An important problem in genomics is

An important problem in genomics is the study of evolutionary relatedness of proteins. We use our algorithms to cluster proteins to homologous groups given pairwise similarities of their amino-acid sequences. Such similarities are computed by the sequence alignment tool BLAST [12]. We follow the approach of Paccanaro et al. [13] and Nepusz et al. [14], and compare the computed clustering against a ground truth given by SCOP, a manually crafted taxonomy of proteins [15]. The SCOP taxonomy is a tree with proteins at the leaf nodes. The ground truth clusters used in the experiments are subsets of the leafs, that is, proteins, rooted at different SCOP superfamilies. These are nodes on the 3rd level below the root.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

มีปัญหาที่สำคัญใน genomics คือ การศึกษาของ relatedness วิวัฒนาการของโปรตีน เราใช้อัลกอริทึมของเรากับโปรตีนคลัสเตอร์กลุ่มเซทจะมีให้แพร์ไวส์ความคล้ายคลึงกันของลำดับของกรดอะมิโน ความคล้ายคลึงดังกล่าวจะคำนวณ โดยเครื่องมือจัดลำดับระเบิด [12] เราทำตามวิธีของ Paccanaro et al. [13] และ Nepusz et al. [14], และเปรียบเทียบคลัสเตอร์คำนวณกับความจริงดินโดย SCOP ระบบภาษีสร้างขึ้นด้วยตนเองของโปรตีน [15] การจำแนกประเภทตูดเป็นต้นไม้กับโปรตีนที่โหนใบ คลัสเตอร์จริงพื้นดินที่ใช้ในการทดลองเป็นชุดย่อยของการใบไม้ นั่นคือ โปรตีน รากที่แตกต่าง SCOP superfamilies เหล่านี้เป็นโหนในระดับ 3 ด้านล่างราก

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เป็นปัญหาที่สำคัญในฟังก์ชั่นคือการศึกษาความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการของโปรตีน เราใช้อัลกอริทึมของเราเพื่อกลุ่มโปรตีนให้กับกลุ่มคล้ายคลึงกันได้รับความคล้ายคลึงกันคู่ของลำดับกรดอะมิโนของพวกเขา ความคล้ายคลึงกันดังกล่าวจะถูกคำนวณโดยระเบิดลำดับเครื่องมือการจัดตำแหน่ง [12] เราปฏิบัติตามวิธีการของ Paccanaro et al, [13] และ Nepusz et al, [14] และเปรียบเทียบการจัดกลุ่มการคำนวณต่อความจริงพื้นดินได้รับจาก SCOP, อนุกรมวิธานที่สร้างขึ้นด้วยตนเองของโปรตีน [15] SCOP อนุกรมวิธานเป็นต้นไม้ที่มีโปรตีนที่โหนดใบที่ กลุ่มความจริงพื้นดินที่ใช้ในการทดลองเป็นส่วนย่อยของใบไม้ที่เป็นโปรตีนที่ฝังราก superfamilies SCOP ที่แตกต่างกัน เหล่านี้เป็นโหนดในระดับที่ 3 ด้านล่างราก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เป็นปัญหาที่สำคัญในลักษณะทางพันธุกรรมคือการศึกษาสัมพันธ์วิวัฒนาการของโปรตีน เราใช้ขั้นตอนวิธีของเรากลุ่มโปรตีนเพื่อเปรียบเทียบความคล้ายคลึงกันของกลุ่มให้คู่ของกรดอะมิโนลำดับ ความคล้ายคลึงกันเช่นชั้นระเบิดเครื่องมือจัดลำดับ [ 12 ] เราปฏิบัติตามแนวทางของ paccanaro et al . [ 13 ] และ nepusz et al . [ 14 ] และเปรียบเทียบการคำนวณการจัดกลุ่มกับพื้นจริงให้โดยสก็อป , สร้างขึ้นด้วยตนเองอนุกรมวิธานของโปรตีน [ 15 ] การอนุกรมวิธานเป็นโปรตีนสก็อปต้นไม้ที่ใบโหนด ดินที่ใช้ในการทดลองคือ ความจริงกลุ่มย่อยของใบไม้ที่เป็น โปรตีน รากฐานที่ superfamilies สก็อปต่าง ๆ เหล่านี้เป็นจุดที่ 3 ระดับล่าง ราก