PES มีหลักการสำคัญ คือ การใช้มาตรการทางเศรษฐศาสตร์ ประเมินมูลค่าความเสียหายของทรัพยากร
ธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม โดยให้ผู้ใช้ประโยชน์จากทรัพยากรธรรมชาติ ต้อง “จ่ายค่าชดเชย” (compensation) หรือ “ผลตอบแทน” (reward) ให้กับผู้ที่จะได้รับผลกระทบจากการเปลี่ยนแปลง และผู้ที่มีบทบาทในการดูแลรักษาทรัพยากรธรรมชาติ โดยรูปแบบของการชดเชยหรือการให้ผลตอบแทนอาจจะอยู่ในรูปของตัวเงิน การลดหย่อนภาษี หรือค่าธรรมเนียมฯ