions comprising 15e20 ng of
DNA, 1x Taq PCR Master Mix Kit (Qiagen, Hilden, Germany), 0.12%
BSA and 0.1 mM alkB primers [32] with modifications as described
by Schulz et al. [33] (forward primer alkB 1f_deg 50-AAY ACI GCI
CAY GAR CTI GGI CAY AA-30, reverse primer alkB 1r_deg 50-GCR TGR
TGR TCI GAR TGI CGY TG-30). They covered a broad alkB sequence
diversity and were already applied in three former alkB T-RFLP
protocols [10e12]. PCR was carried out in 25 ml (95C/10 min, 30
cycles: 95C/45 s, 58.7C/1 min, 72C/45 s and final elongation at
72C/10 min).
0/5000
สมุดรายวันยุโรปของชีววิทยาดินโพรโทคอ T RFLP ประเมิน sensitively วิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมและการเปลี่ยนแปลงชุมชนของอัลเคนดินลดแบคทีเรียวิธีการ2.1. การประเมินผลของเอนไซม์จำกัดสำหรับ alkB T-RFLPฐานข้อมูลระเบิดถูกค้นหาทั้งหมด หรือบางส่วนลำดับยีน alkB กับ alkB ลี putida P1 (AJ233397)และ sp. Rhodococcus Q15 alkB1 (AF388182) ลำดับเป็นข้อมูลอ้างอิงใช้ blastn พื้นฐานค้นหาตำแหน่งเครื่องมือ [22] ผลลัพธ์ที่ได้counterchecked กับการ blastx โปรตีนฐานข้อมูลค้นหา [23]บัญชีลำดับนิวคลีโอไทด์ที่เกี่ยวข้องกับ monooxygenase อัลเคนลำดับที่เหมาะสมสอดคล้องกับ BioEdit [24] โดยใช้ClustalW ตำแหน่งเครื่องมือ [25] เฉพาะ ลำดับที่มีการผูกสำหรับไพรเมอร์ alkB experimentally ใช้ (ดูส่วนขยาย PCR) ถูกรวมอยู่ในข้อจำกัดเพิ่มเติมการเลือกเอนไซม์ ดึงข้อมูลตำแหน่งรวม 83 ลำดับได้ด้วยตนเองการตรวจสอบ และอัปโหลดไปยังโปรแกรมออนไลน์เอนไซม์จำกัดตัวเลือก (REPK) ออนไลน์ v.1.2 [26] การจัดตำแหน่งตรวจสอบข้อจำกัดการท่องเที่ยวของเอนไซม์จำกัดให้สูงสุด REPK คะแนนและ ความถูกต้องของส่วนนำเสนอความยาวโดยใช้เครื่องมือค้นหาออนไลน์ V2.0 ของตัด NEB [27] ที่เอนไซม์ถูกจัดอันดับเป็นที่เสนอ โดย Engebretson และ Moyer [28]ตามการกระจายตัว (i) จำนวนรวมเทอร์มินัลจำกัด(เช่นร่ำรวย T RFs) ด้วยข้อจำกัดที่ความยาวของส่วนอยู่ในช่วงระหว่าง 50 และ 550 bp และการเหยียดพวกผิวต่ำความแตกต่างความยาวของ basepairs น้อยสามการพลังงานความละเอียดของเส้นเลือดฝอย electrophoresis, (ii) เปอร์เซ็นต์ลำดับกับไซต์ไม่จำกัดสำหรับเอนไซม์เกี่ยวข้องและ (iii) เปอร์เซ็นต์ของลำดับกับ T-RFs < 50 bpสุดท้ายทดสอบเลือกเอนไซม์บน alkB amplicons ยีนของชุมชนดินดีเอ็นเอแยกจาก microcosms (ดูmicrocosms ทดลอง), ใช้แตกต่างกันเอนไซม์- (0.1, 1 และ 2 U)และความเข้มข้นของดีเอ็นเอ (50e100 ng ตัวอย่างสิ่งแวดล้อม)2.4. ดีเอ็นเอแยกและขยาย PCRชุมชนทั้งหมดดีเอ็นเอจากตัวอย่างดินที่ถูกแยกเป็นอธิบายโดยมหานคร Griffith et al. [30] มีดีเอ็นเอของวัฒนธรรมโดดเด่นแยกตามที่อธิบายไว้โดยมาฮิรร้อยเอ็ด al. [31] และปรับเปลี่ยนเป็นอธิบายโดย Giebler et al. [3] ดีเอ็นเอตรวจสอบคุณภาพและปริมาณกำหนด โดย agarose เจ electrophoresis และ spectrophotometrically(Nanodrop ® ND-1000, Peqlab เยอรมนี) บางส่วนของสามารถจำลองแต่ละถูกทางถูกพูก่อนวิเคราะห์ชุมชนเพื่อคำนึงถึงความแปรผันธรรมชาติของแกนดิน และขจัดหมดสิ้นลักษณะพิเศษ heterogeneity Monooxygenase อัลเคน (alkB)ยีนที่ถูกขยายในปฏิกิริยา PCR ประกอบด้วย 15e20 ng ของดีเอ็นเอ PCR x Taq 1 หลักผสมชุด (Qiagen, Hilden เยอรมนี), 0.12%บีเอสเอและ 0.1 มม. alkB ไพรเมอร์ [32] ด้วยการปรับเปลี่ยนดังที่โดย Schulz et al. [33] (ส่งต่อพื้น alkB 1f_deg 50-AAY GCI อะCAY CAY gar คู CTI GGI AA-30 พื้นกลับ alkB 1r_deg 50 GCR TGRTGR TCI TGI GAR คู CGY TG-30) จะครอบคลุมกว้าง alkB ลำดับความหลากหลาย และถูกนำไปใช้แล้วในสามอดีต alkB T-RFLPโพรโทคอล [10e12] PCR ถูกดำเนินการใน 25 ml (95 C/10 min, 30รอบ: C/45 s, 58.7 C/1 นาที 72 C 95/45 s และ elongation ขั้นสุดท้ายที่10 นาที 72 C)
