3. Results and discussion3.1. Ident

3. Results and discussion
3.1. Identification of SS genes in vertebrates
To identify SS genes, we searched the genome databases of
different vertebrates and three invertebrates. New SS genes have
been discovered in teleost fish. Six SS gene candidates were
identified from the zebrafish genome database. Among them, SS1,
SS2, SS3 and SS4 were reported previously (Devos et al., 2002;
Tostivint et al., 2008), but somatostatin 5 (SS5) and somatostatin 6
(SS6) are newly discovered. Because zebrafish SS3, SS5 and SS6
cDNA sequences have not yet been confirmed by experiments, we
cloned and sequenced them (Fig. S1). Similar with the known SS
precursors, the newly described SS5 and SS6 precursors also contain
the mature peptides (SS-14) at their C-terminal (Fig. S1). A disulfide
linkage could be formed by two conserved Cys residues in these
mature peptides.
Five SS genes (excluding SS6) were also identified in the other
genome-sequenced teleost fish, including stickleback, medaka,Takifugu and Tetraodon (Text S1). Comparison of amino acid
sequences of each of these SS precursors among the five genomesequenced
teleost fish showed that the mature peptides SS-14 were
fully conserved in the SS1 and SS2 precursors, varied by two or three
amino acids in the SS3 and SS5 precursors and diverged by many more
amino acids in the SS4 precursors (Fig. 1). These data suggest that five
SS genes, instead of the three identified in previous research, exist in
most teleost fish species.
In the genome database of the elephant shark, two SS gene
candidates were found. The first SS gene was an SS2-like partial
sequence (genomic scaffold number: AAVX01232114.1) reported
previously (Tostivint et al., 2008). The shark SS2-like precursor
contains [Pro2]SS-14 (Pro2 is characteristic of SS2) at its C-terminal
and shares high sequence similarity with SS2 of other species,
indicating that it is a SS2 fragment (Fig. S2A). The second SS gene,
with a predicted complete ORF, is named as SS-like (genomic scaffold
number: AAVX01006550.1). Interestingly, the shark SS-like precursor,
which includes [Gly2]-SS-14 at its C-terminal, also shares the
highest sequence similarity to teleost fish SS2, though the overall
similarity is low. SS peptides derived from prepro-SS1 were purified
from sea lamprey by Andrews et al. in 1988, but no SS gene was
identified in the current sea lamprey genome database. It is likely thatthe sea lamprey SS gene is located at an unsequenced region. No SS
gene candidate has been identified in either sea squirts or lancelet
genomes.
We further searched the EST database, and found many previously
unreported prepro-SS sequences (Text S1). An EST sequence
(accession number: CO051340.1), which encodes a SS precursor
containing [Pro2]SS-14, was identified in another cartilaginous fish,
the little skate (Leucoraja erinacea). Interestingly, the skate [Pro2]SS-
14 precursor shares a higher sequence similarity to the shark SS-like
precursor containing [Gly2]SS-14 than it does to the shark SS2-like
precursor containing [Pro2]SS-14 (Fig. S2B). As shown in Fig. 2, the
skate [Pro2]SS-14 is only one amino acid away from the shark [Gly2]
SS-14 (Pro2→Gly2) but four amino acids away from the shark [Pro2]
SS-14. This data indicates that the skate [Pro2]SS-14 precursor is likely
a counterpart of the elephant shark SS-like precursor.
3.2. Phylogenetic analysis of SS in vertebrates
Based on the previously cloned and newly identified SS precursor
sequences, a phylogenetic tree was constructed. As shown in Fig. 3,
the vertebrate SS precursors are divided into five clades. Each clade
contains some known orthologous genes (Tostivint et al. (2004) and
see below), indicating that phylogenetic analysis could be helpful to
identify the orthologs among SS genes. In this phylogenetic tree, the
elephant shark SS-like precursor is clustered within the SS2 clade.
Because the elephant shark SS2-like precursor is only a partial
sequence precluded in the present phylogenetic analysis, the
clustering of the elephant shark SS-like precursor within the SS2
clade probably indicates that these precursors are more phylogenetically
related to SS2 rather than its orthologous relationship with the
bony fish SS2. The presence of an SS-like precursor in another
cartilaginous fish (little skate) containing [Pro2]SS-14 also supports
the speculation that the shark SS-like gene is likely descended from
SS2.
