Base-stacking interactionsFrom an e

Base-stacking interactions
From an energetic point of view, the most important
contribution to the DNA helix is the stacking of the bases
on top of each other. The ‘stacking energy’ is a measure of
how much energy is required to destack or melt a region of
double-stranded DNA. Table 1 lists the stacking energies
for all 16 different dinucleotide combinations. There is a
strong sequence dependence on the amount of stabilizing
energy from base stacking. As a general trend, alternating
pyrimidine–purine steps have less energy, and in particular
T.A steps have the lowest ( 2 3.82 kcal mol 2 1
). G.C steps
have the largest value ( 2 15 kcal mol 2 1
), and require the
most energy to melt.
The propeller twist is a measure of the angle between the
planes of the two bases, as shown in Figure 3b. Each base is
planar, but when two bases pair, they do not always line up
perfectly flat with each other; this angle is called propeller
twist because the bases are twisted away from each other
like an aeroplane propeller. This measure is related to the
rigidity of the helix, such that a larger propeller twist angle
reflects a more rigid helix. In B-DNA, the propeller twist
angles are usually quite low, as can be seen from the side
view of the helix in Figure 1b.
Another important dinucleotide parameter related to
base-stacking interactions is the twist angle of the two
bases, as shown in Figure 3b. Table 1 includes the values for
twist angles for B-DNA in solution. Note that these range
from 27.98 (which would correlate to a helix with 12.9 bp
per turn) to 408 (corresponding to 9 bp per turn). Thus the
pitch of the helix (that is, the length of a full turn of the
helix) can range considerably, based on the sequence. This
has important biological consequences. If there are two
protein-binding sites, each facing the same side of the helix,
separated by about 21 bp, or roughly two turns of the helix,
it is possible to have different intervening sequences,
resulting in quite different orientations of the two sites
(ranging over about 458 of orientation relative to each
other).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

โต้ตอบฐานซ้อนจากการปรับมุมมอง สำคัญสุดมีส่วนทำให้เกลียวดีเอ็นเอเป็นการซ้อนของฐานทับกัน 'พลังงานซ้อน' คือ การวัดพลังงานเท่าใดจะต้อง destack หรือละลายภูมิภาคของขนคู่ดีเอ็นเอ ตารางที่ 1 แสดงพลังงานซ้อนสำหรับชุดทั้งหมด 16 dinucleotide แตกต่างกัน ไม่มีการพึ่งแรงลำดับจำนวน stabilizingพลังงานจากฐานซ้อน เป็นแนวโน้มทั่วไป สลับตอน pyrimidine – purine ได้น้อย กว่าพลังงาน และโดยเฉพาะอย่างยิ่งตอน T.A ได้ต่ำที่สุด (กิโลแคลอรี่ 2 3.82 โมล 2 1). ตอน G.Cมีค่ามากสุด (โมลกิโลแคลอรี 2 15 2 1), และต้องการพลังงานส่วนใหญ่ที่ละลายบิดใบพัดเป็นการวัดมุมระหว่างเครื่องบินของฐานสอง