we used PCscores of the PCA on the

we used PC
scores of the PCA on the original song data. PC scores were made
positive by adding the minimum score on each PC to the individual
values on that PC, since the method does not allow negative values
(Mooers et al. 1999). We calculated the fit of song to a polyphyletic
cladogram (Fig. 1b), with the same topology as the tree in Fig. 1a
(except that it was unrooted, which is a requirement of the
method), and to a monophyletic cladogram (Fig. 1c) obtained by
segregating Serinus and Carduelis but otherwise maintaining the
relationships between individual species. These topologies differ
only on whether the traditional genera are monophyletic, but not in
finer-scale details.We used the ‘free model’ of Mooers et al. (1999),
which does not make assumptions about branch lengths, but rather
adjusts them optimally to fit the data. Therefore, by comparing the
fit to these two topologies we tested for an effect of monophyly
only, but not of finer-scale differences in species relationships or of
evolutionary rates (i.e. preset branch lengths). Since the two
models are equally parameterized (same number of adjustable
branch lengths), their fit was compared with a simple likelihood
ratio test, with significance at a ¼ 0.05 indicated by a log-likelihood
difference of 2 (Edwards 1992; Mooers et al. 1999). Calculations
were made with the version of the CONTML program of PHYLIP
(Phylogeny Inference Package) version 3.0 (J. Felsenstein, Department
of Genome Sciences, University of Washington, Seattle, WA,
U.S.A.) modified by Mooers et al. (1999).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เราใช้ PCคะแนนของสมาคมข้อมูลเพลงเดิม ทำ PC คะแนนเป็นบวก โดยเพิ่มคะแนนต่ำสุดบนพีซีแต่ละบุคคลค่าบนพีซีที่ เนื่องจากวิธีการให้ค่าลบ(Mooers et al. 1999) เราได้พอดีเพลงเพื่อการ polyphyleticcladogram (Fig. 1b), มีโครงสร้างเดียวกันเป็นต้นใน Fig. 1a(ยกเว้นว่ามันเป็น unrooted ซึ่งเป็นความต้องการของการวิธี), และ cladogram monophyletic กิน 1 c) ได้โดยเอ็กซ์ปอร์ต Serinus และ Carduelis แต่รักษามิฉะนั้น จะความสัมพันธ์ระหว่างแต่ละชนิด โทเหล่านี้แตกต่างกันเฉพาะ ในสกุลดั้งเดิมว่าเป็น monophyletic แต่ไม่รายละเอียดปลีกย่อยของขนาด เราใช้ 'ฟรีแบบ' ของ Mooers et al. (1999),ซึ่งไม่ทำให้สมมติฐานเกี่ยวกับสาขายาว แต่ปรับให้อย่างเหมาะสมพอดีกับข้อมูล ดังนั้น โดยการเปรียบเทียบการพอดีกับโทเหล่านี้สองเราทดสอบสำหรับลักษณะพิเศษของ monophylyเท่า นั้น แต่ไม่ ของความแตกต่างปลีกย่อยขนาดชนิดความสัมพันธ์วิวัฒนาการราคาพิเศษ (เช่นสาขาที่กำหนดล่วงหน้ายาว) ตั้งแต่สองรูปแบบจะเท่า ๆ พารามิเตอร์ (จำนวนเท่ากันสามารถปรับสาขาความยาว), พอดีของพวกเขาถูกเปรียบเทียบกับความเป็นไปได้ง่ายอัตราส่วนทดสอบ กับค่านัยสำคัญที่ 0.05 ¼ที่ระบุล็อกโอกาสความแตกต่างของ 2 (เอ็ดเวิร์ด 1992 Mooers et al. 1999) คำนวณที่ทำกับรุ่นของโปรแกรม CONTML ของ PHYLIP(แพคเกจข้อ phylogeny) เวอร์ชัน 3.0 (J. Felsenstein แผนกกลุ่มวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยวอชิงตัน ซีแอตเทิล WAสหรัฐอเมริกา) แก้ไขโดย Mooers et al. (1999)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เราใช้เครื่องคอมพิวเตอร์ของ
