ORIGINAL PAPERArch Microbiol (2015)

ORIGINAL PAPER
Arch Microbiol (2015) 197:489–495
DOI 10.1007/s00203-014-1077-9
Paenibacillus wulumuqiensis sp. nov. and Paenibacillus dauci
sp. nov., two novel species of the genus Paenibacillus
Jing Zhu · Wei Wang · Shan‑Hui Li · Su‑Qin Song ·
Yu‑Qing Xie · Qi‑Yong Tang · Ghenijan Osman ·
Yu‑Hu Shi · Zhi‑Dong Zhang · Wen‑Jun Li
Received: 11 August 2014 / Revised: 10 December 2014 / Accepted: 26 December 2014 / Published online: 18 January 2015
© Springer-Verlag Berlin Heidelberg 2015
Abstract Two Gram-staining-positive, aerobic, motile,
endospore-forming, rod-shaped bacteria, designated strains
Y24
T
and H9
T
were isolated from cold spring and carrot
(Daucus L.) samples, respectively, in Xinjiang Uyghur
Autonomous Region, north-western China. The taxonomic
positions of the two new isolates were determined by using
a polyphasic approach. Phylogenetic analysis based on
16S rRNA gene sequences and DNA–DNA hybridizations
showed that strains Y24
T
and H9
T
were two different novel
species belonging to the genus Paenibacillus, with Paenibacillus
hunanensis
FeL05
T
as their closest relative. The
genomic DNA G + C contents of the two isolates Y24

and H9
T
were 48.1 and 46.6 mol %, respectively. The cell
wall peptidoglycan contained meso-diaminopimelic acid.
The predominant menaquinone was both as MK-7. The
major cellular fatty acids were anteiso-C
15:0
, C
, isoC
16:0
, anteiso-C
17:0
and iso-C
Communicated by Erko Stackebrandt.
15:0
16:0
. The polar lipid profiles
Jing Zhu and Wei Wang have contributed equally to this work.
Electronic supplementary material The online version of this
article (doi:10.1007/s00203-014-1077-9) contains supplementary
material, which is available to authorized users.
J. Zhu · W. Wang · S.-Q. Song · Y.-Q. Xie · Q.-Y. Tang ·
G. Osman · Y.-H. Shi · Z.-D. Zhang (*)
Xinjiang Laboratory of Special Environmental Microbiology,
Institute of Microbiology, Xinjiang Academy of Agricultural
Sciences, Urumqi 830091, Xinjiang,
People’s Republic of China
e-mail: [e-mail]
S.-H. Li · W.-J. Li (*)
Yunnan Institute of Microbiology, Yunnan University,
Kunming 650091, People’s Republic of China
e-mail: [e-mail]; [e-mail]
T
consisted of phosphatidylglycerol, diphosphatidylglycerol,
phosphatidylethanolamine and two glycolipids as the major
components. On the basis of their phenotypic characteristics,
the two
isolates represent two
different
novel
species
of
the
genus
Paenibacillus,
for
which
the
names
Paenibacillus
wulumuqiensis
sp. nov.
(type strain Y24
T
= CPCC
100602
T
= JCM 30284
T
) and Paenibacillus dauci sp. nov.
(type strain H9
T
= CPCC 100608
T
= JCM 30283
) are
proposed.
Keywords Paenibacillus wulumuqiensis sp. nov. ·
Paenibacillus dauci sp. nov. · Cold spring · Carrot ·
Polyphasic taxonomy
Introduction
The genus Paenibacillus has been proposed by Ash et al.
(1993) and is the type genus of the family Paenibacillaceae.
Members of the genus are widely distributed
in different
environment
and play significant roles in microbial
communities
(Reva
et
al.
1995).
Following
the establishment
of the genus, more and more species were recognized,
S.-H. Li · W.-J. Li
Key Laboratory of Biogeography and Bioresource in Arid Land,
Xinjiang Institute of Ecology and Geography, Chinese Academy
of Sciences, Urumqi 830011, Xinjiang,
People’s Republic of China
W.-J. Li
State Key Laboratory of Biocontrol, Key Laboratory
of Biodiversity Dynamics and Conservation of Guangdong
Higher Education Institutes, College of Ecology and Evolution,
Sun Yat-Sen University, Guangzhou 510275,
People’s Republic of China
T
1 3
490 Arch Microbiol (2015) 197:489–495
and some characteristics in the description of the original
genus were not found in other species of the genus.
Therefore,
the
description
of
the
genus
Paenibacillus
was

emended
by Shida et
al.
(1997).
Furthermore, Paenibacillus
polymyxa
(Ash et
al.
1993)
was
considered as the type
species
of the genus by the Judicial Commission in 2005
(Judicial
Commission of the International Committee for
Systematics
of Prokaryotes 2005). At
the time of writing,
154
species with validly
published names were recognized

as
members of the genus Paenibacillus
(http://www.bacterio.cict.fr/p/paenibacillus.html).
Species belonging to this
genus
were mostly aerobic or facultatively
anaerobic, rodshaped,
endospore-forming bacteria, possessing anteisoC
as the major cellular fatty acid and having genomic
DNA G + C contents in the range 39–54 mol % (Shida
et al. 1997; Montes et al. 2004; Takeda et al. 2005). In this
report, we describe two novel species belonging to the
genus Paenibacillus that were isolated from a cold spring
sample and carrot (Daucus L.) sample, respectively, and
they were both closely related to the species of Paenibacillus
hunanensis
FeL05
15:0
Materials and methods
1 3
T
(Liu et al. 2010).
Strains and culture conditions
Strain Y24
T
was isolated from a cold spring water (E
85°22′ 35″, N 43°50′ 30″) sample by dilution plating on
TYEG agar (10 g tryptone, 5 g yeast extract, 5 g glucose,
3 g K
2
HPO
and 20 g agar in 1,000 ml distilled water, pH
7.0), and incubated at 10 °C for 3 days. Strain H9
4
was
originally isolated from carrot (Daucus carota) on a TYEG
agar plate. The carrot was prepared according to the following
procedure, as described by Li et
al.
(2007).
Carrot was

