1.4 Molecular tools for studying fe

1.4 Molecular tools for studying feeding ecology
Molecular genetic analyses to investigate prey DNA in gut content or faeces of animals, is a
growing field in ecological research (Jarman et al. 2002; Passmore et al. 2006; Jarman et al.
2006; King and Read 2008). The polymerase chain reaction (PCR) can be used to detect even
the small fragments of prey DNA in predator organisms (Symondson 2002; Nejstgaard and
Frischer 2003; Vestheim et al. 2005; Vestheim and Jarman 2008; Töbe et al. 2010). Such
DNA-based approaches may be particularly relevantto investigate the feeding ecology of
zooplankton, as visual inspection of zooplankton guts is challenging in small organisms and
young stages. Different molecular techniques have so far been usedto investigate prey items
in e.g. copepods and krill (Jarman et al. 2002; Nejstgaard and Frischer 2003; Vestheim et al.
2005; Töbe et al. 2010; Cleary et al. 2012; Vestheim et al. 2013). DNA-based methods can
also enhance feeding ecology data by identifying the soft, digested material found in
zooplankton (Jarman et al. 2002; Dunshea 2009; Töbe et al. 2010; Pompanon et al. 2012).
Different techniques are available to investigate presence of prey-DNA in predators
(Passmore et al. 2006; Vestheim and Jarman 2008; King and Read 2008; Meekan et al. 2009;
Pompanon et al. 2012). One methodis using group-specific primers developed to detect and
amplify DNA from certain groups of prey organisms. This method results in presence-absence
data for the respective groups. The method of group-specific analyses was applied because it
is an easy method to investigate presence ofprey-DNA due to available primers. Another
possibility is using general primers to amplify all prey in predator guts or faeces. In most
cases this technique requires removal of predator-DNA, as general primers will amplify the
predator-DNA as well. Alternatively, the amplification of predator DNA can be supressed by
using blocking primers enabling a higher yield of prey-DNA (Vestheim and Jarman 2008).
Independent of the technique selected, Next-Generation Sequencing (NGS) of predator and
prey PCR amplicons gives a high yield of any DNA-sequences present in the sample,
allowing the detection and possible identification of a broad range of prey-DNA in the sample
(Luo et al. 2012; Pompanon et al. 2012; Bik et al. 2012). This method can give a relative
abundance of the different DNA-sequences in a sample, thus enabling comparison of
preferred prey and less consumed prey. The NGS-technique can be used directly on stomach
content DNA, with or without the use of blocking-primers. This method was applied to
compare the results of the group-specific primers and the NGS-results, and to assess the
efficiency of NGS-methods withoutthe use of blocking-primers

