Different molecular markers are rou

Different molecular markers are routinely used in studies of potato (Solanum tuberosum) and the genus Solanum in general. Genome sequence databases provide potential to design new markers for various applications. Here we present the application of a recently developed core set of nuclear intron-targeting (indel) markers. These markers are based on the fact that in the plant genome introns are more variable than exons; therefore primers flanking exons can reveal polymorphisms related to introns. We detected such variation among accessions of the eight different species of black nightshades (Solanum sect. Solanum). Members of this group are important sources of food, mostly in Africa, while others are poisonous weeds with near global distribution. The tested 29 primers were designed previously for potato based on Solanaceae EST and other genomic databases and targeted 16 different genes. Our results showed that Solanum intron-targeting markers are not very polymorphic but identified considerable structure among accessions indicating fairly high interspecies differentiation. Further analyses showed that inbreeding is unlikely to be the major driving force in determining the genetic structure of the analyzed species. All phylogenetic analyses resolved the species included in our study as distinct clades with high support values, but provided weak information about their internal relationships. In summary, indel markers would be useful for the assignment of new Solanum germplasm to taxonomic groups or to identify certain taxa. They could also be used to address important question about genetic diversity and should yield results comparable to other markers covering the whole genome. © 2013 Springer Science+Business Media Dordrecht.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เครื่องหมายโมเลกุลที่แตกต่างกันเป็นประจำใช้ในการศึกษา (Solanum tuberosum) มันฝรั่งและพืชสกุล Solanum โดยทั่วไปการ ฐานข้อมูลจีโนมลำดับให้ศักยภาพในการออกแบบเครื่องหมายใหม่สำหรับโปรแกรมประยุกต์ต่าง ๆ ที่นี่เรานำเสนอโปรแกรมประยุกต์ชุดหลักที่สุดของเครื่องหมายของ (indel) ที่กำหนดเป้าหมาย intron นิวเคลียร์ เครื่องหมายเหล่านี้จะตามในข้อเท็จจริงที่กลุ่มพืช introns มีตัวแปรเพิ่มเติมกว่า exons ดังนั้น flanking exons ไพรเมอร์สามารถแสดง polymorphisms กับ introns เราตรวจพบการเปลี่ยนแปลงดังกล่าวระหว่าง accessions พันธุ์ nightshades ดำ (Solanum รีตแปดที่แตกต่างกัน Solanum) สมาชิกของกลุ่มนี้เป็นแหล่งสำคัญของอาหาร ส่วนใหญ่ในแอฟริกา ในขณะที่คนอื่นมีวัชพืชพิษด้วยใกล้แจกจ่ายส่วนกลาง ไพรเมอร์ 29 ทดสอบถูกออกแบบไว้ก่อนหน้านี้สำหรับมันฝรั่งตาม