washed
with tap water,
surface
sterilized with 75
%
ethanol

for
3
min
and 2.6
%
sodium hypochlorite
solution for 5
min

and
75
%
ethanol for 1
min
again,
then rinsed with sterile

double-distilled
water
(ddH
2
T
O). The isolates were routinely
maintained on TYEG agar slants at 4 °C and preserved as
suspensions of cells in glycerol (20 %, v/v) at −80 °C, as
their closely related type strain P. hunanensis FeL05
,
which was obtained from Institute of Agricultural Resources
and Regional Planning, Chinese Academy of Agricultural
Sciences. Biomass for chemotaxonomic and molecular systematic
studies
was
prepared
by
growing
the
strains
in
shake

flasks
(~150
rpm)
of TYEG
broth at 30
°C
for 3
days.
Morphological, physiological and biochemical
characteristics
Cell morphology was examined by light microscopy
(Olympus BX43) and transmission electron microscopy
T
(JEM-2100, JEOL) after 3 days incubation on TYEG agar
medium at 30 °C. The presence of flagella was investigated
by TEM. Gram staining was carried out by using a standard
procedure (Hucker
and Conn 1923).
Growths
at different

temperature
(4, 10, 15, 20, 25, 28, 30, 37, 45 and 50
°C)
were

tested
on TYEG
agar
medium for 15
days.
Salt-tolerance

tests
were examined
at different
NaCl concentrations (0, 0.5,

1,
1.5, 2, 3, 5, 7, 9 and 10
%
w/v) TYEG
agar
medium at

30
°C.
The
pH range and optimum for growth
were examined
at pH 4.0–13.0 by using the buffer
systems as described

by
Xu et
al.
(2005).
All
the tests were performed at 30
°C
for

3
days
by culturing the strains on TYEG
medium. Carbon

source
utilization was
investigated
by the methods described

by
Shirling and Gottlieb (1966)
and Locci (1989).
Biolog

GEN
III MicroPlates™ were also used for characterization

of
single-carbon source assimilation and chemical sensitivity

assays,
according
to
the
manufacturer’s
instructions,
plates

were
incubated at 30
°C
and read after 48
h.
Nitrogen source

utilization
was
determined according
to Williams
et
al.

(1989).
Catalase activity
was
detected by the production of

bubbles
after the addition of a drop of 3
%
(v/v) H
. Oxidase
activity
was
determined by the oxidation of tetramethylp-phenylenediamine.
Tests
for hydrolysis
of
cellulose,
gelatin,
starch and Tweens
20, 40 and 80, milk coagulation and

peptonization,
utilization of urea and nitrate reduction, were

performed
as described by Gonzalez et
al.
(1978).
Other biochemical
characteristics were determined by using the API

20NE
and API
50CH systems (bioMérieux, France) according
to the manufacturer’s
instructions.
Chemotaxonomic characterization
Cell wall hydrolysates were obtained according to the
method of Schleifer (1985). Amino acids in the cell wall
hydrolysate were analysed by precolumn derivatization
with o-phthalaldehyde (OPA) by using HPLC (Agilent
1100; Tang et al. 2009a). Analyses of the sugars in wholecell
hydrolysates
were performed as described by Staneck
and
Roberts (1974),
Saddler et
al.
(1991)
and Tang
et
al.

(2009a,

b). The menaquinones were extracted and purified
as described by Collins (1985) and analysed by HPLC (Wu
et al. 1989). Polar lipids were extracted by the method of
Minnikin et al. (1979), identified by two-dimensional TLC
and spraying with specific reagents as described by Collins
and Jones (1980).
Cellular fatty
acid analysis was
performed
by using the Microbial
identification system
(Sherlock
version
6.1; MIDI database
TSBA6;
Sasser 1990;

Kämpfer
and Kroppenstedt 1996).
Molecular analysis
Extraction of genomic DNA and PCR amplification of the
16S rRNA gene was performed as described previously by
2
O
2
491Arch Microbiol (2015) 197:489–495
Li et al. (2007). The sequences obtained were compared
with available 16S rRNA gene sequences of cultured species
from GenBank via the BLAST program and the EzTaxon-e
server (http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/; Kim et al. 2012).
Multiple alignments with sequences of the most closely
related taxa and calculations of levels of sequence similarities
were carried out by using CLUSTAL_X
(Thompson

et
al.
1997).
Phylogenetic
analyses were performed by using

the
software
packages MEGA version
5.0 (Tamura
et
al.