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

1.4 โมเลกุลเครื่องมือสำหรับการศึกษาอาหารนิเวศวิทยา วิเคราะห์ทางพันธุกรรมระดับโมเลกุลเพื่อตรวจดีเอ็นเอของเหยื่อในเนื้อหาไส้หรือ faeces สัตว์ เป็นการ ฟิลด์การเติบโตในการวิจัยระบบนิเวศ (Jarman et al. 2002 Passmore et al. 2006 Jarman et al ปี 2006 และอ่าน 2008) ปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส (PCR) สามารถใช้เพื่อตรวจสอบได้ ชิ้นส่วนเล็ก ๆ ของดีเอ็นเอของเหยื่อในชีวิตพรีเดเตอร์ (Symondson 2002 Nejstgaard และ Frischer 2003 Vestheim et al. 2005 Vestheim และ Jarman 2008 Töbe et al. 2010) ดังกล่าว วิธีใช้ดีเอ็นเออาจจะ relevantto โดยเฉพาะอย่างยิ่งตรวจสอบอาหารนิเวศวิทยา zooplankton ตรวจสอบภาพของ zooplankton กล้าเป็นความท้าทายในสิ่งมีชีวิตขนาดเล็ก และ ระยะหนุ่มสาว จนมีเทคนิคแตกต่างกันโมเลกุล usedto ตรวจสอบสินค้าเหยื่อ เช่น copepods และเคย (Jarman et al. 2002 Nejstgaard และ Frischer 2003 Vestheim et al 2005 Töbe et al. 2010 Cleary et al. 2012 Vestheim et al. 2013) วิธีใช้ดีเอ็นเอสามารถ นอกจากนี้ยัง เพิ่มข้อมูลนิเวศวิทยาอาหารระบุวัสดุเจ่า อ่อนที่พบใน zooplankton (Jarman et al. 2002 Dunshea 2009 Töbe et al. 2010 Pompanon et al. 2012) เทคนิคต่าง ๆ มีการตรวจสอบสถานะของดีเอ็นเอเหยื่อในการล่า (Passmore et al. 2006 Vestheim และ Jarman 2008 พระมหากษัตริย์และอ่าน 2008 Meekan et al. 2009 Pompanon et al. 2012) Methodis หนึ่งที่ใช้ไพรเมอร์เฉพาะกลุ่มพัฒนาเพื่อตรวจสอบ และ ขยายดีเอ็นเอจากบางกลุ่มของเหยื่อสิ่งมีชีวิต วิธีนี้ให้ผลสถานะการขาดงาน ข้อมูลในกลุ่มนั้น ๆ ใช้วิธีการวิเคราะห์เฉพาะกลุ่มเนื่องจากมัน เป็นวิธีง่ายต่อการตรวจสอบ DNA ofprey สถานะเนื่องจากไพรเมอร์ที่มี อื่น ความเป็นไปได้จะใช้ไพรเมอร์ทั่วไปขยายเหยื่อทุกคนไม่ใช่คนกล้าหรือ faeces ในที่สุด กรณีนี้ต้องใช้เทคนิคเอาพรีเดเตอร์เอ็น เป็นไพรเมอร์ทั่วไปจะขยายการ พรีเดเตอร์ดีเอ็นเอเช่นกัน หรือ ขยายเอ็นพรีเดเตอร์สามารถ supressed โดย ใช้ไพรเมอร์บล็อกที่เปิดใช้งานผลตอบแทนที่สูงกว่าเหยื่อเอ็น (Vestheim และ Jarman 2008) อิสระเทคนิคเลือก รุ่นต่อไปลำดับเบส (NGS) ของพรีเดเตอร์ และ เหยื่อ PCR amplicons ให้ผลผลิตสูงเป็นลำดับดีเอ็นเอใด ๆ ที่แสดงในตัวอย่าง ให้ตรวจสอบและระบุได้ในช่วงกว้างของเหยื่อดีเอ็นเอจากตัวอย่าง (Luo et al. 2012 Pompanon et al. 2012 Bik et al. 2012) วิธีนี้สามารถให้ญาติ ความแตกต่าง DNA-ลำดับในตัวอย่าง เปิดใช้งานการเปรียบเทียบ ต้องการเหยื่อและเหยื่อที่ใช้น้อย NGS-เทคนิคที่สามารถใช้โดยตรงในกระเพาะอาหาร เนื้อหาดีเอ็นเอ มี หรือไม่ มีการใช้ไพรเมอร์บล็อก วิธีการนี้ถูกใช้เพื่อ เปรียบเทียบผลลัพธ์ ของไพรเมอร์เฉพาะกลุ่มและผล NGS และ การประเมินการ ประสิทธิภาพของวิธี NGS withoutthe ใช้ไพรเมอร์บล็อก

