3. Results3.1. Cloning and sequence

3. Results
3.1. Cloning and sequence analysis of alpaca Slc7a11 CDS
Prior to this study, there was no sequence information available for
the alpaca Slc7a11 on any public database. Thus, a partial Slc7a11 sequence
was first amplified using degenerate primers designed through
alignment of the Slc7a11 gene with other ruminant sequences retrieved
from the ENSEMBL database. Two fragments of alpaca Slc7a11 were obtained
from the skin. Together, the CDS with a total length of 1512 bp
was obtained by overlapping PCR strategy and deposited in GenBank
under the following ID number: KM095134. The gene product of
Slc7a11 has a calculated molecular mass of 55.46 kDa and an isoelectric
point (pI) of 9.30. Online analysis using TMHMM showed that alpaca
xCT protein contains 12 transmembrane regions (Fig. 1).
When aligned with other animal xCT protein sequences, the predicted
alpaca xCT protein showed high sequence identity with other species
(Fig. 2). It displayed 99% similarity to Camelus ferus and 78% to 99% of
shared identity with others species. As shown in Fig. 2, the deduced
amino acid sequence of alpaca Slc7a11 contained one conserved functional
domain located at 69-461aa, which is characteristic of AA_permease_2.
In addition, we calculated the transmembrane regions for xCT protein
from alpaca and other 23 species using the TMHMM program. The transmembrane
regions from almost all of aligned sequences of the examined
species began from 44 aa and ended at 470 aa, with the exception of Canis
lupus familiaris and Sorex araneus (Suppl. Tables 3–4).
In order to examine relationships of xCT among various organisms, a
phylogenetic tree of xCT protein from alpaca and other species was constructed
(Fig. 3). The topology of the tree demonstrated that there were
nine groups in the entire alignment of animals including even toed ungulates,
odd toed ungulates, primates, rodents, bats, turtles, birds, marsupials
and whales. The phylogenetic analysis identified that alpaca xCT
protein was highly conserved with C. ferus and was separated into even
toed ungulates group, sharing the same branch with C. ferus.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3. ผลลัพธ์3.1 การโคลน และลำดับของอัลปากาซีดี Slc7a11ก่อนที่จะศึกษา มีลำดับข้อมูลไม่พร้อมใช้งานสำหรับอัลปากา Slc7a11 บนฐานข้อมูลสาธารณะใด ๆ ดังนั้น บางส่วน Slc7a11 ลำดับที่แรกขยายโดยใช้ไพรเมอร์ degenerate มาผ่านตำแหน่งของยีน Slc7a11 กับลำดับอื่น ๆ ruminant เรียกจากฐานข้อมูล ENSEMBL ชิ้นส่วนที่สองของอัลปากา Slc7a11 ได้รับจากผิวหนัง กัน ซีดีความยาวรวมของ 1512 bpรับ โดยซ้อนกลยุทธ์ PCR และฝากใน GenBankภายใต้หมายเลข ID: KM095134 ผลิตภัณฑ์ยีนของSlc7a11 มีมวลโมเลกุลคำนวณ 55.46 kDa และการ isoelectricจุด (ปี่) ของ 9.30 ออนไลน์วิเคราะห์โดยใช้ TMHMM แสดงให้เห็นว่าอัลปากาxCT โปรตีนประกอบด้วย 12 ภูมิภาค transmembrane (Fig. 1)เมื่อสอดคล้องกับอื่น ๆ xCT สัตว์โปรตีนลำดับ การคาดการณ์อัลปากา xCT โปรตีนพบสูงลำดับข้อมูลประจำตัวอื่น ๆ(Fig. 2) มันแสดงความคล้ายกัน 99% Camelus ferus และ 78% ถึง 99% ของรหัสประจำตัวที่ใช้ร่วมกันกับผู้อื่นพันธุ์ ตามที่แสดงใน Fig. 2 ที่ deducedลำดับกรดอะมิโนอัลปากา Slc7a11 อยู่หนึ่งอยู่ทำงานโดเมนที่อยู่ 69-461aa ซึ่งเป็นลักษณะของ AA_permease_2นอกจากนี้ เราได้ภูมิภาค transmembrane สำหรับโปรตีน xCTอัลปากาและพันธุ์อื่น ๆ 23 โดยใช้โปรแกรม TMHMM Transmembraneภูมิภาคจากเกือบทั้งหมดของลำดับการจัดตำแหน่งของการกล่าวถึงสายพันธุ์เริ่มจาก 44 สิ้นสุดที่ 470 และเอเอเอเอ ยกเว้นกลุ่มดาวสุนัขกลุ่มดาวหมาป่า familiaris และ Sorex araneus (Suppl. ตารางที่ 3 – 4)เพื่อตรวจสอบความสัมพันธ์ของ xCT ระหว่างสิ่งมีชีวิตต่าง ๆ การทรี phylogenetic xCT โปรตีนจากอัลปากาและพันธุ์อื่น ๆ ถูกสร้างขึ้น(Fig. 3) โครงสร้างของแผนภูมิที่แสดงว่า มีกลุ่ม 9 ในการจัดตำแหน่งทั้งของสัตว์รวมถึงแม้กระทั่ง toed ungulatesคี่ toed ungulates, primates งาน ค้างคาว เต่า นก marsupialsและปลาวาฬ วิเคราะห์ phylogenetic ระบุว่า xCT อัลปากาโปรตีนมีอยู่สูงกับ C. ferus และถูกแบ่งออกเป็นได้toed ungulates กลุ่ม ร่วมสาขาเดียวกันกับ C. ferus