การแปล กรุณารอสักครู่..
European Journal of Soil Biology
Evaluating T-RFLP protocols to sensitively analyze the genetic diversity
and community changes of soil alkane degrading bacteria
Methods
2.1. Evaluation of restriction enzymes for alkB T-RFLP
The BLAST database was searched for either complete or partial
alkB gene sequences with Pseudomonas putida P1 alkB (AJ233397)
and Rhodococcus sp. Q15 alkB1 (AF388182) sequences as references
using the blastn Basic Search Alignment Tool [22]. Results were
counterchecked with the blastx protein database search [23] to
account for nucleotide sequences related to the alkane monooxygenase.
Suitable sequences were aligned with BioEdit [24] using
the ClustalW alignment tool [25]. Only sequences having the
binding sites for the experimentally applied alkB primers (see
section PCR-amplification) were included for further restriction
enzyme selection. The retrieved alignment included 83 sequences
and was manually checked and uploaded to the online program
Restriction Enzyme Picker (REPK) Online v.1.2 [26]. The alignment
was checked for restriction sites of the restriction enzymes giving
highest REPK scores and for the correctness of the proposed fragment
length using the NEB cutter V2.0 online search tool [27]. The
enzymes were ranked as proposed by Engebretson and Moyer [28]
according to (i) the number of total terminal restriction fragments
(i.e. richness of T-RFs) with the constraints that the fragment length
ranged between 50 and 550 bp and a minimum discriminating
length difference of at least three basepairs to account for the
resolution power of the capillary electrophoresis, (ii) the percentage
of sequences with no restriction site for the respective enzyme
as well as (iii) the percentage of sequences with T-RFs < 50 bp.Selected enzymes were finally tested on alkB gene amplicons of
whole community soil DNA extracts from the microcosms (see
microcosms experiment), using different enzyme- (0.1, 1 and 2 U)
and DNA concentrations (50e100 ng for environmental samples).
2.4. DNA extraction and PCR amplification
Whole community DNA from soil samples was extracted as
described by Griffith et al. [30]. DNA of enrichment cultures was
extracted as described by Maher et al. [31] and modified as
described by Giebler et al. [3]. DNA quality and quantity were
determined by agarose gel electrophoresis and spectrophotometrically
(Nanodrop® ND-1000, Peqlab, Germany). The extracts of
individual replicates were pooled prior to community analysis to
take into account the natural variability of the soil cores and
overcoming heterogeneity effects. Alkane monooxygenase (alkB)
genes were amplified in PCR reactions comprising 15e20 ng of
DNA, 1x Taq PCR Master Mix Kit (Qiagen, Hilden, Germany), 0.12%
BSA and 0.1 mM alkB primers [32] with modifications as described
by Schulz et al. [33] (forward primer alkB 1f_deg 50-AAY ACI GCI
CAY GAR CTI GGI CAY AA-30, reverse primer alkB 1r_deg 50-GCR TGR
TGR TCI GAR TGI CGY TG-30). They covered a broad alkB sequence
diversity and were already applied in three former alkB T-RFLP
protocols [10e12]. PCR was carried out in 25 ml (95C/10 min, 30
cycles: 95C/45 s, 58.7C/1 min, 72C/45 s and final elongation at
72C/10 min).
Evaluating T-RFLP protocols to sensitively analyze the genetic diversity
and community changes of soil alkane degrading bacteria
Methods
2.1. Evaluation of restriction enzymes for alkB T-RFLP
The BLAST database was searched for either complete or partial
alkB gene sequences with Pseudomonas putida P1 alkB (AJ233397)
and Rhodococcus sp. Q15 alkB1 (AF388182) sequences as references
using the blastn Basic Search Alignment Tool [22]. Results were
counterchecked with the blastx protein database search [23] to
account for nucleotide sequences related to the alkane monooxygenase.
Suitable sequences were aligned with BioEdit [24] using
the ClustalW alignment tool [25]. Only sequences having the
binding sites for the experimentally applied alkB primers (see
section PCR-amplification) were included for further restriction
enzyme selection. The retrieved alignment included 83 sequences
and was manually checked and uploaded to the online program
Restriction Enzyme Picker (REPK) Online v.1.2 [26]. The alignment
was checked for restriction sites of the restriction enzymes giving
highest REPK scores and for the correctness of the proposed fragment
length using the NEB cutter V2.0 online search tool [27]. The
enzymes were ranked as proposed by Engebretson and Moyer [28]
according to (i) the number of total terminal restriction fragments
(i.e. richness of T-RFs) with the constraints that the fragment length
ranged between 50 and 550 bp and a minimum discriminating
length difference of at least three basepairs to account for the
resolution power of the capillary electrophoresis, (ii) the percentage
of sequences with no restriction site for the respective enzyme
as well as (iii) the percentage of sequences with T-RFs < 50 bp.Selected enzymes were finally tested on alkB gene amplicons of
whole community soil DNA extracts from the microcosms (see
microcosms experiment), using different enzyme- (0.1, 1 and 2 U)
and DNA concentrations (50e100 ng for environmental samples).
2.4. DNA extraction and PCR amplification
Whole community DNA from soil samples was extracted as
described by Griffith et al. [30]. DNA of enrichment cultures was
extracted as described by Maher et al. [31] and modified as
described by Giebler et al. [3]. DNA quality and quantity were
determined by agarose gel electrophoresis and spectrophotometrically
(Nanodrop® ND-1000, Peqlab, Germany). The extracts of
individual replicates were pooled prior to community analysis to
take into account the natural variability of the soil cores and
overcoming heterogeneity effects. Alkane monooxygenase (alkB)
genes were amplified in PCR reactions comprising 15e20 ng of
DNA, 1x Taq PCR Master Mix Kit (Qiagen, Hilden, Germany), 0.12%
BSA and 0.1 mM alkB primers [32] with modifications as described
by Schulz et al. [33] (forward primer alkB 1f_deg 50-AAY ACI GCI
CAY GAR CTI GGI CAY AA-30, reverse primer alkB 1r_deg 50-GCR TGR
TGR TCI GAR TGI CGY TG-30). They covered a broad alkB sequence
diversity and were already applied in three former alkB T-RFLP
protocols [10e12]. PCR was carried out in 25 ml (95C/10 min, 30
cycles: 95C/45 s, 58.7C/1 min, 72C/45 s and final elongation at
72C/10 min).
การแปล กรุณารอสักครู่..
ยุโรปวารสารดินชีววิทยา
ประเมิน t-rflp โปรโตคอลที่จะ sensitively วิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมและโครงสร้างของดินการเปลี่ยนแปลงชุมชน
วิธีการย่อยสลายเชื้อโรค 2.1 . การประเมินผลของเอนไซม์สำหรับ alkb t-rflp
ระเบิดฐานข้อมูลค้นหาให้สมบูรณ์หรือบางส่วน
alkb ยีน ลำดับกับ Pseudomonas enrichment P1 alkb ( aj233397 )
rhodococcus sp . และq15 alkb1 ( af388182 ) ลำดับที่อ้างอิง
ใช้ blastn พื้นฐานเครื่องมือค้นหาแนว [ 22 ] ผลลัพธ์ที่ได้
counterchecked blastx โปรตีนกับฐานข้อมูลการค้นหา [ 23 ]
บัญชีลำดับนิวคลีโอไทด์ที่เกี่ยวข้องกับโครงสร้าง monooxygenase .