2011)
with three
algorithms,
the
neighbour-joining
(Saitou

and
Nei 1987),
maximum-likelihood
(Felsenstein 1981)
and

maximum-parsimony
(Fitch 1971)
methods. Kimura’s
two

parameter
model
was
used
to
calculate
evolutionary
distance
matrices of the neighbour-joining
method (Kimura

1980).
Bootstrap analysis (1,000 resampling) was
used to

evaluate
the topology of phylogenetic
trees (Felsenstein

1985).
DNA–DNA
reassociations were performed according
to the f

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เอกสารต้นฉบับโค้ง 197:489 Microbiol (2015) -495ดอย 10.1007/s00203-014-1077-9Sp. wulumuqiensis ใน Paenibacillus nov และ Paenibacillus dauci พฤศจิกายน พันธุ์นวนิยายสองสกุล Paenibacillus sp· Jing Zhu ·วังเว่ย Shan‑Hui ลี่· ·เพลง Su‑Qin·เจีย Yu‑Qing ·ถัง Qi‑Yong · Osman GhenijanYu‑Hu ชิ· ·เตียว Zhi‑Dong Wen‑Jun ลี่ รับ: 11 2014 สิงหาคม / แก้ไข: 10 2557 ธันวาคม / ยอมรับ: 26 2557 ธันวาคม / เผยแพร่ออนไลน์: 18 2015 มกราคม© Springer Verlag เบอร์ลินไฮเดลเบิร์ก 2015บทคัดย่อสองกรัมย้อมสีบวก แอโรบิก motileแบคทีเรีย endospore ขึ้นรูป เหล็กรูป กำหนดสายพันธุ์Y24T และ H9T ถูกแยกจากน้ำพุเย็นและแครอท(Daucus L.) ตัวอย่าง ตามลำดับ ใน Xinjiang อุยกูร์พื้นที่ปกครองตนเอง จีนเหนือตะวันตก การอนุกรมวิธานตำแหน่งของการวางแยกใหม่สองถูกกำหนดโดยวิธีการ polyphasic Phylogenetic วิเคราะห์ตาม16S rRNA ลำดับยีนและดีเอ็นเอดีเอ็นเอ hybridizationsพบที่สายพันธุ์ Y24T และ H9T มีนวนิยายทั้งสองแตกต่างกันชนิดของพืชสกุล Paenibacillus กับ PaenibacillushunanensisFeL05T เป็นญาติที่ใกล้ชิดของพวกเขา ที่genomic DNA G + C เนื้อหาของสองแยกได้ Y24และ H9T ได้ 48.1 สาและโมล 46.6% ตามลำดับ เซลล์เปบทิโดไกลแคนของผนังประกอบด้วยกรดเมโสหน้า diaminopimelicMenaquinone กันถูกทั้ง MK-7 ที่กรดไขมันสำคัญที่โทรศัพท์มือถือถูก anteiso-C15:0, C, isoC16:0, anteiso C17:0 และ iso-Cสื่อสาร โดย Erko Stackebrandt15:016:0. ค่าไขมันขั้วโลก Jing Zhu และวังเว่ยมีส่วนเท่า ๆ กันเพื่องานนี้วัสดุเสริมอิเล็กทรอนิกส์รุ่นออนไลน์บทความ (doi:10.1007 / s00203-014-1077-9) ประกอบด้วยการส่งเสริมการขายวัสดุ ซึ่งมีผู้ได้รับอนุญาตJ. Zhu · ·วัง W. เพลงคำถาม S. · ·คำถาม Y. เจีย คำถาม-Y. ถัง·· Osman กรัม Y. H. ชิ· D. z.เตียว (*)ห้องปฏิบัติการ Xinjiang ของจุลชีววิทยาสิ่งแวดล้อมพิเศษสถาบันวิชาจุลชีววิทยา Xinjiang สถาบันเกษตรวิทยาศาสตร์ อุรุมชี 830091, Xinjiang สาธารณรัฐประชาชนจีนอีเมล์: [e-mail]. H. ลี่· W. J. ลี่ (*)สถาบันมหาวิทยาลัยจุลชีววิทยา ยูนนาน มณฑลยูนนานคุนหมิง 650091 สาธารณรัฐประชาชนจีนอีเมล์: [e-mail]; [e-mail]ประกอบด้วย phosphatidylglycerol, diphosphatidylglycerolphosphatidylethanolamine และ glycolipids สองเป็นวิชาคอมโพเนนต์ ตามลักษณะของไทป์ทั้งสองแยกแสดงสองแตกต่างกันนวนิยายพันธุ์ของที่พืชสกุลPaenibacillusสำหรับซึ่งที่ชื่อPaenibacilluswulumuqiensissp. nov(ต้องใช้ชนิด Y24T = CPCC100602T = JCM 30284T) และ Paenibacillus sp. dauci nov(ต้องใช้ชนิด H9T = CPCC 100608T = JCM 30283) มีการนำเสนอคำสำคัญ Paenibacillus wulumuqiensis sp. nov ·Sp. dauci ใน Paenibacillus nov · ·น้ำพุเย็น ·แครอทระบบ Polyphasicแนะนำตระกูลนี้ Paenibacillus ได้รับการเสนอชื่อโดยเถ้า et al(1993) และเป็นตระกูลนี้ชนิดของ Paenibacillaceaeสมาชิกของตระกูลนี้ได้นำไปเผยแพร่ในที่ต่าง ๆสภาพแวดล้อมและมีบทบาทสำคัญในจุลินทรีย์ชุมชน(Revaร้อยเอ็ดอัล1995)ต่อไปนี้การจัดตั้งของพืชสกุล พันธุ์มาก ขึ้นได้รู้จัก S. H. ลี่· W. J. Liห้องปฏิบัติการหลักของ Biogeography และ Bioresource ในที่ดินแห้งแล้งสถาบันนิเวศวิทยา Xinjiang และภูมิศาสตร์ จีน Academyวิทยาศาสตร์ อุรุมชี 830011, Xinjiang สาธารณรัฐประชาชนจีนW. J. Liห้องปฏิบัติการสำคัญรัฐของ Biocontrol หลักปฏิบัติDynamics ความหลากหลายทางชีวภาพและอนุรักษ์ของมณฑลกวางตุ้งสถาบันอุดมศึกษา วิทยาลัยนิเวศวิทยา และ วิวัฒนาการมหาวิทยาลัยซุนยัดเซ็นซัน 510275 กวางเจา สาธารณรัฐประชาชนจีนT1 3490 โค้ง 197:489 Microbiol (2015) -495และบางลักษณะคำอธิบายของต้นฉบับไม่พบสกุลในสปีชีส์อื่น ๆ ของตระกูลนี้ดังนั้นที่คำอธิบายของที่พืชสกุลPaenibacillusถูกemendedโดยกัตติ้งร้อยเอ็ดอัล(1997)นอกจากนี้ Paenibacilluspolymyxa(เถ้าร้อยเอ็ดอัล1993)ถูกถือว่าเป็นชนิดพันธุ์ของตระกูลนี้โดยคณะกรรมการยุติธรรมในปี 2005(ยุติธรรมคณะกรรมการนานาชาติสำหรับอนุกรมวิธานของของ Prokaryotes 2005) ที่เวลาเขียน154พันธุ์กับ validlyชื่อประกาศไม่รับรู้เป็นสมาชิกของสกุล Paenibacillus(http://www.bacterio.cict.fr/p/paenibacillus.html)ชนิดนี้เป็นของพืชสกุลทาสีแอโรบิก หรือ facultativelyไม่ใช้ออกซิเจน rodshapedขึ้นรูป endospore แบคทีเรีย มี anteisoC เป็นกรดไขมันหลักโทรศัพท์มือถือและมี genomicดีเอ็นเอ G + C เนื้อหาในช่วง 39-54% โมล (กัตติ้งร้อยเอ็ด al. 1997 Montes et al. 2004 ทาเคดะ et al. 2005) ในที่นี้รายงาน เราอธิบายสองสปีชีส์นวนิยายของการพืชสกุล Paenibacillus ที่แยกจากน้ำพุเย็นแครอท (Daucus L.) และตัวอย่างตัวอย่าง ตามลำดับ และพวกเขาทั้งสองใกล้ชิดเกี่ยวข้องกับพันธุ์ PaenibacillushunanensisFeL0515:0วัสดุและวิธีการ1 3T (หลิว et al. 2010)สายพันธุ์และสภาพวัฒนธรรมต้องใช้ Y24T ถูกแยกจากน้ำเย็นฤดูใบไม้ผลิ (E85 ° 22′ 35″, N 43 ° 50′ 30″) ชิ้นงานตัวอย่าง โดยการเจือจางที่ชุบบนTYEG agar (tryptone 10 กรัม สารสกัดจากยีสต์ 5 กรัม 5 กรัม กลูโคส3 g K2HPO agar 20 กรัมในน้ำ 1000 ml กลั่น และค่า pH7.0), และ incubated ที่ 10 ° C 3 วัน ต้องใช้ H94 ถูกแยกต่างหากจากแครอท (Daucus carota) ใน TYEG เดิมagar จาน แครอทได้เตรียมไว้ตามต่อไปนี้ขั้นตอน ตามที่อธิบายไว้ โดย Li etอัล(2007)มีแครอทเครื่องซักผ้ามีน้ำประปาพื้นผิวsterilized กับ 75%เอทานอลสำหรับ3นาทีและ 2.6%ผงฟอกขาวโซลูชั่นสำหรับ 5นาทีและ75%เอทานอล 1นาทีอีกครั้งแล้ว rinsed ด้วยกระบอกกลั่นคู่น้ำ(ddH2TO) จะแยกได้เป็นประจำ อยู่ใน TYEG slants agar ที่ 4 ° C และเก็บรักษาไว้เป็นบริการของเซลล์ในกลีมาเซอร (20%, v/v) ได้ที่ −80 ° C เป็นต้องใช้ของพวกเขาที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดชนิด P. hunanensis FeL05,ที่ได้รับจากสถาบันของทรัพยากรการเกษตรและภูมิภาคการวางแผน จีนสถาบันเกษตรวิทยาศาสตร์ ชีวมวลสำหรับ chemotaxonomic และโมเลกุลอย่างมีระบบการศึกษาถูกเตรียมโดยการเจริญเติบโตที่สายพันธุ์ในปั่นนำ(~ 150รอบต่อนาที)ของ TYEGซุปที่ 30° Cสำหรับ 3วันนั้นสัณฐาน สรีรวิทยา และชีวเคมีลักษณะสัณฐานวิทยาของเซลล์ถูกตรวจสอบ โดยแสง microscopy(Olympus BX43) และส่งอิเล็กตรอน microscopy T(JEM-2100, JEOL) หลังจากฟักตัว 3 วันใน TYEG agarกลางที่ 30 องศาเซลเซียส มีการตรวจสอบสถานะของ flagellaโดยยการ การย้อมสีกรัมถูกดำเนินการ โดยใช้มาตรฐานขั้นตอน (Huckerก Conn 