Adding the sequence data of other members of the SS gene family
(UII or URP) as an out-group makes the sequence data so divergent
that even sequence alignments cannot be performed. Moreover, most
peptide hormone precursors are short and poorly conserved, which
makes phylogenetic tree analysis unsuitable to address the evolutionary
relationships among homologs (Conlon and Larhammar
2005). To reveal the evolutionary history of multiple SS genes
identified in the present study, we further performed genomic
synteny analysis.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3. ผล และการอภิปราย3.1. รหัสของ SS ยีนในสัตว์มีกระดูกสันหลังการระบุยีน SS เราค้นหาฐานข้อมูลจีโนมที่ของสัตว์มีกระดูกสันหลังแตกต่างกันและไม่มีกระดูกสันหลังที่สาม มียีน SS ใหม่การค้นพบในปลา teleost ถูกหก SS ยีนผู้สมัครระบุว่าจากฐานข้อมูลจีโนมที่ปลาม้าลาย ในหมู่พวกเขา SS1SS2, SS3 และ SS4 มีรายงานก่อนหน้านี้ (Devos et al. 2002Tostivint et al. 2008), แต่ somatostatin 5 (SS5) และ somatostatin 6(SS6) ถูกค้นพบใหม่ เนื่องจากปลาม้าลาย SS3, SS5 และ SS6ลำดับ cDNA ได้ไม่ได้รับการยืนยัน โดยการทดลอง เราโคลน และเรียงลำดับได้ (มะเดื่อ S1) คล้ายกับ SS ทราบสารตั้งต้น สารตั้งต้น SS5 และ SS6 อธิบายใหม่ประกอบด้วยเปปไทด์แก่ ๆ (SS-14) ที่ตัว C- (มะเดื่อ S1) ซัลไฟด์เป็นเชื่อมโยงอาจเกิดขึ้น โดยสองตกค้าง Cys ภัตในเหล่านี้เปปไทด์ผู้ใหญ่ยังมีระบุยีน SS ห้ายกเว้น SS6) ในอีกเรียงลำดับจีโนมที่ teleost ปลา รวมทั้ง stickleback, medaka, Takifugu และปลาปักเป้า (S1 ข้อความ) เปรียบเทียบกรดอะมิโนลำดับของแต่ละสารตั้งต้นเหล่านี้ SS ในหมู่ genomesequenced ห้าปลา teleost แสดงให้เห็นว่า เปปไทด์แก่ ๆ SS-14เต็มอยู่ใน SS1 และ SS2 เพื่อกระตุ้น แตกต่างกันสองหรือสามกรดอะมิโนใน SS3 และ SS5 เพื่อกระตุ้น และแยกออก โดยมากกรดอะมิโนใน SS4 กระตุ้น (1 รูป) ข้อมูลเหล่านี้แนะนำว่า ห้าSS ยีน แทนสามที่ระบุไว้ในงานวิจัยก่อนหน้านี้ ที่มีอยู่ในส่วนใหญ่ teleost ปลาในฐานข้อมูลจีโนมที่ของช้างฉลาม ยีนสอง SSพบผู้สมัคร ยีน SS แรกถูกเป็นบางส่วนเหมือน SS2ลำดับ (หมายเลขนั่งร้านออก: AAVX01232114.1) รายงานก่อนหน้านี้ (Tostivint et al. 2008) สารตั้งต้น SS2 เหมือนปลาฉลามประกอบด้วย SS [Pro2] -14 (Pro2 เป็นลักษณะของ SS2) ที่ของ C-และหุ้นลำดับสูงคล้ายคลึงกับ SS2 ของสายพันธุ์อื่น ๆแสดงว่า มันอยู่ส่วน SS2 (มะเดื่อ S2A) SS สองยีนมี ORF สมบูรณ์คาดการณ์ มีชื่อเป็นเหมือน SS (ออกนั่งร้านหมายเลข: AAVX01006550.1) เรื่องน่าสนใจ ฉลามเหมือน SS สารตั้งต้นที่หมายถึง [Gly2] - SS - 14 ที่ตัว C- นอกจากนี้หุ้นสูงที่สุดลำดับความคล้ายคลึงกับปลา teleost SS2 แม้ว่าโดยรวมความคล้ายคลึงกันอยู่ในระดับต่ำ เปปไทด์ SS มาจาก prepro-SS1 ที่บริสุทธิ์จากปลาแลมป์เพรย์ทะเลโดยแอนดรู et al. 1988 แต่ SS ไม่มี ยีนเป็นพบในฐานข้อมูลจีโนมที่ปลาแลมป์เพรย์ทะเลปัจจุบัน มีโอกาสที่ยีนปลาแลมป์เพรย์ทะเล SS อยู่ที่บริเวณ unsequenced ไม่มี SSผู้สมัครที่ยีนพบในทะเลเพรียงหัวหอมหรือ lanceletgenomesเราเพิ่มเติมค้นหาฐานข้อมูล EST และพบหลายก่อนหน้านี้ลำดับ prepro SS ไม่ถูกรายงาน (S1 ข้อความ) มีลำดับ EST(เลขทะเบียน: CO051340.1), ซึ่ง encodes ปูชนียบุคคล SSประกอบด้วย SS [Pro2] -14 