3.3. Sequence divergenceThe sequenc

3.3. Sequence divergence
The sequence divergences for both markers within and among clades, as well as the genetic distances between clades after accounting for the diversity within them are shown in Table 2.

The genetic distances of 6.6% in CR and 1% in cyt b sequences between A. percula from Tomini Bay and Biak was within the same range as the distances between A. ocellaris from Padang and other populations of this species (5.8% and 0.9%, respectively).


Most of these values are between the maximum value within clades of species (A. percula; Togian Islands = 6% in CR and 0.4% in cyt b) and the minimum value among species (A. perideraion–A. sandaracinos, CR = 10.1% and cyt b = 1.5%) observed in the datasets.

The genetic distances between A. percula from Tomini Bay/Biak and New Britain/
Solomon Islands were 16.7–18% in CR and 3.8–5% in cyt b sequences.

In comparison, the genetic differences in the A. akallopisos/sandaracinos/perideraion complex did not exceed 12.3% in CR and 4.8% in cyt b (Table 2).

3.4. Molecular clock
The Shimodaira–Hasegawa and Kishino–Hasegawa tests, conducted to compare the ML trees reconstructed with and without the molecular clock enforced, showed no significant difference
for both markers (CR: p = 0.288 and p = 0.715, respectively; cyt b: p = 0.238 and p = 0.847, respectively).



Therefore, the molecular clock was not rejected and the separation among the species’
ancestors could be estimated. With the used mutation rate of 6.41% per million years for the CR, the genetic distance of 11.1% could be translated to approx.


1.7 million years divergence time between A. akallopisos and A. perideraion. This time frame fits into the divergence range assumed for the cyt b fragment (1.1–3.1 million
years ago), comprising the geological border between Pliocene
and Pleistocene (Table 3).


The genetic distance of 12.3% between A.akallopisos and A. sandaracinos of the CR was translated to 1.9 million years and therefore revealed a slightly longer separation time
between these species.

The divergence range calculated for the cyt b fragment dated the split between A. akallopisos and A. sandaracinos as well into the Pleistocene - Pliocene border (1.7–4.8 million years ago).


A. sandaracinos and A. perideraion revealed, with 1.6 million years for the CR and a range of 0.5–1.5 million years for cyt b, a more recent split in the Pleistocene (Table 3).

The genetic distances between the sibling species A. percula and A. ocellaris were between 16.6–18.5% in CR and 4.8–7.2% in cyt b, which indicated that the split between them is approx. 1.7–7.2 (2.6–2.9 for CR) million years old.

The divergence time between the Indian Ocean clade of A. ocellaris and the other populations
within the Indo-Malay Archipelago reaches back 300,000 to 900,000 years (900,000 years for CR).


This is similar to the separation of the populations of A. percula from Tomini Bay and Biak,
which is 400,000 years to 1 million years old (1 million years in CR).