1923)เจริญเติบโตที่แตกต่างกันอุณหภูมิ(4, 10, 15, 20, 25, 28, 30, 37, 45 และ 50° C)ถูกทดสอบใน TYEGagarกลาง 15วันนั้นเกลือยอมรับทดสอบตรวจสอบได้ที่แตกต่างกันความเข้มข้นของ NaCl (0, 0.511.5, 2, 3, 5, 7, 9 และ 10%w/v) TYEGagarสื่อที่30องศาเซลเซียสที่ช่วงการวัดและเหมาะสมสำหรับการเจริญเติบโตตรวจสอบได้ที่ pH 4.0-13.0 โดยใช้บัฟเฟอร์ระบบตามที่อธิบายไว้โดยXu ร้อยเอ็ดอัล(2005)ทั้งหมดดำเนินการทดสอบที่ 30° Cสำหรับ3วันโดย culturing สายพันธุ์บน TYEGสื่อ คาร์บอนแหล่งที่มาใช้ประโยชน์ได้สอบสวนโดยวิธีอธิบายไว้โดยShirling และ Gottlieb (1966)และ Locci (1989)BiologGEN™ III MicroPlates นอกจากนี้ยังใช้สำหรับการจำแนกของแหล่งคาร์บอนเดียวไวผสมและสารเคมีassaysตามถึงที่ของผู้ผลิตคำแนะนำแผ่นถูกincubated ที่ 30° Cและอ่านหลังจาก 48hแหล่งไนโตรเจนการใช้ประโยชน์ถูกกำหนดตามกับวิลเลียมส์ร้อยเอ็ดอัล(1989)กิจกรรม catalaseถูกตรวจพบ โดยการผลิตฟองอากาศหลังจากการเพิ่มลดลง 3%(v/v) H. Oxidaseกิจกรรมถูกกำหนด โดยการเกิดออกซิเดชันของ tetramethylp-phenylenediamineทดสอบสำหรับไฮโตรไลซ์ของเซลลูโลสตุ๋นแป้งและ Tweens20, 40 และ 80 โรงนม และpeptonizationใช้ยูเรียและไนเตรตลด ถูกดำเนินการตามที่อธิบายไว้ โดย Gonzalez ร้อยเอ็ดอัล(1978)อื่น ๆ ชีวเคมีลักษณะที่กำหนด โดยใช้ API20NEและ APIระบบ 50CH (bioMérieux ฝรั่งเศส) ตามการของผู้ผลิตคำแนะนำจำแนก chemotaxonomicHydrolysates ผนังเซลล์ได้รับตามวิธีการ Schleifer (1985) กรดอะมิโนในผนังเซลล์ด้วยมี analysed โดย precolumn derivatizationกับ o-phthalaldehyde (OPA) โดยใช้ HPLC (Agilent1100 ถัง et al. 2009a) วิเคราะห์ของน้ำตาลใน wholecellhydrolysatesได้ดำเนินการตามที่อธิบายไว้ โดย Staneckและโรเบิตส์ (1974),Saddler ร้อยเอ็ดอัล(1991)และถังร้อยเอ็ดอัล(2009aข. menaquinones ถูกสกัด และบริสุทธิ์อธิบาย โดยคอลลินส์ (1985) และ analysed โดย HPLC (วูเป็นร้อยเอ็ด al. 1989) โครงการขั้วถูกสกัด โดยวิธีการMinnikin et al. (1979), ระบุสอง TLCและฉีดพ่น ด้วย reagents เฉพาะตามที่อธิบายไว้ โดยคอลลินส์และโจนส์ (1980)เซลไขมันการวิเคราะห์กรดได้ดำเนินการโดยใช้การ Microbialรหัสระบบ(เชอร์ล็อกเวอร์ชัน6.1 ฐานข้อมูล MIDITSBA6Sasser 1990Kämpferก Kroppenstedt 1996)วิเคราะห์ระดับโมเลกุลสกัดของ genomic DNA และ PCR ขยายของการยีน 16S rRNA ทำตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้โดย 2O2197:489 491Arch Microbiol (2015) -495 Li et al. (2007) มีการเปรียบเทียบลำดับที่ได้รับมีว่าง 16S rRNA ยีนลำดับพันธุ์อ่างจาก GenBank ผ่านโปรแกรมระเบิดและอี EzTaxonเซิร์ฟเวอร์ (http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/; คิม et al. 2012)จัดแนวหลาย มีลำดับของที่สุดtaxa ที่เกี่ยวข้องและคำนวณระดับของลำดับความเหมือนได้ดำเนินการโดย CLUSTAL_X(ทอมป์สันร้อยเอ็ดอัล1997)Phylogeneticได้ดำเนินการวิเคราะห์ โดยใช้ที่ซอฟต์แวร์รุ่นแพคเกจร็อค5.0 (Tamuraร้อยเอ็ดอัล2011)มีสามอัลกอริทึมที่เพื่อนบ้านเข้าร่วม(SaitouและNei 1987),ความเป็นไปได้สูงสุด(Felsenstein 1981)และสูงสุด parsimony(ฟิทช์ 1971)วิธี คิมุระโยของสองพารามิเตอร์แบบจำลองถูกใช้ถึงคำนวณวิวัฒนาการห่างจากที่พักเมทริกซ์ของเพื่อนบ้านรวมวิธี (คิมุระโย1980)มีการวิเคราะห์เริ่มต้นระบบ (1000 เปลี่ยนความละเอียดของ)ใช้ในการประเมินโทโพโลยีของ phylogeneticต้นไม้ (Felsenstein1985)ดีเอ็นเอดีเอ็นเอreassociations ได้ดำเนินการตามไป f