พบในปลากระดูกอ่อนที่อื่นเล่นสเก็ตตัวน้อย (Leucoraja erinacea) เรื่องน่าสนใจ สเก็ต [Pro2] SS -14 precursor shares a higher sequence similarity to the shark SS-likeprecursor containing [Gly2]SS-14 than it does to the shark SS2-likeprecursor containing [Pro2]SS-14 (Fig. S2B). As shown in Fig. 2, theskate [Pro2]SS-14 is only one amino acid away from the shark [Gly2]SS-14 (Pro2→Gly2) but four amino acids away from the shark [Pro2]SS-14. This data indicates that the skate [Pro2]SS-14 precursor is likelya counterpart of the elephant shark SS-like precursor.3.2. Phylogenetic analysis of SS in vertebratesBased on the previously cloned and newly identified SS precursorsequences, a phylogenetic tree was constructed. As shown in Fig. 3,the vertebrate SS precursors are divided into five clades. Each cladecontains some known orthologous genes (Tostivint et al. (2004) andsee below), indicating that phylogenetic analysis could be helpful toidentify the orthologs among SS genes. In this phylogenetic tree, theelephant shark SS-like precursor is clustered within the SS2 clade.Because the elephant shark SS2-like precursor is only a partialsequence precluded in the present phylogenetic analysis, theclustering of the elephant shark SS-like precursor within the SS2clade probably indicates that these precursors are more phylogeneticallyrelated to SS2 rather than its orthologous relationship with thebony fish SS2. The presence of an SS-like precursor in anothercartilaginous fish (little skate) containing [Pro2]SS-14 also supportsเก็งกำไรว่า ที่ปลาฉลามเหมือน SS ยีนมีโอกาสสืบเชื้อสายจากSS2เพิ่มข้อมูลลำดับของสมาชิกในครอบครัวของยีน SS(UII หรือ URP) เป็น out-group การทำให้ข้อมูลลำดับแตกต่างดังนั้นที่จัดลำดับยังไม่สามารถดำเนินการ นอกจากนี้ ส่วนใหญ่สารตั้งต้นของฮอร์โมนเปปไทด์จะสั้น และไม่ อนุรักษ์ ซึ่งทำให้ต้นไม้ผลการวิเคราะห์การวิวัฒนาการที่ไม่เหมาะสมความสัมพันธ์ระหว่าง homologs (พบและ Larhammar2005) นี้จะเปิดเผยประวัติวิวัฒนาการของยีน SS หลายพบในการศึกษา เราเพิ่มเติมทำออกsynteny การวิเคราะห์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3. ผลการทดลองและการอภิปราย
3.1 บัตรประจำตัวของยีนเอสเอสในสัตว์มีกระดูกสันหลัง
ในการระบุยีนเอสเอสเราสืบค้นฐานข้อมูลจีโนมของ
สัตว์มีกระดูกสันหลังที่แตกต่างกันและสามสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลัง ยีนเอสเอสใหม่ได้
รับการค้นพบในปลา teleost เอสเอสหกผู้สมัครยีน
ระบุจากฐานข้อมูลจีโนม zebrafish ในหมู่พวกเขา SS1,
SS2, SS3 และ SS4 ได้รับรายงานก่อนหน้านี้ (Devos, et al., 2002;
. Tostivint et al, 2008) แต่ somatostatin 5 (SS5) และ somatostatin 6
(SS6) ถูกค้นพบใหม่ เพราะ zebrafish SS3, SS5 และ SS6
cDNA ลำดับยังไม่ได้รับการยืนยันจากการทดลองเรา
โคลนและหาลำดับพวกเขา (รูป. S1) คล้ายกันกับเอสเอสที่รู้จักกัน
สารตั้งต้นที่อธิบายใหม่ SS5 และสารตั้งต้น SS6 ยังมี
เปปไทด์ที่เป็นผู้ใหญ่ (SS-14) ที่พวกเขา c- ขั้ว (รูป. S1) ซัลไฟด์
เชื่อมโยงอาจจะเกิดขึ้นจากสองป่าสงวนตกค้าง Cys เหล่านี้
เปปไทด์ที่เป็นผู้ใหญ่.