The divergence between Biak/Tomini Bay and New Britain/Solomon Islands is 1.4–5 million years old (2.6–2.8 million years in CR), similar to the split between A. ocellaris and A. percula (Table 3).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3.3 การลำดับ divergenceDivergences ลำดับสำหรับเครื่องหมายทั้งภายใน และ ระหว่าง clades ตลอดจนระยะทางพันธุกรรมระหว่าง clades หลังบัญชีสำหรับความหลากหลายภายในนั้นจะแสดงในตารางที่ 2ระยะทางพันธุกรรมของ 6.6% ใน CR และ% 1 ในลำดับ cyt b ระหว่าง percula A. Tomini อ่าวเบียคได้ภายในช่วงเดียวกันเป็นระยะทางระหว่างอ. ocellaris จากปาและอื่น ๆ ประชากรของนกชนิดนี้ (5.8% และ 0.9% ตามลำดับ) ค่าเหล่านี้ส่วนใหญ่อยู่ระหว่างค่าสูงสุดภายใน clades พันธุ์ (A. percula เกาะ togian = 6% ใน CR และ 0.4% ใน cyt b) และค่าต่ำสุดระหว่างพันธุ์ (A. perideraion – A. sandaracinos, CR = 10.1% และ cyt b = 1.5%) พบใน datasets ระยะทางพันธุกรรมระหว่าง percula A. จากอ่าว Tomini/เบียค และราชอาณาจักรใหม่ /หมู่เกาะโซโลมอนได้ 16.7 – 18% CR และ 3.8 – 5% ในลำดับ cyt b ในการเปรียบเทียบ ความแตกต่างทางพันธุกรรมในตัวอ. akallopisos/sandaracinos/perideraion ซับซ้อนไม่เกิน% 12.3 บาทใน CR และ 4.8% ใน cyt b (ตารางที่ 2)3.4. โมเลกุลนาฬิกาShimodaira – Hasegawa และ Kishino – Hasegawa ทดสอบ เพื่อเปรียบเทียบต้นไม้ ML เชิดมี และไม่ มีการบังคับใช้ นาฬิการะดับโมเลกุลพบว่าไม่แตกต่างอย่างมีนัยสำคัญสำหรับเครื่องหมายทั้งสอง (CR: p = 0.288 และ p = 0.715 ตามลำดับ cyt b: p = 0.238 และ p = 0.847 ตามลำดับ) ดังนั้น นาฬิกาโมเลกุลไม่ถูกปฏิเสธ และแยกระหว่างของสปีชีส์บรรพบุรุษที่สามารถประเมิน มีอัตราการกลายพันธุ์ใช้ 6.41% ต่อล้านปี CR ระยะห่างทางพันธุกรรมของ 11.1% อาจจะแปลประมาณ เวลา divergence 1.7 ล้านปีระหว่าง A. akallopisos และอ. perideraion เวลานี้พอดีเป็นช่วง divergence ถือในส่วน b ของ cyt (1.1 – 3.1 ล้านปีที่ผ่านมา), ประกอบขอบธรณีวิทยาระหว่างสมัยไพลโอซีนและ Pleistocene (ตาราง 3) ระยะทางพันธุกรรม% 12.3 การให้ระหว่าง A.akallopisos และ sandaracinos อ.ของ CR ที่ภาษา 1.9 ล้านปี และเปิดเผยแยกเวลานานเล็กน้อยดังนั้นระหว่างพันธุ์เหล่านี้ ช่วง divergence คำนวณส่วน b cyt ลงแยกระหว่าง A. akallopisos และ A. sandaracinos เช่นเป็น Pleistocene - ขอบ Pliocene (1.7 – 4.8 ล้านปี) A. sandaracinos และ perideraion อ.เปิดเผย การ CR ในช่วง 0.5-1.5 ปี 1.6 ล้านล้านปี cyt b แยกปรับใน Pleistocene (ตาราง 3)ระยะทางพันธุกรรมระหว่าง percula พี่น้องสายพันธุ์ A. A. ocellaris ระหว่าง 16.6 – 18.5% ใน CR และ 4.8-7.2% ใน cyt b ที่ว่า การแยกระหว่างการประมาณ 1.7 – 7.2 (2.6-2.9 สำหรับ CR) ล้านปี ได้ เวลา divergence ระหว่าง clade มหาสมุทรของ A. ocellaris และประชากรอื่น ๆภายในหมู่เกาะอินโด-มาเลย์ จนถึงกลับไป 300,000-900,000 ปี (900000 ปีสำหรับ CR) คล้ายการแบ่งแยกประชากรของ A. percula Tomini เบย์และเบียคซึ่งเป็นปี 400000 ล้านปี (1 ล้านปีใน CR) Divergence ระหว่างอ่าว เบียค/Tomini และหมู่เกาะโซโลมอน/ราชอาณาจักรใหม่คือ 1.4 – 5 ล้านปี (2.6-2.8 ล้านปีใน CR), คล้ายกับการแยกระหว่าง A. ocellaris A. percula (ตาราง 3)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3.3 ลำดับความแตกต่าง
