Model optimizationEnergy minimizati

Model optimization
Energy minimization was done in MOE (Molecular Operating Environment
suite) initially using the Amber99 force field implemented
into the same package, up to an RMSD gradient of 0.0001 to remove
the geometrical strain. The model was subsequently solvated with SPC
water using the truncated octahedron box extending to 7 Å from the
model and molecular dynamics were performed after that for 200 ns,
at 300 K, 1 atm with 2 fs step size, using the NVT ensemble in a canonical
environment. NVT stands for Number of atoms, Volume and Temperature
that remain constant throughout the calculation. The results
of the molecular dynamics simulation were collected into a database
by MOE and can be further analyzed.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เพิ่มประสิทธิภาพของรูปแบบทำการลดพลังงานใน MOE (โมเลกุลเข้าสู่ระบบห้องสวีท) ครั้งแรกโดยใช้ Amber99 บังคับให้เนื้อหาที่นำมาใช้ในแพคเกจเดียวกัน ถึงการไล่ระดับสี RMSD ของ 0.0001 ลบสายพันธุ์ทางเรขาคณิต รูปแบบก็ solvated กับ SPCน้ำใช้แปดตัดกล่องขยายเป็น 7 Åจากการรุ่นและโมเลกุล dynamics ดำเนินการหลังจากนั้น 200 nsที่ 300 K, 1 atm มี 2 fs ขั้นตอน ใช้ NVT ensemble ในแบบมาตรฐานสิ่งแวดล้อม NVT หมายถึงจำนวนของอะตอม ปริมาตรและอุณหภูมิที่ยังคงคงที่ตลอดการคำนวณ ผลลัพธ์การจำลองพลศาสตร์โมเลกุลถูกรวบรวมไว้ในฐานข้อมูลโดย MOE และสามารถวิเคราะห์ต่อไป

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

รุ่นเพิ่มประสิทธิภาพ
การลดพลังงานได้ดำเนินการในกระทรวงศึกษาธิการ (โมเลกุลปฏิบัติการภายใต้สิ่งแวดล้อม
Suite) ครั้งแรกโดยใช้แรง Fi Amber99 Eld ดำเนินการ
เป็นแพคเกจเดียวกันถึงการไล่ระดับสี RMSD 0.0001 เพื่อลบ
ความเครียดทางเรขาคณิต รูปแบบที่ถูก solvated ภายหลังกับ SPC
น้ำใช้ที่ถูกตัดทอนกล่องแปดด้านการขยายถึง 7 จาก
รูปแบบและการเปลี่ยนแปลงโมเลกุลได้ดำเนินการหลังจากนั้น 200 NS,
ที่ 300 K, 1 ตู้เอทีเอ็มมี 2 FS ขนาดขั้นตอนโดยใช้ชุด NVT ในบัญญัติ
สิ่งแวดล้อม NVT ยืนสำหรับจำนวนของอะตอมปริมาณและอุณหภูมิ
ที่คงที่ตลอดการคำนวณ ผล
ของการจำลองการเปลี่ยนแปลงโมเลกุลถูกเก็บลงในฐานข้อมูล
โดยกระทรวงศึกษาธิการและสามารถนำมาวิเคราะห์ต่อไป