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ORIGINAL กระดาษ
Arch Microbiol (2015) 197: 489-495
ดอย 10.1007 / s00203-014-1077-9
Paenibacillus wulumuqiensis SP พฤศจิกายน และ Paenibacillus dauci
SP พฤศจิกายนสองสายพันธุ์นวนิยายประเภท Paenibacillus
จิงจู้เหว่ย··วัง Li-Shan ฮุย·ซูฉินเพลง·
Xie Yu-ชิง·ฉียงถัง· Ghenijan ออสมัน·
Shi Yu-Hu · Zhi-Dong Zhang ·เหวิน -Jun Li
ได้รับ: 11 สิงหาคม 2014 / ปรับปรุง: 10 ธันวาคม 2014 / ได้รับการยอมรับ: 26 ธันวาคม 2014 / เผยแพร่ออนไลน์: 18 มกราคม 2015
© Springer-Verlag เบอร์ลินไฮเดลเบิร์ก 2015
บทคัดย่อสองการย้อมสีแกรมบวก, แอโรบิกความเคลื่อนไหว
endospore ขึ้นรูป แบคทีเรียรูปแท่งสายพันธุ์ที่กำหนด
y24
T
และ H9
T
ถูกแยกจากฤดูใบไม้ผลิที่หนาวเย็นและแครอท
(Daucus L. ) ตัวอย่างตามลำดับในซินเจียงอุยกูร์
เขตปกครองตนเองตะวันตกเฉียงเหนือของจีน อนุกรมวิธาน
ตำแหน่งของทั้งสองสายพันธุ์ใหม่ได้รับการพิจารณาโดยใช้
วิธีการ polyphasic การวิเคราะห์วิวัฒนาการอยู่บนพื้นฐานของ
16S rRNA ลำดับยีนและดีเอ็นเอ hybridizations ดีเอ็นเอ
พบว่าสายพันธุ์ y24
T
และ H9
T
สองนวนิยายที่แตกต่างกัน
ชนิดที่เป็นพืชและสัตว์ Paenibacillus กับ Paenibacillus
hunanensis
FeL05
T
เป็นญาติสนิทของพวกเขา
ดีเอ็นเอ G + C ของทั้งสองสายพันธุ์ y24 และ H9 T เป็น 48.1 และ 46.6 mol% ตามลำดับ เซลล์ผนัง peptidoglycan มีกรด Meso-diaminopimelic. menaquinone เด่นเป็นทั้ง MK-7 กรดไขมันเซลลูลาร์ที่สำคัญสรุปได้ anteiso-C 15: 0 , C , ISOC 16: 0 , anteiso-C 17: 0 และ iso-C . สื่อสารโดย Erko Stackebrandt 15: 0 16: 0 โปรไฟล์ไขมันขั้วโลก. จิงจู้เหว่ยและวังมีส่วนร่วมอย่างเท่าเทียมกันในการทำงานนี้อิเล็กทรอนิกส์วัสดุเสริมรุ่นออนไลน์ของนี้บทความ (ดอย: 10.1007 / s00203-014-1077-9) มีเสริมวัสดุที่สามารถใช้ได้กับผู้ใช้ที่ได้รับอนุญาต. J . จู้·วชิรวัง· S. -Q. เพลง·วาย-Q. Xie · Q. -วาย ถัง· G. ออสมัน·วายเอช- Shi · Z. -D. Zhang (*) ซินเจียงห้องปฏิบัติการจุลชีววิทยาสิ่งแวดล้อมพิเศษสถาบันจุลชีววิทยา, Xinjiang สถาบันการเกษตรวิทยาศาสตร์อุรุมชี 830091 ซินเจียง, สาธารณรัฐประชาชนจีนE-mail: [e-mail] เอสเอช- · Li-เจดับบลิว Li (*) มณฑลยูนนานสถาบันจุลชีววิทยามหาวิทยาลัยยูนนาน, คุนหมิ 650091 สาธารณรัฐประชาชนจีนE-mail: [e-mail]; [e-mail] T ประกอบด้วย phosphatidylglycerol, diphosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine และสอง glycolipids เป็นสำคัญส่วนประกอบ บนพื้นฐานของลักษณะฟีโนไทป์ของพวกเขาทั้งสองสายพันธุ์เป็นตัวแทนของทั้งสองแตกต่างกันนวนิยายสายพันธุ์ของพืชและสัตว์Paenibacillus, สำหรับที่ชื่อPaenibacillus wulumuqiensis SP พฤศจิกายน(ชนิดสายพันธุ์ y24 T = CPCC 100,602 T = JCM 30284 T ) และ Paenibacillus dauci SP พฤศจิกายน(ชนิดสายพันธุ์ H9 T = CPCC 100,608 T = JCM 30283 ) จะถูกนำเสนอ. คำสำคัญ Paenibacillus wulumuqiensis SP พฤศจิกายน · Paenibacillus dauci SP พฤศจิกายน ·ฤดูใบไม้ผลิเย็นแครอท·· อนุกรมวิธาน Polyphasic บทนำสกุล Paenibacillus ได้รับการเสนอโดยแอช et al. (1993) และเป็นชนิดพันธุ์ของครอบครัว Paenibacillaceae. สมาชิกประเภทที่มีการกระจายอย่างกว้างขวางในที่แตกต่างกันสภาพแวดล้อมและมีบทบาทสำคัญในการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ชุมชน(Reva และal. 