ความแตกต่างกันตามลำดับสำหรับเครื่องหมายทั้งภายในและระหว่าง clades เช่นเดียวกับระยะทางพันธุกรรมระหว่าง clades หลังจากการบัญชีสำหรับความหลากหลายภายในพวกเขาจะแสดงในตารางที่ 2. ระยะทางพันธุกรรม 6.6% ใน CR และ 1% ใน CYT ลำดับขระหว่าง A. percula จาก Tomini เบย์และ Biak อยู่ในช่วงเดียวกับระยะทางระหว่าง ocellaris A. จากประชากรปาดังและอื่น ๆ ของสายพันธุ์นี้ (5.8% และ 0.9% ตามลำดับ). ส่วนใหญ่ของค่าเหล่านี้อยู่ระหว่างค่าสูงสุดภายใน clades ของ สายพันธุ์ (A. percula; Togian เกาะ = 6% CR และ 0.4% ใน CYT ข) และค่าต่ำสุดในหมู่สายพันธุ์ (A. perideraion-sandaracinos, CR = 10.1% และ CYT ข = 1.5%.) ตั้งข้อสังเกตในชุดข้อมูล . ระยะทางพันธุกรรมระหว่าง percula A. จาก Tomini เบย์ / Biak และใหม่ของสหราชอาณาจักร / หมู่เกาะโซโลมอนได้ 16.7-18% ใน CR และ 3.8-5% ใน CYT ลำดับข. ในการเปรียบเทียบความแตกต่างทางพันธุกรรมใน A. akallopisos / sandaracinos / ที่ซับซ้อน perideraion ไม่เกิน 12.3% ใน CR และ 4.8% ใน CYT ข (ตารางที่ 2). 3.4 นาฬิกาโมเลกุลShimodaira-เซกาวาและการทดสอบ Kishino-เซกาวาดำเนินการเพื่อเปรียบเทียบต้นไม้ ML สร้างขึ้นใหม่ที่มีและไม่มีนาฬิกาโมเลกุลบังคับใช้แสดงให้เห็นว่าไม่มีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญสำหรับทั้งสองเครื่องหมาย (CR: p = 0.288 และ p = 0.715 ตามลำดับ; CYT ข: p = 0.238 และ p = 0.847 ตามลำดับ). ดังนั้นนาฬิกาโมเลกุลไม่ได้ปฏิเสธและแยกในหมู่สายพันธุ์บรรพบุรุษอาจจะประมาณ ด้วยอัตราการกลายพันธุ์ของใช้ 6.41% ต่อปีสำหรับล้าน CR, ระยะทางพันธุกรรมของ 11.1% จะได้รับการแปลเป็นประมาณ. 1700000 ปีความแตกต่างเวลาระหว่าง akallopisos A. และ perideraion A. กรอบเวลานี้ควรเป็นช่วงที่แตกต่างสันนิษฐานสำหรับ CYT ส่วนข (1.1-3,100,000 ปีที่ผ่านมา) ประกอบด้วยชายแดนทางธรณีวิทยาระหว่าง Pliocene และ Pleistocene (ตารางที่ 3). ระยะทางพันธุกรรมของ 12.3% ระหว่าง A.akallopisos และ sandaracinos A. ของ CR ได้รับการแปลเป็น 1.9 ล้านปีและดังนั้นจึงเผยให้เห็นเวลาที่แยกอีกเล็กน้อยระหว่างสายพันธุ์เหล่านี้. ช่วงความแตกต่างสำหรับการคำนวณ CYT ส่วนขลงวันที่แยกระหว่าง akallopisos A. และ A. sandaracinos รวมเป็น Pleistocene - Pliocene ชายแดน ( 1.7-4,800,000 ปีที่ผ่านมา). A. sandaracinos และ perideraion A. เปิดเผยกับ 1.6 ล้านปีสำหรับ CR และช่วงของ .5-1,500,000 ปีสำหรับ CYT ขแยกที่ผ่านมามากขึ้นใน Pleistocene (ตารางที่ 3). ระยะทางพันธุกรรมระหว่างพี่น้องสายพันธุ์ A. percula และ ocellaris A. อยู่ระหว่าง 16.6-18.5% ใน CR และ 4.8-7.2% ใน CYT ขซึ่งชี้ให้เห็นว่าการแยกระหว่างพวกเขาเป็นประมาณ 1.7-7.2 (2.6-2.9 สำหรับ CR) ล้านปี. เวลาที่แตกต่างระหว่างมหาสมุทรอินเดีย clade ของ ocellaris A. และประชากรอื่น ๆที่อยู่ในหมู่เกาะอินโดมาเลย์กลับถึง 300,000 900,000 ปี (900,000 ปีสำหรับ CR). นี้ จะคล้ายกับการแยกตัวของประชากรของ percula A. จาก Tomini เบย์และ Biak, ซึ่งเป็นปีที่ 400,000 ถึง 1 ล้านปี (1 ล้านปีใน CR). ความแตกต่างระหว่าง Biak / Tomini เบย์และนิวไบ / หมู่เกาะโซโลมอน 1.4 -5000000 ปี (2.6-2,800,000 ปีใน CR) คล้ายกับแยกระหว่าง A. ocellaris และ A. percula (ตารางที่ 3)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3.3 . ลำดับความแตกต่าง
ลำดับความแตกต่างทั้งเครื่องหมายใน clades ตลอดจนพันธุกรรมระยะทางระหว่าง clades หลังจากบัญชีความหลากหลายภายในพวกเขาจะแสดงในตารางที่ 2