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3 . ผลลัพธ์
3.1 . การโคลนและวิเคราะห์ลำดับของลามะ slc7a11 ซีดี
ก่อนการศึกษานี้ ไม่มีการลำดับข้อมูลสำหรับ
อัลปาก้า slc7a11 ต่อสาธารณะใด ๆฐานข้อมูล ดังนั้นบางส่วนของ slc7a11 ลำดับแรกของการใช้ไพรเมอร์

slc7a11 ออกแบบผ่านตำแหน่งของยีนที่มีลำดับสัตว์เคี้ยวเอื้องอื่นดึง
จาก ensembl ฐานข้อมูลสองชิ้นส่วนของสัตว์ slc7a11 ได้
จากผิว ด้วยกัน ซีดีที่มีความยาวรวม 176 BP
โดยนำกลยุทธ์เทคนิคและฝากทับซ้อนบริเวณ
ภายใต้หมายเลขรหัสต่อไปนี้ : km095134 . ยีนผลิตภัณฑ์
slc7a11 มีคำนวณมวลโมเลกุลของเข้มข้น ขนาดและจุดไอโซอิเล็กทริก
( PI ) 9 . การวิเคราะห์ออนไลน์โดยใช้ tmhmm อัลปาก้า
) พบว่าโปรตีน xct ประกอบด้วย 12 เขตหัว ( รูปที่ 1 ) .
เมื่อชิดกับสัตว์อื่น ๆ xct ลำดับโปรตีน การทำนาย
อัลปาก้า xct โปรตีนพบตัวตนลำดับสูงกับสายพันธุ์อื่น
( รูปที่ 2 ) มันแสดง 99% เหมือนอูฐฟีรอสและ 78 ร้อยละ 99% ของ
แบ่งปันตัวตนกับสายพันธุ์อื่น ดังแสดงในรูปที่ 2 ได้
ลำดับกรดอะมิโนของลามะ slc7a11 มีอยู่หนึ่งเพื่อการทำงาน
โดเมนตั้งอยู่ที่ 69-461aa ซึ่งเป็นลักษณะของ aa_permease_2 .
นอกจากนี้ เราคำนวณยาวภูมิภาคสำหรับ
โปรตีนจากสัตว์อื่น ๆ xct 23 ชนิด และใช้โปรแกรม tmhmm . ที่ยาว
ภูมิภาคเกือบทุกชิด ลำดับของการตรวจสอบ
ชนิดเริ่มจาก 44 AA และสิ้นสุดที่ 470 AA ,ด้วยข้อยกเว้นของอยู่
sorex araneus และลูปัส ฟามิลิ ริส ( suppl . ตารางที่ 3 และ 4 ) เพื่อศึกษาความสัมพันธ์ของ
xct ระหว่างสิ่งมีชีวิตต่าง ๆ xct
phylogenetic ต้นไม้ของโปรตีนจากสัตว์ชนิดอื่น ๆที่ถูกสร้างขึ้น
( รูปที่ 3 ) โครงสร้างของต้นไม้ แสดงให้เห็นว่ามี
เก้ากลุ่มในการทั้งหมดของสัตว์รวมทั้งโทดโทดพันธะเคมีพันธะเคมี
, แปลก ,สัตว์ , หนู , ค้างคาว , เต่า นก มาร์ซูเพียล
และปลาวาฬ การวิเคราะห์ ซึ่งระบุว่า ลามะ xct
โปรตีนที่มีการอนุรักษ์และ C . เฟอแบ่งออกเป็นกลุ่มแม้
โทดพันธะเคมีร่วมกันสาขาเดียวกันกับ C . เฟอ .