Real-time PCR amplification and det

Real-time PCR amplification and detection were
performed using a Choromo4 detection system (Bio-
Rad, Hercules, CA, USA). The reaction was conducted
in a final volume of 10 ll containing the following:
5.1 ll Quatimix EASY SYG kit (BIOTOOLS; B&M
Labs, SA, Madrid, Spain), 0.408 ll forward primer,
0.408 ll reverse primer, 2.244 ll distilled water and
2.0 ll of DNA solution. This was done for samples of
unknown DNA concentration as well as for standards
of known concentration. Regular PCR conditions for
Fibrobacter succinogenes were as follows for the second
through 47th extension cycles: 30 s at 94 °C for denaturing,
30 s at 60 °C for annealing and 30 s at 72 °C
for extension. For the first cycle, 9-min denaturation
time was used. In the last cycle, extension was for
10 min. Amplification of 16S rRNA for Ruminococcus
albus and Ruminococcus flavefaciens was carried out in a
similar manner except that annealing temperature
was 55 °C (Koike and Kobayashi, 2001). Amplification
of methanogens and protozoa was done as
described by Denman et al. (2007) and Sylvester et al.
(2004) respectively.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ขยาย PCR แบบเรียลไทม์และตรวจพบได้ดำเนินการใช้ระบบตรวจจับ Choromo4 (ไบโอ-ราษฎร์ เฮอร์คิวลิส CA, USA) วิธีการใช้ปฏิกิริยาในเล่มสุดท้าย 10 จะประกอบด้วยต่อไปนี้:ชุด 5.1 จะ Quatimix SYG ง่าย (BIOTOOLS B และ MLabs, SA มาดริด สเปน), 0.408 จะพื้นไปข้างหน้ารองพื้นกลับจะ 0.408, 2.244 จะกลั่นน้ำ และ2.0 จะของดีเอ็นเอ นี้ทำในตัวอย่างไม่รู้จักดีเอ็นเอเข้มข้นด้วยส่วนมาตรฐานของสมาธิรู้จัก ปกติเงื่อนไข PCR สำหรับFibrobacter succinogenes มีดังนี้สำหรับสองผ่านวงจรขยาย 47:30 s ที่ 94 ° C สำหรับ denaturing30 s ที่ 60 ° C สำหรับหลอม และ 30 s ที่ 72 ° Cสำหรับส่วนขยาย สำหรับรอบแรก denaturation 9 นาทีใช้เวลา ในรอบสุดท้าย ส่วนขยายมีขยาย 10 นาทีของ 16S rRNA สำหรับ Ruminococcusไหลนา และ Ruminococcus flavefaciens ถูกดำเนินการในการลักษณะคล้ายกันยกเว้นอุณหภูมิการหลอม55 ° C (รับเชิญและโคะบะยะชิ 2001) ได้ ขยายmethanogens และโพรโทซัวทำเป็นอธิบาย โดย Denman et al. (2007) และซิลเวสเตอร์ et al(2004) ตามลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

Real-time PCR
การขยายและการตรวจสอบได้รับการดำเนินการโดยใช้ระบบตรวจจับChoromo4 (Bio-
ราดดาว, CA, USA) ปฏิกิริยาได้ดำเนินการในเล่มสุดท้าย 10 LL มีดังต่อไปนี้ 5.1 LL Quatimix EASY SYG ชุด (BIOTOOLS; B & M Labs, SA, มาดริด, สเปน) 0.408 ไพรเมอร์ LL ไปข้างหน้า.408 จะกลับไพรเมอร์, 2.244 LL น้ำกลั่นและ2.0 LL ดีเอ็นเอของการแก้ปัญหา นี่คือตัวอย่างของความเข้มข้นของดีเอ็นเอที่ไม่รู้จักเช่นเดียวกับมาตรฐานของความเข้มข้นที่รู้จักกัน เงื่อนไข PCR ปกติสำหรับsuccinogenes Fibrobacter มีดังต่อไปเป็นครั้งที่สองผ่านวงจรขยาย47: 30 วินาทีที่ 94 ° C เป็นเวลา denaturing, 30 วินาทีที่ 60 ° C เป็นเวลาหลอมและ 30 วินาทีที่ 72 ° C สำหรับการขยาย สำหรับรอบแรก denaturation 9 นาทีเวลาที่ใช้ ในรอบที่ผ่านมาขยายเป็น10 นาที การขยายของ 16S rRNA สำหรับ Ruminococcus อัลบัสและ Ruminococcus flavefaciens ได้ดำเนินการในลักษณะที่คล้ายกันยกเว้นอุณหภูมิการอบที่55 ° C (Koike และโคบายาชิ, 2001) การขยายของ methanogens และโปรโตซัวที่ได้กระทำตามที่อธิบายโดยเดนแมนet al, (2007) และซิลเวส et al. (2004) ตามลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เวลาจริงและการขยาย PCR พบ
โดยใช้ระบบตรวจจับเป็น choromo4 ( ไบโอ -
RAD , Hercules , CA , USA ) ปฏิกิริยาที่ถูกดำเนินการ
ในสุดท้ายปริมาณ 10 จะประกอบด้วยต่อไปนี้ :
5.1 จะชุด syg ง่าย quatimix ( biotools ; B & M
Labs , SA , มาดริด , สเปน ) , 0.408 จะส่งต่อรองพื้น
0.408 จะย้อนกลับ , ไพรเมอร์ , น้ำกลั่นและสารละลายดีเอ็นเอ
2.0 จะ 2.244 llได้ตัวอย่างดีเอ็นเอ
ไม่รู้จักสมาธิตลอดจนมาตรฐาน
รู้จักสมาธิ ซึ่งปกติเงื่อนไข
ไฟโบรแบคเตอร์ succinogenes ดังนี้สำหรับวินาที
ผ่านวงจรขยาย 47 : 30 S ที่ 94 ° C ี่ 30 , 60 ° C
s สำหรับการอบและ 30 s 72 ° C
เพื่องานส่งเสริม สำหรับรอบแรก 9-min
( เวลาที่ใช้ ในรอบสุดท้ายส่วนขยายสำหรับ
10 นาทีแบบเบส 16S rRNA เพื่อ ruminococcus
อัลบัส ruminococcus flavefaciens และดำเนินการในลักษณะที่คล้ายกัน ยกเว้นที่อุณหภูมิการอบอ่อน

55 ° C ( โคอิเคะ และ โคบายาชิ , 2001 ) สร้างมีเทน (

และ โปรโตซัวเป็นอธิบายโดย เดนแมน et al . ( 2007 ) และซิลเวสเตอร์ et al .
( 2004 ) ตามลำดับ