mcrA, a key gene for methanogenesis

mcrA, a key gene for methanogenesis, of strain RMAST was amplified, cloned and analysed using two primer pairs,MCRf and MCRr (Springer et al., 1995) and ME1 and ME2 (Hales et al., 1996). These primer pairs were applied to reduce potential bias of PCR amplification (Lueders et al.,2001). Predicted McrA amino acid sequences wereobtained from the FunGene database (http://fungene.cme.msu.edu/index.spr) and aligned with that of strain RMAST using ARB, resulting in an alignment containing 23 sequences with 133 valid positions. A neighbour-joining tree was constructed from a Dayhoff distance matrix
(Schwartz & Dayhoff, 1978). Bootstrap resampling analysis was performed as described above.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

mcrA ยีนสำคัญสำหรับ methanogenesis ต้องใช้ RMAST ได้ขยาย โคลน และ analysed ใช้คู่สีรองพื้น 2, MCRf และ MCRr (Springer และ al., 1995) และ ME1 และพักที่ ME2 (Hales et al., 1996) คู่รองพื้นเหล่านี้ถูกนำไปใช้เพื่อลดความโน้มเอียงเป็นไปได้ของ PCR ขยาย (Lueders และ al., 2001) กรดอะมิโนลำดับ wereobtained จากฐานข้อมูล FunGene (ส่วน http://fungene.cme.msu.edu/index.spr) และสอดคล้องกับที่คาดการณ์ McrA สายพันธุ์ RMAST ใช้ ARB เกิดในตำแหน่งที่ประกอบด้วยลำดับ 23 กับ 133 ตำแหน่งถูกต้อง ต้นไม้เพื่อนบ้านเข้าร่วมถูกสร้างจากเมทริกซ์ระยะ Dayhoff(Schwartz และ Dayhoff, 1978) เปลี่ยนความละเอียดของการวิเคราะห์ bootstrap ถูกดำเนินการที่อธิบายข้างต้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

mcrA, ยีนที่สำคัญสำหรับ methanogenesis ของ RMAST สายพันธุ์ได้รับการขยายโคลนและวิเคราะห์โดยใช้สองคู่ไพรเมอร์, MCRf และ MCRr (สปริงเกอร์ et al., 1995) และ ME1 และ ME2 (Hales et al., 1996) คู่ไพรเมอร์เหล่านี้ถูกนำมาใช้เพื่อลดอคติที่มีศักยภาพในการขยาย PCR (Lueders et al., 2001) ที่คาดการณ์ไว้ McrA ลำดับกรดอะมิโนจากฐานข้อมูล wereobtained FunGene นี้ (http://fungene.cme.msu.edu/index.spr) และสอดคล้องกับที่ของสายพันธุ์ RMAST ใช้ ARB ส่งผลให้การจัดตำแหน่งที่มีลำดับที่ 23 ที่มี 133 ตำแหน่งที่ถูกต้อง ต้นไม้เพื่อนบ้านเข้าถูกสร้างขึ้นมาจากเมทริกซ์ระยะ Dayhoff
(ชวาร์ตซ์และ Dayhoff, 1978) การวิเคราะห์ resampling บูตได้ดำเนินการตามที่อธิบายข้างต้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

mcra , ยีนที่สำคัญสำหรับช้าของ rmast สายพันธุ์การขยายโคลนและวิเคราะห์โดยใช้คู่ไพรเมอร์และ mcrf mcrr ( Springer et al . , 1995 ) และ me1 จุด ( เฮล et al . , 1996 ) คู่ไพรเมอร์เหล่านี้ถูกนำมาใช้เพื่อลดอคติที่มีศักยภาพสามารถขยาย ( ลูเดอร์ส et al . , 2001 ) ทำนาย mcra ลำดับกรดอะมิโนพบจาก fungene ฐานข้อมูล ( http://fungene.cme.msu.edu/index .สุพรรณบุรี ) และสอดคล้องกับสายพันธุ์ rmast ใช้ ARB , ผลในการจัดลำดับด้วย 133 ถูกต้องประกอบด้วย 23 ตำแหน่ง เพื่อนบ้านร่วมต้นไม้ถูกสร้างขึ้นจาก dayhoff ระยะทางเมทริกซ์
( Schwartz & dayhoff , 1978 ) บูตสแตรปสุ่มซ้ำวิเคราะห์ข้อมูลตามที่อธิบายไว้ข้างต้น