ห้ายีนเอสเอส (ไม่รวม SS6) นอกจากนี้ยังมีการระบุในอื่น ๆ
จีโนมติดใจปลา teleost รวมทั้ง stickleback, Medaka, Takifugu และ Tetraodon (Text S1) เปรียบเทียบของกรดอะมิโน
ลำดับของแต่ละเหล่านี้สารตั้งต้นเอสเอสในห้า genomesequenced
ปลา teleost แสดงให้เห็นว่าเปปไทด์ที่เป็นผู้ใหญ่ SS-14 ได้รับการ
อนุรักษ์อย่างเต็มที่ในการ SS1 และ SS2 สารตั้งต้นแตกต่างกันโดยสองหรือสาม
กรดอะมิโนใน SS3 และ SS5 สารตั้งต้นและแยก อื่น ๆ อีกมากมายโดย
กรดอะมิโนในสารตั้งต้น SS4 (รูปที่ 1). ข้อมูลเหล่านี้ชี้ให้เห็นว่าห้า
ยีนเอสเอสแทนของทั้งสามที่ระบุไว้ในการวิจัยก่อนหน้านี้ที่มีอยู่ใน
สายพันธุ์ปลา teleost.
ในฐานข้อมูลจีโนมของปลาฉลามช้างสอง SS ยีน
ผู้สมัครที่ได้พบ ยีนเอสเอสเป็นครั้งแรก SS2 เหมือนบางส่วน
ลำดับ (จำนวนนั่งร้านจีโนม: AAVX01232114.1) รายงาน
ก่อนหน้านี้ (Tostivint et al, 2008). ผู้นำฉลาม SS2 เหมือน
มี [Pro2] SS-14 (Pro2 เป็นลักษณะของ SS2) ที่ C ขั้วของมัน
และหุ้นคล้ายคลึงกันลำดับสูงที่มี SS2 ของสายพันธุ์อื่น ๆ ที่
แสดงให้เห็นว่ามันเป็นส่วน SS2 (รูป. S2A) ยีนเอสเอสที่สอง
กับ ORF สมบูรณ์คาดการณ์มีชื่อเป็น SS-Like (จีโนมนั่งร้าน
จำนวน: AAVX01006550.1) ที่น่าสนใจฉลาม SS-เช่นสารตั้งต้น
ซึ่งรวมถึง [Gly2] -SS-14 ในของ C-terminal, นอกจากนี้ยังมีหุ้น
คล้ายคลึงกันลำดับสูงสุดเพื่อ teleost SS2 ปลา แต่โดยรวม
ความคล้ายคลึงกันอยู่ในระดับต่ำ เปปไทด์เอสเอสที่ได้มาจาก prepro-SS1 บริสุทธิ์
จากปลาทูนาทะเลโดยแอนดรู, et al ในปี 1988 แต่ไม่มียีนเอสเอสได้รับการ
ระบุไว้ในฐานข้อมูลปัจจุบันทะเลปลาทูนาจีโนม มันอาจเป็นไป thatthe ทะเลปลาทูนาเอสเอสยีนตั้งอยู่ในภูมิภาค unsequenced เอสเอสไม่มี
ผู้สมัครยีนได้รับการระบุทั้งในเพรียงทะเลหรือ lancelet
จีโนม.