ลำดับเหมาะสม อยู่ชิดกับ bioedit [ 24 ] การใช้เครื่องมือจัด clustalw
[ 25 ] เฉพาะลำดับมี
เว็บไซต์รวมเพื่อใช้ไพรเมอร์ ( เห็นผล alkb
ส่วน PCR ( ) คือต่อไป
เอนไซม์จำกัดการเลือก การดึงแนวร่วมรวม 83 ลำดับ
และด้วยตนเองตรวจสอบและอัปโหลดไปยังโปรแกรมออนไลน์
เอนไซม์ จำกัด ตัวเลือก ( repk ) เกมออนไลน์ v.1.2 [ 26 ] การตรวจสอบข้อ จำกัด เว็บไซต์
ของเอนไซม์ให้คะแนนสูงสุด repk และความถูกต้องของการเสนอส่วน
ความยาวโดยใช้เอ็นตัด v2.0 เครื่องมือค้นหา [ 27 ]
ไอโซอันดับที่เสนอโดย engebretson และมอยเออร์ [ 28 ]
ตาม ( ผม ) จำนวนรวมเทอร์มินัลจำกัดชิ้นส่วน
( เช่นความอุดมสมบูรณ์ของ t-rfs ) ด้วยข้อจำกัดที่ fragment length
อยู่ระหว่าง 50 และ 550 BP และแบ่งแยก
น้อยความแตกต่างของความยาวอย่างน้อยสามพบบัญชีสําหรับ
มติพลังของผู้ชม ( 2 ) ร้อยละ
ของลำดับด้วยไม่มีข้อ จำกัด เว็บไซต์สำหรับ
เอนไซม์เกี่ยวข้อง ตลอดจน ( 3 ) ร้อยละของลำดับด้วย t-rfs < 50 BP เลือกเอนไซม์ก็ทดสอบบน alkb amplicons
ทั้งหมดของยีน ชุมชนดินดีเอ็นเอ สารสกัดจาก microcosms
( ดูmicrocosms การทดลองใช้เอนไซม์ที่แตกต่างกัน ( 0.1 , 1 และ 2 u )
และ DNA ความเข้มข้น ( 50e100 ng สำหรับตัวอย่างสิ่งแวดล้อม ) .
2.4 . การสกัดดีเอ็นเอและดีเอ็นเอ ( DNA จากตัวอย่างดินทั้งชุมชน
ถูกสกัดเป็นอธิบายโดย Griffith et al . [ 30 ] ดีเอ็นเอของเสริมวัฒนธรรมคือ
สกัดตามที่อธิบายไว้โดย Maher et al . [ 31 ] และดัดแปลงเป็น
อธิบายโดย giebler et al . [ 3 ]คุณภาพและปริมาณดีเอ็นเอถูกกำหนดโดยวิธีเจล
,
( nanodrop นี้® nd-1000 peqlab , เยอรมนี ) สารสกัดจาก
ซ้ำแต่ละตัวก่อนการวิเคราะห์รวมชุมชน
คำนึงถึงความผันแปรตามธรรมชาติของดินและแกน
เอาชนะสามารถผล อัลเคน ( alkb )
monooxygenaseเบสในปฏิกิริยา PCR ประกอบด้วยยีน 15e20 นาโน
DNA PCR ใช้แท็ค Master Mix Kit ( QIAGEN Hilden เยอรมนี , ) , ( 0.12 %
และ 0.1 มิลลิเมตร alkb ไพรเมอร์ [ 32 ] กับการปรับเปลี่ยนตามที่อธิบาย
โดยชูลซ์ et al . [ 33 ] ( ส่งต่อรองพื้น alkb 1f_deg 50-aay ACI GCI
Cay Gar CTI GGI เคย์ aa-30 ย้อนกลับรองพื้น alkb 1r_deg 50-gcr tgr
tgr สบท Gar TGI ระหว่าง tg-30 ) ครอบคลุมกว้าง alkb ลำดับ
ความหลากหลายและมีใช้อยู่แล้วในสามอดีต alkb t-rflp
โปรโตคอล [ 10e12 ] โดยได้ดำเนินการใน 25 ml ( 95 C / 10 นาที , 30
รอบ : 95 C / 45 S , 58.7 C / นาที 1 , 72 C / 45 และยืดตัวสุดท้ายที่
72 C / 10 นาที )
ประเมิน t-rflp โปรโตคอลที่จะ sensitively วิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมและโครงสร้างของดินการเปลี่ยนแปลงชุมชน
วิธีการย่อยสลายเชื้อโรค 2.1 . การประเมินผลของเอนไซม์สำหรับ alkb t-rflp
ระเบิดฐานข้อมูลค้นหาให้สมบูรณ์หรือบางส่วน
alkb ยีน ลำดับกับ Pseudomonas enrichment P1 alkb ( aj233397 )
rhodococcus sp . และq15 alkb1 ( af388182 ) ลำดับที่อ้างอิง
ใช้ blastn พื้นฐานเครื่องมือค้นหาแนว [ 22 ] ผลลัพธ์ที่ได้
counterchecked blastx โปรตีนกับฐานข้อมูลการค้นหา [ 23 ]
บัญชีลำดับนิวคลีโอไทด์ที่เกี่ยวข้องกับโครงสร้าง monooxygenase .
