สารเหล่านี้เมื่อไหล่ลงสู่แม่น้ำลำคลองจะเกิดผลเสียอย่างมากเพราะสารเหล่านี้ไปเพิ่มจำนวนพืชน้ำเมื่อจำนวนพืชน้ำเพิ่มมากขึ้นทำให้เกิดการแย่งออกซิเจนและทำให้แหล่งน้ำบริเวณนั้นเกิดสภาพขาดออกซิเจน ทำให้เกิดสภาวะแอนแอโรบิกเตรีให้ย่อยสลายสารอินทรีย์ต่อไป ส่งผลให้น้ำกลายเป็นสีดำ กลิ่นเหม็น และเป็นแหล่งเพาะเชื้อโรคได้แก่ ไวรัส เป็นต้น
นอกจากนี้ชุมชนบ้านเรือนยังทิ้งขยะลงสู่แม่น้ำลำคลองทำให้น้ำเกิดการเน่าเสียอีกด้วย