เรายังผลการสืบค้นฐานข้อมูล EST และพบว่าหลายคนก่อนหน้านี้
ได้รับรายงานลำดับ prepro-SS (Text S1) ลำดับ EST
(หมายเลขภาคยานุวัติ: CO051340.1) ซึ่งเป็นสารตั้งต้น encodes เอสเอส
ที่มี [Pro2] SS-14 ที่ถูกระบุในกระดูกอ่อนปลาอีก
สเก็ตเล็ก ๆ น้อย ๆ (Leucoraja erinacea) ที่น่าสนใจเล่นสเก็ต [Pro2] SS-
หุ้น 14 ปูชนียบุคคลความคล้ายคลึงกันลำดับที่สูงขึ้นเพื่อฉลาม SS-เช่น
สารตั้งต้นที่มี [Gly2] SS-14 กว่าจะฉลาม SS2 เหมือน
สารตั้งต้นที่มี [Pro2] SS-14 (รูปที่ S2B) ดังแสดงในรูป 2,
สเก็ต [Pro2] SS-14 เป็นเพียงหนึ่งในกรดอะมิโนออกไปจากปลาฉลาม [Gly2]
SS-14 (Pro2 → Gly2) แต่สี่กรดอะมิโนออกไปจากปลาฉลาม [Pro2]
SS-14 ข้อมูลนี้จะแสดงให้เห็นว่าสเก็ต [Pro2] SS-14 สารตั้งต้นมีแนวโน้มที่
คู่ของช้างฉลาม SS-เช่นปูชนียบุคคล.
3.2 การวิเคราะห์วิวัฒนาการของเอสเอสในสัตว์มีกระดูกสันหลัง
ขึ้นอยู่กับโคลนก่อนหน้านี้และระบุใหม่เอสเอสปูชนียบุคคล
ลำดับต้นสายวิวัฒนาการถูกสร้างขึ้น ดังแสดงในรูป 3
สารตั้งต้นที่เลี้ยงลูกด้วยนมเอสเอสจะถูกแบ่งออกเป็นห้า clades แต่ละ clade
มีบางส่วนยีน orthologous ที่รู้จักกัน (Tostivint et al. (2004) และ
ดูด้านล่าง) แสดงให้เห็นว่าการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการอาจจะเป็นประโยชน์ในการ
ระบุ orthologs หมู่ยีนเอสเอส ในต้นไม้สายวิวัฒนาการนี้
ช้างฉลาม SS-เช่นสารตั้งต้นเป็นคลัสเตอร์ภายใน clade SS2.
เพราะฉลามช้าง SS2 เหมือนสารตั้งต้นเป็นเพียงบางส่วน
ลำดับจรรยาบรรณในการวิเคราะห์ phylogenetic ปัจจุบัน
การจัดกลุ่มของสารตั้งต้นช้างฉลาม SS-ต้องการภายใน SS2
clade อาจบ่งชี้ว่าสารตั้งต้นเหล่านี้มี phylogenetically
เกี่ยวข้องกับ SS2 มากกว่าความสัมพันธ์ orthologous กับ
SS2 กระดูกปลา การปรากฏตัวของสารตั้งต้นเอสเอสเหมือนในอีก
กระดูกอ่อนปลา (สเก็ตเล็ก ๆ น้อย ๆ ) ที่มี [Pro2] SS-14 นอกจากนี้ยังสนับสนุน
การเก็งกำไรว่ายีนฉลาม SS-เช่นสืบเชื้อสายมาน่าจะมาจาก
SS2.
เพิ่มลำดับข้อมูลของสมาชิกคนอื่น ๆ ของเอสเอส ครอบครัวยีน
(UII หรือ URP) ในฐานะที่เป็นออกจากกลุ่มทำให้ข้อมูลลำดับที่แตกต่างกันเพื่อให้
เห็นว่าแม้การจัดแนวลำดับไม่สามารถดำเนินการ นอกจากนี้ส่วนใหญ่
สารตั้งต้นของฮอร์โมนเปปไทด์ที่มีระยะสั้นและอนุรักษ์ไม่ดีซึ่ง
จะทำให้การวิเคราะห์ phylogenetic ต้นไม้ที่ไม่เหมาะสมเพื่อรับมือกับวิวัฒนาการ
ความสัมพันธ์ระหว่าง homologs (Conlon และ Larhammar
2005) เผยให้เห็นประวัติศาสตร์วิวัฒนาการของยีนหลายเอสเอส
ที่ระบุไว้ในการศึกษาครั้งนี้เราดำเนินการต่อไปจีโนม
การวิเคราะห์ synteny