ทางพันธุกรรมของ 6.6% ใน CR และ 1% ใน cyt B ลำดับระหว่างเอเพอคูล่าจากโทมินิอ่าวและ Biak ภายในช่วง เช่นเดียวกับระยะทางระหว่าง Aเซลลาริสจากปาดัง และประชากรอื่น ๆชนิดนี้ ( 5.8 % และ 0.9% ตามลำดับ )


ส่วนใหญ่เหล่านี้ค่าระหว่างค่าสูงสุดภายใน clades ชนิด ( A . เพอคูล่า ; togian เกาะ = 6 % ใน CR และ 0.4% ใน cyt B ) และค่าต่ำสุดของชนิด ( A perideraion – A sandaracinos CR = 10.1 % และ cyt B = 1.5 % ) ที่พบในชุดข้อมูล

ทางพันธุกรรมระหว่าง พ.เพอคูล่า จาก โทมินิ เบย์ / เบียกและใหม่อังกฤษ /
หมู่เกาะโซโลมอนเป็น 16.7 – 18% ใน CR และ 3.8 – 5% ใน cyt B )

ในการเปรียบเทียบ ความแตกต่างทางพันธุกรรมที่ซับซ้อน . akallopisos / sandaracinos / perideraion ไม่เกินร้อยละ 12.3 ใน CR และ 4.8% ใน cyt B ( ตารางที่ 2 )

3.4 . นาฬิกาโมเลกุล
shimodaira –ฮาเซกาว่า kishino –ฮาเซกาว่าและการทดสอบมีวัตถุประสงค์เพื่อเปรียบเทียบมล ต้นไม้ขึ้นใหม่และไม่มีโมเลกุลนาฬิกาบังคับใช้ พบว่าไม่มีความแตกต่างทั้งเครื่องหมาย
( CR : P = 0.288 และ P = 0.715 ตามลำดับ ; cyt B : P = 0.238 และ P = 0.847 ตามลำดับ )



เพราะฉะนั้น โมเลกุลนาฬิกาก็ไม่ปฏิเสธและแยกระหว่างสปีชีส์ '
บรรพบุรุษอาจจะประมาณ กับการใช้อัตราการกลายพันธุ์ของ 6ร้อยละ 41 ต่อล้านปีสำหรับ CR , ระยะห่างทางพันธุกรรมของ 11.1% น่าจะแปลประมาณ


1.7 ล้านปี ความแตกต่าง ระหว่าง ก. และ akallopisos perideraion . กรอบเวลานี้เหมาะในช่วงถือว่าความแตกต่างสำหรับ cyt B ~ ( 1.1 ) 3.1 ล้าน
ปีก่อน ) ประกอบด้วยเขตแดนทางธรณีวิทยาและระหว่างสมัยไพลโอซีน
ไพลสโตซีน ( ตารางที่ 3 )


ระยะห่างทางพันธุกรรมของ 123 % ระหว่าง a.akallopisos และ A . sandaracinos ของ CR ถูกแปลไป 1.9 ล้านปีและดังนั้นจึงเปิดเผยอีกเล็กน้อยเวลาแยกระหว่างสายพันธุ์เหล่านี้


ช่วงความแตกต่างคำนวณสำหรับ cyt B ส่วนเดทแยกระหว่าง A และ A . akallopisos sandaracinos เช่นกันใน Pleistocene ชายแดนสมัยไพลโอซีน ( 1.7 ) 4.8 ล้านปีก่อน )


. sandaracinos และ A .perideraion เปิดเผย กับ 1.6 ล้านปีสำหรับ CR และช่วง 0.5 – 1.5 ล้านปี cyt B แยกล่าสุดมากขึ้นในช่วงไพลสโตซีน ( ตารางที่ 3 ) .

ทางพันธุกรรมระหว่างสายพันธุ์ A และ A . เซลลาริสน้องเพอคูล่า อยู่ระหว่าง 18.5 เปอร์เซ็นต์ 16.6 และ CR และ 4.8 – 7.2% ใน cyt บี ซึ่งพบว่า การแบ่งระหว่างพวกเขาจะประมาณ 1.7 - 7.2 ( 2.6 - 2.9 สำหรับโครเมียม ) ล้านปี

ความแตกต่างระหว่างมหาสมุทรอินเดีย clade A . เซลลาริส และประชากรอื่น ๆ
ภายในหมู่เกาะอินโด มาเลย์ ถึงกลับ 300000 เพื่อ 900000 ปี ( 900000 ปีสำหรับโครเมียม )


นี้จะคล้ายกับการแยกของประชากรของ เพอคูล่า จาก โทมินิอ่าวและ Biak
ซึ่งเป็น 400000 , ปี 1 ล้านปี ( 1 ล้านปีใน CR )

ความแตกต่างระหว่างเบียค / โทมินิอ่าวและเกาะอังกฤษซาโลมอนใหม่ 1.4 – 5 ล้านปี ( ปี 2.6 - 2.8 ล้านใน CR ) คล้ายกับการแยกระหว่าง ก. และ เพอคูล่า เซลลาริส ( ตารางที่ 3


)