Ideally, one would be able to calcu

Ideally, one would be able to calculate the free energy difference by counting how
often the system samples the different values of the reaction coordinate ξ. However,
with simple MD simulations it is not possible to sample two states separated by a high
energy barrier, and it is thus an inefficient method for this type of calculations. In
these studies, I choose one of the most used and validated methods for the calculation
of PMF, the umbrella sampling method [143].

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ดาว หนึ่งจะต้องคำนวณผลต่างพลังงานฟรี โดยการนับอย่างไรบ่อยครั้งระบบตัวอย่างค่าξประสานงานปฏิกิริยาแตกต่างกัน อย่างไรก็ตามกับเรื่อง MD จำลอง ไม่สามารถสุ่มตัวอย่างสองสถานะที่แยกจากกัน โดยมากอุปสรรคพลังงาน และมันได้ดังนั้นวิธีการ inefficient สำหรับชนิดของการคำนวณ ในการศึกษานี้ ฉันเลือกที่สุดตรวจ และใช้วิธีใดวิธีหนึ่งสำหรับการคำนวณของ PMF วิธีการสุ่มตัวอย่างร่ม [143]

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

จะเป็นการดีที่หนึ่งจะสามารถคำนวณความแตกต่างพลังงานโดยการนับวิธีการที่มักจะเป็นตัวอย่างของระบบค่าที่แตกต่างของการเกิดปฏิกิริยาประสานงานξ แต่ที่มีการจำลอง MD ง่ายๆก็เป็นไปไม่ได้ที่จะลิ้มลองสองรัฐแยกจากกันโดยสูงกั้นพลังงานและมันจึงเป็นสายINEF วิธีเพียงพอสำหรับประเภทของการคำนวณนี้ ในการศึกษาเหล่านี้ผมเลือกหนึ่งที่ใช้มากที่สุดและตรวจสอบวิธีการคำนวณของPMF วิธีการสุ่มตัวอย่างร่ม [143]

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ใจกลาง หนึ่งจะสามารถคำนวณผลต่างของพลังงานอิสระจากการนับ
มักจะเป็นระบบตัวอย่างค่าต่างๆของปฏิกิริยาประสานงานξ . อย่างไรก็ตาม
กับจำลอง MD ง่ายๆ มันเป็นไปไม่ได้ที่จะใช้สองรัฐโดยแยกกั้นเป็นพลังงานสูง
และมันจึงเป็น cient INEF จึงวิธีการคำนวณชนิดนี้ ใน
การศึกษาเหล่านี้ผมเลือกของที่ใช้มากที่สุดและตรวจสอบวิธีการสำหรับการคำนวณ
ของ PMF , ร่มการสุ่มตัวอย่าง [ 143 ]