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

1.4 เครื่องมือโมเลกุลสำหรับการศึกษาระบบนิเวศการให้อาหาร
การวิเคราะห์ทางพันธุกรรมระดับโมเลกุลในการตรวจสอบดีเอ็นเอของเหยื่อในระบบทางเดินอาหารหรืออุจจาระของสัตว์ที่เป็น
ด้านการเจริญเติบโตในการวิจัยระบบนิเวศ (จาร์แมน, et al. 2002; Passmore et al, 2006;. จาร์แมน et al.
2006; พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวและ อ่าน 2008) วิธี Polymerase chain reaction (PCR) สามารถนำมาใช้ในการตรวจสอบแม้กระทั่ง
ชิ้นส่วนเล็ก ๆ ของดีเอ็นเอเหยื่อในสิ่งมีชีวิตนักล่า (Symondson 2002; Nejstgaard และ
Frischer 2003; Vestheim, et al. 2005; Vestheim และจาร์แมน 2008; TOBE et al, 2010.) เช่น
วิธีดีเอ็นเออาจจะโดยเฉพาะอย่างยิ่ง relevantto ตรวจสอบระบบนิเวศการให้อาหารของ
แพลงก์ตอนสัตว์ในขณะที่การตรวจสอบภาพของความกล้าแพลงก์ตอนสัตว์เป็นสิ่งที่ท้าทายในสิ่งมีชีวิตขนาดเล็กและ
ขั้นตอนหนุ่ม เทคนิคโมเลกุลที่แตกต่างกันเพื่อให้ห่างไกลได้รับการตรวจสอบ usedto เหยื่อ
ในโคพีพอดและเช่นเคย (จาร์แมน, et al. 2002; Nejstgaard และ Frischer. 2003; Vestheim et al,
2005; TOBE et al, 2010;. เคลียร์ et al, 2012;. Vestheim และคณะ 2013) วิธีดีเอ็นเอสามารถ
ยังเพิ่มการให้อาหารข้อมูลระบบนิเวศโดยการระบุนุ่มย่อยวัสดุที่พบใน
แพลงก์ตอนสัตว์ (จาร์แมน, et al. 2002; Dunshea 2009; TOBE et al, 2010;. Pompanon et al, 2012.).
เทคนิคที่แตกต่างกันในการตรวจสอบการแสดงตน เหยื่อดีเอ็นเอในการล่า
(Passmore et al, 2006;. Vestheim และจาร์แมน 2008 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวและอ่าน 2008;. Meekan et al, 2009;
. Pompanon et al, 2012) หนึ่ง methodis โดยใช้ไพรเมอร์โดยเฉพาะในกลุ่มที่พัฒนาขึ้นเพื่อตรวจสอบและ
ขยายดีเอ็นเอจากคนบางกลุ่มของสิ่งมีชีวิตเหยื่อ วิธีการนี้จะส่งผลในการปรากฏตัว-ขาด
ข้อมูลสำหรับกลุ่มที่เกี่ยวข้อง วิธีการวิเคราะห์เฉพาะกลุ่มที่ถูกนำมาใช้เพราะมัน
เป็นวิธีที่ง่ายในการตรวจสอบการแสดงตน ofprey ดีเอ็นเอเนื่องจากไพรเมอร์ที่มีอยู่ อีกประการหนึ่งที่
เป็นไปได้คือการใช้ไพรเมอร์ทั่วไปที่จะขยายเหยื่อในความกล้าล่าหรืออุจจาระทั้งหมด ในส่วน
กรณีนี้ต้องใช้เทคนิคการกำจัดของนักล่าดีเอ็นเอเป็นไพรเมอร์ทั่วไปจะขยาย
ล่าดีเอ็นเอเช่นกัน อีกวิธีหนึ่งคือการขยายของดีเอ็นเอล่าสามารถ supressed โดย
ใช้ไพรเมอร์ปิดกั้นการช่วยให้อัตราผลตอบแทนที่สูงขึ้นของเหยื่อดีเอ็นเอ (Vestheim และจาร์แมน 2008).
อิสระของเทคนิคการเลือก Next-Generation ลำดับ (NGS) ของนักล่าและ
เหยื่อ amplicons PCR ให้ ให้ผลตอบแทนสูงใด ๆ ดีเอ็นเอวนเวียนอยู่ในตัวอย่าง
ที่ช่วยให้การตรวจสอบและการตรวจสอบเป็นไปได้ของความหลากหลายของเหยื่อดีเอ็นเอในตัวอย่าง
(Luo et al, 2012;.. Pompanon et al, 2012; Bik et al, 2012.) วิธีการนี้สามารถให้ญาติ
อุดมสมบูรณ์ของลำดับดีเอ็นเอที่แตกต่างกันในกลุ่มตัวอย่างจึงทำให้การเปรียบเทียบของ
เหยื่อที่ต้องการและเหยื่อบริโภคน้อย NGS เทคนิคสามารถนำมาใช้โดยตรงบนท้อง
ดีเอ็นเอเนื้อหาที่มีหรือไม่มีการใช้งานของการปิดกั้น-ไพร วิธีการนี้ถูกนำมาใช้เพื่อ
เปรียบเทียบผลของไพรเมอร์โดยเฉพาะกลุ่มและ NGS-ผลและการประเมิน
ประสิทธิภาพของ NGS-วิธี withoutthe ใช้ปิดกั้นไพร