Solanaceae EST และข้อมูล genomic และยีนแตกต่างกัน 16 เป้าหมาย ผลของเราแสดงให้เห็นว่า เครื่องหมายกำหนดเป้าหมาย intron Solanum ไม่ polymorphic มากแต่โครงสร้างจำนวนมากที่ระบุระหว่าง accessions บ่งชี้สร้างความแตกต่างของ interspecies ค่อนข้างสูง วิเคราะห์เพิ่มเติมพบว่า inbreeding ไม่น่าจะ เป็นแรงผลักดันสำคัญในการกำหนดโครงสร้างทางพันธุกรรมของพันธุ์วิเคราะห์ วิเคราะห์ทั้งหมด phylogenetic แก้ไขชนิดการรวมในการศึกษาของเราเป็น clades แตกต่างกับค่าสนับสนุนสูง แต่ให้รายละเอียดอ่อนเกี่ยวกับความสัมพันธ์ภายใน ในสรุป เครื่องหมาย indel จะเป็นประโยชน์สำหรับการกำหนด germplasm Solanum ใหม่กลุ่มอนุกรมวิธาน หรือระบุ taxa บาง พวกเขายังสามารถใช้ได้อยู่คำถามสำคัญเกี่ยวกับความหลากหลายทางพันธุกรรม และควรผลลัพธ์เทียบเท่ากับเครื่องหมายอื่น ๆ ครอบคลุมกลุ่มทั้งหมด © 2013 springer วิทยาศาสตร์ธุรกิจสื่อ Dordrecht

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ทำเครื่องหมายโมเลกุลแตกต่างกันจะนำมาใช้ในการศึกษาของมันฝรั่ง( tuberosum มะอึก)และกะมะแว้งในที่ทั่วไปอยู่เสมอ ฐานข้อมูลตามลำดับยีนให้มี ศักยภาพ ในการทำเครื่องหมายการออกแบบใหม่สำหรับแอพพลิเคชั่นที่หลากหลาย ณที่นี่เรามีแอปพลิเคชันของตั้งค่าหลักเมื่อไม่นานมานี้ที่พัฒนาขึ้นของนิวเคลียร์ intron - เป้าหมาย( indel )ประกบสองตัวทำเครื่องหมายนี้อยู่บนพื้นฐานข้อเท็จจริงที่ว่าในโรงงาน introns ยีนมีมากขึ้นได้มากกว่า exons ดังนั้น exons ขนาบข้าง primers สามารถเปิดเผย polymorphisms ที่เกี่ยวข้องกับ introns เราพบการเปลี่ยนแปลงดังกล่าวในรัฐของแปดสายพันธุ์ที่แตกต่างกันไปของ nightshades สีดำ(มะแว้ง.มะอึก) สมาชิกของกลุ่มนี้เป็นแหล่งสำคัญของอาหารเป็นส่วนใหญ่ในแอฟริกาในขณะที่คนอื่นมีวัชพืชพิษด้วยใกล้กับการกระจายระดับโลก 29 primers ได้รับการทดสอบได้ที่ได้รับการออกแบบมาก่อนหน้านี้สำหรับมันฝรั่งที่ใช้ solanaceae Est และฐานข้อมูล genomic อื่นๆและกลุ่มเป้าหมาย 16 ยีนที่แตกต่าง ผลการค้นหาของเราแสดงให้เห็นว่าทำเครื่องหมาย intron - เป้าหมายมะแว้งไม่ได้ด้วยเป็นอย่างมากแต่ระบุว่าโครงสร้างค่อนข้างมากท่ามกลางรัฐระบุว่าความแตกต่าง interspecies ค่อนข้างสูงการวิเคราะห์ต่อไปว่า inbreeding คือไม่น่าจะเป็นไปได้ที่จะเป็นแรงผลักดันที่สำคัญในการกำหนดโครงสร้างทางพันธุกรรมของสายพันธุ์นำมาวิเคราะห์ได้ การวิเคราะห์ phylogenetic ทั้งหมดมีมติสายพันธุ์ที่รวมอยู่ในการศึกษาของเราเป็น clades ที่แตกต่างกันพร้อมด้วยค่าบริการสนับสนุนระดับสูงแต่ให้ข้อมูลไม่รัดกุมเกี่ยวกับความสัมพันธ์ ภายใน ของพวกเขาได้ ในการสรุปข้อมูลทำเครื่องหมาย indel จะเป็นประโยชน์ต่อการกำหนดของเชื้อมะอึกใหม่เพื่อ taxonomic กลุ่มหรือเพื่อระบุ taxa บางอย่าง พวกเขาอาจนำไปใช้ในการแอดเดรสคำถามที่สำคัญเกี่ยวกับความหลากหลายทางพันธุกรรมและควรจะบังเกิดผลใกล้เคียงกับเครื่องหมายที่ครอบคลุมยีนทั้งหมด ©ปี 2013 springer วิทยาศาสตร์ทางธุรกิจมีเดีย dordrecht .