ดังที่แสดงในรูปที่ 3b แต่ละฐานระนาบ แต่เมื่อสองฐานคู่ พวกเขาไม่เสมอเส้นค่าอย่างแบนกัน มุมนี้เรียกว่าใบพัดบิดได้เนื่องจากฐานจะบิดออกจากกันเช่นเป็นเครื่องบินใบพัด วัดนี้เกี่ยวข้องกับการความแข็งแกร่งของเกลียว เช่นที่ใบพัดใหญ่หมุนมุมสะท้อนให้เห็นถึงเกลียวที่เข้มงวดมากขึ้น ใน B-DNA บิดใบพัดมุมมักค่อนข้างต่ำ เป็นสามารถมองเห็นจากด้านข้างมุมมองของเกลียวในรูป 1bพารามิเตอร์ dinucleotide สำคัญอื่นที่เกี่ยวข้องกับฐานซ้อนโต้ตอบเป็นมุมบิดของทั้งสองฐาน ดังที่แสดงในรูปที่ 3b ตารางที่ 1 ประกอบด้วยค่าของบิดมุมสำหรับบีดีเอ็นเอในโซลูชัน โปรดสังเกตว่าช่วงนี้จาก 27.98 (ซึ่งจะเชื่อมโยงกับเกลียวกับ 12.9 bpต่อเปิด) กับ 408 (ตรงกับ 9 bp ละตา) ดังนั้นการระยะห่างของเกลียว (นั่นคือ ความยาวของการเปิดของการเกลียว) สามารถช่วงมาก ตามลำดับ นี้มีผลกระทบทางชีวภาพที่สำคัญ ถ้ามีสองโปรตีนรวมไซต์ แต่ละหันด้านเดียวกันของเกลียวโดยประมาณ 21 bp หรือเปลี่ยนสองอย่างคร่าว ๆ ของเกลียวจำเป็นต้องมีลำดับอยู่ระหว่างกลางแตกต่างกันในแนวที่แตกต่างของสองเว็บไซต์(ตั้งแต่ช่วงประมาณ 458 ของแนวสัมพันธ์กับแต่ละอื่น ๆ)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ปฏิสัมพันธ์ฐานซ้อนจากจุดพลังของมุมมองที่สำคัญที่สุดในการมีส่วนร่วมในการเป็นเกลียวดีเอ็นเอเป็นซ้อนของฐานด้านบนของแต่ละอื่นๆ 'การซ้อนพลังงาน' เป็นตัวชี้วัดของการใช้พลังงานเท่าใดจะต้องdestack หรือละลายภูมิภาคของดีเอ็นเอเกลียวคู่ ตารางที่ 1 แสดงพลังงานซ้อนทั้งหมดรวมกัน16 dinucleotide ที่แตกต่างกัน มีคือการพึ่งพาลำดับที่แข็งแกร่งกับปริมาณของการรักษาเสถียรภาพพลังงานจากฐานซ้อน ในฐานะที่เป็นแนวโน้มทั่วไปสลับขั้นตอน pyrimidine-purine มีพลังงานน้อยลงและโดยเฉพาะอย่างยิ่งขั้นตอน TA มีที่ต่ำที่สุด (2 3.82 กิโลแคลอรีโมล 2 1) ขั้นตอน GC มีค่าที่ใหญ่ที่สุด (2 15 กิโลแคลอรีโมล 2 1) และจำเป็นต้องใช้พลังงานมากที่สุดที่จะละลาย. บิดใบพัดเป็นตัวชี้วัดมุมระหว่างที่เครื่องบินของทั้งสองฐานดังแสดงในรูปที่ 3b ฐานแต่ละระนาบ แต่เมื่อสองคู่เบส, พวกเขาไม่เคยเข้าแถวแบนอย่างสมบูรณ์กับแต่ละอื่นๆ ; มุมนี้เรียกว่าใบพัดบิดเพราะฐานบิดออกจากกันเหมือนใบพัดเครื่องบิน วัดนี้มีความเกี่ยวข้องกับความแข็งแกร่งของเกลียวเช่นว่ามุมบิดใบพัดขนาดใหญ่สะท้อนให้เห็นถึงเกลียวเข้มงวดมากขึ้น ใน B-ดีเอ็นเอใบพัดบิดมุมมักจะค่อนข้างต่ำที่สามารถมองเห็นจากด้านข้างมุมมองของเกลียวในรูปที่1b ได้. อีก dinucleotide ตัวแปรที่สำคัญที่เกี่ยวข้องกับการซ้อน-ฐานปฏิสัมพันธ์เป็นมุมบิดของทั้งสองฐานที่แสดงในรูปที่ 3b ตารางที่ 1 มีค่าสำหรับบิดมุมสำหรับB-ดีเอ็นเอในการแก้ปัญหา โปรดทราบว่าช่วงเหล่านี้จาก 27.98 (ซึ่งจะมีความสัมพันธ์กับใบหูที่มี 12.9 bp เทิร์นละ) 408 (ตรงกับ 9 bp เทิร์นละ) ดังนั้นระดับเสียงของเกลียว(นั่นคือความยาวของการเปิดเต็มรูปแบบของเกลียว) สามารถช่วงมากขึ้นอยู่กับลำดับ นี้มีผลกระทบทางชีวภาพที่สำคัญ หากมีสองเว็บไซต์โปรตีนที่มีผลผูกพันแต่ละหันหน้าไปทางด้านเดียวกันของเกลียวที่แยกจากกันโดยประมาณ21 bp หรือประมาณสองผลัดใบหูที่มันเป็นไปได้ที่จะมีลำดับการแทรกแซงที่แตกต่างกันส่งผลให้ในทิศทางที่แตกต่างกันของทั้งสองเว็บไซต์(ตั้งแต่เวลาประมาณ 458 ของญาติวางแนวทางให้กับแต่ละอื่นๆ )