1995). หลังจากที่สถานประกอบการของพืชและสัตว์ชนิดอื่น ๆ และอื่น ๆ ได้รับการยอมรับ, เอสเอช- · Li-เจดับบลิว Li ห้องปฏิบัติการที่สำคัญของชีวภูมิศาสตร์และทรัพยากรชีวภาพในแห้งแล้งที่ดินซินเจียงสถาบันนิเวศวิทยาและภูมิศาสตร์จีน Academy of Sciences, อุรุมชี 830011 ซินเจียง, สาธารณรัฐประชาชนจีนดับบลิวเจ- Li รัฐปฏิบัติการที่สำคัญของ Biocontrol ห้องปฏิบัติการที่สำคัญของความหลากหลายทางชีวภาพ Dynamics และการอนุรักษ์ของมณฑลกวางตุ้งสถาบันอุดมศึกษาวิทยาลัยนิเวศวิทยาและวิวัฒนาการ, อาทิตย์มหาวิทยาลัยซุนยัตเซ็นกวางโจว 510275, สาธารณรัฐประชาชนจีนT 1 3 490 Arch Microbiol (2015) 197: 489-495 และลักษณะบางอย่างในคำอธิบายของเดิมประเภทที่ไม่ได้พบในสายพันธุ์อื่น ๆ ของพืช. ดังนั้นคำอธิบายของสกุลPaenibacillus ได้รับการตรวจสอบชำระโดย Shida และal. (1997). นอกจากนี้ Paenibacillus polymyxa (แอชและอัล . 1993) ได้รับการพิจารณาเป็นชนิดสายพันธุ์ของพืชและสัตว์โดยคณะกรรมการพิจารณาคดีในปี 2005 (การพิจารณาคดีที่คณะกรรมการของคณะกรรมการระหว่างประเทศเพื่อSystematics ของ Prokaryotes 2005) ในขณะที่เขียน, 154 สายพันธุ์ที่มีการสั่งจ่ายยาชื่อการตีพิมพ์ได้รับการยอมรับเป็นสมาชิกประเภท Paenibacillus (http://www.bacterio.cict.fr/p/paenibacillus.html). สปีชี่ที่อยู่ในประเภทนี้ประเภทแอโรบิกเป็นส่วนใหญ่หรือ facultatively เพาะกาย rodshaped, endospore ขึ้นรูปแบคทีเรียครอบครอง anteisoC เป็นกรดไขมันที่สำคัญของเซลล์และมีจีโนมดีเอ็นเอ G + C อยู่ในช่วง 39-54 mol% (Shida , et al. 1997; เญิ et al, 2004;. ทาเคดะและคณะ 2005) ในการนี้รายงานเราจะอธิบายสองชนิดที่อยู่ในประเภทนวนิยายPaenibacillus ประเภทที่ถูกแยกออกจากฤดูใบไม้ผลิเย็นตัวอย่างและแครอท (Daucus L. ) ตัวอย่างตามลำดับและทั้งสองคนที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับสายพันธุ์ของ Paenibacillus hunanensis FeL05 15: 0 วัสดุ และวิธีการ1 3 T (Liu et al. 2010). สายพันธุ์และเงื่อนไขวัฒนธรรมความเครียด y24 T แยกได้จากน้ำฤดูใบไม้ผลิเย็น (E 85 ° 22 '35 "N 43 ° 50' 30") กลุ่มตัวอย่างโดยการชุบเจือจางในTYEG วุ้น (10 กรัมทริปโตน, 5 กรัมสารสกัดจากยีสต์, 5 กรัมกลูโคส3 กรัม K 2 HPO และ 20 กรัมวุ้นใน 1,000 มลน้ำกลั่นค่า pH 7.0) และบ่มที่อุณหภูมิ 10 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 3 วัน ความเครียด H9 4 ถูกแยกออกมาจากแครอท (Daucus Carota) ใน TYEG จานเลี้ยงเชื้อ แครอทที่ถูกจัดทำขึ้นตามต่อไปนี้ขั้นตอนตามที่อธิบาย Li และal. (2007). แครอทได้รับการล้างด้วยน้ำประปาผิวฆ่าเชื้อด้วย 75 % เอทานอลสำหรับ3 นาทีและ 2.6 % โซเดียมไฮโปคลอไรต์โซลูชั่นสำหรับ 5 นาทีและ75 % เอทานอล 1 นาทีอีกครั้งแล้วกับการล้างฆ่าเชื้อดับเบิลกลั่นน้ำ(DDH 2 T O) เชื้อถูกประจำการบำรุงรักษาใน TYEG agar slants ที่ 4 องศาเซลเซียสและเก็บรักษาไว้เป็นสารแขวนลอยของเซลล์ในกลีเซอรอล (20% v / v) ที่ -80 ° C เป็นชนิดสายพันธุ์ของพวกเขาที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด P. hunanensis FeL05 , ซึ่งได้รับจาก สถาบันทรัพยากรการเกษตรวางแผนภาคและจีน Academy of Agricultural Sciences ชีวมวลสำหรับระบบ chemotaxonomic โมเลกุลและการศึกษาได้รับการจัดทำขึ้นโดยการเจริญเติบโตของสายพันธุ์ในการสั่นขวด(~ 150 รอบต่อนาที) ของ TYEG น้ำซุปที่ 30 ° C เป็นเวลา 3 วัน. สัณฐานวิทยาสรีรวิทยาและชีวเคมีลักษณะทางสัณฐานวิทยาของเซลล์ได้รับการตรวจสอบโดยใช้กล้องจุลทรรศน์แสง(โอลิมปั BX43) และ การส่งผ่านอิเล็กตรอนกล้องจุลทรรศน์T (JEM-2100, JEOL) หลังจากบ่ม 3 วัน TYEG วุ้นขนาดกลางวันที่ 30 ° C การปรากฏตัวของ flagella ถูกตรวจสอบโดย TEM การย้อมสีแกรมได้รับการดำเนินการโดยใช้มาตรฐานขั้นตอน (Hucker และเรือ 1923). การเจริญเติบโตที่แตกต่างกันอุณหภูมิ(4, 10, 15, 20, 25, 28, 30, 37, 45 และ 50 ° C) ได้รับการทดสอบใน TYEG วุ้นกลาง