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

1.4 เครื่องมือระดับโมเลกุลเพื่อศึกษานิเวศวิทยาการกินอาหาร
พันธุศาสตร์ระดับโมเลกุลเพื่อศึกษาดีเอ็นเอวิเคราะห์เหยื่อข้างในเนื้อหาหรืออุจจาระของสัตว์ เป็นเขตเติบโตในการวิจัยนิเวศวิทยา
( จาร์เมิ่น et al . 2002 ; พัสมอร์ et al . 2006 ; จาร์เมิ่น et al .
2006 ; กษัตริย์และอ่าน 2008 ) ปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอร์เรส ( พีซีอาร์ ) สามารถใช้ตรวจสอบแม้แต่
ชิ้นส่วนขนาดเล็กของนักล่าเหยื่อดีเอ็นเอในสิ่งมีชีวิต ( symondson 2002 ; nejstgaard และ
frischer 2003 ; vestheim et al . vestheim จาร์เมิ่น 2008 และ 2005 ; ; T öเป็น et al . 2010 ) ตามแนวทางดังกล่าว
ดีเอ็นเออาจเป็นโดยเฉพาะอย่างยิ่งเพียงพอกับศึกษานิเวศวิทยาการกินอาหารของ
สัตว์ เป็นการตรวจสอบภาพสัตว์กล้าท้าทายในสิ่งมีชีวิตขนาดเล็กและ
เด็กขั้นตอนที่เทคนิคโมเลกุลที่แตกต่างกันที่ได้รับเพื่อให้ห่างไกลในการตรวจสอบเหยื่อรายการ
ในเช่นโคพิปอดและกุ้งเคย ( จาร์เมิ่น et al . 2002 และ 2003 ; nejstgaard frischer ; vestheim et al .
2005 ; t öเป็น et al . 2010 ; ทำให้ et al . 2012 ; vestheim et al . 2013 ) ดีเอ็นเอโดยวิธีสามารถ
ยังเพิ่มอาหารข้อมูลระบบนิเวศ โดยระบุให้นุ่ม ตัดวัสดุที่พบในสัตว์ ( จาร์เมิ่น
et al . 2002 ; dunshea 2009T öเป็น et al . 2010 ; pompanon et al . 2012 )
เทคนิคต่าง ๆที่มีอยู่เพื่อตรวจสอบสถานะของดีเอ็นเอในการล่าเหยื่อ
( พัสมอร์ et al . 2006 ; และ vestheim จาร์เมิ่น 2008 ; กษัตริย์และอ่าน 2008 ; meekan et al . 2009 ;
pompanon et al . 2012 ) หนึ่ง methodis ใช้ไพรเมอร์จำเพาะกลุ่มพัฒนาเทคโนโลยี
ขยายดีเอ็นเอจากบางกลุ่มของเหยื่อสิ่งมีชีวิตวิธีนี้ได้ผลในการขาด
ข้อมูลการแสดงกลุ่มที่เกี่ยวข้อง วิธีวิเคราะห์ที่ใช้เฉพาะกลุ่ม เพราะเป็นวิธีที่ง่ายเพื่อตรวจสอบ
เนื่องจากตน ofprey ดีเอ็นเอไพรเมอร์ที่มี ความเป็นไปได้อีก
ใช้ไพรเมอร์ทั่วไปเพื่อขยายเหยื่อทั้งหมดในความกล้า Predator หรืออุจจาระ ในกรณีส่วนใหญ่
เทคนิคนี้ต้องกำจัดนักล่าดีเอ็นเอเป็นไพรเมอร์ทั่วไปจะขยาย
นักล่าดีเอ็นเอเช่นกัน อีกวิธีหนึ่งคือ การเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอของ Predator สามารถ supressed โดยใช้ไพรเมอร์ช่วยบัง
ผลตอบแทนที่สูงกว่าเหยื่อของดีเอ็นเอ ( vestheim และจาร์เมิ่น 2551 )
อิสระของเทคนิคเลือกลำดับรุ่นต่อไป ( ภาพหลุด ) ของนักล่าเหยื่อ PCR และ
amplicons ให้ผลผลิตสูงของลำดับดีเอ็นเอที่มีอยู่ในตัวอย่าง
ช่วยให้การตรวจและวินิจฉัยได้ในช่วงกว้างของเหยื่อดีเอ็นเอในตัวอย่าง
( Luo et al . 2012 ; pompanon et al . 2012 ; BIK et al . 2012 ) วิธีการนี้สามารถให้ญาติ
ความอุดมสมบูรณ์ของลำดับ DNA ที่แตกต่างกันในตัวอย่างจึงทำให้การเปรียบเทียบ
เหยื่อที่ต้องการและน้อยบริโภคเหยื่อ เบื้องหลังเทคนิคสามารถใช้โดยตรงบนท้อง
เนื้อหาดีเอ็นเอมีหรือไม่มีการใช้บล็อกรองพื้น วิธีการนี้ถูกนำมาใช้เพื่อเปรียบเทียบผลลัพธ์ของไพรเมอร์
เฉพาะกลุ่ม และเบื้องหลัง ผล และประเมินประสิทธิภาพของวิธีการแทน
โดยไม่ใช้บังไพรเมอร์