ลำดับเหมาะสม อยู่ชิดกับ bioedit [ 24 ] การใช้เครื่องมือจัด clustalw
[ 25 ] เฉพาะลำดับมี
เว็บไซต์รวมเพื่อใช้ไพรเมอร์ ( เห็นผล alkb
ส่วน PCR ( ) คือต่อไป
เอนไซม์จำกัดการเลือก การดึงแนวร่วมรวม 83 ลำดับ
และด้วยตนเองตรวจสอบและอัปโหลดไปยังโปรแกรมออนไลน์
เอนไซม์ จำกัด ตัวเลือก ( repk ) เกมออนไลน์ v.1.2 [ 26 ] การตรวจสอบข้อ จำกัด เว็บไซต์
ของเอนไซม์ให้คะแนนสูงสุด repk และความถูกต้องของการเสนอส่วน
ความยาวโดยใช้เอ็นตัด v2.0 เครื่องมือค้นหา [ 27 ]
ไอโซอันดับที่เสนอโดย engebretson และมอยเออร์ [ 28 ]
ตาม ( ผม ) จำนวนรวมเทอร์มินัลจำกัดชิ้นส่วน
( เช่นความอุดมสมบูรณ์ของ t-rfs ) ด้วยข้อจำกัดที่ fragment length
อยู่ระหว่าง 50 และ 550 BP และแบ่งแยก
น้อยความแตกต่างของความยาวอย่างน้อยสามพบบัญชีสําหรับ
มติพลังของผู้ชม ( 2 ) ร้อยละ
ของลำดับด้วยไม่มีข้อ จำกัด เว็บไซต์สำหรับ
เอนไซม์เกี่ยวข้อง ตลอดจน ( 3 ) ร้อยละของลำดับด้วย t-rfs < 50 BP เลือกเอนไซม์ก็ทดสอบบน alkb amplicons
ทั้งหมดของยีน ชุมชนดินดีเอ็นเอ สารสกัดจาก microcosms
( ดูmicrocosms การทดลองใช้เอนไซม์ที่แตกต่างกัน ( 0.1 , 1 และ 2 u )
และ DNA ความเข้มข้น ( 50e100 ng สำหรับตัวอย่างสิ่งแวดล้อม ) .
2.4 . การสกัดดีเอ็นเอและดีเอ็นเอ ( DNA จากตัวอย่างดินทั้งชุมชน
ถูกสกัดเป็นอธิบายโดย Griffith et al . [ 30 ] ดีเอ็นเอของเสริมวัฒนธรรมคือ
สกัดตามที่อธิบายไว้โดย Maher et al . [ 31 ] และดัดแปลงเป็น
อธิบายโดย giebler et al . [ 3 ]คุณภาพและปริมาณดีเอ็นเอถูกกำหนดโดยวิธีเจล
,
( nanodrop นี้® nd-1000 peqlab , เยอรมนี ) สารสกัดจาก
ซ้ำแต่ละตัวก่อนการวิเคราะห์รวมชุมชน
คำนึงถึงความผันแปรตามธรรมชาติของดินและแกน
เอาชนะสามารถผล อัลเคน ( alkb )
monooxygenaseเบสในปฏิกิริยา PCR ประกอบด้วยยีน 15e20 นาโน
DNA PCR ใช้แท็ค Master Mix Kit ( QIAGEN Hilden เยอรมนี , ) , ( 0.12 %
และ 0.1 มิลลิเมตร alkb ไพรเมอร์ [ 32 ] กับการปรับเปลี่ยนตามที่อธิบาย
โดยชูลซ์ et al . [ 33 ] ( ส่งต่อรองพื้น alkb 1f_deg 50-aay ACI GCI
Cay Gar CTI GGI เคย์ aa-30 ย้อนกลับรองพื้น alkb 1r_deg 50-gcr tgr
tgr สบท Gar TGI ระหว่าง tg-30 ) ครอบคลุมกว้าง alkb ลำดับ
ความหลากหลายและมีใช้อยู่แล้วในสามอดีต alkb t-rflp
โปรโตคอล [ 10e12 ] โดยได้ดำเนินการใน 25 ml ( 95 C / 10 นาที , 30
รอบ : 95 C / 45 S , 58.7 C / นาที 1 , 72 C / 45 และยืดตัวสุดท้ายที่
72 C / 10 นาที )
การแปล กรุณารอสักครู่..