คะแนนของ PCA ข้อมูลเพลงต้นฉบับ คะแนนเครื่องคอมพิวเตอร์ที่ถูกสร้างขึ้น
ในเชิงบวกโดยการเพิ่มคะแนนต่ำสุดในเครื่องคอมพิวเตอร์ของแต่ละบุคคล
ค่าในเครื่องคอมพิวเตอร์ว่าตั้งแต่วิธีการที่ไม่อนุญาตให้ค่าลบ
(Mooers et al. 1999) เราคำนวณพอดีของเพลงที่จะ polyphyletic
cladogram (รูป. 1 ข) โดยมีโครงสร้างเดียวกับต้นไม้ในรูป 1a
(ยกเว้นว่ามันเป็น unrooted ซึ่งเป็นความต้องการของ
วิธีการ) และ cladogram ไฟย์เลติ (รูป. 1 c) ที่ได้จากการ
แยก Serinus และ Carduelis แต่อย่างอื่นที่ยังคงรักษา
ความสัมพันธ์ระหว่างแต่ละชนิด โครงสร้างเหล่านี้แตกต่าง
เพียงว่าจำพวกแบบดั้งเดิมที่มีไฟย์เลติ แต่ไม่ได้อยู่ใน
details.We ปลีกย่อยแบบใช้ 'รุ่นฟรีของ Mooers et al, (1999)
ซึ่งไม่ทำให้สมมติฐานเกี่ยวกับความยาวสาขา แต่
พวกเขาจะปรับได้อย่างดีที่สุดเพื่อให้พอดีกับข้อมูล ดังนั้นโดยการเปรียบเทียบ
พอดีกับทั้งสองโครงสร้างเราทดสอบสำหรับผลกระทบของ monophyly
เพียง แต่ไม่ได้มีความแตกต่างในระดับปลีกย่อยในความสัมพันธ์ชนิดหรือ
อัตราการวิวัฒนาการ (เช่นความยาวสาขาที่ตั้งไว้) เนื่องจากทั้งสอง
รุ่นมีความแปรอย่างเท่าเทียมกัน (หมายเลขเดียวกันของปรับ
ความยาวสาขา) พอดีของพวกเขาถูกเมื่อเทียบกับความน่าจะเป็นที่เรียบง่าย
การทดสอบอัตราส่วนอย่างมีนัยสำคัญที่ 0.05 ¼ระบุโดยเข้าสู่ระบบความน่าจะเป็น
ความแตกต่างของ 2 (เอ็ดเวิร์ด 1992; Mooers et al, 1999) การคำนวณ
ที่ทำกับรุ่นของโปรแกรม CONTML ของ PHYLIP
(เชื้อชาติอนุมานแพคเกจ) เวอร์ชั่น 3.0 (เจ Felsenstein กรม
วิทยาศาสตร์จีโนมมหาวิทยาลัยวอชิงตัน, ซีแอตเทิล,
สหรัฐอเมริกา) แก้ไขโดย Mooers et al, (1999)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เราใช้ PC
คะแนนของ PCA ในข้อมูลเพลงต้นฉบับ คะแนน PC ทำ
บวกเพิ่มคะแนนต่ำสุดในเครื่องคอมพิวเตอร์แต่ละบุคคล
ค่า บนพีซี ตั้งแต่วิธีการไม่อนุญาตให้ลบค่า
( มูเอิร์ส et al . 1999 ) เราคำนวณให้พอดีกับเพลงไป cladogram polyphyletic
( รูปที่ 1A ) ที่มีรูปร่างเหมือนต้นไม้ในรูปที่ 1A
( ยกเว้นว่ามันถูก unrooted ,ซึ่งเป็นความต้องการของ
วิธีการ ) , และการ cladogram monophyletic ( ภาพที่ 1c ) ที่ได้จากการแยก serinus carduelis แต่อย่างอื่น

และรักษาความสัมพันธ์ระหว่างชนิดของแต่ละบุคคล รูปแบบเหล่านี้แตกต่างกัน
เพียงว่าสกุลดั้งเดิม monophyletic แต่ไม่ได้
รายละเอียดปลีกย่อยขนาด เราใช้ฟรี ' แบบ ' ของมูเอิร์ส et al . ( 1999 ) ,
ซึ่งไม่ทำให้สมมติฐานเกี่ยวกับความยาวที่สาขา แต่พวกเขาได้อย่างดีที่สุด
ปรับให้เหมาะสมกับข้อมูล ดังนั้น โดยการเปรียบเทียบ
พอดีทั้งสองรูปแบบเราทดสอบผลของ monophyly
เท่านั้น แต่ไม่ละเอียดขนาดแตกต่างกันในชนิดของความสัมพันธ์ หรืออัตราการวิวัฒนาการ ( เช่นสาขา
ความยาวที่ตั้งไว้ ) เนื่องจากสอง
แบบเท่าเทียมกันพารามิเตอร์ ( หมายเลขเดียวกันของปรับ
ความยาวสาขา ) พอดีของพวกเขาเมื่อเทียบกับง่ายโอกาส
การทดสอบอัตราส่วนที่มีความสำคัญใน¼ 0.05 พบโดยบันทึกความแตกต่างของความน่าจะเป็น
2 ( Edwards 1992 ; มูเอิร์ส et al . 1999 ) การคำนวณ
ให้กับรุ่นของ contml โปรแกรม phylip
( ระบบเชื้อชาติอนุมานแพคเกจ ) รุ่น 3.0 ( เจ felsenstein แผนก
ของพันธุกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยวอชิงตัน ซีแอตเทิลวอชิงตัน
สหรัฐอเมริกา) แก้ไขโดยมูเอิร์ส et al . ( 1999 )