เป็นเวลา 15 วัน. เกลืออดทนการทดสอบมีการตรวจสอบที่แตกต่างกันความเข้มข้นของโซเดียมคลอไรด์ (0, 0.5, 1, 1.5, 2, 3, 5, 7, 9 และ 10 % w / v) TYEG วุ้นกลางที่30 ° C. ช่วง pH และเหมาะสมสำหรับการเจริญเติบโตมีการตรวจสอบที่มีค่า pH 4.0-13.0 โดยใช้บัฟเฟอร์ระบบตามที่อธิบายไว้โดยXu และal. (2005). ทั้งหมดการทดสอบได้ดำเนินการวันที่ 30 ° C สำหรับ3 วันโดยสายพันธุ์ที่เพาะเลี้ยงบน TYEG กลาง คาร์บอนที่มาใช้ประโยชน์ได้รับการตรวจสอบโดยวิธีการที่อธิบายโดยShirling และ Gottlieb (1966) และ Locci (1989). Biolog GEN III Microplates ™นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้สำหรับลักษณะของการดูดซึมแหล่งคาร์บอนเดียวและความไวต่อสารเคมีการวิเคราะห์, ตามการของผู้ผลิตคำแนะนำแผ่นได้รับการบ่มที่อุณหภูมิ 30 ° C และอ่านหลังจาก 48 ชั่วโมง. แหล่งไนโตรเจนการใช้ที่ถูกกำหนดขึ้นมาตามวิลเลียมส์และal. (1989). กิจกรรม Catalase ถูกตรวจพบโดยการผลิตของฟองหลังจากที่นอกเหนือจากการลดลง 3 % (v / v) H . Oxidase กิจกรรมที่ถูกกำหนดโดยการเกิดออกซิเดชันของ tetramethylp-Phenylenediamine. การทดสอบการย่อยของเซลลูโลสเจลาติน, แป้งและ Tweens 20, 40 และ 80, แข็งตัวนมและpeptonization, การใช้ปุ๋ยยูเรียและการลดไนเตรตได้รับการดำเนินการตามที่อธิบายไว้โดยกอนซาเลและal. (1978). ทางชีวเคมีอื่น ๆลักษณะได้รับการพิจารณาโดยใช้ API 20NE และ API ระบบ 50CH (bioM? rieux, ฝรั่งเศส) ตามการของผู้ผลิตคำแนะนำ. ลักษณะ chemotaxonomic ไฮโดรไลเซผนังเซลล์ที่ได้รับเป็นไปตามวิธีการของ Schleifer (1985) กรดอะมิโนในผนังเซลล์ไฮโดรไลวิเคราะห์อนุพันธ์ precolumn กับ o-phthalaldehyde (OPA) โดยใช้วิธี HPLC (Agilent 1100; อัล Tang et 2009A.) การวิเคราะห์น้ำตาลใน wholecell ไฮโดรไลเซได้ดำเนินการตามที่อธิบายไว้โดย Staneck และโรเบิร์ต (1974), อานม้าและal. (1991) และถังและal. (2009A, ข) menaquinones ถูกสกัดและทำให้บริสุทธิ์ตามที่อธิบายไว้โดยคอลลิน (1985) และวิเคราะห์โดยวิธี HPLC (Wu et al. 1989) ไขมันขั้วโลกได้สกัดโดยวิธีการของMinnikin และคณะ (1979) ระบุสองมิติ TLC และการฉีดพ่นด้วยสารเคมีที่เฉพาะเจาะจงตามที่อธิบายไว้โดยคอลลินและโจนส์ (1980). ไขมันเซลลูลาร์วิเคราะห์กรดได้รับการดำเนินการโดยใช้จุลินทรีย์ระบบการระบุ(Sherlock รุ่น6.1; ฐานข้อมูล MIDI TSBA6; Sasser 1990; นักรบ. และ Kroppenstedt 1996) การวิเคราะห์โมเลกุลสกัดดีเอ็นเอและขยาย PCR ของยีน 16S rRNA ได้ดำเนินการตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้โดย2 O 2 491Arch Microbiol (2015) 197: 489-495 Li et al, (2007) ลำดับที่ได้ถูกนำมาเปรียบเทียบกับที่มีอยู่ 16S rRNA ลำดับยีนของสายพันธุ์ที่เพาะเลี้ยงจาก GenBank ผ่านโปรแกรม BLAST และ EzTaxon อีเซิร์ฟเวอร์ (http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/; คิม et al, 2012.). การจัดแนวหลายด้วย ลำดับของอย่างใกล้ชิดที่สุดแท็กซ่าที่เกี่ยวข้องและการคำนวณของระดับความคล้ายคลึงกันของลำดับได้ดำเนินการโดยใช้ CLUSTAL_X (ธ อมป์สันและal. 1997). Phylogenetic วิเคราะห์ได้ดำเนินการโดยใช้ซอฟแวร์แพคเกจรุ่น MEGA 5.0 (ทามูระและal. 2011) มีสามขั้นตอนวิธี , เพื่อนบ้านเข้า(Saitou และNei 1987), โอกาสสูงสุด(Felsenstein 1981) และสูงสุดประหยัด(ฟิทช์ 1971) วิธีการ คิมูระของสองพารามิเตอร์รูปแบบถูกนำมาใช้ในการคำนวณวิวัฒนาการระยะการฝึกอบรมของเพื่อนบ้านเข้าสู่วิธีการ (คิมูระ1980). การวิเคราะห์ Bootstrap (1,000 resampling) ถูกนำมาใช้เพื่อประเมินโครงสร้างของสายวิวัฒนาการต้นไม้ (Felsenstein 1985). ดีเอ็นเอดีเอ็นเอreassociations ได้ดำเนินการตามที่จะ ฉ