ภาษาอื่น ๆ
การสนับสนุนเครื่องมือแปลภาษา: กรีก, กันนาดา, กาลิเชียน, คลิงออน, คอร์สิกา, คาซัค, คาตาลัน, คินยารวันดา, คีร์กิซ, คุชราต, จอร์เจีย, จีน, จีนดั้งเดิม, ชวา, ชิเชวา, ซามัว, ซีบัวโน, ซุนดา, ซูลู, ญี่ปุ่น, ดัตช์, ตรวจหาภาษา, ตุรกี, ทมิฬ, ทาจิก, ทาทาร์, นอร์เวย์, บอสเนีย, บัลแกเรีย, บาสก์, ปัญจาป, ฝรั่งเศส, พาชตู, ฟริเชียน, ฟินแลนด์, ฟิลิปปินส์, ภาษาอินโดนีเซี, มองโกเลีย, มัลทีส, มาซีโดเนีย, มาราฐี, มาลากาซี, มาลายาลัม, มาเลย์, ม้ง, ยิดดิช, ยูเครน, รัสเซีย, ละติน, ลักเซมเบิร์ก, ลัตเวีย, ลาว, ลิทัวเนีย, สวาฮิลี, สวีเดน, สิงหล, สินธี, สเปน, สโลวัก, สโลวีเนีย, อังกฤษ, อัมฮาริก, อาร์เซอร์ไบจัน, อาร์เมเนีย, อาหรับ, อิกโบ, อิตาลี, อุยกูร์, อุสเบกิสถาน, อูรดู, ฮังการี, ฮัวซา, ฮาวาย, ฮินดี, ฮีบรู, เกลิกสกอต, เกาหลี, เขมร, เคิร์ด, เช็ก, เซอร์เบียน, เซโซโท, เดนมาร์ก, เตลูกู, เติร์กเมน, เนปาล, เบงกอล, เบลารุส, เปอร์เซีย, เมารี, เมียนมา (พม่า), เยอรมัน, เวลส์, เวียดนาม, เอสเปอแรนโต, เอสโทเนีย, เฮติครีโอล, แอฟริกา, แอลเบเนีย, โคซา, โครเอเชีย, โชนา, โซมาลี, โปรตุเกส, โปแลนด์, โยรูบา, โรมาเนีย, โอเดีย (โอริยา), ไทย, ไอซ์แลนด์, ไอร์แลนด์, การแปลภาษา.
- และปรับตัวให้เข้ากับเพื่อนให้ได้
- In Devices and Solutions operations, we
- สบายดี
- ความกล้าหาญ
- บรรยากาศดี
- You are an adventurer
- I have a green lawn. and The Pool
- replacement
- ความดีใส่ตัว
- its your fault :)I would wanna pomp u wi
- spectre
- Good atmosphere
- Conversation started 7 June 2011Chawapor
- Measure
- Comparison of embryogenesis
- แต่เดี๋ยวนี้บ้านหลังเล็กๆมันเริ่มมีความน
- ข้างหลังบ้าน
- ฉันหวังว่าสิ่งที่คุณพูดมาจะเป็นความจริงฉ
- You think to yourself
- เราทำสิ่งที่เหมือนกัน
- อายุมากกว่าฉันเยอะเลย
- He is an outstanding staff who is an eag
- its your fault :)I would wanna pomp u wi
- Conversation started 7 June 2011Chawapor
